BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-344F20
Chromosome6 (Build37)
Map Location 110,341,318 - 110,485,313
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043720
Downstream geneGrm7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-344F20.bB6Ng01-344F20.g
ACCGA126873GA126874
length1,0901,113
definitionB6Ng01-344F20.b B6Ng01-344F20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(110,484,225 - 110,485,313)(110,341,318 - 110,342,430)
sequence
gaattcttatggaaccaacaatggagactgttttcagcccaaaatgattt
ttgcacaaaaatgtaaaataaacacacagtcaatacaatataatacaata
caatacagtacaatacaatacaatatttatgcctgtaaaatacaaattag
atacacggtcatcgttaaccaatgatggttacctgcaaagagaaatgggg
aaaaaaaaacctcgtcaatctgtgtttgtatatggtgtgcatagatttac
cggccacaaaaaattatatttaattgatatgcatgattattttccctgtg
ctttaagaatatcgtattcagatgcaacagagacaaggcagacaacacgt
atccacataaaaacaaggacaggagtttggctttttttgtttgcttcttt
taatggaaccatgggttatattccaaagctgcctataactatgtgtgatg
tgaaggaaattaaacactggcacagagaaatactactgtattgaatagta
agtagataaatagtgcatatgtgtatattctgtcttaaaggaaccagttc
acttatttaatttctgcatagatttttaatctgatgcaaaattacttaat
acatcaccatttttaggttgaggtcttagaccccaccctcattcaactat
atcctggactgaagcctcaattttctcaacctgcagtgatttcaaaagta
aaagttctgggaattgacgagatggttcagtagttaagaacacttgctat
tttgaagaaggcatgtactagttcacagcacacatgcccggtagcacata
actgcctataggtataggatactgaagctttcctctgactctgtgaacac
ccatatgcacacagtatgtacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacacatatacacacacacagaggcagagacagaaaca
gagaggtcttaatgcttaacgtgaattcttgggacatacctatgtattta
tacacacatatatacatatacacatgcatacatatactaaagacattata
ttttatgcatgcaaatatacatgttagatatgccatatat
gaattcagtttctgcaaagaacatataatatattttctttgttcttattt
tcttcatgaataaataatatcaagtgtattatttaattataaaatgatat
tctgagtatttttgctggatttttaaatcgcaataccaaaatacatgaga
taactaagaaagagaaaagttaattttggtgcattgcttagatatgtgtt
ttgagctacttactgcttttatgcctttggcaggttgtaacatggtaatg
attgataattcagaaaagagaaagctacctcataactaggaagcaaagag
caagaagagatgacacttccaacttcaagaacatgatctagtgtgtaaag
atctcccactacttctcactttccaaatattcacccatctcccaacatta
gggatcaagtctccatcacaagtggatttttgtgagattgtcaagaacca
aaccacagcataaatatttaatatttagacttcaattccttatatctact
caactcaactcaactcaactcaactcaactgagcattattattgttgttg
ttgttgctgctgttgttgttgtcatttttgacagtcttcaggaaatctcc
ttctccttctatgatgctgagaggagaatatcattctcatacctatggtg
aactggcatagttattcagaatgatggccattgccagatttcagaatagt
aataaaaagcagttttacattgacattttatattattctatttaaagtcc
tagaaataaagattcaagatttttgtctcttcaagtaataaattgtttaa
acaagaaaatagctcttttgattagcctccatttgcttgtcactgtttgg
ctttgtagatgcagtctccaagctacaatgtttgaagctctgttttatat
aagttccatgttatagatcatcttgaaattctccataccttttcttttct
cagaaccttattcaattgtgccccctgtgagctttctaggtgtctacagg
agatggcatatgtgattgagtctgtagaaaatttttttctcatcatttca
agtggtgaattctaatatttaggaggctctggtaacaataattattgtta
ttattaatatgag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_110484225_110485313
seq2: B6Ng01-344F20.b_50_1139 (reverse)

seq1  ATATAT-GCATATCTAAACATGTATATTTGCATGCAT-AAATAT-ATGTC  47
      |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||
seq2  ATATATGGCATATCT-AACATGTATATTTGCATGCATAAAATATAATGTC  49

seq1  TTTAAGTATATGTATGCATGTGTATATGTATATATGTGTGTATAAATACA  97
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTT-AGTATATGTATGCATGTGTATATGTATATATGTGTGTATAAATACA  98

seq1  TAGGTATGTCCCAAGAATTCACGTTAAGCATTAAGACCTCTCTGTTTCTG  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTATGTCCCAAGAATTCACGTTAAGCATTAAGACCTCTCTGTTTCTG  148

seq1  TCTCTGCCTCTGTGTGTGTGTATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCCTCTGTGTGTGTGTATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  198

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACATACTGTGTGCATATGGGTGTTCAC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACATACTGTGTGCATATGGGTGTTCAC  248

seq1  AGAGTCAGAGGAAAGCTTCAGTATCCTATACCTATAGGCAGTTATGTGCT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCAGAGGAAAGCTTCAGTATCCTATACCTATAGGCAGTTATGTGCT  298

seq1  ACCGGGCATGTGTGCTGTGAACTAGTACATGCCTTCTTCAAAATAGCAAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGGGCATGTGTGCTGTGAACTAGTACATGCCTTCTTCAAAATAGCAAG  348

seq1  TGTTCTTAACTACTGAACCATCTCGTCAATTCCCAGAACTTTTACTTTTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTAACTACTGAACCATCTCGTCAATTCCCAGAACTTTTACTTTTG  398

seq1  AAATCACTGCAGGTTGAGAAAATTGAGGCTTCAGTCCAGGATATAGTTGA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCACTGCAGGTTGAGAAAATTGAGGCTTCAGTCCAGGATATAGTTGA  448

seq1  ATGAGGGTGGGGTCTAAGACCTCAACCTAAAAATGGTGATGTATTAAGTA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGGTGGGGTCTAAGACCTCAACCTAAAAATGGTGATGTATTAAGTA  498

seq1  ATTTTGCATCAGATTAAAAATCTATGCAGAAATTAAATAAGTGAACTGGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGCATCAGATTAAAAATCTATGCAGAAATTAAATAAGTGAACTGGT  548

seq1  TCCTTTAAGACAGAATATACACATATGCACTATTTATCTACTTACTATTC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTAAGACAGAATATACACATATGCACTATTTATCTACTTACTATTC  598

seq1  AATACAGTAGTATTTCTCTGTGCCAGTGTTTAATTTCCTTCACATCACAC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAGTAGTATTTCTCTGTGCCAGTGTTTAATTTCCTTCACATCACAC  648

seq1  ATAGTTATAGGCAGCTTTGGAATATAACCCATGGTTCCATTAAAAGAAGC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTATAGGCAGCTTTGGAATATAACCCATGGTTCCATTAAAAGAAGC  698

seq1  AAACAAAAAAAGCCAAACTCCTGTCCTTGTTTTTATGTGGATACGTGTTG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAAAAAGCCAAACTCCTGTCCTTGTTTTTATGTGGATACGTGTTG  748

seq1  TCTGCCTTGTCTCTGTTGCATCTGAATACGATATTCTTAAAGCACAGGGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTTGTCTCTGTTGCATCTGAATACGATATTCTTAAAGCACAGGGA  798

seq1  AAATAATCATGCATATCAATTAAATATAATTTTTTGTGGCCGGTAAATCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATCATGCATATCAATTAAATATAATTTTTTGTGGCCGGTAAATCT  848

seq1  ATGCACACCATATACAAACACAGATTGACGAGGTTTTTTTTTCCCCATTT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACACCATATACAAACACAGATTGACGAGGTTTTTTTTTCCCCATTT  898

seq1  CTCTTTGCAGGTAACCATCATTGGTTAACGATGACCGTGTATCTAATTTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTGCAGGTAACCATCATTGGTTAACGATGACCGTGTATCTAATTTG  948

seq1  TATTTTACAGGCATAAATATTGTATTGTATTGTACTGTATTGTATTGTAT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTACAGGCATAAATATTGTATTGTATTGTACTGTATTGTATTGTAT  998

seq1  TATATTGTATTGACTGTGTGTTTATTTTACATTTTTGTGCAAAAATCATT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTGTATTGACTGTGTGTTTATTTTACATTTTTGTGCAAAAATCATT  1048

seq1  TTGGGCTGAAAACAGTCTCCATTGTTGGTTCCATAAGAATTC  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCTGAAAACAGTCTCCATTGTTGGTTCCATAAGAATTC  1090

seq1: chr6_110341318_110342430
seq2: B6Ng01-344F20.g_67_1179

seq1  GAATTCAGTTTCTGCAAAGAACATATAATATATTTTCTTTGTTCTTATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTTCTGCAAAGAACATATAATATATTTTCTTTGTTCTTATTT  50

seq1  TCTTCATGAATAAATAATATCAAGTGTATTATTTAATTATAAAATGATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCATGAATAAATAATATCAAGTGTATTATTTAATTATAAAATGATAT  100

seq1  TCTGAGTATTTTTGCTGGATTTTTAAATCGCAATACCAAAATACATGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTATTTTTGCTGGATTTTTAAATCGCAATACCAAAATACATGAGA  150

seq1  TAACTAAGAAAGAGAAAAGTTAATTTTGGTGCATTGCTTAGATATGTGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTAAGAAAGAGAAAAGTTAATTTTGGTGCATTGCTTAGATATGTGTT  200

seq1  TTGAGCTACTTACTGCTTTTATGCCTTTGGCAGGTTGTAACATGGTAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCTACTTACTGCTTTTATGCCTTTGGCAGGTTGTAACATGGTAATG  250

seq1  ATTGATAATTCAGAAAAGAGAAAGCTACCTCATAACTAGGAAGCAAAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATAATTCAGAAAAGAGAAAGCTACCTCATAACTAGGAAGCAAAGAG  300

seq1  CAAGAAGAGATGACACTTCCAACTTCAAGAACATGATCTAGTGTGTAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAGAGATGACACTTCCAACTTCAAGAACATGATCTAGTGTGTAAAG  350

seq1  ATCTCCCACTACTTCTCACTTTCCAAATATTCACCCATCTCCCAACATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCCACTACTTCTCACTTTCCAAATATTCACCCATCTCCCAACATTA  400

seq1  GGGATCAAGTCTCCATCACAAGTGGATTTTTGTGAGATTGTCAAGAACCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCAAGTCTCCATCACAAGTGGATTTTTGTGAGATTGTCAAGAACCA  450

seq1  AACCACAGCATAAATATTTAATATTTAGACTTCAATTCCTTATATCTACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACAGCATAAATATTTAATATTTAGACTTCAATTCCTTATATCTACT  500

seq1  CAACTCAACTCAACTCAACTCAACTCAACTGAGCATTATTATTGTTGTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCAACTCAACTCAACTCAACTCAACTGAGCATTATTATTGTTGTTG  550

seq1  TTGTTGCTGCTGTTGTTGTTGTCATTTTTGACAGTCTTCAGGAAATCTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGCTGCTGTTGTTGTTGTCATTTTTGACAGTCTTCAGGAAATCTCC  600

seq1  TTCTCCTTCTATGATGCTGAGAGGAGAATATCATTCTCATACCTATGGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTTCTATGATGCTGAGAGGAGAATATCATTCTCATACCTATGGTG  650

seq1  AACTGGCATAGTTATTCAGAATGATGGCCATTGCCAGATTTCAGAATAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGCATAGTTATTCAGAATGATGGCCATTGCCAGATTTCAGAATAGT  700

seq1  AATAAAAAGCAGTTTTACATTGACATTTTATATTATTCTATTTAAAGTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAAGCAGTTTTACATTGACATTTTATATTATTCTATTTAAAGTCC  750

seq1  TAGAAATAAAGATTCAAGATTTTTGTCTCTTCAAGTAATAAATTGTTTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATAAAGATTCAAGATTTTTGTCTCTTCAAGTAATAAATTGTTTAA  800

seq1  ACAAGAAAATAGCTCTTTTGATTAGCCTCCATTTGCTTGTCACTGTTTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAAAATAGCTCTTTTGATTAGCCTCCATTTGCTTGTCACTGTTTGG  850

seq1  CTTTGTAGATGCAGTCTCCAAGCTACAATGTTTGAAGCTCTGTTTTATAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTAGATGCAGTCTCCAAGCTACAATGTTTGAAGCTCTGTTTTATAT  900

seq1  AAGTTCCATGTTATAAGATCATCTTGAAATTCTCCATACCTTT--CTTTC  948
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   ||||
seq2  AAGTTCCATGTTAT-AGATCATCTTGAAATTCTCCATACCTTTTCTTTTC  949

seq1  TCAGAACCTTATTCAAATTGTGCCCCCTGTGAGCTTTCTAGGTGTCTACA  998
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAACCTTATTC-AATTGTGCCCCCTGTGAGCTTTCTAGGTGTCTACA  998

seq1  GGAGATGGCATTATGTGATTGAGTCTGTAAGAAAATTTTTTTCTCATCAT  1048
      |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATGGCA-TATGTGATTGAGTCTGT-AGAAAATTTTTTTCTCATCAT  1046

seq1  TTCAAGT-GTGAATTCT-ATATTTA-GAAGCTCTGGTAACAAATAATTA-  1094
      ||||||| ||||||||| ||||||| || ||||||||||| |||||||| 
seq2  TTCAAGTGGTGAATTCTAATATTTAGGAGGCTCTGGTAAC-AATAATTAT  1095

seq1  TGTTATTATTAATTATGAG  1113
      |||||||||||| ||||||
seq2  TGTTATTATTAA-TATGAG  1113