BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-349C07
Chromosome6 (Build37)
Map Location 110,627,856 - 110,691,399
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrm7
Upstream genenone
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-349C07.bB6Ng01-349C07.g
ACCGA130217GA130218
length6261,112
definitionB6Ng01-349C07.b B6Ng01-349C07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(110,690,774 - 110,691,399)(110,627,856 - 110,628,984)
sequence
gaattctttcaaacaggggtttttctttacacaaacaaaaataacatgct
ttaacttgtcttggctccttagactaggtaggcttggtgtttctgcaggg
ctacctaaacaataccagtgcaagcaattcatttcttcatgctttccttt
cttcctctggagaacataccaataggctctttatgttaattaaattaaac
agtttctagcaataatgcctagacaatatttagaatggatttaaaagcag
agtacacaatcaaaaatttctgtctttatcttcagtttcaccttgtcagc
attaaaattaatgcaattaaacatttcctcagttttgtagatgttgaggt
gtcccagaaaggagggagaagtagttgctaccaagtttgtcagagtgagt
tcaccacctaagcccaagttgtggtagaagagaactgacaccttcaaatt
gtcaactgatctttacatgtgcattgaagtacacacacacacacacacac
acacacacacacaccaccatcaccaccaccatcaccaccaccaccaacaa
caacaaaaacaacaacaaaccaacaacaacaacagaaagagagaggagga
gggagagaggaagggagagggagagg

gaattctctgtttagctctgcacaccatttttagattgggttatttggtt
ttttggaagttagcttctttagttatttatttattttggatattagccct
ctattggatgtggggttagtgaagacttttttttttccattctgtaggtt
gctgatttgtcctattgactgttatttgccttacagaagcaagataccat
ggaaggtataacgacatatatgaattctgagatttagaggaatcaattta
gttaaaaagcaagggtttaaatgtatgtgtgtccctatgcctatatatat
atgcatatgtatacttacatatgcatatgcctatgtatgcatatggctct
gcattatggagacatatatctatacaagtgaagttgtttgcaaagcatga
actcggctgactagagagaaggaggagcacagctgtgtggaatttcagtt
tgattctgactttcatcccaagtaagcatttcatggaattagctggtctg
atcttgagagaacagcattctctcaatggaaatgtatgaagagtggggag
gaatagactgccggcctgcaactgatgtgcattgcagttgtaggaactgt
gcctatttctatttacaggttaatgtactgaaactctttgatgttttgtc
atttggctaataaaagatacatctgtatgattttcattgggtgccaaaga
ccacagcataggcccttgaaaaggaagacattcttcatagtaaaccagag
taggtgctttagcatgtggtattcatggtgtggaaacgtcaatcaaaata
gtaggataaagaatttagttgcatgcagataattatgtttatctagtacc
tttatggttacagtgactgaatgaaacttgacacgtttcactgcttgaaa
taagtgtattcattaaagtatacatcttcttgccaaaacaaatctgatgg
gagatccagtgacattgcagtgccaccatctaatactgtccctatgcttt
caataatgtcatccaacaatactaaattttcacagctataattatatgca
gttatgatcatatttcaacatgcaaataattcatatgctcacagaattat
tagaatggcagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_110690774_110691399
seq2: B6Ng01-349C07.b_46_671 (reverse)

seq1  CCTCTCCCTCTCCCTTCCTCTCTCCCTCCTCCTCTCTCTTTCTGTTGTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCCTCTCCCTTCCTCTCTCCCTCCTCCTCTCTCTTTCTGTTGTTG  50

seq1  TTGTTGGTTTGTTGTTGTTTTTGTTGTTGTTGGTGGTGGTGGTGATGGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGGTTTGTTGTTGTTTTTGTTGTTGTTGGTGGTGGTGGTGATGGTG  100

seq1  GTGGTGATGGTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGATGGTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACTT  150

seq1  CAATGCACATGTAAAGATCAGTTGACAATTTGAAGGTGTCAGTTCTCTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCACATGTAAAGATCAGTTGACAATTTGAAGGTGTCAGTTCTCTTC  200

seq1  TACCACAACTTGGGCTTAGGTGGTGAACTCACTCTGACAAACTTGGTAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACAACTTGGGCTTAGGTGGTGAACTCACTCTGACAAACTTGGTAGC  250

seq1  AACTACTTCTCCCTCCTTTCTGGGACACCTCAACATCTACAAAACTGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACTTCTCCCTCCTTTCTGGGACACCTCAACATCTACAAAACTGAGG  300

seq1  AAATGTTTAATTGCATTAATTTTAATGCTGACAAGGTGAAACTGAAGATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTTAATTGCATTAATTTTAATGCTGACAAGGTGAAACTGAAGATA  350

seq1  AAGACAGAAATTTTTGATTGTGTACTCTGCTTTTAAATCCATTCTAAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAGAAATTTTTGATTGTGTACTCTGCTTTTAAATCCATTCTAAATA  400

seq1  TTGTCTAGGCATTATTGCTAGAAACTGTTTAATTTAATTAACATAAAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTAGGCATTATTGCTAGAAACTGTTTAATTTAATTAACATAAAGAG  450

seq1  CCTATTGGTATGTTCTCCAGAGGAAGAAAGGAAAGCATGAAGAAATGAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTGGTATGTTCTCCAGAGGAAGAAAGGAAAGCATGAAGAAATGAAT  500

seq1  TGCTTGCACTGGTATTGTTTAGGTAGCCCTGCAGAAACACCAAGCCTACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGCACTGGTATTGTTTAGGTAGCCCTGCAGAAACACCAAGCCTACC  550

seq1  TAGTCTAAGGAGCCAAGACAAGTTAAAGCATGTTATTTTTGTTTGTGTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTAAGGAGCCAAGACAAGTTAAAGCATGTTATTTTTGTTTGTGTAA  600

seq1  AGAAAAACCCCTGTTTGAAAGAATTC  626
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAACCCCTGTTTGAAAGAATTC  626


seq1: chr6_110627856_110628984
seq2: B6Ng01-349C07.g_66_1177

seq1  GAATTCTCTGTTTAGCTCTGCACACCATTTTTAGATTGGGTTATTTGGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGTTTAGCTCTGCACACCATTTTTAGATTGGGTTATTTGGTT  50

seq1  TTTTGGAAGTTAGCTTCTTTAGTTATTTATTTATTTTGGATATTAGCCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGAAGTTAGCTTCTTTAGTTATTTATTTATTTTGGATATTAGCCCT  100

seq1  CTATTGGATGTGGGGTTAGTGAAGACTTTTTTTTTTCCATTCTGTAGGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGGATGTGGGGTTAGTGAAGACTTTTTTTTTTCCATTCTGTAGGTT  150

seq1  GCTGATTTGTCCTATTGACTGTTATTTGCCTTACAGAAGCAAGATACCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATTTGTCCTATTGACTGTTATTTGCCTTACAGAAGCAAGATACCAT  200

seq1  GGAAGGTATAACGACATATATGAATTCTGAGATTTAGAGGAATCAATTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGTATAACGACATATATGAATTCTGAGATTTAGAGGAATCAATTTA  250

seq1  GTTAAAAAGCAAGGGTTTAAATGTATGTGTGTCCCTATGCCTATATATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAAAGCAAGGGTTTAAATGTATGTGTGTCCCTATGCCTATATATAT  300

seq1  ATGCATATGTATACTTACATATGCATATGCCTATGTATGCATATGGCTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATATGTATACTTACATATGCATATGCCTATGTATGCATATGGCTCT  350

seq1  GCATTATGGAGACATATATCTATACAAGTGAAGTTGTTTGCAAAGCATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTATGGAGACATATATCTATACAAGTGAAGTTGTTTGCAAAGCATGA  400

seq1  ACTCGGCTGACTAGAGAGAAGGAGGAGCACAGCTGTGTGGAATTTCAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGGCTGACTAGAGAGAAGGAGGAGCACAGCTGTGTGGAATTTCAGTT  450

seq1  TGATTCTGACTTTCATCCCAAGTAAGCATTTCATGGAATTAGCTGGTCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCTGACTTTCATCCCAAGTAAGCATTTCATGGAATTAGCTGGTCTG  500

seq1  ATCTTGAGAGAACAGCATTCTCTCAATGGAAATGTATGAAGAGTGGGGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGAGAGAACAGCATTCTCTCAATGGAAATGTATGAAGAGTGGGGAG  550

seq1  GAATAGACTGCCGGCCTGCAACTGATGTGCATTGCAGTTGTAGGAACTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGACTGCCGGCCTGCAACTGATGTGCATTGCAGTTGTAGGAACTGT  600

seq1  GCCTATTTCTATTTACAGGTTAATGTACTGAAACTCTTTGATGTTTTGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATTTCTATTTACAGGTTAATGTACTGAAACTCTTTGATGTTTTGTC  650

seq1  ATTTGGCTAATAAAAGATACATCTGTATGATTTTCATTGGGTGCCAAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGCTAATAAAAGATACATCTGTATGATTTTCATTGGGTGCCAAAGA  700

seq1  CCACAGCATAGGCCCTTGAAAAGGAAGACATTCTTCATAGTAAACCAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGCATAGGCCCTTGAAAAGGAAGACATTCTTCATAGTAAACCAGAG  750

seq1  TAGGTGCTTTAGCATGTGGTATTCATGGTGTGGAAACGTCAATCAAAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGCTTTAGCATGTGGTATTCATGGTGTGGAAACGTCAATCAAAATA  800

seq1  GTAGGATAAAGAATTTAGTTGCATGCAGATAATTATGTTTATCTAGTACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGATAAAGAATTTAGTTGCATGCAGATAATTATGTTTATCTAGTACC  850

seq1  TTTATGGTTACAGTGACTGAATGAAACTTGACACGTTTCACTGCTTGAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGGTTACAGTGACTGAATGAAACTTGACACGTTTCACTGCTTGAAA  900

seq1  TAAGTGTATTCATTAAAGTATACATCTTCTTGCCAAAACAAATCTGATGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGTATTCATTAAAGTATACATCTTCTTGCCAAAACAAATCTGATGG  950

seq1  GAGATCCAGGTGACATTGCAGTGCCACCATCTAATACTGTCCCTATGCTT  1000
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCCA-GTGACATTGCAGTGCCACCATCTAATACTGTCCCTATGCTT  999

seq1  TCAATAATGTCATCCAAACCAATAACTTAAATTTTTCACAGCCTATAA-T  1049
      |||||||||||||||||  |||| |||  || ||||||||| |||||| |
seq2  TCAATAATGTCATCCAA--CAAT-ACT--AAATTTTCACAG-CTATAATT  1043

seq1  ATATGCAGTTATGAATCATATTTCAAACCAATGCAAATAATTTCATATGC  1099
      ||||||||||||| ||||||||||||    |||||||||| |||||||||
seq2  ATATGCAGTTATG-ATCATATTTCAA---CATGCAAATAA-TTCATATGC  1088

seq1  TCAAACCAGAATTAAATTAGAATGGGCAGC  1129
      |||   |||||||  |||||||| ||||||
seq2  TCA---CAGAATT--ATTAGAAT-GGCAGC  1112


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |