BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-007L01
Chromosome7 (Build37)
Map Location 116,418,266 - 116,540,132
singlet/doubletdoublet
Overlap geneStk33, EG668320
Upstream geneOlfr489-ps1, Olfr490, LOC626881, Olfr491, Olfr492, Olfr493, Olfr494, Olfr495, Olfr496-ps1, Olfr497, Olfr498, Olfr499-ps1, Olfr500-ps1, Olfr501-ps1, Olfr502, LOC269980, Olfr503, Olfr504, Olfr505-ps1, Olfr506, Olfr507, Olfr508, Olfr509, Olfr510, Olfr511-ps1, Olfr512, Olfr513, Olfr514, Olfr515-ps1, Olfr516, Olfr517, Olfr518, Olfr519, Nlrp10, Eif3s5, BC049265, Tub, Ric3, Lmo1
Downstream gene1700095J03Rik, Trim66, Rpl27a, St5, LOC100042582, D930014E17Rik, BC051019, Ascl3, Tmem9b, 4930431P19Rik, Nrip3, Scube2, Phxr5, Rab6ip1, Tmem41b, Ipo7, AA474408, Zfp143, Wee1, Swap70, EG668368, Sbf2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-007L01.bB6Ng01-007L01.g
ACCDH844182DH844183
length9851,041
definitionDH844182|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-007L01, 5' end.DH844183|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-007L01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,418,266 - 116,419,262)(116,539,093 - 116,540,132)
sequence
gaattcatctgcctctggagaaaggcagctcccatcccagggagcaagtc
ctgaaggtggaaattcataaggcaggagctgaggtaacatccggtctgtg
gtgctgtaagtttggcttaggagaaaagatgaggtcttctatcttctgat
ttgttttactttttgtgtacatatagtgtgttgggtgctcatgtttgtgt
atgtgcacatgtgtgcgcctgcatgttcaggccaggggttgatatcaatt
atctttcttctaccactctaaaccttattgattgagacaggtctctcact
gagcccagaggccactgattggatagctggctagtccgcaagctctggtg
atccacctgtcctgtttgcccaacactggggttacagatgtatggcacca
tccacagttctcatgtgtgtcctggggatgtgaactggggtcctcatgtt
tgcttcctagcaattaaatttaacttaataaataccatctgtcctttatg
ttgcttccacagggcctgatgctgggttagggggatgaggacctctgagg
ctgtcatcccttccccagagtctagctcttatgcttggttcagctctggg
gagcatggtgccagggaaagtgcctgggcaatggcaccattcatcttctt
agtatcccacttcctgctttgtactgctgttcaaagtgaggctgaccatc
ggccgggcagagctgggaggacccaccatgcctgggcccctggaaggctg
cactgggaaacttagggaaatgctgaggactggcatagcgaggcacacac
aaatgcaagcagccactcatgtggctttcctttgaagaacaaaggcagag
aaatggctcaccaacgagaattaagtggtaacatacacggcacggaaatc
aaatcagttcaaaactggcttgctcaaaaatatgattctgaagaggaaag
ctgaattatgtgagcttgaatagtggtgtttagtt
gaattctttaacataaggaagcaattgtaggggctggaagatggctcagg
tcatgagcactggctcctcttccagagaacacatatggggcctcatacat
gtccataacttcagttccaagagttctgatgctgtctctggtctctatgt
gcactgcatgcatgtggtacacatacttgcaggtgtgtgtgcaaaatacc
catacacataataaagtgaaataaaacaggataataataaagaagtagcg
tccagatgctcatgtcttcagttctagcagttaggaggcagaggctggtg
ggtctctgcgtgtctaagcccagcttgacctacaaaatgggttccaggcc
agccagggttttatatagagaaaccctatctcaaaccaaaatgaaataaa
attaagaattatgggtatactacccaaagctcttcctgttgtgtaggaaa
attactcaatagcttgctcttactgctgttggtgatttcgggtgctccac
tgctctaggctgacagtgaaaaggctcttggttcagggtgtaaactgttt
tgctgagtttgtgtttgaagtgagtttccaggtcagttgtttttggtttc
tttgtatcttttgtttttatgctggtatttgtttgagacagactctcact
ctgtagccctcagtatcaagtgagtcaccataagactgcaggtctgtttt
tcatttccacgttggttctcttacactgtcactcaagtgatactcagggc
cttgccagaccagcactagcgagcccatcacttctcttgagagaagaagc
cctgagatgcagcacgatgccagcaagctcccatcacgcccagctccagt
tgccagtctctatgggaaagggctgggtggtctgagatttttacttggaa
tttacatttgtattaataaacaagctatcaaaaactatttgttcagatgt
cattctgatttttccctcaaggctttctggtaaactaagtaattgaatag
taaaatccttctgtctaagactgaattatcctgcgtgtatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_116418266_116419262
seq2: B6Ng01-007L01.b_49_1033

seq1  GAATTCATCTGCCTCTGGAGAAAGGCAGCTCCCATCCCAGGGAGCAAGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCTGCCTCTGGAGAAAGGCAGCTCCCATCCCAGGGAGCAAGTC  50

seq1  CTGAAGGTGGAAATTCATAAGGCAGGAGCTGAGGTAACATCCGGTCTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGGTGGAAATTCATAAGGCAGGAGCTGAGGTAACATCCGGTCTGTG  100

seq1  GTGCTGTAAGTTTGGCTTAGGAGAAAAGATGAGGTCTTCTATCTTCTGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGTAAGTTTGGCTTAGGAGAAAAGATGAGGTCTTCTATCTTCTGAT  150

seq1  TTGTTTTACTTTTTGTGTACATATAGTGTGTTGGGTGCTCATGTTTGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTACTTTTTGTGTACATATAGTGTGTTGGGTGCTCATGTTTGTGT  200

seq1  ATGTGCACATGTGTGCGCCTGCATGTTCAGGCCAGGGGTTGATATCAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCACATGTGTGCGCCTGCATGTTCAGGCCAGGGGTTGATATCAATT  250

seq1  ATCTTTCTTCTACCACTCTAAACCTTATTGATTGAGACAGGTCTCTCACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTCTTCTACCACTCTAAACCTTATTGATTGAGACAGGTCTCTCACT  300

seq1  GAGCCCAGAGGCCACTGATTGGATAGCTGGCTAGTCCGCAAGCTCTGGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCAGAGGCCACTGATTGGATAGCTGGCTAGTCCGCAAGCTCTGGTG  350

seq1  ATCCACCTGTCCTGTTTGCCCAACACTGGGGTTACAGATGTATGGCACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACCTGTCCTGTTTGCCCAACACTGGGGTTACAGATGTATGGCACCA  400

seq1  TCCACAGTTCTCATGTGTGTCCTGGGGATGTGAACTGGGGTCCTCATGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAGTTCTCATGTGTGTCCTGGGGATGTGAACTGGGGTCCTCATGTT  450

seq1  TGCTTCCTAGCAATTAAATTTAACTTAATAAATACCATCTGTCCTTTATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCCTAGCAATTAAATTTAACTTAATAAATACCATCTGTCCTTTATG  500

seq1  TTGCTTCCACAGGGCCTGATGCTGGGTTAGGGGGATGAGGACCTCTGAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTCCACAGGGCCTGATGCTGGGTTAGGGGGATGAGGACCTCTGAGG  550

seq1  CTGTCATCCCTTCCCCAGAGTCTAGCTCTTATGCTTGGTTCAGCTCTGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCATCCCTTCCCCAGAGTCTAGCTCTTATGCTTGGTTCAGCTCTGGG  600

seq1  GAGCATGGTGCCAGGGAAAGTGCCTGGGCAATGGCACCATTCATCTTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATGGTGCCAGGGAAAGTGCCTGGGCAATGGCACCATTCATCTTCTT  650

seq1  AGTATCCCACTTCCTGCTTTGTACTGCTGTTCAAAGTGAGGCTGACCATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATCCCACTTCCTGCTTTGTACTGCTGTTCAAAGTGAGGCTGACCATC  700

seq1  GGCCGGGCAGAGCTGGGAGGACCCACCATGCCTGGGCCCCTGGAAGGCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCGGGCAGAGCTGGGAGGACCCACCATGCCTGGGCCCCTGGAAGGCTG  750

seq1  CACTGGGAAACTTAGGGAAATGCTGAGGACTGGCATAGCGAGGCACACAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGGAAACTTAGGGAAATGCTGAGGACTGGCATAGCGAGGCACACAC  800

seq1  AAATGCAAGGCAGCCACTCAATGTGGCTTTCCTTTGAAGAACAAAGGCAG  850
      |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCAA-GCAGCCACTC-ATGTGGCTTTCCTTTGAAGAACAAAGGCAG  848

seq1  AGAAAATTGGCTCACCAACGAGAATTAAGTGGTAACAATACACGGCACGG  900
      |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGAAA--TGGCTCACCAACGAGAATTAAGTGGTAAC-ATACACGGCACGG  895

seq1  AAATCAAAATCAGTTCAAAACTGGCTTGCTCAGAAAAATATGATTCTGAA  950
      ||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||
seq2  AAATC-AAATCAGTTCAAAACTGGCTTGCTC--AAAAATATGATTCTGAA  942

seq1  GAGGAAAGCTGAATTATGTGAGGCCTTTGAATAGTGGTGTTTTAGTT  997
      ||||||||||||||||||||||    ||||||||||||| |||||||
seq2  GAGGAAAGCTGAATTATGTGAG---CTTGAATAGTGGTG-TTTAGTT  985

seq1: chr7_116539093_116540132
seq2: B6Ng01-007L01.g_63_1103 (reverse)

seq1  AATACACGCAGGATGAATCAGGTCTAGACAGAAGGATTTTACTACTCAAT  50
      |||||||||||||| | ||||   |||||||||||||||||||| |||||
seq2  AATACACGCAGGATAATTCAGTCTTAGACAGAAGGATTTTACTATTCAAT  50

seq1  GACTTAGTTTA-CAGAAAGGCCTTGAGGGGAAAAAATCAGAAATGACATC  99
       |||||||||| |||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||||
seq2  TACTTAGTTTACCAGAAA-GCCTTGAGGG--AAAAATCAG-AATGACATC  96

seq1  TGAACAAATAGTTTTTGATAGCTTGGTTAATAATACAAATGTAAA-TCCA  148
      ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||
seq2  TGAACAAATAGTTTTTGATAGCTTGTTTATTAATACAAATGTAAATTCCA  146

seq1  AGT-AAAAGCTCAGACCACCCAGCCC-TTCCCATAGAGACTGGC-ACTGG  195
      ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
seq2  AGTAAAAATCTCAGACCACCCAGCCCTTTCCCATAGAGACTGGCAACTGG  196

seq1  AGCTGGGCGTGATGGGAGCCTGCTGGCATCGTGCTGCATCTCAGGGCTTC  245
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGGCGTGATGGGAGCTTGCTGGCATCGTGCTGCATCTCAGGGCTTC  246

seq1  TTCTCTCAAGAGAAGTGATGGGCTCGCTAGTGCTGGTCTGGCAAGGCCCT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCAAGAGAAGTGATGGGCTCGCTAGTGCTGGTCTGGCAAGGCCCT  296

seq1  GAGTATCACTTGAGTGACAGTGTAAGAGAACCAACGTGGAAATGAAAAAC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATCACTTGAGTGACAGTGTAAGAGAACCAACGTGGAAATGAAAAAC  346

seq1  AGACCTGCAGTCTTATGGTGACTCACTTGATACTGAGGGCTACAGAGTGA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTGCAGTCTTATGGTGACTCACTTGATACTGAGGGCTACAGAGTGA  396

seq1  GAGTCTGTCTCAAACAAATACCAGCATAAAAACAAAAGATACAAAGAAAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTGTCTCAAACAAATACCAGCATAAAAACAAAAGATACAAAGAAAC  446

seq1  CAAAAACAACTGACCTGGAAACTCACTTCAAACACAAACTCAGCAAAACA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAACAACTGACCTGGAAACTCACTTCAAACACAAACTCAGCAAAACA  496

seq1  GTTTACACCCTGAACCAAGAGCCTTTTCACTGTCAGCCTAGAGCAGTGGA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACACCCTGAACCAAGAGCCTTTTCACTGTCAGCCTAGAGCAGTGGA  546

seq1  GCACCCGAAATCACCAACAGCAGTAAGAGCAAGCTATTGAGTAATTTTCC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCGAAATCACCAACAGCAGTAAGAGCAAGCTATTGAGTAATTTTCC  596

seq1  TACACAACAGGAAGAGCTTTGGGTAGTATACCCATAATTCTTAATTTTAT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAACAGGAAGAGCTTTGGGTAGTATACCCATAATTCTTAATTTTAT  646

seq1  TTCATTTTGGTTTGAGATAGGGTTTCTCTATATAAAACCCTGGCTGGCCT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTTGGTTTGAGATAGGGTTTCTCTATATAAAACCCTGGCTGGCCT  696

seq1  GGAACCCATTTTGTAGGTCAAGCTGGGCTTAGACACGCAGAGACCCACCA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCCATTTTGTAGGTCAAGCTGGGCTTAGACACGCAGAGACCCACCA  746

seq1  GCCTCTGCCTCCTAACTGCTAGAACTGAAGACATGAGCATCTGGACGCTA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGCCTCCTAACTGCTAGAACTGAAGACATGAGCATCTGGACGCTA  796

seq1  CTTCTTTATTATTATCCTGTTTTATTTCACTTTATTATGTGTATGGGTAT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTTATTATTATCCTGTTTTATTTCACTTTATTATGTGTATGGGTAT  846

seq1  TTTGCACACACACCTGCAAGTATGTGTACCACATGCATGCAGTGCACATA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCACACACACCTGCAAGTATGTGTACCACATGCATGCAGTGCACATA  896

seq1  GAGACCAGAGACAGCATCAGAACTCTTGGAACTGAAGTTATGGACATGTA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCAGAGACAGCATCAGAACTCTTGGAACTGAAGTTATGGACATGTA  946

seq1  TGAGGCCCCATATGTGTTCTCTGGAAGAGGAGCCAGTGCTCATGACCTGA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCCCCATATGTGTTCTCTGGAAGAGGAGCCAGTGCTCATGACCTGA  996

seq1  GCCATCTTCCAGCCCCTACAATTGCTTCCTTATGTTAAAGAATTC  1040
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCTTCCAGCCCCTACAATTGCTTCCTTATGTTAAAGAATTC  1041