BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-019E11
Chromosome7 (Build37)
Map Location 48,121,884 - 48,168,275
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039094, 2900093B09Rik
Upstream geneEG628161
Downstream gene4930433I11Rik, EG233164, LOC668555, EG627987, LOC100039269, LOC545955, EG628304, LOC668561, EG434172, LOC100039221, LOC668565, AI987944, EG269902, LOC100039375, EG628359, 2610021A01Rik, 2810426N06Rik, LOC668576, Gprc2a-rs5, LOC628372, EG668579, EG628403, EG628422
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-019E11.bB6Ng01-019E11.g
ACCDH852420DH852421
length1,021966
definitionDH852420|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-019E11, 5' end.DH852421|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-019E11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,167,250 - 48,168,275)(48,121,884 - 48,122,854)
sequence
gaattcaaagcctgcctatgctcatagtaaggataattagttcaaggtct
ggctatgctcatagtaagacccgggctcagactatcacatcccctaaaca
agaaacaaaatcctactattctgcactcccctcatcttacaggtgtgaag
ttggagggcaaaggggaatggagctggccaggccacacagtgatgatgat
gaggctcagcctatcctatcctatcctatcctatcctatcctatcctatc
ctatactatttgccttctaagccactgttttgcccattaagagacctcat
tttcttggaggtccgggttccatgatatcaaagaaccatgatatacggga
ataagaaggggtgcatgccctttctgttcatatccaggctatatacactc
cacatttactcaagactctcaatagcttactatggtcttactatgagcta
ctaagcttagtagctgctgactcgtatcctaatggtttggtctttttgga
caagcttggagcgagttttaaatggctaaagaaacatctaggctgcaaaa
gaggcagggaagacttagaggatgctggagtgggatgggatggcgtgaag
atgaggactagcaggatcagggtctgatgctctccttccccttgtccttt
ccctctcctctctctgagggtctgatgctctccttcccttgtcctttccc
tctcctctctctgggctctagtgtctctacaatgagtttctggggggtac
agactgtcctctaactcgagtgttctccctctcctttatacttttgtggt
tatcttaaacttctcagtgctgggtcaggtatcctgtccaaatcatcttt
tgaatttccaaagaaagtctagtggtacttcaacacaacaggcattactg
gtgtatttgaaaggagatttcttgtgtagaaagtagttgaacttccctct
tggctggcttacagagccttcaggcatcatttcagttactcccccttgag
tgtcttcggagggcagcaaag
gaattccatgtgacctaaatctatgttcctgcgccatggtcacccagaac
cgctccagattaaactcttttatttcctttaagatgggagctttgagttt
tgcagcaaaaaggggctcagggtatggctcagtgatagagcatttgctag
actctactggttgaggggctgggatgtggtgcacagtgtttgtcaggatt
ccaacaatgcaggatgtgtgggtgtgcgcacacacatgttcacccgcttg
ggcagagtgattctgtttgtctagaaagtgcaaggtcccagttctattcc
cactacagccaaagaaaggaaaatttaacactgataattgctgtgctaga
aaagcccggaaatcttaacagtcctgtggctatgctagggcctcagagtt
gactagcttgcagccagtcatccagcttttcatgcagcagagtcactgtc
agaccccctcaggcacgctatggagtgaatttgtgttgaaatggtgtacc
ttatctgaaatatcaaacacacagggagaatcaaggtgccccaaatgttg
agccccggcagagcctctctggagaccaaatgctgagccccctgactctt
gagacgttcctccaatgccactcagcagatggcaaggtggtccttgtaag
aaaagctgcagggatttttatggggtgccatcctgccacctcccacttcc
agggcttaactgtggggcacttaagggtaaagacaagtttgaggaccttt
gaaagaccaaagtgaaccagcagagaaagggcctgcgtttacttccatca
gtctccctgattgctcttactctgtttccagattaggatgtgtagcagcc
agctctgcaccagtcatctttttaacatcaagaaaagcacacaggcctct
aaacagctgagccctctgaagatctaagcaggagcagtcccaggcagcta
ttccagcagtggaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_48167250_48168275
seq2: B6Ng01-019E11.b_44_1064 (reverse)

seq1  CTCTGCTGCCCTCTGAAGACACTCAAGGGGGAGTAACTGAAAATGATGCC  50
      || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTTTGCTGCCCTCCGAAGACACTCAAGGGGGAGTAACTG-AAATGATGCC  49

seq1  TGGAAGGGCTCTGTAAGCCAGGCCAGAGGGAAGTTCAACTACTTTTCTAC  100
      ||  | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||
seq2  TG--AAGGCTCTGTAAGCCAGCCAAGAGGGAAGTTCAACTAC-TTTCTAC  96

seq1  ACAAGAATTCTCCTTTCAAATACACCAGTAATGCCTGTTGTGTTTGAAGT  150
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| 
seq2  ACAAGAAATCTCCTTTCAAATACACCAGTAATGCCTGTTGTG-TTGAAG-  144

seq1  TACCACTAGACTTTCTTTGGAAATTC-AAAGATGATTTGGACAGGATACC  199
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACTAGACTTTCTTTGGAAATTCAAAAGATGATTTGGACAGGATACC  194

seq1  TGACCAAGCACTGAGAAGTTTAAGATAACCACAAAAGTATAAAGGAGAGG  249
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCAGCACTGAGAAGTTTAAGATAACCACAAAAGTATAAAGGAGAGG  244

seq1  GAGAACACTCGAGTTAGAGGACAGTCTGTACCCCCCAGAAACTCATTGTA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACACTCGAGTTAGAGGACAGTCTGTACCCCCCAGAAACTCATTGTA  294

seq1  GAGACACTAGAGCCCAGAGAGAGGAGAGGGAAAGGACAAGGGAAGGAGAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACACTAGAGCCCAGAGAGAGGAGAGGGAAAGGACAAGGGAAGGAGAG  344

seq1  CATCAGACCCTCAGAGAGAGGAGAGGGAAAGGACAAGGGGAAGGAGAGCA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGACCCTCAGAGAGAGGAGAGGGAAAGGACAAGGGGAAGGAGAGCA  394

seq1  TCAGACCCTGATCCTGCTAGTCCTCATCTTCACGCCATCCCATCCCACTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACCCTGATCCTGCTAGTCCTCATCTTCACGCCATCCCATCCCACTC  444

seq1  CAGCATCCTCTAAGTCTTCCCTGCCTCTTTTGCAGCCTAGATGTTTCTTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATCCTCTAAGTCTTCCCTGCCTCTTTTGCAGCCTAGATGTTTCTTT  494

seq1  AGCCATTTAAAACTCGCTCCAAGCTTGTCCAAAAAGACCAAACCATTAGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATTTAAAACTCGCTCCAAGCTTGTCCAAAAAGACCAAACCATTAGG  544

seq1  ATACGAGTCAGCAGCTACTAAGCTTAGTAGCTCATAGTAAGACCATAGTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACGAGTCAGCAGCTACTAAGCTTAGTAGCTCATAGTAAGACCATAGTA  594

seq1  AGCTATTGAGAGTCTTGAGTAAATGTGGAGTGTATATAGCCTGGATATGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATTGAGAGTCTTGAGTAAATGTGGAGTGTATATAGCCTGGATATGA  644

seq1  ACAGAAAGGGCATGCACCCCTTCTTATTCCCGTATATCATGGTTCTTTGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAAGGGCATGCACCCCTTCTTATTCCCGTATATCATGGTTCTTTGA  694

seq1  TATCATGGAACCCGGACCTCCAAGAAAATGAGGTCTCTTAATGGGCAAAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATGGAACCCGGACCTCCAAGAAAATGAGGTCTCTTAATGGGCAAAA  744

seq1  CAGTGGCTTAGAAGGCAAATAGTATAGGATAGGATAGGATAGGATAGGAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGCTTAGAAGGCAAATAGTATAGGATAGGATAGGATAGGATAGGAT  794

seq1  AGGATAGGATAGGATAGGCTGAGCCTCATCATCATCACTGTGTGGCCTGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAGGATAGGATAGGCTGAGCCTCATCATCATCACTGTGTGGCCTGG  844

seq1  CCAGCTCCATTCCCCTTTGCCCTCCAACTTCACACCTGTAAGATGAGGGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTCCATTCCCCTTTGCCCTCCAACTTCACACCTGTAAGATGAGGGG  894

seq1  AGTGCAGAATAGTAGGATTTTGTTTCTTGTTTAGGGGATGTGATAGTCTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCAGAATAGTAGGATTTTGTTTCTTGTTTAGGGGATGTGATAGTCTG  944

seq1  AGCCCGGGTCTTACTATGAGCATAGCCAGACCTTGAACTAATTATCCTTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCGGGTCTTACTATGAGCATAGCCAGACCTTGAACTAATTATCCTTA  994

seq1  CTATGAGCATAGGCAGGCTTTGAATTC  1026
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAGCATAGGCAGGCTTTGAATTC  1021

seq1: chr7_48121884_48122854
seq2: B6Ng01-019E11.g_68_1033

seq1  GAATTCCATGTGACCTAAATCTATGTTCCTGCGCCATGGTCACCCAGAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGTGACCTAAATCTATGTTCCTGCGCCATGGTCACCCAGAAC  50

seq1  CGCTCCAGATTAAACTCTTTTATTTCCTTTAAGATGGGAGCTTTGAGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTCCAGATTAAACTCTTTTATTTCCTTTAAGATGGGAGCTTTGAGTTT  100

seq1  TGCAGCAAAAAGGGGCTCAGGGTATGGCTCAGTGATAGAGCATTTGCTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCAAAAAGGGGCTCAGGGTATGGCTCAGTGATAGAGCATTTGCTAG  150

seq1  ACTCTACTGGTTGAGGGGCTGGGATGTGGTGCACAGTGTTTGTCAGGATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTACTGGTTGAGGGGCTGGGATGTGGTGCACAGTGTTTGTCAGGATT  200

seq1  CCAACAATGCAGGATGTGTGGGTGTGCGCACACACATGTTCACCCGCTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACAATGCAGGATGTGTGGGTGTGCGCACACACATGTTCACCCGCTTG  250

seq1  GGCAGAGTGATTCTGTTTGTCTAGAAAGTGCAAGGTCCCAGTTCTATTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGTGATTCTGTTTGTCTAGAAAGTGCAAGGTCCCAGTTCTATTCC  300

seq1  CACTACAGCCAAAGAAAGGAAAATTTAACACTGATAATTGCTGTGCTAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTACAGCCAAAGAAAGGAAAATTTAACACTGATAATTGCTGTGCTAGA  350

seq1  AAAGCCCGGAAATCTTAACAGTCCTGTGGCTATGCTAGGGCCTCAGAGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCCGGAAATCTTAACAGTCCTGTGGCTATGCTAGGGCCTCAGAGTT  400

seq1  GACTAGCTTGCAGCCAGTCATCCAGCTTTTCATGCAGCAGAGTCACTGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAGCTTGCAGCCAGTCATCCAGCTTTTCATGCAGCAGAGTCACTGTC  450

seq1  AGACCCCCTCAGGCACGCTATGGAGTGAATTTGTGTTGAAATGGTGTACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCCCTCAGGCACGCTATGGAGTGAATTTGTGTTGAAATGGTGTACC  500

seq1  TTATCTGAAATATCAAACACACAGGGAGAATCAAGGTGCCCCAAATGTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTGAAATATCAAACACACAGGGAGAATCAAGGTGCCCCAAATGTTG  550

seq1  AGCCCCGGCAGAGCCTCTCTGGAGACCAAATGCTGAGCCCCCTGACTCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCGGCAGAGCCTCTCTGGAGACCAAATGCTGAGCCCCCTGACTCTT  600

seq1  GAGACGTTCCTCCAATGCCACTCAGCAGATGGCAAGGTGGTCCTTGTAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACGTTCCTCCAATGCCACTCAGCAGATGGCAAGGTGGTCCTTGTAAG  650

seq1  AAAAGCTGCAGGGATTTTTATGGGGTGCCATCCTGCCACCTCCCACTTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCTGCAGGGATTTTTATGGGGTGCCATCCTGCCACCTCCCACTTCC  700

seq1  AGGGCTTAACTGTGGGGCACTTAAGGGTAAAGACAAGTTTGAGGACCTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTTAACTGTGGGGCACTTAAGGGTAAAGACAAGTTTGAGGACCTTT  750

seq1  GAAAGACCAAAGTGAACCAGCAGAGAAAGGGCCTGCGTTTACTTCCATCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGACCAAAGTGAACCAGCAGAGAAAGGGCCTGCGTTTACTTCCATCA  800

seq1  GTCTCCCTGATTGCTCTTAACTCTGTTTCCAGATTAGGATGTGTAGCAGC  850
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCCTGATTGCTCTT-ACTCTGTTTCCAGATTAGGATGTGTAGCAGC  849

seq1  CAGCTCTGCACCAGTCATCTTTTATACCATCAGGAAAAGCACACAGGCCT  900
      ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||
seq2  CAGCTCTGCACCAGTCATCTTTT-TAACATCAAGAAAAGCACACAGGCCT  898

seq1  CTAAACAGCAGGAGCCCTCTGAAGATCTAGGCAGGAGGCAGTCCCAGGCA  950
      |||||||||  |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
seq2  CTAAACAGC-TGAGCCCTCTGAAGATCTAAGCAGGA-GCAGTCCCAGGCA  946

seq1  GCTATTCCAGCAAGTGGAAAA  971
      ||||||||||| |||||||||
seq2  GCTATTCCAGC-AGTGGAAAA  966