BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-019H06
Chromosome7 (Build37)
Map Location 125,195,947 - 125,364,825
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRps15a, Arl6ip1, 2610207I05Rik
Upstream geneXylt1, LOC669758
Downstream geneLOC100043339, Syt17, LOC100042845, E030018N11Rik, Coq7, Tmc7, B230311B06Rik, Tmc5, Mir16, 6330503K22Rik, 9030624J02Rik, 2310008H09Rik, Iqck, Gprc5b, Gpr139
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-019H06.bB6Ng01-019H06.g
ACCDH852534DH852535
length1,1101,058
definitionDH852534|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-019H06, 5' end.DH852535|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-019H06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(125,363,710 - 125,364,825)(125,195,947 - 125,197,015)
sequence
gaattcctaaagcagtggttctcaacgttcctagtgctgaaaccctttaa
tacagttcttcattttgtagtgactcccaaccataaattatttttgttgc
tacttcataagagtacttttgctactattatgagttgtaatgtaagtatc
tgtgttttccagtggtcttaggtgtgccctgtgaaagagttgtttgacct
tcaagagagtttcacccataggttgagaatgcctgttcaaaaagtcctaa
aatctcccaaaataggactacctgatggggacaatgcatttcaaacatga
tcatgtgtgtgtgtgtgtgtgtcagatgtgaacctttaattaggcttgtt
gctcttagtaggagctcattgtgttagcacctcttagagtgaaagtatag
tctctaaacctgtgtagcattgaaggttttgttaaagattacagcagagc
aaaggaatatgagggaagtgtttactaggcttttctctgaagacaggcac
atgaagcaaaggttacaacctaaaataatttcttcttagtgattatacct
tccctttaatcagattagctgtcaacagggtatttgaagtgtcttgggag
tcccacatttatctggtactattaaaattatactttaccaagaaattgta
gggctggtgagatggttcagtgggtaagaacactgactactcttccaaag
gtactgagttcaaatcccagcaaccacatggtggctcacaaccacccata
atgagatctgatgccctcttctggtgcgtttgaagacagctacagtgaac
ttataataataaataaatctttgggccggagcaagtggggttggccagag
caagcagaggttctaagttcaattcccaacaatcacatgaaggctcacaa
ccatctgtacaactacagtgtatactcatatacataaaataaataaatct
taaaaaaaatttaagtaagtacatttttatgttgcaaagtaaatgcaaat
tcattggtaattgtgaaggtgaactacattgttttattaacaatgatata
gtttttaaagaaagttttcattttttgggggagctaatcagtgttttttt
ttttttaaat
gaattccccctcactcctgaatgattctcactgcaacaccacaatcgaat
attttagctctttaagggcacagttgttttgttttttaagtttctcaaag
ctttgatattggatttggtcatgccagagaatcttatcaccctgtggggc
cacagctctggaagagaaggagagcaaagatgagaggatgctgagccaac
aggtaacacttgtcctctctgcatataacaggagatttggactccacgcc
agccttggataaatgcagttattgccggtttaccatgagaccaatggact
gagtgtgatgcctggctttgccctgccctttgagatgaggtcacagacaa
gacaggataagggtctgtcctggatggtaagttgggctgtattggaaaga
gaacaaactgcagggatggctgcagatgctcaggtctgttctgaagcttg
gtgtggctaggtgtccagtcaggggcttggaaaggcttggtttcctatcc
ctctaagtcatctttcacccttcaaaaatgtactgagggttggtgctata
tgatggggcaaaaaatgagcaggatctcttaagcttttgttcacaaacaa
gcaaagatgatcatctacatgcaacttgcacgtacaccatgagatgttta
tagccaaagtgggcaccaccttaagatacaaatgcactgccactctccgg
tctgaggtgctccatttgctgtgtaggcactgtgtggtttctgggaagcc
aagtggatctctcaagtcttcaaaagatgggagcatctggagaaagtaga
agttgggttggtctcatgagagcatctgcatagtaccagagctcaagact
ctgctatgcaaaatgcatcttgacaccagcattgggtcagtggcttttct
catcactgtgaccaaatacctggcacaagcaatttgaggaagggtttgtt
tggctcatgggcccaagtacagagatggacctcacacaagcacttcacct
aaatgaatttggcctggggtagcaggaactggatgaggacttctactagc
actgatca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_125363710_125364825
seq2: B6Ng01-019H06.b_47_1156 (reverse)

seq1  ATTTAAAAAAAAAAAAACACTGAATATACTCACCCAAAAATTACAAAACT  50
      ||||||||||||||||||||||| ||  ||| |||||||| |  ||||||
seq2  ATTTAAAAAAAAAAAAACACTGATTA-GCTCCCCCAAAAAAT-GAAAACT  48

seq1  CTTCTTTAAAAAACTATATTCATGTTTAATAAAACAATGTAGTTTCACTT  100
       |||||| |||||||||| ||||  |||||||||||||||||||   |||
seq2  -TTCTTT-AAAAACTATA-TCATTGTTAATAAAACAATGTAGTTCACCTT  95

seq1  CACAATTACAAATGAATTTGCATCTACTTTGCAACATTAAAAATGTACTT  150
      ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
seq2  CACAATTACCAATGAATTTGCATTTACTTTGCAACA-TAAAAATGTACTT  144

seq1  ACTAAAATTTTTTTTAAGATTTATTTATTTTATGTATATGAGTATACACT  200
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAATTTTTTTTAAGATTTATTTATTTTATGTATATGAGTATACACT  194

seq1  GTAGTTGTACAGATGGTTGTGAGCCTTCATGTGATTGTTGGGAATTGAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTGTACAGATGGTTGTGAGCCTTCATGTGATTGTTGGGAATTGAAC  244

seq1  TTAGGACCTCTGCTTGCTCTGGCCAACCCCACTTGCTCCGGCCCAAAGAT  300
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAACCTCTGCTTGCTCTGGCCAACCCCACTTGCTCCGGCCCAAAGAT  294

seq1  TTATTTATTATTATAAGTTCACTGTAGCTGTCTTCAAACGCACCAGAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTATTATTATAAGTTCACTGTAGCTGTCTTCAAACGCACCAGAAGA  344

seq1  GGGCATCAGATCTCATTATGGGTGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATCAGATCTCATTATGGGTGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGG  394

seq1  GATTTGAACTCAGTACCTTTGGAAGAGTAGTCAGTGTTCTTACCCACTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGAACTCAGTACCTTTGGAAGAGTAGTCAGTGTTCTTACCCACTGA  444

seq1  ACCATCTCACCAGCCCTACAATTTCTTGGTAAAGTATAATTTTAATAGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCTCACCAGCCCTACAATTTCTTGGTAAAGTATAATTTTAATAGTA  494

seq1  CCAGATAAATGTGGGACTCCCAAGACACTTCAAATACCCTGTTGACAGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATAAATGTGGGACTCCCAAGACACTTCAAATACCCTGTTGACAGCT  544

seq1  AATCTGATTAAAGGGAAGGTATAATCACTAAGAAGAAATTATTTTAGGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGATTAAAGGGAAGGTATAATCACTAAGAAGAAATTATTTTAGGTT  594

seq1  GTAACCTTTGCTTCATGTGCCTGTCTTCAGAGAAAAGCCTAGTAAACACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACCTTTGCTTCATGTGCCTGTCTTCAGAGAAAAGCCTAGTAAACACT  644

seq1  TCCCTCATATTCCTTTGCTCTGCTGTAATCTTTAACAAAACCTTCAATGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCATATTCCTTTGCTCTGCTGTAATCTTTAACAAAACCTTCAATGC  694

seq1  TACACAGGTTTAGAGACTATACTTTCACTCTAAGAGGTGCTAACACAATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAGGTTTAGAGACTATACTTTCACTCTAAGAGGTGCTAACACAATG  744

seq1  AGCTCCTACTAAGAGCAACAAGCCTAATTAAAGGTTCACATCTGACACAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCTACTAAGAGCAACAAGCCTAATTAAAGGTTCACATCTGACACAC  794

seq1  ACACACACACACATGATCATGTTTGAAATGCATTGTCCCCATCAGGTAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACATGATCATGTTTGAAATGCATTGTCCCCATCAGGTAGT  844

seq1  CCTATTTTGGGAGATTTTAGGACTTTTTGAACAGGCATTCTCAACCTATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTTTGGGAGATTTTAGGACTTTTTGAACAGGCATTCTCAACCTATG  894

seq1  GGTGAAACTCTCTTGAAGGTCAAACAACTCTTTCACAGGGCACACCTAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAAACTCTCTTGAAGGTCAAACAACTCTTTCACAGGGCACACCTAAG  944

seq1  ACCACTGGAAAACACAGATACTTACATTACAACTCATAATAGTAGCAAAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTGGAAAACACAGATACTTACATTACAACTCATAATAGTAGCAAAA  994

seq1  GTACTCTTATGAAGTAGCAACAAAAATAATTTATGGTTGGGAGTCACTAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCTTATGAAGTAGCAACAAAAATAATTTATGGTTGGGAGTCACTAC  1044

seq1  AAAATGAAGAACTGTATTAAAGGGTTTCAGCACTAGGAACGTTGAGAACC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGAAGAACTGTATTAAAGGGTTTCAGCACTAGGAACGTTGAGAACC  1094

seq1  ACTGCTTTAGGAATTC  1116
      ||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTTAGGAATTC  1110

seq1: chr7_125195947_125197015
seq2: B6Ng01-019H06.g_66_1123

seq1  GAATTCCCCCTCACTCCTGAATGATTCTCACTGCAACACCACAATCGAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCCTCACTCCTGAATGATTCTCACTGCAACACCACAATCGAAT  50

seq1  ATTTTAGCTCTTTAAGGGCACAGTTGTTTTGTTTTTTAAGTTTCTCAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAGCTCTTTAAGGGCACAGTTGTTTTGTTTTTTAAGTTTCTCAAAG  100

seq1  CTTTGATATTGGATTTGGTCATGCCAGAGAATCTTATCACCCTGTGGGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGATATTGGATTTGGTCATGCCAGAGAATCTTATCACCCTGTGGGGC  150

seq1  CACAGCTCTGGAAGAGAAGGAGAGCAAAGATGAGAGGATGCTGAGCCAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCTCTGGAAGAGAAGGAGAGCAAAGATGAGAGGATGCTGAGCCAAC  200

seq1  AGGTAACACTTGTCCTCTCTGCATATAACAGGAGATTTGGACTCCACGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAACACTTGTCCTCTCTGCATATAACAGGAGATTTGGACTCCACGCC  250

seq1  AGCCTTGGATAAATGCAGTTATTGCCGGTTTACCATGAGACCAATGGACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTGGATAAATGCAGTTATTGCCGGTTTACCATGAGACCAATGGACT  300

seq1  GAGTGTGATGCCTGGCTTTGCCCTGCCCTTTGAGATGAGGTCACAGACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTGATGCCTGGCTTTGCCCTGCCCTTTGAGATGAGGTCACAGACAA  350

seq1  GACAGGATAAGGGTCTGTCCTGGATGGTAAGTTGGGCTGTATTGGAAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGATAAGGGTCTGTCCTGGATGGTAAGTTGGGCTGTATTGGAAAGA  400

seq1  GAACAAACTGCAGGGATGGCTGCAGATGCTCAGGTCTGTTCTGAAGCTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAACTGCAGGGATGGCTGCAGATGCTCAGGTCTGTTCTGAAGCTTG  450

seq1  GTGTGGCTAGGTGTCCAGTCAGGGGCTTGGAAAGGCTTGGTTTCCTATCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGCTAGGTGTCCAGTCAGGGGCTTGGAAAGGCTTGGTTTCCTATCC  500

seq1  CTCTAAGTCATCTTTCACCCTTCAAAAATGTACTGAGGGTTGGTGCTATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAGTCATCTTTCACCCTTCAAAAATGTACTGAGGGTTGGTGCTATA  550

seq1  TGATGGGGCAAAAAATGAGCAGGATCTCTTAAGCTTTTGTTCACAAACAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGGGCAAAAAATGAGCAGGATCTCTTAAGCTTTTGTTCACAAACAA  600

seq1  GCAAAGATGATCATCTACATGCAACTTGCACGTACACCATGAGATGTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGATGATCATCTACATGCAACTTGCACGTACACCATGAGATGTTTA  650

seq1  TAGCCAAAGTGGGCACCACCTTAAGATACAAATGCACTGCCACTCTCCGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAAAGTGGGCACCACCTTAAGATACAAATGCACTGCCACTCTCCGG  700

seq1  TCTGAGGTGCTCCATTTGCTGTGTAGGCACTGTGTGGTTTCTGGGAAGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGGTGCTCCATTTGCTGTGTAGGCACTGTGTGGTTTCTGGGAAGCC  750

seq1  AAGTGGATCTCTCAAGTCTTCAAAAGATGGGAGCATCTGGAGAAAGTAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGATCTCTCAAGTCTTCAAAAGATGGGAGCATCTGGAGAAAGTAGA  800

seq1  AGTTGGGTTGGTCTCATGAGAGCATCTGCATAGGTACCAGAGCTCAAGAC  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGTTGGGTTGGTCTCATGAGAGCATCTGCATA-GTACCAGAGCTCAAGAC  849

seq1  TCTGCTATGCAAAATTGCATCTTGACACCAGCATTGGGTCAGTTGGCTTT  900
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TCTGCTATGCAAAA-TGCATCTTGACACCAGCATTGGGTCAG-TGGCTTT  897

seq1  TCTCATCACTGTGACCAAATACCTGGCACAAGCAATTTGAGGAAGGGTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATCACTGTGACCAAATACCTGGCACAAGCAATTTGAGGAAGGGTTT  947

seq1  GTTTTGGCTCATGGGCCACCAAGTACAGAGATGGACATCACAGCAAGGCA  1000
      | ||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| ||| |||
seq2  G-TTTGGCTCATGGGC--CCAAGTACAGAGATGGACCTCACA-CAA-GCA  992

seq1  CTTCACCTAAAATGATTTGGCCTGGGGTAGCAGGAACCTGAAGGAGGACT  1050
      |||||||||||   |||||||||||||||||||||| ||| | |||||||
seq2  CTTCACCTAAATGAATTTGGCCTGGGGTAGCAGGAA-CTGGATGAGGACT  1041

seq1  TCTGACCAAGCACTGATCA  1069
      |||   | |||||||||||
seq2  TCT--ACTAGCACTGATCA  1058