BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042P03
Chromosome7 (Build37)
Map Location 79,209,331 - 79,338,501
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMctp2, LOC100042873
Upstream geneLOC665535
Downstream geneLOC100042880, LOC233391, LOC665570, LOC100042029, EG384643, LOC625243
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042P03.bB6Ng01-042P03.g
ACCDH869160DH869161
length1,1521,060
definitionDH869160|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042P03, 5' end.DH869161|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042P03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,337,317 - 79,338,501)(79,209,331 - 79,210,389)
sequence
gaattccagatgtagggactggggtgtgtcttctgtttcaggaaggagcc
tgctgaatcagggaggggcaactagtttgctgtttccttggctatgccat
taggaggagctcttggcacatccaacatgacagggtatgctcccattact
ttgttaagacactctgtccattaggcagtgcacgcaggctaccactggcc
tacactaccttcctgggcaagcctacacaggccattgatatatttattga
tgatgacagacaatgcatggggttttttttttctcttgatttttgtggtt
attgctccttatgtaagcaccctttttattatgtattgggaaatatagag
aaagaatgccaggtgtcagctggttctcacacttactggccttgggccca
ctatgaaatcttcacattcttgtgagtatttttagggttgaattaaaacc
taaatgaacatgcctgctatgtattttatactcagttaatttccttatat
tttattacatttatttttattagtgtgtaaactgaccatggaaaatgtca
aattctgactccttaagctattgtttatacccttccttgattttaagtaa
tcctggaattattaagtgttctaatcacttttagctttatcaatcacttt
tagaaatgggaatcacccttctaggatactttgtttttattacttctgtt
tagttaccaggtaaaaatgggggaaaacagttccacagtaaggaaatttt
tgtactaagctgtcagacacccgtgtttcacactttggtaatctgggata
atcattttagctataaaaaccacatttgttggttcatcaaaaaatttttt
tatatataaaacaattttcttcccagaaaactgttgactaaaccaacaca
ttgaaacctcacagaacagagtagaaatcttccagtcatatgtataatcc
tgacttttgaagcattttgtaattcataacggtaaagtttttattttgtt
atgttacatgattttttttataaatccactgatcaggagagcatgcctgt
agtattattcactgggatttaacacatgcccatttgttctttcaatgtgg
ctctgggacggatcatagcatacattcctctaggatgatgctcgattcag
gg
gaattccacgttatccttttcttgccacttagagctatactgttgttttc
aagagatgggtcagcaagttcacagagctggctgctctgccagaggactc
aggcttggtactcaattcacactcagtggctgccaaccacttgtagttcc
atttccagggcatccaatgccttttctgaccactgcgagcaacaggcatt
catgtggaacataggcttacatgaagacaaatattcatacacataaaata
acaataaacttcaaaaatagaagaaaaagggaaaccgtcactactttttc
ctattgtgttataggaaaagagaactaaatcttcatctctgtattttgct
gctactatgtgggcattttctctatctccactgctagagcccttagcagt
gtctaacaaaaactttctggttttttttttctaattttttaaaataagtg
tattgtatgtgtggggctgttatatggatgtctggtgcctgtagaagtca
aaagacagtatttggataccctgggactggatttacagacagctgagagg
actatctatctagccctttaagatatcattctagttcccttctttgagat
tgatgtgttagtttccacaagtgagaacatgtgctatgtgctcttctaaa
tgggaattatttcacttagcatgatctccatccagttctctttactacag
gacagtatttgatgtgtgtgtgtgctatagtccatatatacatatgcata
tatatatacatgtatgtgtgtacatgtgtgctaatagacattgtatacat
gtatacaatatatatgtatatgtatatgcatatgcatttagtttgtgtgt
gtgtgtgtgtaccttttctttgttcatgcacaaatgagcatctaggttgc
tgccatatcattggcctgtggataattgctgtagtaggcatgagattaca
agtatattatggattataattttataaactttattactctccacatttgt
gctctatgatagatgtcctaatatatccaccaactctgatgtagtggaca
ttggggaagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_79337317_79338501
seq2: B6Ng01-042P03.b_46_1197 (reverse)

seq1  CCCTGAAAATAGAGCATCCATCCCTTAAGAGGAAATGTATTGCTATGGAT  50
      |||||  ||| |||||| |||||    ||||| |||||| |||||| |||
seq2  CCCTG--AATCGAGCAT-CATCC---TAGAGG-AATGTA-TGCTAT-GAT  41

seq1  ACAGCTCCCAGAGACAGACAATGAAAAGAAACCATAAAATGGGCATGTTG  100
       |   |||||||| |  ||| || ||||||      ||||||||||||  
seq2  CC--GTCCCAGAGCC--ACATTG-AAAGAA-----CAAATGGGCATGT--  79

seq1  GTTAAAATTCCCAGTGAATAATAACTACAGGCATGCTCTTCTGATACAAG  150
      ||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||   ||
seq2  GTTAAA--TCCCAGTGAATAAT-ACTACAGGCATGCTCTCCTGAT--CAG  124

seq1  TGGATTTTATAAAAAAAAAATCATGTAAACATAACAAAATAAAAACTTTA  200
      ||||||   || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATT---TATAAAAAAAATCATGT-AACATAACAAAATAAAAACTTTA  170

seq1  CCGTTATGAATTACAAAAATGCTTCAAAAGTCAGGATTATAACATATGAC  250
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CCGTTATGAATTAC-AAAATGCTTCAAAAGTCAGGATTAT-ACATATGAC  218

seq1  TGGAAGATTTCTACTCTGTTCTGTGAGGTTTCAATGTGTTGGTTTAGTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGATTTCTACTCTGTTCTGTGAGGTTTCAATGTGTTGGTTTAGTCA  268

seq1  ACAGTTTTCTGGGAAGAAAATTGTTTTTATATATAAAAAAATTTTTTGAT  350
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTTTCTGGGAAGAAAATTG-TTTTATATATAAAAAAATTTTTTGAT  317

seq1  GAACCAACAAATGTGGTTTTTATAGCTAAAATGATTATCCCAGATTACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCAACAAATGTGGTTTTTATAGCTAAAATGATTATCCCAGATTACCA  367

seq1  AAGTGTGAAACACGGGTGTCTGACAGCTTAGTACAAAAATTTCCTTACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTGAAACACGGGTGTCTGACAGCTTAGTACAAAAATTTCCTTACTG  417

seq1  TGGAACTGTTTTCCCCCATTTTTACCTGGTAACTAAACAGAAGTAATAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACTGTTTTCCCCCATTTTTACCTGGTAACTAAACAGAAGTAATAAA  467

seq1  AACAAAGTATCCTAGAAGGGTGATTCCCATTTCTAAAAGTGATTGATAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGTATCCTAGAAGGGTGATTCCCATTTCTAAAAGTGATTGATAAA  517

seq1  GCTAAAAGTGATTAGAACACTTAATAATTCCAGGATTACTTAAAATCAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAAAGTGATTAGAACACTTAATAATTCCAGGATTACTTAAAATCAAG  567

seq1  GAAGGGTATAAACAATAGCTTAAGGAGTCAGAATTTGACATTTTCCATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGTATAAACAATAGCTTAAGGAGTCAGAATTTGACATTTTCCATGG  617

seq1  TCAGTTTACACACTAATAAAAATAAATGTAATAAAATATAAGGAAATTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTTACACACTAATAAAAATAAATGTAATAAAATATAAGGAAATTAA  667

seq1  CTGAGTATAAAATACATAGCAGGCATGTTCATTTAGGTTTTAATTCAACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTATAAAATACATAGCAGGCATGTTCATTTAGGTTTTAATTCAACC  717

seq1  CTAAAAATACTCACAAGAATGTGAAGATTTCATAGTGGGCCCAAGGCCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAATACTCACAAGAATGTGAAGATTTCATAGTGGGCCCAAGGCCAG  767

seq1  TAAGTGTGAGAACCAGCTGACACCTGGCATTCTTTCTCTATATTTCCCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGTGAGAACCAGCTGACACCTGGCATTCTTTCTCTATATTTCCCAA  817

seq1  TACATAATAAAAAGGGTGCTTACATAAGGAGCAATAACCACAAAAATCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAATAAAAAGGGTGCTTACATAAGGAGCAATAACCACAAAAATCAA  867

seq1  GAGAAAAAAAAAACCCCATGCATTGTCTGTCATCATCAATAAATATATCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAAAAAAAACCCCATGCATTGTCTGTCATCATCAATAAATATATCA  917

seq1  ATGGCCTGTGTAGGCTTGCCCAGGAAGGTAGTGTAGGCCAGTGGTAGCCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCTGTGTAGGCTTGCCCAGGAAGGTAGTGTAGGCCAGTGGTAGCCT  967

seq1  GCGTGCACTGCCTAATGGACAGAGTGTCTTAACAAAGTAATGGGAGCATA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGCACTGCCTAATGGACAGAGTGTCTTAACAAAGTAATGGGAGCATA  1017

seq1  CCCTGTCATGTTGGATGTGCCAAGAGCTCCTCCTAATGGCATAGCCAAGG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTCATGTTGGATGTGCCAAGAGCTCCTCCTAATGGCATAGCCAAGG  1067

seq1  AAACAGCAAACTAGTTGCCCCTCCCTGATTCAGCAGGCTCCTTCCTGAAA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGCAAACTAGTTGCCCCTCCCTGATTCAGCAGGCTCCTTCCTGAAA  1117

seq1  CAGAAGACACACCCCAGTCCCTACATCTGGAATTC  1185
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGACACACCCCAGTCCCTACATCTGGAATTC  1152

seq1: chr7_79209331_79210389
seq2: B6Ng01-042P03.g_65_1124

seq1  GAATTCCACGTTATCCTTTTCTTGCCACTTAGAGCTATACTGTTGTTTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACGTTATCCTTTTCTTGCCACTTAGAGCTATACTGTTGTTTTC  50

seq1  AAGAGATGGGTCAGCAAGTTCACAGAGCTGGCTGCTCTGCCAGAGGACTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGATGGGTCAGCAAGTTCACAGAGCTGGCTGCTCTGCCAGAGGACTC  100

seq1  AGGCTTGGTACTCAATTCACACTCAGTGGCTGCCAACCACTTGTAGTTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTGGTACTCAATTCACACTCAGTGGCTGCCAACCACTTGTAGTTCC  150

seq1  ATTTCCAGGGCATCCAATGCCTTTTCTGACCACTGCGAGCAACAGGCATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCAGGGCATCCAATGCCTTTTCTGACCACTGCGAGCAACAGGCATT  200

seq1  CATGTGGAACATAGGCTTACATGAAGACAAATATTCATACACATAAAATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGGAACATAGGCTTACATGAAGACAAATATTCATACACATAAAATA  250

seq1  ACAATAAACTTCAAAAATAGAAGAAAAAGGGAAACCGTCACTACTTTTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAAACTTCAAAAATAGAAGAAAAAGGGAAACCGTCACTACTTTTTC  300

seq1  CTATTGTGTTGTAGGAAAAGAGAACTAAATCTTCATCTCTGTATTTTGCT  350
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGTGTTATAGGAAAAGAGAACTAAATCTTCATCTCTGTATTTTGCT  350

seq1  GCTACTATGTGGGCATTTTCTCTATCTCCACTGCTAGAGCCCTTAGCAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTATGTGGGCATTTTCTCTATCTCCACTGCTAGAGCCCTTAGCAGT  400

seq1  GTCTAACAAAAACTTTCTGGTTTTTTTTTTCTAATTTTTTAAAATAAGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAACAAAAACTTTCTGGTTTTTTTTTTCTAATTTTTTAAAATAAGTG  450

seq1  TATTGTATGTGTGGGGCTGTTATATGGATGTCTGGTGCCTGTAGAAGTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTATGTGTGGGGCTGTTATATGGATGTCTGGTGCCTGTAGAAGTCA  500

seq1  AAAGACAGTATTTGGATACCCTGGGACTGGATTTACAGACAGCTGAGAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACAGTATTTGGATACCCTGGGACTGGATTTACAGACAGCTGAGAGG  550

seq1  ACTATCTATCTAGCCCTTTAAGATATCATTCTAGTTCCCTTCTTTGAGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATCTATCTAGCCCTTTAAGATATCATTCTAGTTCCCTTCTTTGAGAT  600

seq1  TGATGTGTTAGTTTCCACAAGTGAGAACATGTGCTATGTGCTCTTCTAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTGTTAGTTTCCACAAGTGAGAACATGTGCTATGTGCTCTTCTAAA  650

seq1  TGGGAATTATTTCACTTAGCATGATCTCCATCCAGTTCTCTTTACTACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAATTATTTCACTTAGCATGATCTCCATCCAGTTCTCTTTACTACAG  700

seq1  GACAGTATTTGATGTGTGTGTGTGCTATAGTCCATATATACATATGCATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTATTTGATGTGTGTGTGTGCTATAGTCCATATATACATATGCATA  750

seq1  TATATATACATGTATGTGTGTACATGTGTGCTAATAGACATTGTATACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATACATGTATGTGTGTACATGTGTGCTAATAGACATTGTATACAT  800

seq1  GTATACAATATATATGTATATGTATATGCATATGCA-TTAGTTTGTGTGT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTATACAATATATATGTATATGTATATGCATATGCATTTAGTTTGTGTGT  850

seq1  GTGTGTGTGTACCTTTTCTTTGTTCATCCACAAATGAGCATCTAGGTTGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTACCTTTTCTTTGTTCATGCACAAATGAGCATCTAGGTTGC  900

seq1  TGCCATATCATTGGCCTGTGGATAA-TGCTGTAGTAGGCATGAGATTACA  948
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATATCATTGGCCTGTGGATAATTGCTGTAGTAGGCATGAGATTACA  950

seq1  AGTATATTTATGGATAATAATTTTATATACTTTATATACTCTCCACATTT  998
      |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  AGTATA-TTATGGATTATAATTTTATAAACTTTAT-TACTCTCCACATTT  998

seq1  GTTCTCTATGATAGATGTCCTTATATATCCCACCAACTCTGA-GTAGT-G  1046
      || |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |
seq2  GTGCTCTATGATAGATGTCCTAATATAT-CCACCAACTCTGATGTAGTGG  1047

seq1  ACCTATGGGAAGC  1059
      || |  |||||||
seq2  ACATTGGGGAAGC  1060