BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-043E18
Chromosome7 (Build37)
Map Location 89,864,192 - 89,998,705
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEftud1, LOC100038986
Upstream gene2610204K14Rik, 3110040N11Rik, Btbd1, Tm6sf1, LOC100043161, Hdgfrp3, Bnc1, Sh3gl3, Adamtsl3, 1700129I04Rik
Downstream geneLOC619808, Rkhd3, LOC619909, A530021J07Rik, EG666160, Tmc3, Stard5, Il16, Phgdh-ps1, LOC666170, 1700026D08Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-043E18.bB6Ng01-043E18.g
ACCDH869404DH869405
length1,0311,065
definitionDH869404|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043E18, 5' end.DH869405|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043E18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,997,659 - 89,998,705)(89,864,192 - 89,865,273)
sequence
gaattctctttcatgtaatgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtacatatgtatgaaagatagatagatacatac
atacatacatgcatacatgcatacatgcatacatacatgagaatctcaac
tacattaaactggacctacctggtagctcacacttgtaatctcaacactt
gggaggctgaggcaggaatgcagagaatttgagaccagcttagactgcat
agcaagactctgtctcagaaaaataaaaaataaaaatataactactgtat
tgtaaaggctcacatagatttaaaaatccccagctttatggctaaattaa
gacatgtacatgtttagatgttccctaggtcatttcatgatcctcttctt
gttgtaaatatgacatgagagtccagtgtctgccctgcaactggaagcta
gagtccccaagtgtttaaacaatggatcataccatgtaaaggcagcctca
gggatggtttgctggagggaatctgcccaggtccatagcaggttagtcta
cacctctaacagtttatccatgtaacatcccctaggctagacaccaaata
cacaagtatagaaagttagtctctgatacagatttcctgatgtgtcaact
gagaacccagacttagcatgaaacccaacgtggattataccacacagctg
aacccacagacttccacccacctttactccctgggatctttgccaagtga
ttatgcctgagtctgtttcctcatgtgcagatactccttgtcttaagatg
gggttacacaccccaaaacccctaagttgaaaatattctaagttcaaatg
attatgcaagttgagtatctttctgtgaatggctggtggagactgcttag
attctctagatttgaaatatttgcatatgataatgagataccctggggga
tagtactgacaagtcttaactaaaattcactgtgttcatacactcttatc
acacagccttaaagtaatttattcaacattg
gaattcctgattcttctccaaaacccccccagcagtggtcgcattacagt
ggctctgactaggaccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaggtctatgc
ttccagacctggctggtaaggtgcagctgcaccaaaaagaacacaagggg
gcagccttctccaaattttcatcaaaccagaaaagaacaaagaacttggt
tggcaggagtatgtactatgcaggtactcaccagaggaaacgtggtccct
gtttgcaagtgtgctgtgctatgatgaatggcatcgagtgctgatagagt
cgggttttaccagacactccagaattcctcagtgtcatttctataaacag
ttccctcacctaacccacagccgtacatggaaaacaaacattttattact
agaggcatggatgacagtcaaaaaataaaattaaatctttaaaagagggg
gaaaaaaacaactgtgtcatttagaaaagctgagactagagtagcttgct
gtctcaatctgaagaatgatttcaaagcagccacttaaatctctttggtg
ccatccctccgcccctctcttgaaggaatggttttagtggtctgttctct
ttccctttggtttcctcttcattgagggaaatgaattatgactccctcag
ttgtttctggtaggaaagggctttgtaaaactgtgtgctgctcagggggt
agaatgtaacacattgctaattcccggtctcctgtgcaattgggagcaca
gtgtcgctgggtttgttttatgctttccagatgactgtctgttagtgtgc
aggaggccagcacataattgcactggtgaccgcatttcagaggatttggg
tctgttgattcaagtgcagagatgaagtcaaagttgttctcctccactgc
tgcatctaaatccacttcatctttgcctctgtaatggctggaagaaatca
gatatgcctgaaaatcaaaagtaaacgctgctccctagggctagcagggt
gaaacaggacgctcttttaaggtctcccagcgcacatctagtgttatcgc
atgatgttcttattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_89997659_89998705
seq2: B6Ng01-043E18.b_43_1073 (reverse)

seq1  CAATGTTGCATAAAATTACCTTTAGGCTGTGTGTATAAAGTGTGTATGAA  50
      |||||||| || ||||||| || |||||||||| || ||| ||||||| |
seq2  CAATGTTGAAT-AAATTACTTTAAGGCTGTGTG-AT-AAGAGTGTATG-A  46

seq1  ACACAAGTGAATTTTATGTTTAAGACTTGTCAGTCCTATCCCCCAGGGTA  100
      |||| |||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ACAC-AGTGAATTTTA--GTTAAGACTTGTCAGTACTATCCCCCAGGGTA  93

seq1  TCTCATTATACATATGCAAATAATTTCAAATCTAGAGAAATCTAAAGCAG  150
      ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  TCTCATTAT-CATATGCAAAT-ATTTCAAATCTAGAG-AATCT-AAGCAG  139

seq1  TTCTCCACCAGCCATTTCACAGAAAAGATACTCAACTTGCATATTCATTT  200
       ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||
seq2  -TCTCCACCAGCCA-TTCACAG-AAAGATACTCAACTTGCATAATCA-TT  185

seq1  TGAACTTAGAATATTTTCAACTTAGGGGTTTTGGGGTGATGTAACCCCAT  250
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGAACTTAGAATATTTTCAACTTAGGGGTTTTGGGGTG-TGTAACCCCAT  234

seq1  CTTAAGACAAGGAGTATCTGCACATGAGGAAACAGACTCAGGCATAATCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGACAAGGAGTATCTGCACATGAGGAAACAGACTCAGGCATAATCA  284

seq1  CTTGGCCAAGAATCCCAGGGAGTAAAGGTGGGTGGAAGTCTGTGGGTTCA  350
      |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCAAAG-ATCCCAGGGAGTAAAGGTGGGTGGAAGTCTGTGGGTTCA  333

seq1  GCTGTGTGGTATAATCCACGTTGGGTTTCCTGCTAAGTCTGGGTTCTCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGTGGTATAATCCACGTTGGGTTTCATGCTAAGTCTGGGTTCTCAG  383

seq1  TTGACACATCAGGAAATCTGTATCAGAGACTTACTTTCTATACTTGTGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTGACACATCAGGAAATCTGTATCAGAGACTAACTTTCTATACTTGTGTA  433

seq1  TTTGGTGTCTAGCCTAGGGGATGTTACATGGAT-AACTGTTAGAGGTGTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTTGGTGTCTAGCCTAGGGGATGTTACATGGATAAACTGTTAGAGGTGTA  483

seq1  GACTAACCTGCTATGGACCTGGGCAGATTCCCTCCAGCAAACCATCCCTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAACCTGCTATGGACCTGGGCAGATTCCCTCCAGCAAACCATCCCTG  533

seq1  AGGCTGCCTTTACATGGTATGATCCATTGTTTAAACACTTGGGGACTCTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGCCTTTACATGGTATGATCCATTGTTTAAACACTTGGGGACTCTA  583

seq1  GCTTCCAGTTGCAGGGCAGACACTGGACTCTCATGTCATATTTACAACAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCAGTTGCAGGGCAGACACTGGACTCTCATGTCATATTTACAACAA  633

seq1  GAAGAGGATCATGAAATGACCTAGGGAACATCTAAACATGTACATGTCTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGGATCATGAAATGACCTAGGGAACATCTAAACATGTACATGTCTT  683

seq1  AATTTAGCCATAAAGCTGGGGATTTTTAAATCTATGTGAGCCTTTACAAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAGCCATAAAGCTGGGGATTTTTAAATCTATGTGAGCCTTTACAAT  733

seq1  ACAGTAGTTATATTTTTATTTTTTATTTTTCTGAGACAGAGTCTTGCTAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTAGTTATATTTTTATTTTTTATTTTTCTGAGACAGAGTCTTGCTAT  783

seq1  GCAGTCTAAGCTGGTCTCAAATTCTCTGCATTCCTGCCTCAGCCTCCCAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCTAAGCTGGTCTCAAATTCTCTGCATTCCTGCCTCAGCCTCCCAA  833

seq1  GTGTTGAGATTACAAGTGTGAGCTACCAGGTAGGTCCAGTTTAATGTAGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGAGATTACAAGTGTGAGCTACCAGGTAGGTCCAGTTTAATGTAGT  883

seq1  TGAGATTCTCATGTATGTATGCATGTATGCATGTATGCATGTATGTATGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATTCTCATGTATGTATGCATGTATGCATGTATGCATGTATGTATGT  933

seq1  ATGTATCTATCTATCTTTCATACATATGTACACACACACACACACACACA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATCTATCTATCTTTCATACATATGTACACACACACACACACACACA  983

seq1  CACACACACACACACACACACACATACACATTACATGAAAGAGAATTC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACATACACATTACATGAAAGAGAATTC  1031

seq1: chr7_89864192_89865273
seq2: B6Ng01-043E18.g_64_1128

seq1  GAATTCCTGATTCTTCTCCAAAACCCCCCCAGCAGTGGTCGCATTACAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGATTCTTCTCCAAAACCCCCCCAGCAGTGGTCGCATTACAGT  50

seq1  GGCTCTGACTAGGACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGTCTATGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTGACTAGGACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGTCTATGC  100

seq1  TTCCAGACCTGGCTGGTAAGGTGCAGCTGCACCAAAAAGAACACAAGGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGACCTGGCTGGTAAGGTGCAGCTGCACCAAAAAGAACACAAGGGG  150

seq1  GCAGCCTTCTCCAAATTTTCATCAAACCAGAAAAGAACAAAGAACTTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCTTCTCCAAATTTTCATCAAACCAGAAAAGAACAAAGAACTTGGT  200

seq1  TGGCAGGAGTATGTACTATGCAGGTACTCACCAGAGGAAACGTGGTCCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGGAGTATGTACTATGCAGGTACTCACCAGAGGAAACGTGGTCCCT  250

seq1  GTTTGCAAGTGTGCTGTGCTATGATGAATGGCATCGAGTGCTGATAGAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCAAGTGTGCTGTGCTATGATGAATGGCATCGAGTGCTGATAGAGT  300

seq1  CGGGTTTTACCAGACACTCCAGAATTCCTCAGTGTCATTTCTATAAACAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGTTTTACCAGACACTCCAGAATTCCTCAGTGTCATTTCTATAAACAG  350

seq1  TTCCCTCACCTAACCCACAGCCGTACATGGAAAACAAACATTTTATTACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTCACCTAACCCACAGCCGTACATGGAAAACAAACATTTTATTACT  400

seq1  AGAGGCATGGATGACAGTCAAAAAATAAAATTAAATCTTTAAAAGAGGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCATGGATGACAGTCAAAAAATAAAATTAAATCTTTAAAAGAGGGG  450

seq1  GAAAAAAACAACTGTGTCATTTAGAAAAGCTGAGACTAGAGTAGCTTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAACAACTGTGTCATTTAGAAAAGCTGAGACTAGAGTAGCTTGCT  500

seq1  GTCTCAATCTGAAGAATGATTTCAAAGCAGCCACTTAAATCTCTTTGGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCAATCTGAAGAATGATTTCAAAGCAGCCACTTAAATCTCTTTGGTG  550

seq1  CCATCCCTCCGCCCCTCTCTTGAAGGAATGGTTTTAGTGGTCTGTTCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCCTCCGCCCCTCTCTTGAAGGAATGGTTTTAGTGGTCTGTTCTCT  600

seq1  TTCCCTTTGGTTTCCTCTTCATTGAGGGAAATGAATTATGACTCCCTCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTTGGTTTCCTCTTCATTGAGGGAAATGAATTATGACTCCCTCAG  650

seq1  TTGTTTCTGGTAGGAAAGGGCTTTGTAAAACTGTGTGCTGCTCAGGGGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTCTGGTAGGAAAGGGCTTTGTAAAACTGTGTGCTGCTCAGGGGGT  700

seq1  AGAATGTAACACATTGCTAATTCCCGGTCTCCTGTGCAATTGGGAGCACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGTAACACATTGCTAATTCCCGGTCTCCTGTGCAATTGGGAGCACA  750

seq1  GTGTCGCTGGGTTTGTTTTATGCTTTCCAGATGACTGTCTGTTAGTGTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCGCTGGGTTTGTTTTATGCTTTCCAGATGACTGTCTGTTAGTGTGC  800

seq1  AGGAGGCCAGCACATAATTGCACTGGTGACCGCATTTCAGAGGATTTGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGCCAGCACATAATTGCACTGGTGACCGCATTTCAGAGGATTTGGG  850

seq1  TCTGTTGATTCAAGTGCAGAGATGAAGTCAAAGTTGTTCTCCTCCACTGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTGATTCAAGTGCAGAGATGAAGTCAAAGTTGTTCTCCTCCACTGC  900

seq1  TGCATCTAAATCCACTTCATTCTTTGCCTCTGTAATGGCTGGAAGAAATC  950
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCTAAATCCACTTCA-TCTTTGCCTCTGTAATGGCTGGAAGAAATC  949

seq1  AGATATGCCTTGAAAATCAAAAGTAAACGCTGCTCCCTAGGGCTAGGCCA  1000
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||
seq2  AGATATGCC-TGAAAATCAAAAGTAAACGCTGCTCCCTAGGGCTAG--CA  996

seq1  GGGTGGAAACAGGAACGGCTCCTTTTAGGTCTCCACAGCGGCAACAATTC  1050
      |||| |||||||||   |||| ||| |||||||| |||||    ||  ||
seq2  GGGT-GAAACAGGA--CGCTCTTTTAAGGTCTCC-CAGCG----CACATC  1038

seq1  TAGTTGGTTTATCGCATGATTGTTTCTTATTT  1082
      ||||    ||||||||||||   |||||||||
seq2  TAGT---GTTATCGCATGAT--GTTCTTATTT  1065