BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-044D14
Chromosome7 (Build37)
Map Location 88,876,798 - 89,022,324
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2610204K14Rik, 3110040N11Rik, Btbd1, Tm6sf1, LOC100043161
Upstream geneIqgap1, LOC100042402, Zscan2, Wdr73, Nmb, Sec11a, Zfp592, Alpk3, Slc28a1, EG623286, LOC100043130, Pde8a, EG636544, Rps17, Cpeb1, LOC623355, Ap3b2, BC048679, Fsd2, Whdc1, Homer2
Downstream geneHdgfrp3, Bnc1, Sh3gl3, Adamtsl3, 1700129I04Rik, Eftud1, LOC100038986, LOC619808, Rkhd3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-044D14.bB6Ng01-044D14.g
ACCDH870040DH870041
length8341,166
definitionDH870040|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044D14, 5' end.DH870041|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044D14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,876,798 - 88,877,632)(89,021,158 - 89,022,324)
sequence
gaattctttccttaaaggagacctttatgcattatggagacctaccctta
gagaagggtgtgtactggtaaaaacatcaatcaaaagaaaccctaggtga
ctggagatctccacctaagtcatgggttttggtcctttttcgtttgtttg
tttggttggtttgatttttggattttcgagaccgggtttctctatgtaac
cctggctgccctggaactcactttgtagaccacgctgcccttgaactcag
aaattcttctgcctctgcctcccgagtgctgggattaaaggcgtgcgcca
ccatgcctggctgttggttcttttaccaagccctgtggtggttggcattt
ttcagaaaggagaatgtggtggtggggcttcaacgtgtgtttggttagtg
atgttgaaattccaggatgttagccagtggcagttagagatcacaaccag
gagggtggggcaactttttttttttttaatgctcccactaactctaacca
actactgcctaacgcctgcctaactcctacctcaaaaacagattcaaata
agataaagcagacacacaaaagataagttttaggtctatatcagggtgat
tactggaagaggaggaagtgagtgggaaaaggtttatcagatgcaaaact
tggagaagtgatcaggagaccagaatggcaagcatcagctgagagccaac
tgagcctcgggtcgctagacgatatgctaattgctgaagatgtgaaagat
aggctcatctcaaagagttgtagcttgggtggatgtaaatgagtcacaaa
taatttgtgcaaagttgtaatatatatgtgaaag
gaattcaattcccagcacccacatggtgactcactgccatctggaactcc
aggtccaggtgagaaggctcctgttctagcctccacaggtccacaaatgg
tgcatagatacacatgcaggcaaaacaccatatacatgaaatgaatttag
aagattccaggttttggcttgagttggccaatgcaagctcaggctattta
caaagacaatggacaacaggagaaatggtgagaccgagagtcctatttga
gtctctgcatttgccatgctccctggacaaggtaagagatcgtgagttta
aggctagtctgggctacaaagcaagactctgcatcaaacaggaaaatatg
ttttcttgtatagactgatacttgatctgcagctgtgcttaaaaactcat
gtgtacctgcttgcattacaaagacaccagaagtttctcaaaacgcatca
aaaaaaaattctgatgagctagtaagacatccaaatgagattattaattt
gggagttaaatttaggagttagcactcagggctgaagagactgtcaccag
cttacagttataagttgtaaggccttgaagatgatgaaattaaagcccaa
gccaaggccttgaggataaggtattcagagactgaccaaggagagctaag
tggtgtttcttctgcaagcattatctattttttctataaatagtctaatt
aagtaccctaggaaggatttagcccactgaccccatgagtactctgtttt
tcaaccctatgaattctggggtctttctgccatcgtggttactgtaccat
gagtgttaattgacagtgttttgcttctgggtggaccccaatctcatttc
caggtcagagttgctttcattaaacacctgctgtcaggcaggaacttgtc
gaggtgccagggtgagggaccaggaaagctcagctttgcagaaacagaac
cagccttcttggttctgctgagcattgtgtagcagaagctctagactctt
catttagctctagtagacagcttagaagttacagtctgacctcatcagta
atcattattttcataggttgggaaacggttctaattacacagcatgtact
tgctttaataccttatgaacttcagaaaactctaatttcacaattttaca
catctcaaggtgtatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_88876798_88877632
seq2: B6Ng01-044D14.b_41_874

seq1  GAATTCTTTCCTTAAAGGAGACCTTTATGCATTATGGAGACCTACCCTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCCTTAAAGGAGACCTTTATGCATTATGGAGACCTACCCTTA  50

seq1  GAGAAGGGTGTGTACTGGTAAAAACATCAATCAAAAGAAACCCTAGGTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGGGTGTGTACTGGTAAAAACATCAATCAAAAGAAACCCTAGGTGA  100

seq1  CTGGAGATCTCCACCTAAGTCATGGGTTTTGGTCCTTTTTCGTTTGTTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGATCTCCACCTAAGTCATGGGTTTTGGTCCTTTTTCGTTTGTTTG  150

seq1  TTTGGTTGGTTTGATTTTTGGATTTTCGAGACCGGGTTTCTCTATGTAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTTGGTTTGATTTTTGGATTTTCGAGACCGGGTTTCTCTATGTAAC  200

seq1  CCTGGCTGCCCTGGAACTCACTTTGTAGACCACGCTGCCCTTGAACTCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCTGCCCTGGAACTCACTTTGTAGACCACGCTGCCCTTGAACTCAG  250

seq1  AAATTCTTCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTTCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCA  300

seq1  CCATGCCTGGCTGTTGGTTCTTTTACCAAGCCCTGTGGTGGTTGGCATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCCTGGCTGTTGGTTCTTTTACCAAGCCCTGTGGTGGTTGGCATTT  350

seq1  TTCAGAAAGGAGAATGTGGTGGTGGGGCTTCAACGTGTGTTTGGTTAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAAAGGAGAATGTGGTGGTGGGGCTTCAACGTGTGTTTGGTTAGTG  400

seq1  ATGTTGAAATTCCAGGATGTTAGCCAGTGGCAGTTAGAGATCACAACCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGAAATTCCAGGATGTTAGCCAGTGGCAGTTAGAGATCACAACCAG  450

seq1  GAGGGTGGGGCAACTTTTTTTTTTTTTAATGCTCCCACTAACTCTAACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTGGGGCAACTTTTTTTTTTTTTAATGCTCCCACTAACTCTAACCA  500

seq1  ACTACTGCCTAACGCCTGCCTAACTCCTACCTCAAAAACAGATTCAAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTGCCTAACGCCTGCCTAACTCCTACCTCAAAAACAGATTCAAATA  550

seq1  AGATAAAGCAGACACACAAAAGATAAGTTTTAGGTCTATATCAGGGTGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAAGCAGACACACAAAAGATAAGTTTTAGGTCTATATCAGGGTGAT  600

seq1  TACTGGAAGAGGAGGAAGTGAGTGGGAAAAGGTTTATCAGATGCAAAAC-  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TACTGGAAGAGGAGGAAGTGAGTGGGAAAAGGTTTATCAGATGCAAAACT  650

seq1  TGGAGAAGTGATCAGGAGACCAGAATGGCAAGCATCAGCTGAGAGCCAAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAAGTGATCAGGAGACCAGAATGGCAAGCATCAGCTGAGAGCCAAC  700

seq1  TGAGCCTCGGGTCGCTAGACGATATGCTAATTGCTGAAGATGTGAAAGAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCTCGGGTCGCTAGACGATATGCTAATTGCTGAAGATGTGAAAGAT  750

seq1  AGGCTCATCTCAAAGAGTTTGTAGCTTGGGTGGATGTAAATGAGTCACAA  799
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCATCTCAAAGAG-TTGTAGCTTGGGTGGATGTAAATGAGTCACAA  799

seq1  ATAATTGTAGCAAAGTTGTAAATATATATGTGAAAG  835
      ||||||   |||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATAATTTGTGCAAAGTTGT-AATATATATGTGAAAG  834

seq1: chr7_89021158_89022324
seq2: B6Ng01-044D14.g_66_1231 (reverse)

seq1  GATACCACCTTGTAGATGTGGTTAAATGGTGAAATTAAGAGTTTTCTGGA  50
      |||| ||||||| |||||| || |||| |||||||| ||||||||||| |
seq2  GATA-CACCTTG-AGATGT-GTAAAATTGTGAAATT-AGAGTTTTCTGAA  46

seq1  G-TCATAAGAGTA-TCAAGC-AGTAC-TGCTGTGTAA-TAGAACCGTTTC  95
      | ||||||| ||| | |||| ||||| |||||||||| ||||||||||||
seq2  GTTCATAAG-GTATTAAAGCAAGTACATGCTGTGTAATTAGAACCGTTTC  95

seq1  CCAAACTATGGACATAATGATTACTGATGAGTTCAGAACTGTAACTCTTA  145
      |||| ||||| | |||||||||||||||||| |||| |||||||||  ||
seq2  CCAACCTATGAAAATAATGATTACTGATGAGGTCAG-ACTGTAACTTCTA  144

seq1  AGCTGTCTACTAGAGCTAAATGAAGAGTCTAGAGC-TCTGCTACACAATG  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGCTGTCTACTAGAGCTAAATGAAGAGTCTAGAGCTTCTGCTACACAATG  194

seq1  CTCAGCAGAACCAAGAAGGCTGGTTCTGTTTCTGCAAAGCTGAGCCTTCC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTCAGCAGAACCAAGAAGGCTGGTTCTGTTTCTGCAAAGCTGAGCTTTCC  244

seq1  TGGTCCCTCACCCTGGCACCTCGACAAGTTCCTGCCTGACAGCAGGTGTT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCCTCACCCTGGCACCTCGACAAGTTCCTGCCTGACAGCAGGTGTT  294

seq1  TAATGAAAGCAACTCTGACCTGGAAATGAGATTGGGGTCCACCCAGAAGC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAAAGCAACTCTGACCTGGAAATGAGATTGGGGTCCACCCAGAAGC  344

seq1  AAAACACTGTCAATTAAACACTCATGGTACAGTAACCACGATGGCAGAAA  394
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACTGTCAATT-AACACTCATGGTACAGTAACCACGATGGCAGAAA  393

seq1  GACCCCAGAATTCATAGGGTTGAAAAACAGAGTACTCATGGGGTCAGTGG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCCAGAATTCATAGGGTTGAAAAACAGAGTACTCATGGGGTCAGTGG  443

seq1  GCTAAATCCTTCCTAGGGTACTTAATTAGACTATTTATAGAAAAAATAGA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAATCCTTCCTAGGGTACTTAATTAGACTATTTATAGAAAAAATAGA  493

seq1  TAATGCTTGCAGAAGAAACACCACTTAGCTCTCCTTGGTCAGTCTCTGAA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCTTGCAGAAGAAACACCACTTAGCTCTCCTTGGTCAGTCTCTGAA  543

seq1  TACCTTATCCTCAAGGCCTTGGCTTGGGCTTTAATTTCATCATCTTCAAG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTATCCTCAAGGCCTTGGCTTGGGCTTTAATTTCATCATCTTCAAG  593

seq1  GCCTTACAACTTATAACTGTAAGCTGGTGACAGTCTCTTCAGCCCTGAGT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTACAACTTATAACTGTAAGCTGGTGACAGTCTCTTCAGCCCTGAGT  643

seq1  GCTAACTCCTAAATTTAACTCCCAAATTAATAATCTCATTTGGATGTCTT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACTCCTAAATTTAACTCCCAAATTAATAATCTCATTTGGATGTCTT  693

seq1  ACTAGCTCATCAGAATTTTTTTTTGATGCGTTTTGAGAAACTTCTGGTGT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGCTCATCAGAATTTTTTTTTGATGCGTTTTGAGAAACTTCTGGTGT  743

seq1  CTTTGTAATGCAAGCAGGTACACATGAGTTTTTAAGCACAGCTGCAGATC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTAATGCAAGCAGGTACACATGAGTTTTTAAGCACAGCTGCAGATC  793

seq1  AAGTATCAGTCTATACAAGAAAACATATTTTCCTGTTTGATGCAGAGTCT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATCAGTCTATACAAGAAAACATATTTTCCTGTTTGATGCAGAGTCT  843

seq1  TGCTTTGTAGCCCAGACTAGCCTTAAACTCACGATCTCTTACCTTGTCCA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGTAGCCCAGACTAGCCTTAAACTCACGATCTCTTACCTTGTCCA  893

seq1  GGGAGCATGGCAAATGCAGAGACTCAAATAGGACTCTCGGTCTCACCATT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCATGGCAAATGCAGAGACTCAAATAGGACTCTCGGTCTCACCATT  943

seq1  TCTCCTGTTGTCCATTGTCTTTGTAAATAGCCTGAGCTTGCATTGGCCAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGTTGTCCATTGTCTTTGTAAATAGCCTGAGCTTGCATTGGCCAA  993

seq1  CTCAAGCCAAAACCTGGAATCTTCTAAATTCATTTCATGTATATGGTGTT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGCCAAAACCTGGAATCTTCTAAATTCATTTCATGTATATGGTGTT  1043

seq1  TTGCCTGCATGTGTATCTATGCACCATTTGTGGACCTGTGGAGGCTAGAA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTGCATGTGTATCTATGCACCATTTGTGGACCTGTGGAGGCTAGAA  1093

seq1  CAGGAGCCTTCTCACCTGGACCTGGAGTTCCAGATGGCAGTGAGTCACCA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGCCTTCTCACCTGGACCTGGAGTTCCAGATGGCAGTGAGTCACCA  1143

seq1  TGTGGGTGCTGGGAATTGAATTC  1167
      |||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGTGCTGGGAATTGAATTC  1166