BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-066L24
Chromosome7 (Build37)
Map Location 38,977,529 - 39,124,048
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1600014C10Rik, Plekhf1, Pop4, LOC668519
Upstream geneZfp536, LOC100043453, EG627844, C80913, Ccne1
Downstream geneLOC100043464, 1700010N08Rik, EG627975, EG625594, EG627983, EG434171, LOC100043467
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-066L24.bB6Ng01-066L24.g
ACCDH885841DH885842
length9261,138
definitionDH885841|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066L24, 5' end.DH885842|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066L24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,977,529 - 38,978,452)(39,122,903 - 39,124,048)
sequence
gaattcactatgtagactaggctggctttagactcagagatccccctgca
tctgcctcccaagtactgggattaaaggtgtgggcccctatgctcagctg
acaccttttattgtttgtttgtttgtttttctgagacagggtttctctgt
ctagcactggctgtcctggaactcagagatctgcctgtctctgcttccaa
atgcctccaaatgctgggattaaaggtgtgggccaccacattgcagctgt
cttcagacacaccagaagagggcatcagttcccattacagatggttggtt
gtgagccaccatgtggttgctgaaaattgaactcaggacctcctgaagag
catgcagtcagtgctcttatccgctgagccatctctccagcccaacactt
tgcttttaaaacctcgttttccgtagtctcttctggcccgtgacagtttc
ttagcccttcctggttttcctgaccttgataatgggggagagggggtgct
ggcaggtgttttatagaattctcagttgtgtgaggagcttctcctgagcc
ttgggagggaacgcccctgaggtgaagtatcttctccatcagtccaggga
tacacggcatcccgtggcatgtccagtgaggctgaccttggtaacttagt
caaggtcatgtgtgatgagtttttccacccttgcgattttggttttctta
ccccatattctgtcccttgggaacaactgagtctacccaggctgcatctg
tgactgtctgattgctgatatgtacagttcatgggaggctttgaagatac
agatctaatgtgcccagtgacagcgggttgtctggcacacagagaaatct
tgtcttgaaaaacaacaacaacaaaaaaaatttaaaaaaataaaaattaa
aacaatgttttctaggagggagggac
gaattctactcagctattaaaacagggatatcatgaaatttgcaggcata
cagatggaattagaaaataaataagtgtaagttaactaaacaccagaaag
tcacacatggtatgtactcactcataagtgtgtattagccacaaaataca
ggatagctacaatccaatactcaaagaagctacataacaaggagggccta
agggaagatttttaatctttctcagaataggaaataaaatagatattgga
tagtatattgaaggttatatctttctcctcatactggtcccacactctta
ataccggtccaccaaatagtagggagtatccagtacaaactcccacaact
attgattaaccacactttgctcactcttgtggactaagccaaataaggtt
ttcctccttaaggattaaagtaaacatctttgtccacagcagtttggaac
taactagtagaaattatgttttaccctacagatgtatgagagaatcttgc
ccttactcccactcatcctcttttcctgctccccttcttcctcacacttc
tcagagaaaaagctgataattagcacacatatttatcgggagaaatcaac
aagttgaatttgaggaaatatgacctcgtcaccaattcaattttaatatt
acactgtcttaccaattttctataaatggcataattagcagtttgttatt
gtatgcaaaaatatgcatcaaactgtgatagtttgtatatgctcagccca
agaaatggcattattagaatgtgtggctctgttgtagtgtgtcactgtgg
gtgtgggctttaagaacctcaccctagctgcctggcagccagtattctgc
tagccatcttcaaatgaagatgtagaactcttagttcctcctgaaccatg
cctgcctggttgttgctatgctcatgccttgatcatactggattgaatct
ctgaacttataagcagccccaattaaatgttgtctttataagaattgctt
cccaacacccttatggtcacttgatcttcgacaggagctaaatcattcaa
tggaagaaagacagcattttcacaattggggctgcacactggttgttttc
atgagaagatgcgatcgattctatacttaatctccttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_38977529_38978452
seq2: B6Ng01-066L24.b_49_974

seq1  GAATTCACTATGTAGACTAGGCTGGCTTTAGACTCAGAGATCCCCCTGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATGTAGACTAGGCTGGCTTTAGACTCAGAGATCCCCCTGCA  50

seq1  TCTGCCTCCCAAGTACTGGGATTAAAGGTGTGGGCCCCTATGCTCAGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCCCAAGTACTGGGATTAAAGGTGTGGGCCCCTATGCTCAGCTG  100

seq1  ACACCTTTTATTGTTTGTTTGTTTGTTTTTCTGAGACAGGGTTTCTCTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTTTTATTGTTTGTTTGTTTGTTTTTCTGAGACAGGGTTTCTCTGT  150

seq1  CTAGCACTGGCTGTCCTGGAACTCAGAGATCTGCCTGTCTCTGCTTCCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCACTGGCTGTCCTGGAACTCAGAGATCTGCCTGTCTCTGCTTCCAA  200

seq1  ATGCCTCCAAATGCTGGGATTAAAGGTGTGGGCCACCACATTGCAGCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTCCAAATGCTGGGATTAAAGGTGTGGGCCACCACATTGCAGCTGT  250

seq1  CTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGTTCCCATTACAGATGGTTGGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGTTCCCATTACAGATGGTTGGTT  300

seq1  GTGAGCCACCATGTGGTTGCTGAAAATTGAACTCAGGACCTCCTGAAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCCACCATGTGGTTGCTGAAAATTGAACTCAGGACCTCCTGAAGAG  350

seq1  CATGCAGTCAGTGCTCTTATCCGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCAACACTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAGTCAGTGCTCTTATCCGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCAACACTT  400

seq1  TGCTTTTAAAACCTCGTTTTCCGTAGTCTCTTCTGGCCCGTGACAGTTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTTAAAACCTCGTTTTCCGTAGTCTCTTCTGGCCCGTGACAGTTTC  450

seq1  TTAGCCCTTCCTGGTTTTCCTGACCTTGATAATGGGGGAGAGGGGGTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCCCTTCCTGGTTTTCCTGACCTTGATAATGGGGGAGAGGGGGTGCT  500

seq1  GGCAGGTGTTTTATAGAATTCTCAGTTGTGTGAGGAGCTTCTCCTGAGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGTGTTTTATAGAATTCTCAGTTGTGTGAGGAGCTTCTCCTGAGCC  550

seq1  TTGGGAGGGAACGCCCCTGAGGTGAAGTATCTTCTCCATCAGTCCAGGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAGGGAACGCCCCTGAGGTGAAGTATCTTCTCCATCAGTCCAGGGA  600

seq1  TACACGGCATCCCGTGGCATGTCCAGTGAGGCTGACCTTGGTAACTTAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACGGCATCCCGTGGCATGTCCAGTGAGGCTGACCTTGGTAACTTAGT  650

seq1  CAAGGTCATGTGTGATGAGTTTTTCCACCCTTGCGATTTTGG-TTTCTTA  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CAAGGTCATGTGTGATGAGTTTTTCCACCCTTGCGATTTTGGTTTTCTTA  700

seq1  CCCCATATTCTGTCCCTTGGGAACAACTGAGTCTACCCAGGCTGCATCTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATATTCTGTCCCTTGGGAACAACTGAGTCTACCCAGGCTGCATCTG  750

seq1  TGACTGTCTGATTGCTGATATGTACAGTTCATGGGAGGCTTTGAAGATAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGTCTGATTGCTGATATGTACAGTTCATGGGAGGCTTTGAAGATAC  800

seq1  AGATCTAATGTGCCCAGTGACAGC-GGTTGTCTGGCACACAGAGAAACCC  848
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | 
seq2  AGATCTAATGTGCCCAGTGACAGCGGGTTGTCTGGCACACAGAGAAATCT  850

seq1  TGTCTTGAAAAACAACAACAACAAAAAAAATTTAAAAAAATAAAAATTAA  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGTCTTGAAAAACAACAACAACAAAAAAAATTTAAAAAAATAAAAATT-A  899

seq1  AAACAATG-TTTCTAGGAGGGAGGGAC  924
      |||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAACAATGTTTTCTAGGAGGGAGGGAC  926

seq1: chr7_39122903_39124048
seq2: B6Ng01-066L24.g_67_1204 (reverse)

seq1  CAAGGAGA-TAAGTAT-GGATCGATTCGCATTCTTCTACATGATAACAAC  48
      |||||||| ||||||| | ||||| ||||| |||||| ||||| ||||||
seq2  CAAGGAGATTAAGTATAGAATCGA-TCGCA-TCTTCT-CATGAAAACAAC  47

seq1  CAGTTGTGCCAGCACCAATTGTTGAAAATGCTGTCTTTCTTCCACTGGAT  98
      ||| |||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| || ||
seq2  CAG-TGTG-CAGCCCCAATTG-TGAAAATGCTGTCTTTCTTCCATTGAAT  94

seq1  GGTTTTAGCTCCCTTGTCGAAGATCAAGTGACCATAGGTGTGTGGGGAGG  148
       | |||||||||  |||||||||||||||||||||| | |||| |||| |
seq2  -GATTTAGCTCC--TGTCGAAGATCAAGTGACCATAAGGGTGTTGGGAAG  141

seq1  CAATTCTTATAAGGACAACATTTAATTGGGGCTTGCTTATAAGTTCAGAG  198
      |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CAATTCTTATAAAGACAACATTTAATTGGGGC-TGCTTATAAGTTCAGAG  190

seq1  ATTCAATCCAGTATGATCAAGGCATGAGCATAGCAACAACCAGGCAGGCA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAATCCAGTATGATCAAGGCATGAGCATAGCAACAACCAGGCAGGCA  240

seq1  TGGTTCAGGAGGAACTAAGAGTTCTACATCTTCATTTGAAGATGGCTAGC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCAGGAGGAACTAAGAGTTCTACATCTTCATTTGAAGATGGCTAGC  290

seq1  AGAATACTGGCTGCCAGGCAGCTAGGGTGAGGTTCTTAAAGCCCACACCC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATACTGGCTGCCAGGCAGCTAGGGTGAGGTTCTTAAAGCCCACACCC  340

seq1  ACAGTGACACACTACAACAGAGCCACACATTCTAATAATGCCATTTCTTG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGACACACTACAACAGAGCCACACATTCTAATAATGCCATTTCTTG  390

seq1  GGCTGAGCATATACAAACTATCACAGTTTGATGCATATTTTTGCATACAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGAGCATATACAAACTATCACAGTTTGATGCATATTTTTGCATACAA  440

seq1  TAACAAACTGCTAATTATGCCATTTATAGAAAATTGGTAAGACAGTGTAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAAACTGCTAATTATGCCATTTATAGAAAATTGGTAAGACAGTGTAA  490

seq1  TATTAAAATTGAATTGGTGACGAGGTCATATTTCCTCAAATTCAACTTGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAAATTGAATTGGTGACGAGGTCATATTTCCTCAAATTCAACTTGT  540

seq1  TGATTTCTCCCGATAAATATGTGTGCTAATTATCAGCTTTTTCTCTGAGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTCTCCCGATAAATATGTGTGCTAATTATCAGCTTTTTCTCTGAGA  590

seq1  AGTGTGAGGAAGAAGGGGAGCAGGAAAAGAGGATGAGTGGGAGTAAGGGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGAGGAAGAAGGGGAGCAGGAAAAGAGGATGAGTGGGAGTAAGGGC  640

seq1  AAGATTCTCTCATACATCTGTAGGGTAAAACATAATTTCTACTAGTTAGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTCTCTCATACATCTGTAGGGTAAAACATAATTTCTACTAGTTAGT  690

seq1  TCCAAACTGCTGTGGACAAAGATGTTTACTTTAATCCTTAAGGAGGAAAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAACTGCTGTGGACAAAGATGTTTACTTTAATCCTTAAGGAGGAAAA  740

seq1  CCTTATTTGGCTTAGTCCACAAGAGTGAGCAAAGTGTGGTTAATCAATAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATTTGGCTTAGTCCACAAGAGTGAGCAAAGTGTGGTTAATCAATAG  790

seq1  TTGTGGGAGTTTGTACTGGATACTCCCTACTATTTGGTGGACCGGTATTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGGAGTTTGTACTGGATACTCCCTACTATTTGGTGGACCGGTATTA  840

seq1  AGAGTGTGGGACCAGTATGAGGAGAAAGATATAACCTTCAATATACTATC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGTGGGACCAGTATGAGGAGAAAGATATAACCTTCAATATACTATC  890

seq1  CAATATCTATTTTATTTCCTATTCTGAGAAAGATTAAAAATCTTCCCTTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATCTATTTTATTTCCTATTCTGAGAAAGATTAAAAATCTTCCCTTA  940

seq1  GGCCCTCCTTGTTATGTAGCTTCTTTGAGTATTGGATTGTAGCTATCCTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTCCTTGTTATGTAGCTTCTTTGAGTATTGGATTGTAGCTATCCTG  990

seq1  TATTTTGTGGCTAATACACACTTATGAGTGAGTACATACCATGTGTGACT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGTGGCTAATACACACTTATGAGTGAGTACATACCATGTGTGACT  1040

seq1  TTCTGGTGTTTAGTTAACTTACACTTATTTATTTTCTAATTCCATCTGTA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGTGTTTAGTTAACTTACACTTATTTATTTTCTAATTCCATCTGTA  1090

seq1  TGCCTGCAAATTTCATGATATCCCTGTTTTAATAGCTGAGTAGAATTC  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGCAAATTTCATGATATCCCTGTTTTAATAGCTGAGTAGAATTC  1138