BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-079L11
Chromosome7 (Build37)
Map Location 129,334,904 - 129,449,641
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2010110P09Rik, Prkcb1
Upstream geneLOC668556, Hs3st2, Usp31, Scnn1g, Scnn1b, Cog7, Gga2, Ears2, Ubfd1, Ndufab1, Palb2, Dctn5, Plk1, Ern2
Downstream geneLOC668486, Cacng3, 4930413G21Rik, Rbbp6, LOC628696, LOC100042977, LOC100042981, Tnrc6a, Slc5a11, Arhgap17
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-079L11.bB6Ng01-079L11.g
ACCDH895045DH895046
length1,1821,152
definitionDH895045|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079L11, 5' end.DH895046|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079L11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(129,334,904 - 129,336,095)(129,448,468 - 129,449,641)
sequence
gaattcagcgttttgctggacaatctatcattaagaacactgcccctttt
ggtgtgaacgggttctggttctgtggcctgtcacccctcaggtatctgag
catccatgcctaccttaccccactgtaaaagagacctttgtggcaaactg
gtctaggctgtagtgctgagcaacaaaacacttgtgtatgatcctggtga
atttgaatcttatttccatcagccatttgtccccttagggtagactgttt
aacctttctgagccttagtttcctcctcggctaaacaagggtacctctgt
tcacaagttcagggaattatgtaagacaacctgaaatgacagtctctgta
tttctctgtcacccatctccctatattagcactggaattactttatgcta
tcagctcttaagtctggggatttgaactcagattttcacgctaacatggc
aaccgctgttactcactgagcatctctttgcactacttgaacccagagga
agcctggggcaagccagatgggagtgaattccttccacttgacaaaagga
gcttaaaataacagttaagcttgtatccagtctatgcatttctatgatgt
tgtaaagacacgcttttaagggctggggtggtgctcagtggttcttgtag
aacacatatgaggtgctagcccgggcaccatcccagccctacaacaaaca
aacaaagctaacaaatgtcatgcccctctctgcagcagagcatatgtcct
aaagtgttcctaatactcacctcgccaaatgtctgcaccacagagtcaaa
tggctgtggaaaagagagcggtcaggtccttaggagctgaagacacagga
gggtgtgagctccctgatgctgaactcaagtcctccggagagtagcaagt
gcctttaaccactggccgtctctcagatccctgaaaatacatctctgctg
agcatgctcagacagttttcttgtcattcctgaacacacagtaaaatagg
tgttcacatatcacttacacggtattttggtatttggtattatggacaaa
gtagaggtgatttaggtgcctatgttaggtatatgcaggaccttaacatt
ttattattagcttgggctcctgtagaatgtcatttctgtcgatctggagt
catgtttgtggaactggagggatggcctgtac
gaattctgaactgtgatccttgtccataatatgtagcttcatacgacgct
gcggtaacactcaacacagtgtgctggttgctaagctgtgctgttccatt
ggttaatggcattgactttcaacttcaaagtatttacaattcacagtggg
gttgttgagatgtaacctattcataagtcaaataaacatctgtccttcca
agctctgaggtctgggcaggccacttaacacctctcgaccccagctgcct
tgcagaatttctaatggactcacctcctaatgtgctacgggcctccagcg
agatgtatgaagcacccagttcagctcagctctgtgggggaagtactagg
tcctactaaagcacctactgtgtgcaatccctttccttccaaatgactca
gaaacttacatagtacttaagataccctcctggcagaaaacttaagcctg
aagaactcagctgactgtagccataggaatattgagaaacttgaaaacag
ccttctaagctccttacatacactaagactgaaatctactgaggctcaag
cttcctcagcagcgggagactgaataggaagcattgttccctccagatgc
cttccacttcctctcaagtgttgcctgtttccctcacgatggctgctgct
gtctgcccgtgccatcctttcccatcctgggccatcttgtgccttcactt
tggtgtctggaaactcaaactctgattcaaagagccttggattcagtctg
agctctgcagttctttaagaaatgcttatcttctctgagccagttctctc
acatgtgaatggggaaggtgaacactcaaagggataaaatttgtgaaatg
atcagctcattgaaaggattcaaacattaggagcttcaacacaattgtca
tcattgtcatcaccaccaccatcaacacatcatcaccatcatcatcacat
cacacatcatcacatcatactgtcaacacatcatcatcaccctcacacat
catcatcacatcaacacatcacacatcatacatcatactgtcacacatca
tcattatcacatcaacagtcatcacaccaacgtcacatcattagaacatt
catcagcatcatgacatagtttccatatacaatcactcattgtaccgcag
tt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_129334904_129336095
seq2: B6Ng01-079L11.b_50_1231

seq1  GAATTCAGCGTTTTGCTGGACAATCTATCA-GAAGAACACTGCCCCTTTT  49
      ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCGTTTTGCTGGACAATCTATCATTAAGAACACTGCCCCTTTT  50

seq1  GGTGTGAACGGGTTCTGGTTCTGTGGCCTGTCACCCCTCAGGTATCTGAG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGAACGGGTTCTGGTTCTGTGGCCTGTCACCCCTCAGGTATCTGAG  100

seq1  CATCCATGCCTACCTTACCCCACTGTAAAAGAGACCTTTGTGGCAAACTG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCATGCCTACCTTACCCCACTGTAAAAGAGACCTTTGTGGCAAACTG  150

seq1  GTCTAGGCTGTAGTGCTGAGCAACAAAACACTTGTGTATGATCCTGGTGA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAGGCTGTAGTGCTGAGCAACAAAACACTTGTGTATGATCCTGGTGA  200

seq1  ATTTGAATCTTATTTCCATCAGCCATTTGTCCCCTTAGGGTAGACTGTTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAATCTTATTTCCATCAGCCATTTGTCCCCTTAGGGTAGACTGTTT  250

seq1  AACCTTTCTGAGCCTTAGTTTCCTCCTCGGCTAAACAAGGGTACCTCTGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTTCTGAGCCTTAGTTTCCTCCTCGGCTAAACAAGGGTACCTCTGT  300

seq1  TCACAAGTTCAGGGAATTATGTAAGACAACCTGAAATGACAGTCTCTGTA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAGTTCAGGGAATTATGTAAGACAACCTGAAATGACAGTCTCTGTA  350

seq1  TTTCTCTGTCACCCATCTCCCTATATTAGCACTGGAATTACTTTATGCTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTGTCACCCATCTCCCTATATTAGCACTGGAATTACTTTATGCTA  400

seq1  TCAGCTCTTAAGTCTGGGGATTTGAACTCAGATTTTCACGCTAACATGGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTCTTAAGTCTGGGGATTTGAACTCAGATTTTCACGCTAACATGGC  450

seq1  AACCGCTGTTACTCACTGAGCATCTCTTTGCACTACTTGAACCCAGAGGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCGCTGTTACTCACTGAGCATCTCTTTGCACTACTTGAACCCAGAGGA  500

seq1  AGCCTGGGGCAAGCCAGATGGGAGTGAATTCCTTCCACTTGACAAAAGGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGGGGCAAGCCAGATGGGAGTGAATTCCTTCCACTTGACAAAAGGA  550

seq1  GCTTAAAATAACAGTTAAGCTTGTATCCAGTCTATGCATTTCTATGATGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAAAATAACAGTTAAGCTTGTATCCAGTCTATGCATTTCTATGATGT  600

seq1  TGTAAAGACACGCTTTTAAGGGCTGGGGTGGTGCTCAGTGGTTCTTGTAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAGACACGCTTTTAAGGGCTGGGGTGGTGCTCAGTGGTTCTTGTAG  650

seq1  AACACATATGAGGTGCTAGCCCGGGCACCATCCCAGCCCTACAACAAACA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACATATGAGGTGCTAGCCCGGGCACCATCCCAGCCCTACAACAAACA  700

seq1  AACAAAGCTAACAAATGTCATGCCCCTCTCTGCAGCAGAGCATATGTCCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGCTAACAAATGTCATGCCCCTCTCTGCAGCAGAGCATATGTCCT  750

seq1  AAAGTGTTCCTAATACTCACCTCGCCAAATGTCTGCACCACAGAGTCAAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGTTCCTAATACTCACCTCGCCAAATGTCTGCACCACAGAGTCAAA  800

seq1  TGGCTGTGGAAAAGAGAGCGGTCAGGTCCTTAGGAGCTGAAGACACAGGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGTGGAAAAGAGAGCGGTCAGGTCCTTAGGAGCTGAAGACACAGGA  850

seq1  GGGTGTGAGCTCCCTGATGCTGAACTCAAGTCCTCCGGAAGAGTAGCAAG  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GGGTGTGAGCTCCCTGATGCTGAACTCAAGTCCTCCGG-AGAGTAGCAAG  899

seq1  TGCCTTTAACCACTGGCCGTCTCTCCAGATCCCTGAAAATACATCTCTGC  949
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTAACCACTGGCCGTCTCT-CAGATCCCTGAAAATACATCTCTGC  948

seq1  TGAGCATGCTCAGACAGTTTTCTTGTCATTCCTGAAACAACACAGTAAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||
seq2  TGAGCATGCTCAGACAGTTTTCTTGTCATTCCTGAA--CACACAGTAAAA  996

seq1  TAGGTGTTCACATATCACTTACACGGTATTTTGGTATTTGGTATTATGGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGTTCACATATCACTTACACGGTATTTTGGTATTTGGTATTATGGA  1046

seq1  CAAAGTAGAGGTGATTTAAGGTGCCTATGTATAGGTTATATGCAAGACCT  1099
      ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| |||||
seq2  CAAAGTAGAGGTGATTT-AGGTGCCTATGT-TAGG-TATATGCAGGACCT  1093

seq1  AAACCAATTTTATTATTAGCTTGAGCTCCTGTAG-ATGTCATTATCCCTG  1148
       |||  ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    |||
seq2  TAAC--ATTTTATTATTAGCTTGGGCTCCTGTAGAATGTCATT---TCTG  1138

seq1  TCGATCTTGGAGTCAATGTTGTGGACACT-GAGGGATGG-CTGTAC  1192
      |||||| ||||||||   ||||||| ||| ||||||||| ||||||
seq2  TCGATC-TGGAGTCATGTTTGTGGA-ACTGGAGGGATGGCCTGTAC  1182

seq1: chr7_129448468_129449641
seq2: B6Ng01-079L11.g_70_1221 (reverse)

seq1  AACTGCGGTGACAATGAGTGATGGT-GATAGTGACTATGGTCATGATGCT  49
      ||||||||| |||||||||||| ||  || |  ||||| |||||||||||
seq2  AACTGCGGT-ACAATGAGTGATTGTATATGGAAACTAT-GTCATGATGCT  48

seq1  GATGATGGTCTTAATGATGGTGACGGTGGTGTTGATGACTGTTGATGGTG  99
      |||||  ||  ||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| |||
seq2  GATGAATGTTCTAATGAT-GTGACGTTGGTG-TGATGACTGTTGAT-GTG  95

seq1  ATGATGATGATGGTGTTGACAGTATTGATGGTAATGATGGTGTTGATGGT  149
      || |||||||| ||| |||||||| |||||   ||||| ||| |||| ||
seq2  ATAATGATGAT-GTG-TGACAGTA-TGATG--TATGAT-GTG-TGAT-GT  137

seq1  GTTGATGGTGATGATGATGGTGTTGAGGGTGATGATGATGGTGTTGACAG  199
      |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GTTGAT-GTGATGATGAT-GTG-TGAGGGTGATGATGAT-GTGTTGACAG  183

seq1  TATTGATGGTGATGATGGTGTTGATGGTGATGATGATGGTGATGATGGTG  249
      || |||| |||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| |||
seq2  TA-TGAT-GTGATGAT-GTG-TGAT-GTGATGATGATGGTGATGAT-GTG  227

seq1  TTGATGGTGGTGGTGATGACAATGATGACAATGGTGTTGAAGCTCCTAAT  299
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTGATGGTGGTGGTGATGACAATGATGACAATTGTGTTGAAGCTCCTAAT  277

seq1  GTTTGAATCCTTTCAATGAGCTGATCATTTCACAAATTTTATCCCTTTGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAATCCTTTCAATGAGCTGATCATTTCACAAATTTTATCCCTTTGA  327

seq1  GTGTTCACCTTCCCCATTCACATGTGAGAGAACTGGCTCAGAGAAGATAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCACCTTCCCCATTCACATGTGAGAGAACTGGCTCAGAGAAGATAA  377

seq1  GCATTTCTTAAAGAACTGCAGAGCTCAGACTGAATCCAAGGCTCTTTGAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTCTTAAAGAACTGCAGAGCTCAGACTGAATCCAAGGCTCTTTGAA  427

seq1  TCAGAGTTTGAGTTTCCAGACACCAAAGTGAAGGCACAAGATGGCCCAGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGTTTGAGTTTCCAGACACCAAAGTGAAGGCACAAGATGGCCCAGG  477

seq1  ATGGGAAAGGATGGCACGGGCAGACAGCAGCAGCCATCGTGAGGGAAACA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAAAGGATGGCACGGGCAGACAGCAGCAGCCATCGTGAGGGAAACA  527

seq1  GGCAACACTTGAGAGGAAGTGGAAGGCATCTGGAGGGAACAATGCTTCCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAACACTTGAGAGGAAGTGGAAGGCATCTGGAGGGAACAATGCTTCCT  577

seq1  ATTCAGTCTCCCGCTGCTGAGGAAGCTTGAGCCTCAGTAGATTTCAGTCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGTCTCCCGCTGCTGAGGAAGCTTGAGCCTCAGTAGATTTCAGTCT  627

seq1  TAGTGTATGTAAGGAGCTTAGAAGGCTGTTTTCAAGTTTCTCAATATTCC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTATGTAAGGAGCTTAGAAGGCTGTTTTCAAGTTTCTCAATATTCC  677

seq1  TATGGCTACAGTCAGCTGAGTTCTTCAGGCTTAAGTTTTCTGCCAGGAGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCTACAGTCAGCTGAGTTCTTCAGGCTTAAGTTTTCTGCCAGGAGG  727

seq1  GTATCTTAAGTACTATGTAAGTTTCTGAGTCATTTGGAAGGAAAGGGATT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTTAAGTACTATGTAAGTTTCTGAGTCATTTGGAAGGAAAGGGATT  777

seq1  GCACACAGTAGGTGCTTTAGTAGGACCTAGTACTTCCCCCACAGAGCTGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACAGTAGGTGCTTTAGTAGGACCTAGTACTTCCCCCACAGAGCTGA  827

seq1  GCTGAACTGGGTGCTTCATACATCTCGCTGGAGGCCCGTAGCACATTAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAACTGGGTGCTTCATACATCTCGCTGGAGGCCCGTAGCACATTAGG  877

seq1  AGGTGAGTCCATTAGAAATTCTGCAAGGCAGCTGGGGTCGAGAGGTGTTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAGTCCATTAGAAATTCTGCAAGGCAGCTGGGGTCGAGAGGTGTTA  927

seq1  AGTGGCCTGCCCAGACCTCAGAGCTTGGAAGGACAGATGTTTATTTGACT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCCTGCCCAGACCTCAGAGCTTGGAAGGACAGATGTTTATTTGACT  977

seq1  TATGAATAGGTTACATCTCAACAACCCCACTGTGAATTGTAAATACTTTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAATAGGTTACATCTCAACAACCCCACTGTGAATTGTAAATACTTTG  1027

seq1  AAGTTGAAAGTCAATGCCATTAACCAATGGAACAGCACAGCTTAGCAACC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGAAAGTCAATGCCATTAACCAATGGAACAGCACAGCTTAGCAACC  1077

seq1  AGCACACTGTGTTGAGTGTTACCGCAGCGTCGTATGAAGCTACATATTAT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACACTGTGTTGAGTGTTACCGCAGCGTCGTATGAAGCTACATATTAT  1127

seq1  GGACAAGGATCACAGTTCAGAATTC  1174
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAAGGATCACAGTTCAGAATTC  1152