BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-114J01
Chromosome7 (Build37)
Map Location 142,300,831 - 142,438,479
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDock1, LOC100043254
Upstream geneAdam12, A130023I24Rik, 4933400E14Rik, LOC100043248, LOC100043699, LOC668750, B830028B13Rik, EG668693
Downstream geneFoxi2, Clrn3, Ptpre, Mki67, LOC668764
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-114J01.bB6Ng01-114J01.g
ACCDH920055DH920056
length1,0791,166
definitionDH920055|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114J01, 5' end.DH920056|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114J01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(142,437,416 - 142,438,479)(142,300,831 - 142,302,013)
sequence
gaattcttaatctgccttctctgttcccacattacctgttccaggctgcc
tcgtgtggcagccaccaattgggaagaccagtgtgtgccccggccctgtc
tttgaataacacgtacagcctgctctggaaggctttgagaatcagagcac
cttcagggagatcaaccccttccttcctgttcacagggacactttgggat
gaaggcagggtattcaggcagaaagcagtacagtcttatgctggctggag
tgtggcatcaggggaggtgccacatataactggagacaaaatgagaatag
aggaaatgtaagtgccaggcagcgtggtgacagtttcatagaccgctcag
aaaggtagctcttgagaaagatatcattattgagagaaagatgcctgtta
aagatgaagttctacttcatgacagaataaacagcttctcagccaaacat
gtgggaaatgcagaatttccccgtggccacagaatgggctgccaatacta
ctgggagaaagtgagggtgcatgggtataaagtccccagtccttgccatt
gagctcaaatggctacaaccatctttttctgagtatccccaggggtaggc
atccatccctagcattctgccatgcagggattgtcaaccgtgctttacag
gcaagcatctaaggtaccacacaagagaagtttctagtgtgcaaagcagg
gggccaggctaatttagaaacattctgttgaaagctctcagaatcaatga
aaggtgttgaagaccatgtctgaagctgcagatccagtgatcttggggaa
cacaaactctgaatgtataggacagctgaggggaaattcccaaaaaagaa
catttcaactgtcttagctgagtcatggggactttaattggggctcttgg
ggcagttggaaccaccttcatcagaaacatcaaggaaaaggagccagctg
caaagtcccttcagaataacagctacttcaagaaccccaaaaatacccaa
acaatgagtagcacttggctaagcctcgaccagtgcttgccttggaattg
cttaagagttagaattggtgaaaaacaag
gaattccagataggaagactctacctttatttgatcagagtcatgttcta
tagtgagtgttctgaatggtagcatccaaaagatatatttctccttcgtc
ctgagaatatgactctttttggaaaaaggcatctctccagatgagaccca
gatagctcagttggtaaagtgcttgccttactaatctgaagccctgagtc
caatcctctaaagcatgcataaaaataacccaagcatggtgcctcataac
cccagcactggtgcagcaaagacagttggaaagttggattcctgggtctc
agtgggcagttagcatagcccactgagtaagctccaggccaatgagagac
tccatctccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaagacagaaaacaagctg
aggaatgaatgagagctttgctcatcctcttacactcacacatgcatgca
caccccccgacacacacacacacacacacacacataagtacacacacatg
cacactgaagcttgagatgagattagcctgcgatgcctaggtggataggg
ttaaatctattcaaaagagttcttataaaagagaaaagaagaagttgtgt
gtggcagtgtacttagagaatggaggcatgaagatcatgaaagttcaagg
ctagcctcagctatatagcttatgtgagaccagtgtaggctgcataagac
ccctgtctcagtccaccaccggccaaaaggaaagcagacacagacatcga
agagaagctaagtgaatagggggcagcaattagagtgataaatacagcat
ccacagaactctgggaatctctagaagctagatgggtcaagaaacacgtc
ttctctagagccttcacagagaatgcaaggcgctaacaggcacctttgac
tttagaactttatgactatgaggatgtctttgtgttgtttgaagccaccc
agttttatgggtcatttgtgagagcacaacagaacatagtgcagatgcac
agatgaaggtggcgagatgatttggtattgctgacttgcactcttcctaa
tgtgcatctgggaagagcaagaggacagggtgcttttaggagcttgatga
ccgcatgctcaagtcagatgctagcctgccacttaagccttcttatatga
atatacttccaaatct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_142437416_142438479
seq2: B6Ng01-114J01.b_42_1120 (reverse)

seq1  CTTG-TTTTCA-CAATCCT-ACTCTTTAGCAATTCCCAAGGCAAGCACTG  47
      |||| |||||| |||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||
seq2  CTTGTTTTTCACCAATTCTAACTCTTAAGCAATT-CCAAGGCAAGCACTG  49

seq1  GTCGAGGC-TAGCC-AGTGCTACTCATTGTTT-GGTATTTTTGGGGTTCT  94
      |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GTCGAGGCTTAGCCAAGTGCTACTCATTGTTTGGGTATTTTTGGGGTTCT  99

seq1  TGAAGTAGCTGTTA-TCTGAGGGGACTTTGCAGCTGGCTCCTTT--CCTG  141
      |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||  | ||
seq2  TGAAGTAGCTGTTATTCTGAAGGGACTTTGCAGCTGGCTCCTTTTCCTTG  149

seq1  ATGTTTCTGATG-AGGTGGTTCCAACTTGCCCCAGAG-CCCAATT-AAGT  188
      |||||||||||| ||||||||||||||  ||| |||| ||||||| ||||
seq2  ATGTTTCTGATGAAGGTGGTTCCAACTGCCCCAAGAGCCCCAATTAAAGT  199

seq1  CCCCATGACTCAGCTAAGACAGTTGAAATG-TCTTTTCTGGGAATTTCCC  237
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
seq2  CCCCATGACTCAGCTAAGACAGTTGAAATGTTCTTTTTTGGGAATTTCCC  249

seq1  CTCAGCTGTCCTATACATTCAGAGTTTGTGTT-CCCAAGATCACTGGATC  286
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTGTCCTATACATTCAGAGTTTGTGTTCCCCAAGATCACTGGATC  299

seq1  TGCAGCTTCAGACATGGTCTTCAACACC-TTCATTGATTCTGAGAGCTTT  335
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCTTCAGACATGGTCTTCAACACCTTTCATTGATTCTGAGAGCTTT  349

seq1  CAACAGAATGTTTCTAAATTAGCCTGG-CCCCTGCTTTGCACACTAGAAA  384
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGAATGTTTCTAAATTAGCCTGGCCCCCTGCTTTGCACACTAGAAA  399

seq1  CTTCTCTTGTGTGGTACCTTAGATGCTTGCCTGTAAAGCACGGTTGACAA  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTTGTGTGGTACCTTAGATGCTTGCCTGTAAAGCACGGTTGACAA  449

seq1  TCCCTGCATGGCAGAATGCTAGGGATGGATGCCTACCCCTGGGGATACTC  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGCATGGCAGAATGCTAGGGATGGATGCCTACCCCTGGGGATACTC  499

seq1  AGAAAAAGATGGTTGTAGCCATTTGAGCTCAATGGCAAGGACTGGGGACT  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAGATGGTTGTAGCCATTTGAGCTCAATGGCAAGGACTGGGGACT  549

seq1  TTATACCCATGCACCCTCACTTTCTCCCAGTAGTATTGGCAGCCCATTCT  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACCCATGCACCCTCACTTTCTCCCAGTAGTATTGGCAGCCCATTCT  599

seq1  GTGGCCACGGGGAAATTCTGCATTTCCCACATGTTTGGCTGAGAAGCTGT  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCACGGGGAAATTCTGCATTTCCCACATGTTTGGCTGAGAAGCTGT  649

seq1  TTATTCTGTCATGAAGTAGAACTTCATCTTTAACAGGCATCTTTCTCTCA  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCTGTCATGAAGTAGAACTTCATCTTTAACAGGCATCTTTCTCTCA  699

seq1  ATAATGATATCTTTCTCAAGAGCTACCTTTCTGAGCGGTCTATGAAACTG  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGATATCTTTCTCAAGAGCTACCTTTCTGAGCGGTCTATGAAACTG  749

seq1  TCACCACGCTGCCTGGCACTTACATTTCCTCTATTCTCATTTTGTCTCCA  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCACGCTGCCTGGCACTTACATTTCCTCTATTCTCATTTTGTCTCCA  799

seq1  GTTATATGTGGCACCTCCCCTGATGCCACACTCCAGCCAGCATAAGACTG  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATATGTGGCACCTCCCCTGATGCCACACTCCAGCCAGCATAAGACTG  849

seq1  TACTGCTTTCTGCCTGAATACCCTGCCTTCATCCCAAAGTGTCCCTGTGA  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCTTTCTGCCTGAATACCCTGCCTTCATCCCAAAGTGTCCCTGTGA  899

seq1  ACAGGAAGGAAGGGGTTGATCTCCCTGAAGGTGCTCTGATTCTCAAAGCC  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAAGGAAGGGGTTGATCTCCCTGAAGGTGCTCTGATTCTCAAAGCC  949

seq1  TTCCAGAGCAGGCTGTACGTGTTATTCAAAGACAGGGCCGGGGCACACAC  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGAGCAGGCTGTACGTGTTATTCAAAGACAGGGCCGGGGCACACAC  999

seq1  TGGTCTTCCCAATTGGTGGCTGCCACACGAGGCAGCCTGGAACAGGTAAT  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTTCCCAATTGGTGGCTGCCACACGAGGCAGCCTGGAACAGGTAAT  1049

seq1  GTGGGAACAGAGAAGGCAGATTAAGAATTC  1064
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAACAGAGAAGGCAGATTAAGAATTC  1079

seq1: chr7_142300831_142302013
seq2: B6Ng01-114J01.g_66_1231

seq1  GAATTCCAGATAGGAAGACTCTACCTTTATTTGATCAGAGTCATGTTCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGATAGGAAGACTCTACCTTTATTTGATCAGAGTCATGTTCTA  50

seq1  TAGTGAGTGTTCTGAATGGTAGCATCCAAAAGATATATTTCTCCTTCGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAGTGTTCTGAATGGTAGCATCCAAAAGATATATTTCTCCTTCGTC  100

seq1  CTGAGAATATGACTCTTTTTGGAAAAAGGCATCTCTCCAGATGAGACCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAATATGACTCTTTTTGGAAAAAGGCATCTCTCCAGATGAGACCCA  150

seq1  GATAGCTCAGTTGGTAAAGTGCTTGCCTTACTAATCTGAAGCCCTGAGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCTCAGTTGGTAAAGTGCTTGCCTTACTAATCTGAAGCCCTGAGTC  200

seq1  CAATCCTCTAAAGCATGCATAAAAATAACCCAAGCATGGTGCCTCATAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCTCTAAAGCATGCATAAAAATAACCCAAGCATGGTGCCTCATAAC  250

seq1  CCCAGCACTGGTGCAGCAAAGACAGTTGGAAAGTTGGATTCCTGGGTCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCACTGGTGCAGCAAAGACAGTTGGAAAGTTGGATTCCTGGGTCTC  300

seq1  AGTGGGCAGTTAGCATAGCCCACTGAGTAAGCTCCAGGCCAATGAGAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGCAGTTAGCATAGCCCACTGAGTAAGCTCCAGGCCAATGAGAGAC  350

seq1  TCCATCTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAGACAGAAAACAAGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAGACAGAAAACAAGCTG  400

seq1  AGGAATGAATGAGAGCTTTGCTCATCCTCTTACACTCACACATGCATGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATGAATGAGAGCTTTGCTCATCCTCTTACACTCACACATGCATGCA  450

seq1  CACCCCCCGACACACACACACACACACACACACATAAGTACACACACATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCCCGACACACACACACACACACACACACATAAGTACACACACATG  500

seq1  CACACTGAAGCTTGAGATGAGATTAGCCTGCGATGCCTAGGTGGATAGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGAAGCTTGAGATGAGATTAGCCTGCGATGCCTAGGTGGATAGGG  550

seq1  TTAAATCTATTCAAAAGAGTTCTTATAAAAGAGAAAAGAAGAAGTTGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATCTATTCAAAAGAGTTCTTATAAAAGAGAAAAGAAGAAGTTGTGT  600

seq1  GTGGCAGTGTACTTAGAGAATGGAGGCATGAAGATCATGAAAGTTCAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCAGTGTACTTAGAGAATGGAGGCATGAAGATCATGAAAGTTCAAGG  650

seq1  CTAGCCTCAGCTATATAGCTTATGTGAGACCAGTGTAGGCTGCATAAGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCCTCAGCTATATAGCTTATGTGAGACCAGTGTAGGCTGCATAAGAC  700

seq1  CCCTGTCTCAGTCCACCACCGGCCAAAAGGAAAGCAGACACAGACATCGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTCTCAGTCCACCACCGGCCAAAAGGAAAGCAGACACAGACATCGA  750

seq1  AGAGAAGCTAAGTGAATAGGGGGCAGCAATTAGAGTGATAAATACAGCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGCTAAGTGAATAGGGGGCAGCAATTAGAGTGATAAATACAGCAT  800

seq1  CCACAGAACTCTGGGAATCTCTAGAAGCTAGATGGGTCAAGAAACACGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGAACTCTGGGAATCTCTAGAAGCTAGATGGGTCAAGAAACACGTC  850

seq1  TTCCCTAGAGCCTTCACAGAGAATGCAAGGCGCTAACAGGCACC-TTGAC  899
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTCTCTAGAGCCTTCACAGAGAATGCAAGGCGCTAACAGGCACCTTTGAC  900

seq1  TTTAGAACTTTATGACTATGAGGATGTCTTTGTGTTGTTTGAAGCCACCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAACTTTATGACTATGAGGATGTCTTTGTGTTGTTTGAAGCCACCC  950

seq1  AG-TTTAT-GGTCATTTGTGAGAGCACCACAGAACAATAGTGCAGGATGG  997
      || ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||| |
seq2  AGTTTTATGGGTCATTTGTGAGAGCACAACAGAAC-ATAGTGCA-GAT-G  997

seq1  CACAGATGAAGGGTGGCGAGATGAATTTGGTTATGCTTGACCTTGCACTT  1047
      |||||||||| |||||||||||| |||||||  ||| ||| |||||||| 
seq2  CACAGATGAA-GGTGGCGAGATG-ATTTGGTATTGC-TGA-CTTGCACT-  1042

seq1  CCTTCTTAATGTGCATCTGGGAAGAGCAGGAGGACCAGTGTGCTTTTAGG  1097
       |||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||
seq2  -CTTCCTAATGTGCATCTGGGAAGAGCAAGAGGA-CAGGGTGCTTTTAGG  1090

seq1  AAGCTTGATGACGCGCAAGCTCAAGTCCAAGGAGTGGCTAGGCTGGCCAA  1147
       ||||||||||| |||| |||||||||     ||  ||||| || |||| 
seq2  -AGCTTGATGAC-CGCATGCTCAAGTC-----AGATGCTAGCCT-GCCA-  1131

seq1  CCTCAAGCCTCTCTATATGAATATACTTCCCAATCT  1183
       || ||||||   ||||||||||||||||| |||||
seq2  -CTTAAGCCTTCTTATATGAATATACTTCCAAATCT  1166