BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-115A16
Chromosome7 (Build37)
Map Location 69,125,811 - 69,240,212
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC625287, D0Kist2, LOC100041248, LOC100041259, EG664943, B230209E15Rik, EG620934, LOC100041293
Downstream geneNdn, Magel2, Mkrn3, Peg12, Atp5l-ps1, EG665038, LOC669222, LOC384631, LOC622243, EG622251
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-115A16.bB6Ng01-115A16.g
ACCDH920408DH920409
length1,1141,138
definitionDH920408|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115A16, 5' end.DH920409|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115A16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,125,811 - 69,126,929)(69,239,047 - 69,240,212)
sequence
gaattccgcgtatacaattttgaagagactaaatatgtgttaccatgatc
ttggcagtaagacctgtgagccaggacagctgtcattgcccttgcattaa
gtctctaggtgatgttactttcctaactctataatggattacaactgagt
aagagttgtaacactgctcagtatgcactcacagtgtgctgggatatttt
tattacttcatgaacacttgtgagtgtcagacatgttgcattctttctgg
gtatttcactggtatattcccacacaagtgtgacattctgttatactaac
tgcttttgcctgacaattccttggtctttgtgatccattagttgagactg
caaatcatactctgttccattcagcagtacacaatatgatataattctaa
tatgcagatgataactgaacatctgatgtgcttcactgaatataatgtat
tctgatataaagtacccaaatctggaccttattattagtagaataaattg
gttttttttctccattagttcctatttctcaggaataagcatggagaatc
aggcagtataatcagcatgtttcttaaaggaaaatgattaaatgaaattt
cagcaatttaaaaaagtaatgtatccactattcatgataattatgattat
aatcagtactgtatgcaataacaaatgttcgcaatttcatgtcgcatagt
catgtgaaaaaagtctcaacgttatcgttaaaaaaaattgaactacactc
acccttcagattattattccagagtcatttctaatgtcatcagtataata
cttctagatatccacaaggaacaaatctccctcctgaccagattctaagg
aaaacagaggcataatcattaagtgacaccactgagcctgtctcattcta
cagactatgcaaaaatgaagaaaaataaacacaagaactactactcagtt
actgctgaactgcactaaatttcttggctgtcagatgtcaatggttctat
taatgaatggtagcagatgtcatagcttaaagctctcagagtgctcacta
tgacatatgagtactgacgtgatatagaagttcttcacagtcttcacggg
aacgacagaagtct
gaattcttaattgtctgcttatgctggcatctccaagggcattgaaatca
atgtccagaaatcacatggctacagaaagagtaaaattgttcttccttag
agaatccaagatgaaaggcatggatatattggtcaaaaagttatcaccca
tgtcataacacatagttgaaaccctgtgcctccactttcatgtgagctac
atatgctttgaagtatatgacctctgattaatcatcatgtttcaggagga
ggagactacaacatgagcaggctgtactcttggtttgagaatacatgttc
tgatcttcccagggacttgaactcagccttaccacttcagggcccctcat
ttatctagattgtatctataatgctctctgctagtgttgtgaaagaaaaa
cttcttcaagatgatgggggataatggaaagagctgtcacaaaaattaac
tgtagagcctggtgatgagtcacaattgcaggatattttacctggtggtt
ttccttggtaagagagtggggtgttcattgtagaggcctggttataaggg
gtgcattagatacagcactaagttgaggtcaccaagacagagggtgtaag
ttagggaaaacatttaatgatgttcttctctgtggtgttcattgacagac
atttgtgatggataccttaccagtttctccctcagaatgccacagcagca
accaaagcatcaccaagaagctgtaaaggtaatatgactacacatgtggt
tattgagaaatgtgtctaatggcgcagtccagccaggagagatacttctg
atctaaggtaagaaaaatagcaaaaatgtgtggggctgacaacatgatac
tgagttttaatgtttcaggtatactagagaaaaaatgaggaacataaaat
tacttactggctggtgaaatggctcagtgggtagagtacccaactgctct
tccaaggtccagtgttcaagccctgaaactacatggtgctcatatcatcc
gtaacaagatctgacgctttcttctggttgtctgaagacagctacagtgt
tcttacatataataattaattaatctttaaaaattacttactataggagg
tgaatgtaggtcgatatccagccataatgaagcatcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_69125811_69126929
seq2: B6Ng01-115A16.b_44_1157

seq1  GAATTCCGCGTATACAATTTTGAAGAGACTAAATATGTGTTACCATGATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCGCGTATACAATTTTGAAGAGACTAAATATGTGTTACCATGATC  50

seq1  TTGGCAGTAAGACCTGTGAGCCAGGACAGCTGTCATTGCCCTTGCATTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCAGTAAGACCTGTGAGCCAGGACAGCTGTCATTGCCCTTGCATTAA  100

seq1  GTCTCTAGGTGATGTTACTTTCCTAACTCTATAATGGATTACAACTGAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTAGGTGATGTTACTTTCCTAACTCTATAATGGATTACAACTGAGT  150

seq1  AAGAGTTGTAACACTGCTCAGTATGCACTCACAGTGTGCTGGGATATTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTTGTAACACTGCTCAGTATGCACTCACAGTGTGCTGGGATATTTT  200

seq1  TATTACTTCATGAACACTTGTGAGTGTCAGACATGTTGCATTCTTTCTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACTTCATGAACACTTGTGAGTGTCAGACATGTTGCATTCTTTCTGG  250

seq1  GTATTTCACTGGTATATTCCCACACAAGTGTGACATTCTGTTATACTAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTCACTGGTATATTCCCACACAAGTGTGACATTCTGTTATACTAAC  300

seq1  TGCTTTTGCCTGACAATTCCTTGGTCTTTGTGATCCATTAGTTGAGACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTTGCCTGACAATTCCTTGGTCTTTGTGATCCATTAGTTGAGACTG  350

seq1  CAAATCATACTCTGTTCCATTCAGCAGTACACAATATGATATAATTCTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCATACTCTGTTCCATTCAGCAGTACACAATATGATATAATTCTAA  400

seq1  TATGCAGATGATAACTGAACATCTGATGTGCTTCACTGAATATAATGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAGATGATAACTGAACATCTGATGTGCTTCACTGAATATAATGTAT  450

seq1  TCTGATATAAAGTACCCAAATCTGGACCTTATTATTAGTAGAATAAATTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATATAAAGTACCCAAATCTGGACCTTATTATTAGTAGAATAAATTG  500

seq1  GTTTTTTTTCTCCATTAGTTCCTATTTCTCAGGAATAAGCATGGAGAATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTTTTCTCCATTAGTTCCTATTTCTCAGGAATAAGCATGGAGAATC  550

seq1  AGGCAGTATAATCAGCATGTTTCTTAAAGGAAAATGATTAAATGAAATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGTATAATCAGCATGTTTCTTAAAGGAAAATGATTAAATGAAATTT  600

seq1  CAGCAATTTAAAAAAGTAATGTATCCACTATTCATGATAATTATGATTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAATTTAAAAAAGTAATGTATCCACTATTCATGATAATTATGATTAT  650

seq1  AATCAGTACTGTATGCAATAACAAATGTTCGCAATTTCATGTCGCATAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGTACTGTATGCAATAACAAATGTTCGCAATTTCATGTCGCATAGT  700

seq1  CATGTGAAAAAAGTCTCAACGTTATCGTTAAAAAAAATTGAACTACACTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGAAAAAAGTCTCAACGTTATCGTTAAAAAAAATTGAACTACACTC  750

seq1  ACCCTTCAGATTATTATTCCAGAGTCATTTCTAATGTCATCAGTATAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTCAGATTATTATTCCAGAGTCATTTCTAATGTCATCAGTATAATA  800

seq1  CTTCTAGATATCCACAAGGAACAAATCTCCCTCCTGACCAGATTCTAAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTAGATATCCACAAGGAACAAATCTCCCTCCTGACCAGATTCTAAGG  850

seq1  AAAACAGAGGCATAATCATTAAGTGACACCACTGAGCCTGTCTCATTCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAGAGGCATAATCATTAAGTGACACCACTGAGCCTGTCTCATTCTA  900

seq1  CAGACTATGCAAAAATGAAGAAAAATAAACACAAGAACTACTACTCAGTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTATGCAAAAATGAAGAAAAATAAACACAAGAACTACTACTCAGTT  950

seq1  ACTGCTGAACTGCACTAAATTTCTTGGCTGTCAGATGTCAATGGTTCTAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTGAACTGCACTAAATTTCTTGGCTGTCAGATGTCAATGGTTCTAT  1000

seq1  TAAAATGAATGGTAGCAGATGTCATAGCTTAAAGCTCTCAGAGTGGCTCA  1050
      |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  T--AATGAATGGTAGCAGATGTCATAGCTTAAAGCTCTCAGAGT-GCTCA  1047

seq1  CTATGACATATGAGTACTGACCGTGATATAGAAGTTCTTCACAGTTCTTC  1100
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CTATGACATATGAGTACTGA-CGTGATATAGAAGTTCTTCACAG-TCTTC  1095

seq1  ACGGGAACGACAGAAGTCT  1119
      |||||||||||||||||||
seq2  ACGGGAACGACAGAAGTCT  1114

seq1: chr7_69239047_69240212
seq2: B6Ng01-115A16.g_66_1203 (reverse)

seq1  TAGATGCTCTTCATTATTGCTGGTATAATCTGGACCCCCTTACACTTTTC  50
      ||||||  ||||||||| |||||    || | ||||    ||||   |||
seq2  TAGATG--CTTCATTATGGCTGG----ATATCGACC----TACA---TTC  37

seq1  ACCTTCCTATTAAGTAAAGTAAATTTTTTAAAGATTTATTTATTTATTAT  100
      ||| ||||||  ||| ||||||  |||||||||| ||| ||| |||||||
seq2  ACC-TCCTAT--AGT-AAGTAA--TTTTTAAAGA-TTAATTAATTATTAT  80

seq1  ATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAAAGCGTCAGA  150
      ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAGAACACTGTAGCTGTCTTCAGACA-ACCAGAAGAAAGCGTCAGA  129

seq1  TCTTGTTACGGATGGTTATGAGCCACCATGTAGTTTCCAGGGCTTGAACA  200
      ||||||||||||| | |||||| ||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCTTGTTACGGAT-GATATGAG-CACCATGTAGTTT-CAGGGCTTGAACA  176

seq1  CTGGACCTTTGGAAGAGCAGTTGGGTACTCTACCCACTGAGCCATTTCAC  250
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGACC-TTGGAAGAGCAGTTGGGTACTCTACCCACTGAGCCATTTCAC  225

seq1  CAGCCCAGTAAAGTAATTTTTATGTTCCTCATTTTTTCTCTAGTATACCT  300
      ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAG-CCAGT-AAGTAA-TTTTATGTTCCTCATTTTTTCTCTAGTATACCT  272

seq1  GAAACATTAAAACTCAGTATCATGTTGTCAGCCCCACACATTTTTGCTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACATTAAAACTCAGTATCATGTTGTCAGCCCCACACATTTTTGCTAT  322

seq1  TTTTCTTACCTTAGATCAGAAGTATCTCTCCTGGCTGGACTGCGCCATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTACCTTAGATCAGAAGTATCTCTCCTGGCTGGACTGCGCCATTA  372

seq1  GACACATTTCTCAATAACCACATGTGTAGTCATATTACCTTTACAGCTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACATTTCTCAATAACCACATGTGTAGTCATATTACCTTTACAGCTTC  422

seq1  TTGGTGATGCTTTGGTTGCTGCTGTGGCATTCTGAGGGAGAAACTGGTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGATGCTTTGGTTGCTGCTGTGGCATTCTGAGGGAGAAACTGGTAA  472

seq1  GGTATCCATCACAAATGTCTGTCAATGAACACCACAGAGAAGAACATCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATCCATCACAAATGTCTGTCAATGAACACCACAGAGAAGAACATCAT  522

seq1  TAAATGTTTTCCCTAACTTACACCCTCTGTCTTGGTGACCTCAACTTAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTTTTCCCTAACTTACACCCTCTGTCTTGGTGACCTCAACTTAGT  572

seq1  GCTGTATCTAATGCACCCCTTATAACCAGGCCTCTACAATGAACACCCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTATCTAATGCACCCCTTATAACCAGGCCTCTACAATGAACACCCCA  622

seq1  CTCTCTTACCAAGGAAAACCACCAGGTAAAATATCCTGCAATTGTGACTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTTACCAAGGAAAACCACCAGGTAAAATATCCTGCAATTGTGACTC  672

seq1  ATCACCAGGCTCTACAGTTAATTTTTGTGACAGCTCTTTCCATTATCCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCAGGCTCTACAGTTAATTTTTGTGACAGCTCTTTCCATTATCCCC  722

seq1  CATCATCTTGAAGAAGTTTTTCTTTCACAACACTAGCAGAGAGCATTATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATCTTGAAGAAGTTTTTCTTTCACAACACTAGCAGAGAGCATTATA  772

seq1  GATACAATCTAGATAAATGAGGGGCCCTGAAGTGGTAAGGCTGAGTTCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACAATCTAGATAAATGAGGGGCCCTGAAGTGGTAAGGCTGAGTTCAA  822

seq1  GTCCCTGGGAAGATCAGAACATGTATTCTCAAACCAAGAGTACAGCCTGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTGGGAAGATCAGAACATGTATTCTCAAACCAAGAGTACAGCCTGC  872

seq1  TCATGTTGTAGTCTCCTCCTCCTGAAACATGATGATTAATCAGAGGTCAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTTGTAGTCTCCTCCTCCTGAAACATGATGATTAATCAGAGGTCAT  922

seq1  ATACTTCAAAGCATATGTAGCTCACATGAAAGTGGAGGCACAGGGTTTCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTCAAAGCATATGTAGCTCACATGAAAGTGGAGGCACAGGGTTTCA  972

seq1  ACTATGTGTTATGACATGGGTGATAACTTTTTGACCAATATATCCATGCC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGTGTTATGACATGGGTGATAACTTTTTGACCAATATATCCATGCC  1022

seq1  TTTCATCTTGGATTCTCTAAGGAAGAACAATTTTACTCTTTCTGTAGCCA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATCTTGGATTCTCTAAGGAAGAACAATTTTACTCTTTCTGTAGCCA  1072

seq1  TGTGATTTCTGGACATTGATTTCAATGCCCTTGGAGATGCCAGCATAAGC  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATTTCTGGACATTGATTTCAATGCCCTTGGAGATGCCAGCATAAGC  1122

seq1  AGACAATTAAGAATTC  1166
      ||||||||||||||||
seq2  AGACAATTAAGAATTC  1138