BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-119E22
Chromosome7 (Build37)
Map Location 25,094,668 - 25,254,147
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZfp94, 1700008P20Rik, Lypd5, Kcnn4, 1500002O20Rik, Irgc1, Plaur
Upstream geneNlrp4e, LOC434261, Nlrp5, LOC100043095, EG622032, LOC667651, LOC100043101, LOC100043103, EG546944, V1rd7, V1rd9, EG545934, V1rd22, LOC384573, EG622222, LOC546943, V1rd12, V1rd13, V1rd17, LOC100043121, V1rd16, LOC384575, V1rd20, V1rd18, V1rd15, EG622446, Zfp180, Zfp112, Zfp235, Zfp114, Zfp111, Zfp109, Zfp108, Zfp93, LOC100043690, Zfp61, LOC100043691
Downstream geneCadm4, Zfp428, Irgq, 2310033E01Rik, Xrcc1, Zfp575, Ethe1, LOC100043138, EG232970, Lypd3, LOC100043706, Tex101, Gm1096, BC049730, EG210155, Cd177, Ceacam10, EG545936, LOC100043712, Lypd4, Dmrtc2, Rps19, Cd79a, Arhgef1, EG232974, Rabac1, Atp1a3, Grik5, Zfp574, Pou2f2, Dedd2, Zfp526, Gsk3a, 9130221H12Rik, Erf, Cic, Pafah1b3, EG623131, Tmem145, Megf8, Cnfn, Lipe, BC024561, LOC434148, Ceacam1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-119E22.bB6Ng01-119E22.g
ACCDH923559DH923560
length1,1311,092
definitionDH923559|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-119E22, 5' end.DH923560|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-119E22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,252,995 - 25,254,147)(25,094,668 - 25,095,782)
sequence
gaattcccttcccatttcccaaacgatgaggtacatatgcttttttaatt
ttttaatttttttgactagggttcagtctgcattctggaatctgctaggt
ggaccaggctggcctccaacttatggaaatccttctattatgttctctca
agttctgggataataggtgtgtgccaccatgccaggctgcagctcttttc
tttacagctctttggtgcttgctagacaaacatgagtttgaccccaaaac
taatgtaaaaaccatggagccagtgtcctgtaatccctggtctgggtagg
cagagttgggagggacccttggacttgctggctgccagtctagcttcagg
ctcagtgagaccctctctgaatagaattaggtacggaatgacagagtaga
acagctgctgtcttcctctggcctctttgtgcacacacacatatatacac
accacacacacacacacacacacagataatgcactcacacacatacacat
acatccacagacaatgcagtcacacatatacacacatgcacacacacaca
ctcacagacatgtacacatatgcacacacataaacattcacatgcacaca
caccacatacatatacacatccatgcacacaccatacacacaccacatgc
tcttgcaccgacaccatacacatacacacaacactgacacatacatgata
acacacacacacacagctctaagttattttcttctgttcctttttatcaa
tcagggtctgttcttcacctcctggctggctctcaggggatctaaaatgg
atacccgcacctctccagctccgctcctgttgttctttttgcgcgtacac
ttgccaaaaaaacgggagggaaaactgccacccagcctgagcctgttgcc
tcagtctcaggactctctcttcatggctctgtctgctttaacagagctga
gctggtgagttggacacagcgtgacacctgtgacactctctgtgtctggc
ttctctcttctaagatcacaagggcccaagttctgcttttgctttgtgct
ctcgaaactcattcactgctgtcatctgccagctatagcgcgcatgaagc
attgcctgacatagagtccgatcacacccag
gaattcttggttcttcatgccattgacaacactgaacaacccataacaaa
aatttgtactagtaacaggcactcagtgggtgaaggagtttgctgctaag
ccagccatcccaagttcaaatcctgggaaccacatgatggaagaagagga
tcgactcctatgggttgttctttgagtatgctcacatgctcaaagtaaat
gtggggaaaaaaaaaatgctgtttaaatcagtgaaagacaatttgatatt
tctatttattttgtgatcactaaaataatacatttttcaactatttacta
accatgtttattttctatctatctatctatctatctatctatctatctat
ctatctatttagacagggtctcatagcttaggctagctcaaacttgctgt
gtagccaaggatgacctgcacttctctaatcttcctgcctccatttcctc
agtgctggggtcacaaggatgtggtgtcaagactggagtatgtggtgctg
ggaactgaacctggggcctcttgcgtgcaaggcaagcactctaccggtta
agctatgtccctagtcccatgtttgtttctctttggtactctgcctacct
ttctcctaagtgttggttctgcactgctggggaccaaagccagtgcgctg
aacaatcgaggcaagtgttctgcctaagctaattgtcggccccgtacttc
cattccttagcatccgtatggtaaatattctcccgctctttcttctctaa
ctttgtgtatagcagagagtcccaacctggacgatggcgtcatgggcttt
tctcgtctgtgcctgttcagccaatcatatgtagtagcagtaatagtagt
tagtattttgctattgttttttagacagggtttctctttgacgtcctgaa
ctcactatgtaaccaggctgtcttgaactcacaacatccacttgctctgc
tttcaggtgctgggataaaatgctcagcattttatattttaaaatcttta
ctagtttcctacctgtacgtgggggctgctgggaccatatggagggcagt
gtcctgagaggccaaggaggggacgacttctctggagctgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_25252995_25254147
seq2: B6Ng01-119E22.b_40_1170 (reverse)

seq1  CTGGGTGTGATAGAGACTCTTATGTCAGGGCAATGCTTCCAAGGGCGGCG  50
      ||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| || | |||   
seq2  CTGGGTGTGATCG-GACTC-TATGTCA-GGCAATGCTT-CATGCGCG---  43

seq1  GCTTATAAAGCTGGGCAGATGACAGCCAGTGATTTGAGGTCTCTGAAGAG  100
           || |||| |||||||||||| ||||||  ||||   | |  ||||
seq2  ----CTATAGCT-GGCAGATGACAG-CAGTGA-ATGAG---TTTCGAGAG  83

seq1  CACAAAGCAAAGGCAGGAACTTGGGGCCCTGTGATCTTTAGAAGAGAGAA  150
      ||||||||||| ||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||||
seq2  CACAAAGCAAAAGCA-GAACTTGGGCCCTTGTGATC-TTAGAAGAGAGAA  131

seq1  GCCAGACACAGAGAGTGTCACAGGTGTCACGCTTGTGTTCCAACTCACCA  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
seq2  GCCAGACACAGAGAGTGTCACAGGTGTCACGC-TGTG-TCCAACTCACCA  179

seq1  GCTCAGCTCTGTTAAAGCAGACAGAGCCATGAAGAGAGAGTCCTGAGACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGCTCTGTTAAAGCAGACAGAGCCATGAAGAGAGAGTCCTGAGACT  229

seq1  GAGGCAACAGGCTCAGGCTGGGTGGCAGTTTTCCCTCCCGTTTTTTTGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAACAGGCTCAGGCTGGGTGGCAGTTTTCCCTCCCGTTTTTTTGGC  279

seq1  AAGTGTACGCGCAAAAAAGAACAACAGGAGCGGAGCTGGAGAGGTGCGGG  350
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTACGCGC-AAAAAGAACAACAGGAGCGGAGCTGGAGAGGTGCGGG  328

seq1  TATCCATTTTAGATCCCCTGAGAGCCAGCCAGGAGGTGAAGAACAGACCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCATTTTAGATCCCCTGAGAGCCAGCCAGGAGGTGAAGAACAGACCC  378

seq1  TGATTGATAAAAAGGAACAGAAGAAAATAACTTAGAGCTGTGTGTGTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGATAAAAAGGAACAGAAGAAAATAACTTAGAGCTGTGTGTGTGTG  428

seq1  TGTTATCATGTATGTGTCAGTGTTGTGTGTATGTGTATGGTGTCGGTGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATCATGTATGTGTCAGTGTTGTGTGTATGTGTATGGTGTCGGTGCA  478

seq1  AGAGCATGTGGTGTGTGTATGGTGTGTGCATGGATGTGTATATGTATGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCATGTGGTGTGTGTATGGTGTGTGCATGGATGTGTATATGTATGTG  528

seq1  GTGTGTGTGCATGTGAATGTTTATGTGTGTGCATATGTGTACATGTCTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGCATGTGAATGTTTATGTGTGTGCATATGTGTACATGTCTGT  578

seq1  GAGTGTGTGTGTGTGCATGTGTGTATATGTGTGACTGCATTGTCTGTGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTGTGTGTGTGCATGTGTGTATATGTGTGACTGCATTGTCTGTGGA  628

seq1  TGTATGTGTATGTGTGTGAGTGCATTATCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTGTATGTGTGTGAGTGCATTATCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  678

seq1  GGTGTGTATATATGTGTGTGTGCACAAAGAGGCCAGAGGAAGACAGCAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGTATATATGTGTGTGTGCACAAAGAGGCCAGAGGAAGACAGCAGC  728

seq1  TGTTCTACTCTGTCATTCCGTACCTAATTCTATTCAGAGAGGGTCTCACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTACTCTGTCATTCCGTACCTAATTCTATTCAGAGAGGGTCTCACT  778

seq1  GAGCCTGAAGCTAGACTGGCAGCCAGCAAGTCCAAGGGTCCCTCCCAACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTGAAGCTAGACTGGCAGCCAGCAAGTCCAAGGGTCCCTCCCAACT  828

seq1  CTGCCTACCCAGACCAGGGATTACAGGACACTGGCTCCATGGTTTTTACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTACCCAGACCAGGGATTACAGGACACTGGCTCCATGGTTTTTACA  878

seq1  TTAGTTTTGGGGTCAAACTCATGTTTGTCTAGCAAGCACCAAAGAGCTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTTTGGGGTCAAACTCATGTTTGTCTAGCAAGCACCAAAGAGCTGT  928

seq1  AAAGAAAAGAGCTGCAGCCTGGCATGGTGGCACACACCTATTATCCCAGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAAGAGCTGCAGCCTGGCATGGTGGCACACACCTATTATCCCAGA  978

seq1  ACTTGAGAGAACATAATAGAAGGATTTCCATAAGTTGGAGGCCAGCCTGG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAGAGAACATAATAGAAGGATTTCCATAAGTTGGAGGCCAGCCTGG  1028

seq1  TCCACCTAGCAGATTCCAGAATGCAGACTGAACCCTAGTCAAAAAAATTA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCTAGCAGATTCCAGAATGCAGACTGAACCCTAGTCAAAAAAATTA  1078

seq1  AAAAATTAAAAAAGCATATGTACCTCATCGTTTGGGAAATGGGAAGGGAA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTAAAAAAGCATATGTACCTCATCGTTTGGGAAATGGGAAGGGAA  1128

seq1  TTC  1153
      |||
seq2  TTC  1131

seq1: chr7_25094668_25095782
seq2: B6Ng01-119E22.g_69_1160

seq1  GAATTCTTGGTTCTTCATGCCATTGACAACACTGAACAACCCATAACAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGGTTCTTCATGCCATTGACAACACTGAACAACCCATAACAAA  50

seq1  AATTTGTACTAGTAACAGGCACTCAGTGGGTGAAGGAGTTTGCTGCTAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGTACTAGTAACAGGCACTCAGTGGGTGAAGGAGTTTGCTGCTAAG  100

seq1  CCAGCCATCCCAAGTTCAAATCCTGGGAACCACATGATGGAAGAAGAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCATCCCAAGTTCAAATCCTGGGAACCACATGATGGAAGAAGAGGA  150

seq1  TCGACTCCTATGGGTTGTTCTTTGAGTATGCTCACATGCTCAAAGTAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGACTCCTATGGGTTGTTCTTTGAGTATGCTCACATGCTCAAAGTAAAT  200

seq1  GTGGGGAAAAAAAAAATGCTGTTTAAATCAGTGAAAGACAATTTGATATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGAAAAAAAAAATGCTGTTTAAATCAGTGAAAGACAATTTGATATT  250

seq1  TCTATTTATTTTGTGATCACTAAAATAATACATTTTTCAACTATTTACTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTTATTTTGTGATCACTAAAATAATACATTTTTCAACTATTTACTA  300

seq1  ACCATGTTTATTTTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGTTTATTTTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT  350

seq1  CTATCTATTTAGACAGGGTCTCATAGCTTAGGCTAGCTCAAACTTGCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTATTTAGACAGGGTCTCATAGCTTAGGCTAGCTCAAACTTGCTGT  400

seq1  GTAGCCAAGGATGACCTGCACTTCTCTAATCTTCCTGCCTCCATTTCCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCCAAGGATGACCTGCACTTCTCTAATCTTCCTGCCTCCATTTCCTC  450

seq1  AGTGCTGGGGTCACAAGGATGTGGTGTCAAGACTGGAGTATGTGGTGCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTGGGGTCACAAGGATGTGGTGTCAAGACTGGAGTATGTGGTGCTG  500

seq1  GGAACTGAACCTGGGGCCTCTTGCGTGCAAGGCAAGCACTCTACCGGTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTGAACCTGGGGCCTCTTGCGTGCAAGGCAAGCACTCTACCGGTTA  550

seq1  AGCTATGTCCCTAGTCCCATGTTTGTTTCTCTTTGGTACTCTGCCTACCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATGTCCCTAGTCCCATGTTTGTTTCTCTTTGGTACTCTGCCTACCT  600

seq1  TTCTCCTAAGTGTTGGTTCTGCACTGCTGGGGACCAAAGCCAGTGCGCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTAAGTGTTGGTTCTGCACTGCTGGGGACCAAAGCCAGTGCGCTG  650

seq1  AACAATCGAGGCAAGTGTTCTGCCTAAGCTAATTGTCGGCCCCGTACTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATCGAGGCAAGTGTTCTGCCTAAGCTAATTGTCGGCCCCGTACTTC  700

seq1  CATTCCTTAGCATCCGTATGGTAAATATTCTCCCGCTCTTTCTTCTCTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCTTAGCATCCGTATGGTAAATATTCTCCCGCTCTTTCTTCTCTAA  750

seq1  CTTTGTGTATAGCAGAGAGTCCCAACCTGGACGATGGCGTCATGGGCTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTGTATAGCAGAGAGTCCCAACCTGGACGATGGCGTCATGGGCTTT  800

seq1  TCTCGTCTGTGCCTGTTCACCCAATCATATGTAGTAGCAGTAATAGTAGT  850
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCGTCTGTGCCTGTTCAGCCAATCATATGTAGTAGCAGTAATAGTAGT  850

seq1  TAGTATTTTGCTATTGTTTTTTTAAGACAGGGTTTCTCTTTGACAGTCCT  900
      ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||
seq2  TAGTATTTTGCTATTGTTTTTT--AGACAGGGTTTCTCTTTGAC-GTCCT  897

seq1  GGAACTCACTATGTAAACCAGGCTGGCCTTGAACTCACACACATCCACTT  950
       ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||| ||||||||||
seq2  -GAACTCACTATGT-AACCAGGCT-GTCTTGAACTCACA-ACATCCACTT  943

seq1  GCCTCTGCTTTCCAGGTGCTGGGATTAAAAATGCTCAGCATTTTTATTAT  1000
      | ||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||    ||||
seq2  G-CTCTGCTTT-CAGGTGCTGGGAT--AAAATGCTCAGCATT----TTAT  985

seq1  TTTTTAAAATCTTTACTATTTTTCACTACCTGTATGTGTGTGTGGCTGTG  1050
       ||||||||||||||||| |||   ||||||||| ||| | |  |||| |
seq2  ATTTTAAAATCTTTACTAGTTT--CCTACCTGTACGTGGGGGCTGCTGGG  1033

seq1  TATCTATATGTGAGTGCTAGTGTCCTGAGAGGCCACAAGAGGGTGACAGC  1100
         | ||||| ||| || ||||||||||||||||| | ||||| |||  |
seq2  --ACCATATG-GAGGGC-AGTGTCCTGAGAGGCCA-AGGAGGG-GACGAC  1077

seq1  TTCCCTGGAGCTGGA  1115
      ||| |||||||||||
seq2  TTCTCTGGAGCTGGA  1092