BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-154F09
Chromosome7 (Build37)
Map Location 6,696,136 - 6,802,995
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUsp29
Upstream geneLOC100041637, V1rd1, LOC100041647, V1rd11, LOC100041666, V1rd6, EG384525, EG269859, Nlrp4c, Zfp787, Zfp444, Galp, Zfp371, EG627821, Zfp667, Zfp583, LOC100042467, LOC100042459, Zfp78, Zfp28, LOC100042450, Olfr1344, GA_x5J8B7W3DQU-679632-679375, Olfr1336, Olfr1346, Olfr5, Olfr1347, Olfr1348, Olfr1349, LOC665328, Olfr1350, Zim2, Zim1, Peg3, LOC627961
Downstream geneAurkc, LOC628030, LOC100041822, 5730403M16Rik, 2810409K11Rik, Vmn2r-ps35, Zfp418, BC023179, 6430701C03Rik, Clcn4-2, V2r15, LOC100041866, LOC100042577, Vmn2r31, Vmn2r-ps36, V2r5, LOC100041883, EG628117, Vmn2r33, LOC665470, EG665474, EG628368, LOC100042636, LOC665485, EG625353, Vmn2r-ps40
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-154F09.bB6Ng01-154F09.g
ACCDH949408DH949409
length8641,015
definitionDH949408|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-154F09, 5' end.DH949409|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-154F09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,802,132 - 6,802,995)(6,696,136 - 6,697,156)
sequence
gaattctcaaataataaataacaataattctaaaggttatggggattggt
caattgggagaatgtgtcctagcataaatgaattgctaagttcagttcct
agcactgcataaaatgggtgtggtagcaaaagcttgcaatcctagaactt
aggacatagaaacaggaagattcaagaattcaaggtcatcttcgtctata
tagtgagtttgaggtagcctgggctacccgagatcctttcaggaaggaaa
gaaggagttggtgggggaagaaaggaagaaatattggtaaaatacacaga
agacaagaaataaataatctccaacacatcctacccttagtcactgtgtg
ggtggcttgtctgagtctagggaccccagttaacacaagccacattaaca
ggaccaaaccccacaagtatcatacacattcatggtgattttcaccagag
tgaagtccaaagcatggcgcctctacacattttagacaaagagcaatatg
tttgagaaggaatgacaagacagatgggtctctgactgggggagtaaact
ccaggctgtcactaggagatatatggggccgtcagcctagggggagataa
gggctacttcagggtgtttacacaggttcagggcagcccagtcaccagtc
tgtggtcatcaaggctctgtgttagccttggtgtgtgaagaatggccctt
cctaaagaatcaactgttgctgcgtgtgggagaatgccaaatggatctat
atggtatttaattctaccctctatattcatgttcaaaaaatttacacact
tatcctcaagggatttcagcctgagatagtcagtacaccagtgtgtgtgt
gtatgtgtgtgtgt
gaattcatgtatttagttatgtatgcctttagagattttagtctgtagct
tggaaggcacatccagcagggaagctgacagataaacttgtaaatataat
gttaactgtttaggaggaggagactcagataggggagggttgtttctatg
gtggacacggagtgatcggaaaaggcttctttgagaaagagaagaagcta
agactaaattttaagaagagacaggtgtggggacatcccagatggataca
attgccctgtacaaacccataaatgctagaaaaataaatgaaagagagag
gaaagaaaggaaagcaggcagggagacaaaccatgagaatgtctgaagga
caacgtggggccttaaggggggtggatgcgattgcacgagtgtggaagag
tgaataactcccccaggactcagggccaacataaagacttcccatttaat
tacaaacctaaagagctgggaagatggctcagtggttcaagcacttgcta
gctacttaagcaagaaaaccagtttggatcaccagaaccagaatcaatgc
tgggtgaacatggcagcatacctgcaagtgtagcctggaaaagcagagat
ggaggtctgcaaagccaactgactagcatgactagccttaacagagaact
ctgggtttgctggaaaggtcaggcttaatgaataacatggcagactgatg
gagcgaaactgtggatatcagtgttgggcatacacacacacacacacaca
cacacacacacacacattcacttccatacatgtatgatgcacccttcaga
tatactcacaaatgcaaatatgcacacatgcaagcacatgcactccccac
atatccacacaaatacaaatatgtacacacacacatggaaaatttaaatg
tagagagaaaaaagcgaaagctattaaaaatgtaatcctaaatcctaaat
acggtaaggcatgtctaaatactttgtgagacgatcgtgctgttctgcag
agaactagactagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_6802132_6802995
seq2: B6Ng01-154F09.b_47_910 (reverse)

seq1  ACACACACACATACACACACACACTGGTGTACTGACTATCTCAGGCTGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACATACACACACACACTGGTGTACTGACTATCTCAGGCTGAA  50

seq1  ATCCCTTGAGGATAAGTGTGTAAATTTTTTGAACATGAATATAGAGGGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTTGAGGATAAGTGTGTAAATTTTTTGAACATGAATATAGAGGGTA  100

seq1  GAATTAAATACCATATAGATCCATTTGGCATTCTCCCACACGCAGCAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAAATACCATATAGATCCATTTGGCATTCTCCCACACGCAGCAACA  150

seq1  GTTGATTCTTTAGGAAGGGCCATTCTTCACACACCAAGGCTAACACAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATTCTTTAGGAAGGGCCATTCTTCACACACCAAGGCTAACACAGAG  200

seq1  CCTTGATGACCACAGACTGGTGACTGGGCTGCCCTGAACCTGTGTAAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGATGACCACAGACTGGTGACTGGGCTGCCCTGAACCTGTGTAAACA  250

seq1  CCCTGAAGTAGCCCTTATCTCCCCCTAGGCTGACGGCCCCATATATCTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAAGTAGCCCTTATCTCCCCCTAGGCTGACGGCCCCATATATCTCC  300

seq1  TAGTGACAGCCTGGAGTTTACTCCCCCAGTCAGAGACCCATCTGTCTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGACAGCCTGGAGTTTACTCCCCCAGTCAGAGACCCATCTGTCTTGT  350

seq1  CATTCCTTCTCAAACATATTGCTCTTTGTCTAAAATGTGTAGAGGCGCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCTTCTCAAACATATTGCTCTTTGTCTAAAATGTGTAGAGGCGCCA  400

seq1  TGCTTTGGACTTCACTCTGGTGAAAATCACCATGAATGTGTATGATACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGGACTTCACTCTGGTGAAAATCACCATGAATGTGTATGATACTT  450

seq1  GTGGGGTTTGGTCCTGTTAATGTGGCTTGTGTTAACTGGGGTCCCTAGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGTTTGGTCCTGTTAATGTGGCTTGTGTTAACTGGGGTCCCTAGAC  500

seq1  TCAGACAAGCCACCCACACAGTGACTAAGGGTAGGATGTGTTGGAGATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACAAGCCACCCACACAGTGACTAAGGGTAGGATGTGTTGGAGATTA  550

seq1  TTTATTTCTTGTCTTCTGTGTATTTTACCAATATTTCTTCCTTTCTTCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTCTTGTCTTCTGTGTATTTTACCAATATTTCTTCCTTTCTTCCC  600

seq1  CCACCAACTCCTTCTTTCCTTCCTGAAAGGATCTCGGGTAGCCCAGGCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAACTCCTTCTTTCCTTCCTGAAAGGATCTCGGGTAGCCCAGGCTA  650

seq1  CCTCAAACTCACTATATAGACGAAGATGACCTTGAATTCTTGAATCTTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAACTCACTATATAGACGAAGATGACCTTGAATTCTTGAATCTTCC  700

seq1  TGTTTCTATGTCCTAAGTTCTAGGATTGCAAGCTTTTGCTACCACACCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTATGTCCTAAGTTCTAGGATTGCAAGCTTTTGCTACCACACCCA  750

seq1  TTTTATGCAGTGCTAGGAACTGAACTTAGCAATTCATTTATGCTAGGACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGCAGTGCTAGGAACTGAACTTAGCAATTCATTTATGCTAGGACA  800

seq1  CATTCTCCCAATTGACCAATCCCCATAACCTTTAGAATTATTGTTATTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTCCCAATTGACCAATCCCCATAACCTTTAGAATTATTGTTATTTA  850

seq1  TTATTTGAGAATTC  864
      ||||||||||||||
seq2  TTATTTGAGAATTC  864

seq1: chr7_6696136_6697156
seq2: B6Ng01-154F09.g_67_1081

seq1  GAATTCATGTATTTAGTTATGTATGCCTTTAGAGATTTTAGTCTGTAGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGTATTTAGTTATGTATGCCTTTAGAGATTTTAGTCTGTAGCT  50

seq1  TGGAAGGCACATCCAGCAGGGAAGCTGACAGATAAACTTGTAAATATAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGGCACATCCAGCAGGGAAGCTGACAGATAAACTTGTAAATATAAT  100

seq1  GTTAACTGTTTAGGAGGAGGAGACTCAGATAGGGGAGGGTTGTTTCTATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAACTGTTTAGGAGGAGGAGACTCAGATAGGGGAGGGTTGTTTCTATG  150

seq1  GTGGACACGGAGTGATCGGAAAAGGCTTCTTTGAGAAAGAGAAGAAGCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGACACGGAGTGATCGGAAAAGGCTTCTTTGAGAAAGAGAAGAAGCTA  200

seq1  AGACTAAATTTTAAGAAGAGACAGGTGTGGGGACATCCCAGATGGATACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTAAATTTTAAGAAGAGACAGGTGTGGGGACATCCCAGATGGATACA  250

seq1  ATTGCCCTGTACAAACCCATAAATGCTAGAAAAATAAATGAAAGAGAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCCCTGTACAAACCCATAAATGCTAGAAAAATAAATGAAAGAGAGAG  300

seq1  GAAAGAAAGGAAAGCAGGCAGGGAGACAAACCATGAGAATGTCTGAAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAAAGGAAAGCAGGCAGGGAGACAAACCATGAGAATGTCTGAAGGA  350

seq1  CAACGTGGGGCCTTAAGGGGGGTGGATGCGATTGCACGAGTGTGGAAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGTGGGGCCTTAAGGGGGGTGGATGCGATTGCACGAGTGTGGAAGAG  400

seq1  TGAATAACTCCCCCAGGACTCAGGGCCAACATAAAGACTTCCCATTTAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAACTCCCCCAGGACTCAGGGCCAACATAAAGACTTCCCATTTAAT  450

seq1  TACAAACCTAAAGAGCTGGGAAGATGGCTCAGTGGTTCAAGCACTTGCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAACCTAAAGAGCTGGGAAGATGGCTCAGTGGTTCAAGCACTTGCTA  500

seq1  GCTACTTAAGCAAGAAAACCAGTTTGGATCACCAGAACCAGAATCAATGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTTAAGCAAGAAAACCAGTTTGGATCACCAGAACCAGAATCAATGC  550

seq1  TGGGTGAACATGGCAGCATACCTGCAAGTGTAGCCTGGAAAAGCAGAGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGAACATGGCAGCATACCTGCAAGTGTAGCCTGGAAAAGCAGAGAT  600

seq1  GGAGGTCTGCAAAGCCAACTGACTAGCATGACTAGCCTTAACAGAGAACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTCTGCAAAGCCAACTGACTAGCATGACTAGCCTTAACAGAGAACT  650

seq1  CTGGGTTTGCTGGAAAGGTCAGGCTTAATGAATAACATGGCAGACTGATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTTTGCTGGAAAGGTCAGGCTTAATGAATAACATGGCAGACTGATG  700

seq1  GAGCGAAACTGTGGATATCAGTGTTGGGCATACACACACACACACACACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCGAAACTGTGGATATCAGTGTTGGGCATACACACACACACACACACA  750

seq1  CACACACACACACACATTCACTTCCATACATGTATGATGCACCCTTCAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACATTCACTTCCATACATGTATGATGCACCCTTCAGA  800

seq1  TATACTCACAAATGCAAATATGCACACATGCAAGCACATGCACTCCCCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTCACAAATGCAAATATGCACACATGCAAGCACATGCACTCCCCAC  850

seq1  ATATCCACACAAATACAAATATGTACACACACACATGGAAAAATTAAAAT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  ATATCCACACAAATACAAATATGTACACACACACATGG-AAAATTTAAAT  899

seq1  GTAGAGAGAAAAAAAGCGAAAGCTATTAAAAAATGTAATCCTAAAATCCT  950
      |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
seq2  GTAGAGAG-AAAAAAGCGAAAGCTATT-AAAAATGTAATCCT-AAATCCT  946

seq1  AAATACGGTAAGGCATGTCTAAATACTTTTGTGAGACGATCGTGGCTGTT  1000
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  AAATACGGTAAGGCATGTCTAAATAC-TTTGTGAGACGATCGT-GCTGTT  994

seq1  CTGCAGAGAACTAGACTAGAA  1021
      |||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGAGAACTAGACTAGAA  1015