BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-160H15
Chromosome7 (Build37)
Map Location 122,259,272 - 122,447,498
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668472
Upstream geneRras2, LOC668451, Copb1, Psma1, 4933406I18Rik, Pde3b, Cyp2r1, Calca, LOC100043295, Calcb, Insc, EG627967
Downstream geneSox6, LOC100042779, 1110006G14Rik, EG668479, LOC100043313, 1110004F10Rik, Plekha7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-160H15.bB6Ng01-160H15.g
ACCDH953841DH953842
length1,050652
definitionDH953841|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-160H15, 5' end.DH953842|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-160H15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(122,259,272 - 122,260,347)(122,446,847 - 122,447,498)
sequence
gaattcctagtgagaaacagcctcaagtgtgagactacttttattcagac
atttactctggaggaaaacatttctgaagaacaaggcacccagaatccca
caggactgatgagaggggacctcagatgtttttaaagagttttgaaaata
ggaacatgccatcaaatactaaacaaggacagcaatccccttgcccccga
tgcttctctttcattacgctggagggaacaaaactggcttcttggacagc
taacatgagcatggttaactcccctgcctcactgagcgtagagtggtcag
atgctctgtgtagactcttccatgtgttcgagacatctgtgagtccttcc
cttcccttcccttgaagcccatcaccaaaactggtttgttgatgacaata
tatcactccacacctttatgagtccttgctttgttttcattacaccacac
cacttatccctctgatgggatcttatgtgaagttgtgcccttatttcacg
cctgtcccctatggcatgccattatagcaaaggctgcagtgtcttgttca
ctcttggggcgccagtccctggcagagtagctgatatgcaggagctctat
catccagtatcttggatggcaactcacacaattccaaaggcacagctggc
tccttgaaccggctgacactggaaaggcaaactcaactactagaataggg
cagagttcagatagagtgatggaggataagacaggcaaggcttgtctgag
taatcctgtgtatagaaataagattccagctgcctggacaatcctggagt
ctcaaatggatcagcaaggtcaccattttgggttaagtgatttcatagaa
gcttggtattgggcaaagaatcaagagaatcaatagaaaagctgaattcc
agcatgaacagcttggccacaagaagctgtataagaagtgttgttgatgg
ctacacacacagttctagagcgcagctgttcatgatgactgacagacata
gctagcatcttactgaagtcccaaatgatggcagtgcatggtttggtgag

gaattcattccaccaaagtaggacactcaacaaaaatgtctttggataca
tagaagtggaccaaatgctgaactggtaggtggcaatcatctagaaggag
aaggaagacacagaacaagaccaaaaatacatgtacaatggagttgtggg
tcttgagctccttagaccatccatccttgctcagccactcacttgtcaag
tgactttgggttccatctcttaacatctgtttacttctattgaaatggtt
ataaagttgttactctgcttacctcatagcactgcaaagaccagatactt
gacaggtgttgcatcctaagttgacaaataaagaaactgaagcttaaatc
aatgaagtgagcccttagaagtcatacagccagtaagcagtacacacacg
agactttcaactccgaggcttttgacccagaactcattctctttccatgt
tgtcaccacaagataaaagcacagcaaatattagttagttggagataggt
agggaaggagcgtctgcactaaaatagccgatgatcaagtagtagaggcc
gtcatttccacaggacagtctcaggttacagtttcattttcctttgcctc
ctgtgtgtgtgtgtttgtgtgtttatgtgttcatgtgtaggtaggagtgt
gt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_122259272_122260347
seq2: B6Ng01-160H15.b_47_1096

seq1  GAATTCCTAGTGAGAAACAGCCTCAAGTGTGAGACTACTTTTATTCAGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAGTGAGAAACAGCCTCAAGTGTGAGACTACTTTTATTCAGAC  50

seq1  ATTTACTCTGGAGGAAAACATTTCTGAAGAACAAGGCACCCAGAATCCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACTCTGGAGGAAAACATTTCTGAAGAACAAGGCACCCAGAATCCCA  100

seq1  CAGGACTGATGAGAGGGGACCTCAGATGTTTTTAAAGAGTTTTGAAAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACTGATGAGAGGGGACCTCAGATGTTTTTAAAGAGTTTTGAAAATA  150

seq1  GGAACATGCCATCAAATACTAAACAAGGACAGCAATCCCCTTGCCCCCGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACATGCCATCAAATACTAAACAAGGACAGCAATCCCCTTGCCCCCGA  200

seq1  TGCTTCTCTTTCATTACGCTGGAGGGAACAAAACTGGCTTCTTGGACAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTCTTTCATTACGCTGGAGGGAACAAAACTGGCTTCTTGGACAGC  250

seq1  TAACATGAGCATGGTTAACTCCCCTGCCTCACTGAGCGTAGAGTGGTCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATGAGCATGGTTAACTCCCCTGCCTCACTGAGCGTAGAGTGGTCAG  300

seq1  ATGCTCTGTGTAGACTCTTCCATGTGTTCGAGACATCTGTGAGTCCTTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCTGTGTAGACTCTTCCATGTGTTCGAGACATCTGTGAGTCCTTCC  350

seq1  CTTCCCTTCCCTTGAAGCCCATCACCAAAACTGGTTTGTTGATGACAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCTTCCCTTGAAGCCCATCACCAAAACTGGTTTGTTGATGACAATA  400

seq1  TATCACTCCACACCTTTATGAGTCCTTGCTTTGTTTTCATTACACCACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACTCCACACCTTTATGAGTCCTTGCTTTGTTTTCATTACACCACAC  450

seq1  CACTTATCCCTCTGATGGGATCTTATGTGAAGTTGTGCCCTTATTTCACG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTATCCCTCTGATGGGATCTTATGTGAAGTTGTGCCCTTATTTCACG  500

seq1  CCTGTCCCCTATGGCATGCCATTATAGCAAAGGCTGCAGTGTCTTGTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCCCCTATGGCATGCCATTATAGCAAAGGCTGCAGTGTCTTGTTCA  550

seq1  CTCTTGGGGCGCCAGTCCCTGGCAGAGTAGCTGATATGCAGGAGCTCTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGGGGCGCCAGTCCCTGGCAGAGTAGCTGATATGCAGGAGCTCTAT  600

seq1  CATCCAGTATCTTGGATGGCAACTCACACAATTCCAAAGGCACAGCTGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAGTATCTTGGATGGCAACTCACACAATTCCAAAGGCACAGCTGGC  650

seq1  TCCTTGAACCGGCTGACACTGGAAAGGCAAACTCAACTACTAGAATAGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGAACCGGCTGACACTGGAAAGGCAAACTCAACTACTAGAATAGGG  700

seq1  CAGAGTTCAGATAGAGTGATGGAGGATAAGACAGGCAAGGCTTGTCTGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTTCAGATAGAGTGATGGAGGATAAGACAGGCAAGGCTTGTCTGAG  750

seq1  TAATCCTGTGTATAGAAATAAGATTCCAGCTGCCTGGACAATCCTGGAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCTGTGTATAGAAATAAGATTCCAGCTGCCTGGACAATCCTGGAGT  800

seq1  CTCAAATGGATCAGCAAGGTCACCATTTTGGGTTAAGTGATTTCAATAGA  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CTCAAATGGATCAGCAAGGTCACCATTTTGGGTTAAGTGATTTC-ATAGA  849

seq1  AGCTTGGTATTGGGCAAAAGAATCAAGAGAAACAAATAAGAAAAAGGCTG  900
      ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||   ||||||  ||||
seq2  AGCTTGGTATTGGGC-AAAGAATCAAGAGAATCAA--TAGAAAA--GCTG  894

seq1  AATTCCAGCATGAACAGGCTTGGCCACAAGAAAGGCTGGTATACAGAAGT  950
      |||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| ||||| ||||||
seq2  AATTCCAGCATGAACA-GCTTGGCCACAAGAA--GCT-GTATA-AGAAGT  939

seq1  GTGTTGGATGGGCTACACACACAGTTCTAGAGGCGCAGCTGGTTCCATGA  1000
      ||  | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||  | |||||
seq2  GTTGTTGAT-GGCTACACACACAGTTCTAGA-GCGCAGCTG--TTCATGA  985

seq1  TGAACTGACAAGACAATAAGCTAGCAATCTACTGGAAGGTCCCAGATTGG  1050
      || |||||| |||||   ||||||||   |||||  | |||||| ||  |
seq2  TG-ACTGAC-AGACA--TAGCTAGCATCTTACTG--AAGTCCCAAAT--G  1027

seq1  ATGGCAGGTGGCAGTGGTTTGGTGAG  1076
      |||||||   ||| ||||||||||||
seq2  ATGGCAG--TGCA-TGGTTTGGTGAG  1050

seq1: chr7_122446847_122447498
seq2: B6Ng01-160H15.g_65_716 (reverse)

seq1  ACACACTCCTACCTACACATGAACACATAAACACACAAACACACACACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTCCTACCTACACATGAACACATAAACACACAAACACACACACAC  50

seq1  AGGAGGCAAAGGAAAATGAAACTGTAACCTGAGACTGTCCTGTGGAAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGCAAAGGAAAATGAAACTGTAACCTGAGACTGTCCTGTGGAAATG  100

seq1  ACGGCCTCTACTACTTGATCATCGGCTATTTTAGTGCAGACGCTCCTTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGCCTCTACTACTTGATCATCGGCTATTTTAGTGCAGACGCTCCTTCC  150

seq1  CTACCTATCTCCAACTAACTAATATTTGCTGTGCTTTTATCTTGTGGTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTATCTCCAACTAACTAATATTTGCTGTGCTTTTATCTTGTGGTGA  200

seq1  CAACATGGAAAGAGAATGAGTTCTGGGTCAAAAGCCTCGGAGTTGAAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATGGAAAGAGAATGAGTTCTGGGTCAAAAGCCTCGGAGTTGAAAGT  250

seq1  CTCGTGTGTGTACTGCTTACTGGCTGTATGACTTCTAAGGGCTCACTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGTGTGTGTACTGCTTACTGGCTGTATGACTTCTAAGGGCTCACTTCA  300

seq1  TTGATTTAAGCTTCAGTTTCTTTATTTGTCAACTTAGGATGCAACACCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTTAAGCTTCAGTTTCTTTATTTGTCAACTTAGGATGCAACACCTG  350

seq1  TCAAGTATCTGGTCTTTGCAGTGCTATGAGGTAAGCAGAGTAACAACTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTATCTGGTCTTTGCAGTGCTATGAGGTAAGCAGAGTAACAACTTT  400

seq1  ATAACCATTTCAATAGAAGTAAACAGATGTTAAGAGATGGAACCCAAAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCATTTCAATAGAAGTAAACAGATGTTAAGAGATGGAACCCAAAGT  450

seq1  CACTTGACAAGTGAGTGGCTGAGCAAGGATGGATGGTCTAAGGAGCTCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGACAAGTGAGTGGCTGAGCAAGGATGGATGGTCTAAGGAGCTCAA  500

seq1  GACCCACAACTCCATTGTACATGTATTTTTGGTCTTGTTCTGTGTCTTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCACAACTCCATTGTACATGTATTTTTGGTCTTGTTCTGTGTCTTCC  550

seq1  TTCTCCTTCTAGATGATTGCCACCTACCAGTTCAGCATTTGGTCCACTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTTCTAGATGATTGCCACCTACCAGTTCAGCATTTGGTCCACTTC  600

seq1  TATGTATCCAAAGACATTTTTGTTGAGTGTCCTACTTTGGTGGAATGAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATCCAAAGACATTTTTGTTGAGTGTCCTACTTTGGTGGAATGAAT  650

seq1  TC  652
      ||
seq2  TC  652