BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-171F01
Chromosome7 (Build37)
Map Location 138,973,768 - 139,118,497
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG434249, Plekha1, Htra1, Dmbt1, 4933402N03Rik, 5430419D17Rik, LOC546006, LOC100043173, Cuzd1, 1700007K09Rik, 1700063I17Rik, 2310057M21Rik, Pstk, Ikzf5, Acadsb, Hmx3, Hmx2, Bub3, LOC677073, LOC100043679
Downstream geneGpr26, Cpxm2, 4631426J05Rik, LOC100043682, LOC100043683, Oat, Nkx1-2, 2310007H09Rik, A930008G19Rik, 2010208K18Rik, C430003P19Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-171F01.bB6Ng01-171F01.g
ACCGA000235GA000236
length1,159963
definitionB6Ng01-171F01.b B6Ng01-171F01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(139,117,377 - 139,118,497)(138,973,768 - 138,974,737)
sequence
gaattctctaactgctcccaaggtgaccagccatttgccaccttttcact
gggccactgaaggactggaaacatctcttgttatgcaggaggtcttcctg
ctgccaggctaagagcagggatttttgtaaggatggggttaccagaagga
gtactgtgtacagccgggaagcttagcgacattaatcattcaaaagttac
attccacaaagtgtgccacactgtccagacagcctagcagagtctgcaag
ctccgggtcccagtgagagacccaatctcaaaagcaacagtgtggacagc
tcctgaggaacaacgctgaaggtaggcgcacatgcacatgtacctgcata
cacacgaacatctgcatgcatacacccacacatatgagcacacacacaca
cacacacacacagagagagagagagagagagagagagagagagagaaggc
attgtggcacatgtttgcaatcccatcactctagaggaagaatataggaa
gacctcttgcctacacacacacacacacacacacacacacacacacacac
atgaagatacacacatgcaccccccacatgcatgctcatgttcatgcatg
ggccaacacacacatacatacatacatacatacacacacaccacatgcac
acacacacgcacccacacccacagtgacatacatacacacacatgcatgt
acacacacagagacacacactgccatatatcactgattctgtttcccatt
ctttattctcttttgctctctacctttctcttctgtagcttttgggaatg
aatctgcagtccaaacgcctacccttcattttagttgcatgaataagtca
taaagggcagcctccagcttgttgccaagcatagagggtaagattgaagg
ccaccgtactgacacaccaggcagtcttcctcagaagttctttcatgagt
tacttcattctatattgaaggccacccccccaccaaccatgggggaagtg
gtttttttttcccgtctttcttttttcaatctgaactttgaacttgtgat
tttcataaaagagacaagcccacctaaggctgcctgggccttaatttctt
tctttgtagacaacaggacttactgacccagacagagggttgagcatgga
ccgttgaag
gaattcccacatgccccaggcaagcactttccagtcctctttcttgttct
tttaatgtgccttgtgttcagaggagcaaaatagcctttcgacttgagag
ggtaggagtgatagctaaagacatagaaatctgttgatcagtatcctgat
cattttattttgtttttatattagtccatataagctaaagtcatctgaga
agtagaaatctcaattgggaaaatgccttcattagattgcccaaaggtga
gtccgtagggcgtttttttaattaattgttgatgtgcacagtgccacccc
tgggcaggtagtcctcctgggtgttataagaaagcaggctgagcaagcat
gggggcaagtcagtgagcaacatccttcatggcctctgcatcagctttgg
gacatcagaatcccattggctagagtcctggactgcgtgagaaggagaag
gcgagttgacagtgccattcatctctctccacttcctgactgcagatgag
atgtgaccagctgcctcaagctcctgctacggtgtcgtctctgtcatgat
agactgtaccctcacactgtaagctgaaagaaacctttccatccataagt
tgcttttgttcaagtattttgtttcaatgagaaacataacagagatggat
tgcctctgagaacttctggctccgactcccctcttccctagaacaggaag
tggggggactacaaggctgaccttgtacatctggggaggtcctgcctttg
ggtcaggttagactggtccagccccaggagccaggctctgttccacgtgt
agaactggattattgagcaggcaactttgctagtcttggtgggtccaacc
ccagatcaggcatctaaagagggccagtttctcttagtagggagtgacca
gatcaatgctagtgtgatgccagtttctttgtgacttctactactggttg
gatggacctcagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_139117377_139118497
seq2: B6Ng01-171F01.b_42_1200 (reverse)

seq1  CTTC-ACGGT-CATACTCACCCCTCTG-CTGGGACAGT-AGTCCTGTTGT  46
      |||| ||||| ||| |||| ||||||| ||||| |||| |||||||||||
seq2  CTTCAACGGTCCATGCTCAACCCTCTGTCTGGGTCAGTAAGTCCTGTTGT  50

seq1  CTACAA--GAAGAAA-TAAG--CCA-GCAGCC-TAG--TGGCTTGTCTCT  87
      ||||||   |||||| ||||  ||| |||||| |||   |||||||||||
seq2  CTACAAAGAAAGAAATTAAGGCCCAGGCAGCCTTAGGTGGGCTTGTCTCT  100

seq1  T---TAGAAACCAC-AGT--CAAGTCCAGA-TGAAAA---AGAGACGG--  125
      |   |  ||| ||| |||   |||| |||| ||||||   | ||||||  
seq2  TTTATGAAAATCACAAGTTCAAAGTTCAGATTGAAAAAAGAAAGACGGGA  150

seq1  -AAAAAAACCACTT-CCCCATGGTTGGT--GGGGGTGGCCT--CATATAG  169
       ||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||   ||||||
seq2  AAAAAAAACCACTTCCCCCATGGTTGGTGGGGGGGTGGCCTTCAATATAG  200

seq1  AATGAAGTAACTCATGAA--GACTTCTGAGG-AGACTGCCTGGTGTGTCA  216
      ||||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGTAACTCATGAAAGAACTTCTGAGGAAGACTGCCTGGTGTGTCA  250

seq1  GTACGGTGGCCTTCAATCTTACCCTCTATGCTTGGCAACAAGCTGGAGGC  266
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACGGTGGCCTTCAATCTTACCCTCTATGCTTGGCAACAAGCTGGAGGC  300

seq1  TGCCCTTTATGACTTATTCATGCAACTAAAATGAA-GGTAGGCGTTTGGA  315
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGCCCTTTATGACTTATTCATGCAACTAAAATGAAGGGTAGGCGTTTGGA  350

seq1  CTGCAGATTCATTCCCAAAAGCTACAGAAGAGAAAGGTAGAGAGC-AAAG  364
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTGCAGATTCATTCCCAAAAGCTACAGAAGAGAAAGGTAGAGAGCAAAAG  400

seq1  AGAAT-AAGAAT-GGAAACAGAATCAGTGATATATGGCAGTGTGTGTCTC  412
      ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAAAGAATGGGAAACAGAATCAGTGATATATGGCAGTGTGTGTCTC  450

seq1  TGTGTGTGTACATGCATGTGTGTGTATGTATGTCACTGTGGGTGTGGGTG  462
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTACATGCATGTGTGTGTATGTATGTCACTGTGGGTGTGGGTG  500

seq1  CGTGTGTGTGTGCATGTGGTGTGTGTGTATGTATGTATGTATGTATGTGT  512
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTGTGTGTGCATGTGGTGTGTGTGTATGTATGTATGTATGTATGTGT  550

seq1  GTGTTGGCCCATGCATGAACATGAGCATGCATGTGGGGGGTGCATGTGTG  562
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGGCCCATGCATGAACATGAGCATGCATGTGGGGGGTGCATGTGTG  600

seq1  TATCTTCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGG  612
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGG  650

seq1  CAAGAGGTCTTCCTATATTCTTCCTCTAGAGTGATGGGATTGCAAACATG  662
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGGTCTTCCTATATTCTTCCTCTAGAGTGATGGGATTGCAAACATG  700

seq1  TGCCACAATGCCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGT  712
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACAATGCCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGT  750

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTCATATGTGTGGGTGTATGCATGCAGAT  762
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTCATATGTGTGGGTGTATGCATGCAGAT  800

seq1  GTTCGTGTGTATGCAGGTACATGTGCATGTGCGCCTACCTTCAGCGTTGT  812
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCGTGTGTATGCAGGTACATGTGCATGTGCGCCTACCTTCAGCGTTGT  850

seq1  TCCTCAGGAGCTGTCCACACTGTTGCTTTTGAGATTGGGTCTCTCACTGG  862
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGGAGCTGTCCACACTGTTGCTTTTGAGATTGGGTCTCTCACTGG  900

seq1  GACCCGGAGCTTGCAGACTCTGCTAGGCTGTCTGGACAGTGTGGCACACT  912
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCGGAGCTTGCAGACTCTGCTAGGCTGTCTGGACAGTGTGGCACACT  950

seq1  TTGTGGAATGTAACTTTTGAATGATTAATGTCGCTAAGCTTCCCGGCTGT  962
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGAATGTAACTTTTGAATGATTAATGTCGCTAAGCTTCCCGGCTGT  1000

seq1  ACACAGTACTCCTTCTGGTAACCCCATCCTTACAAAAATCCCTGCTCTTA  1012
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGTACTCCTTCTGGTAACCCCATCCTTACAAAAATCCCTGCTCTTA  1050

seq1  GCCTGGCAGCAGGAAGACCTCCTGCATAACAAGAGATGTTTCCAGTCCTT  1062
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGCAGCAGGAAGACCTCCTGCATAACAAGAGATGTTTCCAGTCCTT  1100

seq1  CAGTGGCCCAGTGAAAAGGTGGCAAATGGCTGGTCACCTTGGGAGCAGTT  1112
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGCCCAGTGAAAAGGTGGCAAATGGCTGGTCACCTTGGGAGCAGTT  1150

seq1  AGAGAATTC  1121
      |||||||||
seq2  AGAGAATTC  1159

seq1: chr7_138973768_138974737
seq2: B6Ng01-171F01.g_67_1029

seq1  GAATTCCCACATGCCCCAGGCAAGCACTTTCCAGTCCTCTTTCTTGTTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCACATGCCCCAGGCAAGCACTTTCCAGTCCTCTTTCTTGTTCT  50

seq1  TTTAATGTGCCTTGTGTTCAGAGGAGCAAAATAGCCTTTCGACTTGAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATGTGCCTTGTGTTCAGAGGAGCAAAATAGCCTTTCGACTTGAGAG  100

seq1  GGTAGGAGTGATAGCTAAAGACATAGAAATCTGTTGATCAGTATCCTGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGGAGTGATAGCTAAAGACATAGAAATCTGTTGATCAGTATCCTGAT  150

seq1  CATTTTATTTTGTTTTTATATTAGTCCATATAAGCTAAAGTCATCTGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTATTTTGTTTTTATATTAGTCCATATAAGCTAAAGTCATCTGAGA  200

seq1  AGTAGAAATCTCAATTGGGAAAATGCCTTCATTAGATTGCCCAAAGGTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGAAATCTCAATTGGGAAAATGCCTTCATTAGATTGCCCAAAGGTGA  250

seq1  GTCCGTAGGGCGTTTTTTTAATTAATTGTTGATGTGCACAGTGCCACCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCGTAGGGCGTTTTTTTAATTAATTGTTGATGTGCACAGTGCCACCCC  300

seq1  TGGGCAGGTAGTCCTCCTGGGTGTTATAAGAAAGCAGGCTGAGCAAGCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAGGTAGTCCTCCTGGGTGTTATAAGAAAGCAGGCTGAGCAAGCAT  350

seq1  GGGGGCAAGTCAGTGAGCAACATCCTTCATGGCCTCTGCATCAGCTTTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGCAAGTCAGTGAGCAACATCCTTCATGGCCTCTGCATCAGCTTTGG  400

seq1  GACATCAGAATCCCATTGGCTAGAGTCCTGGACTGCGTGAGAAGGAGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCAGAATCCCATTGGCTAGAGTCCTGGACTGCGTGAGAAGGAGAAG  450

seq1  GCGAGTTGACAGTGCCATTCATCTCTCTCCACTTCCTGACTGCAGATGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAGTTGACAGTGCCATTCATCTCTCTCCACTTCCTGACTGCAGATGAG  500

seq1  ATGTGACCAGCTGCCTCAAGCTCCTGCTACGGTGTCGTCTCTGTCATGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGACCAGCTGCCTCAAGCTCCTGCTACGGTGTCGTCTCTGTCATGAT  550

seq1  AGACTGTACCCTCACACTGTAAGCTGAAAGAAACCTTTCCATCCATAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGTACCCTCACACTGTAAGCTGAAAGAAACCTTTCCATCCATAAGT  600

seq1  TGCTTTTGTTCAAGTATTTTGTTTCAATGAGAAACATAACAGAGATGGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTTGTTCAAGTATTTTGTTTCAATGAGAAACATAACAGAGATGGAT  650

seq1  TGCCTCTGAGAACTTCTGGCTCCGACTCCCCTCTTCCCTAGAACAGGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCTGAGAACTTCTGGCTCCGACTCCCCTCTTCCCTAGAACAGGAAG  700

seq1  TGGGGGGACTACAAGGCTGACCTTGTACATCTGGGGAGGTCCTGCCTTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGGACTACAAGGCTGACCTTGTACATCTGGGGAGGTCCTGCCTTTG  750

seq1  GGTCAGGTTAGACTGGTCCAGCCCCAGGAGCCAGGCTCTGTTCCACGTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGGTTAGACTGGTCCAGCCCCAGGAGCCAGGCTCTGTTCCACGTGT  800

seq1  AGAACTGGATTATTGAGCAGGCAACTTTGCTAGTCTTGGTGGGTCCAACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTGGATTATTGAGCAGGCAACTTTGCTAGTCTTGGTGGGTCCAACC  850

seq1  CCAGATCAGGCATCTAAAGAGGGCCAGTTTCTCTTAGGTAGGGAGTGACC  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CCAGATCAGGCATCTAAAGAGGGCCAGTTTCTCTTA-GTAGGGAGTGACC  899

seq1  AGAACAATGCTAAGTGTGATGCCCAGTTTTCCTTTGTGACTTCCTACTAC  950
      ||| ||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||| |||||||
seq2  AGATCAATGCT-AGTGTGATG-CCAGTTT--CTTTGTGACTT-CTACTAC  944

seq1  TGGTTTGGATGGTCCTCAGG  970
      ||| |||||||| |||||||
seq2  TGG-TTGGATGGACCTCAGG  963