BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-175B21
Chromosome7 (Build37)
Map Location 144,140,385 - 144,264,887
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMgmt
Upstream geneLOC668764, LOC546009, EG621677, EG668771
Downstream geneEG621804, Ebf3, 9430038I01Rik, Txnl2, LOC435235
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-175B21.bB6Ng01-175B21.g
ACCGA003010GA003011
length1,137967
definitionB6Ng01-175B21.b B6Ng01-175B21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(144,140,385 - 144,141,530)(144,263,933 - 144,264,887)
sequence
gaattcacttcatttttcagaggtctccaaatagccgtggaaaatcgatt
ctttttctgccaccaattaatgtcagcccctcttgtggctttggtggatg
ccacagtgatgatgtcgggaatgtaggtacaggagccacactctgggttc
tgctgccaagtggaaagtcataatcccaactgggtcctggaactggccac
agggataccccgggtaggtgactcaacctagatgctgtgcctaggactga
catcctcggagaactgcagggtggagtacatacaggtttcctgtggcctc
tgctgtcagcaaacattcaaacaagtgggctgttgggggccggagaagtg
cctcagtggctagaagcatttgcggctcttccagtggactctagttctgg
ttctagcgtccaccctcgtggctcacaagcacctgttgttctagctcaag
gggacctcacacattcttttggcttccatgagcaccacactcatgtgcac
atacccagacatagacaggcttataaaacattgggcaggtggagccacca
tggctcccaggatctgaccatcaggattgtacacctctggctgtctccag
ttatttggaccccatgtgttttggtttgatgggaatattgattatacaag
ctgaatgcccttgcatccagagagcagccttcaagaaggcaagcccgagt
tctcgtgtccaggatagcttgtttcatcagccatcagcctgtgcttggag
tcagggccctgagagtttggtatttcccctgcagtctgtgagctgttcca
aaagtagaatttgaagaaataggatatggacagaggagcctttgtaaact
gtgacaagtggcccgaggctgagatctccttgcagctcataccctgaggc
cctggaggagacccctttcaaattcttgcctgtgtatgtaggaagtgagg
tgctatgcaggaaagcttggggtacgatgctacggcttgagtgtatttgg
gaagcattggtccatgcagctgagggggagaggtaagagcatgatgctct
agagtctgtgggtgacacagaaaatcacagggcaacagaagccatgctag
cacaggactttcaggcagcgtgagcagcactggatgg

gaattcttatgtgaaaagatcttccaactgcaaaccattgccacagacac
accatttgttgtttatactggttagatgtttaagattttacctgcagcag
actcccagcttgtacaagccctagtgcttagatctctggaaatatagact
ctaccccaagagtatggtcatgagggattgactgcatttctgcctattgt
attcttgagcagcagttggttaatgctggctcagggctgtgggtataaaa
tataaacattcatgaccatcttctgggaaaccctttcacagatgtaaatc
ctctgtgttttaaatagttcagtcttgtgcacagtccttaggaggctcac
tccctgacctactaagctttatcacggagctgtgtcccccctggagtaag
tactggatgctgctttcctcccatactgaagggctggtgataaggagtgg
ccacaggctttgaagtcagctgcagagccccccttagcacttgcacaggc
caaagctgccctggctgcctccatccgcacagaagttacttcatggtttc
cttcagaaaatgccaagacttttgcctttcctcatctccctcagcccctc
cgatagcctgcaccagactctcttcggccagtacagcagctgccactgga
ttcctagcacctcgtactctggttcccattcatccttacacaggattctc
aaggcttccctggcccacaagccctgtatgggctaaacctggctcactac
ttgcttttgtaaaaaaaagttctgtcagcactcagccttgctgattttgt
ttctggatacagaaatcgaatcatgtgtaggatattccctctatgatctg
gtttctgcacaggaggactctgggacttcttgatttatgctcatatagtt
cccttcttgtctgccttgggaagaataccactgagcctaggcttatttac
gccttaaagccccaccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_144140385_144141530
seq2: B6Ng01-175B21.b_47_1183

seq1  GAATTCACTTCATTTTTCAGAGGTCTCCAAATAGCCGTGGAAAATCGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTCATTTTTCAGAGGTCTCCAAATAGCCGTGGAAAATCGATT  50

seq1  CTTTTTCTGCCACCAATTAATGTCAGCCCCTCTTGTGGCTTTGGTGGATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTCTGCCACCAATTAATGTCAGCCCCTCTTGTGGCTTTGGTGGATG  100

seq1  CCACAGTGATGATGTCGGGAATGTAGGTACAGGAGCCACACTCTGGGTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGTGATGATGTCGGGAATGTAGGTACAGGAGCCACACTCTGGGTTC  150

seq1  TGCTGCCAAGTGGAAAGTCATAATCCCAACTGGGTCCTGGAACTGGCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCCAAGTGGAAAGTCATAATCCCAACTGGGTCCTGGAACTGGCCAC  200

seq1  AGGGATACCCCGGGTAGGTGACTCAACCTAGATGCTGTGCCTAGGACTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATACCCCGGGTAGGTGACTCAACCTAGATGCTGTGCCTAGGACTGA  250

seq1  CATCCTCGGAGAACTGCAGGGTGGAGTACATACAGGTTTCCTGTGGCCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTCGGAGAACTGCAGGGTGGAGTACATACAGGTTTCCTGTGGCCTC  300

seq1  TGCTGTCAGCAAACATTCAAACAAGTGGGCTGTTGGGGGCCGGAGAAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTCAGCAAACATTCAAACAAGTGGGCTGTTGGGGGCCGGAGAAGTG  350

seq1  CCTCAGTGGCTAGAAGCATTTGCGGCTCTTCCAGTGGACTCTAGTTCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGTGGCTAGAAGCATTTGCGGCTCTTCCAGTGGACTCTAGTTCTGG  400

seq1  TTCTAGCGTCCACCCTCGTGGCTCACAAGCACCTGTTGTTCTAGCTCAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGCGTCCACCCTCGTGGCTCACAAGCACCTGTTGTTCTAGCTCAAG  450

seq1  GGGACCTCACACATTCTTTTGGCTTCCATGAGCACCACACTCATGTGCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACCTCACACATTCTTTTGGCTTCCATGAGCACCACACTCATGTGCAC  500

seq1  ATACCCAGACATAGACAGGCTTATAAAACATTGGGCAGGTGGAGCCACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCCAGACATAGACAGGCTTATAAAACATTGGGCAGGTGGAGCCACCA  550

seq1  TGGCTCCCAGGATCTGACCATCAGGATTGTACACCTCTGGCTGTCTCCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCCCAGGATCTGACCATCAGGATTGTACACCTCTGGCTGTCTCCAG  600

seq1  TTATTTGGACCCCATGTGTTTTGGTTTGATGGGAATATTGATTATACAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGGACCCCATGTGTTTTGGTTTGATGGGAATATTGATTATACAAG  650

seq1  CTGAATGCCCTTGCATCCAGAGAGCAGCCTTCAAGAAGGCAAGCCCGAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATGCCCTTGCATCCAGAGAGCAGCCTTCAAGAAGGCAAGCCCGAGT  700

seq1  TCTCGTGTCCAGGATAGCTTGTTTCATCAGCCATCAGCCTGTGCTTGGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCGTGTCCAGGATAGCTTGTTTCATCAGCCATCAGCCTGTGCTTGGAG  750

seq1  TCAGGGCCCTGAGAGTTTGGTATTTCCCCTGCAGTCTGTGAGCTGTTCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGCCCTGAGAGTTTGGTATTTCCCCTGCAGTCTGTGAGCTGTTCCA  800

seq1  AAAGTAGAATTTGAAGAAATAGGATATGGACAGAGGAGCCTTTGTAAACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAGAATTTGAAGAAATAGGATATGGACAGAGGAGCCTTTGTAAACT  850

seq1  GTGACAAGTGGCCCGAGGCTGAGATCTCCTTGCAGCTCATACCCTGAGGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAAGTGGCCCGAGGCTGAGATCTCCTTGCAGCTCATACCCTGAGGC  900

seq1  CCTGGAGGAGACCCCTTTCAAATTCTTGCCTGTGTATGTAGGAAGTGAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAGGAGACCCCTTTCAAATTCTTGCCTGTGTATGTAGGAAGTGAGG  950

seq1  TGCTATGCAGGAAAGCTTGGGGTACGATGCTACGGCTTGAGTGTTATTTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGCTATGCAGGAAAGCTTGGGGTACGATGCTACGGCTTGAGTG-TATTTG  999

seq1  GGAAGCATTGGTCCATGCCAGGCTGAAGGGGAGAGGAAAAGGAAGCAATG  1050
      ||||||||||||||||||   ||||| ||||||||| ||    ||||   
seq2  GGAAGCATTGGTCCATGC--AGCTGAGGGGGAGAGGTAA---GAGCA--T  1042

seq1  GATGGTTCTAGAAGTCTGTGGGTGACACAGAAAATCACAGGGC-ACAGAA  1099
      ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GAT-GCTCTAG-AGTCTGTGGGTGACACAGAAAATCACAGGGCAACAGAA  1090

seq1  G-CATGCGAGCACAGGACATCCCAGGCAGCGTGGAGCAGCACT-GATGG  1146
      | ||||| |||||||||| |  |||||||||| |||||||||| |||||
seq2  GCCATGCTAGCACAGGAC-TTTCAGGCAGCGT-GAGCAGCACTGGATGG  1137


seq1: chr7_144263933_144264887
seq2: B6Ng01-175B21.g_64_1030 (reverse)

seq1  GGGTGGTGGGCTT--AGGCGT-AATAAGCCTA-GCTCAGTGGTA-TCTTC  45
      |||||  ||||||  |||||| |||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  GGGTG--GGGCTTTAAGGCGTAAATAAGCCTAGGCTCAGTGGTATTCTTC  48

seq1  C--AGGCAGACAAGA--GGGACTATATGAGCATAAATCAAG-AGTCCCAG  90
      |  ||||||||||||  || ||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCAAGGCAGACAAGAAGGGAACTATATGAGCATAAATCAAGAAGTCCCAG  98

seq1  AGTCCTCCTGTGCAG-AACCAGATCATAGA-GGAATATCCTACACATGAT  138
      ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTCCTGTGCAGAAACCAGATCATAGAGGGAATATCCTACACATGAT  148

seq1  TCGATTTCTGTATCCAGAAAC-AAATCAGCAAGGCTGAGTGCTGACAGAA  187
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGATTTCTGTATCCAGAAACAAAATCAGCAAGGCTGAGTGCTGACAGAA  198

seq1  CTTTTTTTTACAAAAGCAAGTAGTGAGCCAGGTTTAGCCCATACA-GGCT  236
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTTTTTTTTACAAAAGCAAGTAGTGAGCCAGGTTTAGCCCATACAGGGCT  248

seq1  TGTGGGCCAGGGAAGCCTTGAGAATCCTGTGTAAGGATGAATGGGAACCA  286
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGCCAGGGAAGCCTTGAGAATCCTGTGTAAGGATGAATGGGAACCA  298

seq1  GAGTACGAGGTGCTAGGAATCCAGTGGCAGCTGCTGTACTGGCCGAAGAG  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTACGAGGTGCTAGGAATCCAGTGGCAGCTGCTGTACTGGCCGAAGAG  348

seq1  AGTCTGGTGCAGGCTATCGGAGGGGCTGAGGGAGATGAGGAAAGGCAAAA  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGGTGCAGGCTATCGGAGGGGCTGAGGGAGATGAGGAAAGGCAAAA  398

seq1  GTCTTGGCATTTTCTGAAGGAAACCATGAAGTAACTTCTGTGCGGATGGA  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGGCATTTTCTGAAGGAAACCATGAAGTAACTTCTGTGCGGATGGA  448

seq1  GGCAGCCAGGGCAGCTTTGGCCTGTGCAAGTGCTAAGGGGGGCTCTGCAG  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCCAGGGCAGCTTTGGCCTGTGCAAGTGCTAAGGGGGGCTCTGCAG  498

seq1  CTGACTTCAAAGCCTGTGGCCACTCCTTATCACCAGCCCTTCAGTATGGG  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTTCAAAGCCTGTGGCCACTCCTTATCACCAGCCCTTCAGTATGGG  548

seq1  AGGAAAGCAGCATCCAGTACTTACTCCAGGGGGGACACAGCTCCGTGATA  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGCAGCATCCAGTACTTACTCCAGGGGGGACACAGCTCCGTGATA  598

seq1  AAGCTTAGTAGGTCAGGGAGTGAGCCTCCTAAGGACTGTGCACAAGACTG  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTAGTAGGTCAGGGAGTGAGCCTCCTAAGGACTGTGCACAAGACTG  648

seq1  AACTATTTAAAACACAGAGGATTTACATCTGTGAAAGGGTTTCCCAGAAG  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATTTAAAACACAGAGGATTTACATCTGTGAAAGGGTTTCCCAGAAG  698

seq1  ATGGTCATGAATGTTTATATTTTATACCCACAGCCCTGAGCCAGCATTAA  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCATGAATGTTTATATTTTATACCCACAGCCCTGAGCCAGCATTAA  748

seq1  CCAACTGCTGCTCAAGAATACAATAGGCAGAAATGCAGTCAATCCCTCAT  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTGCTGCTCAAGAATACAATAGGCAGAAATGCAGTCAATCCCTCAT  798

seq1  GACCATACTCTTGGGGTAGAGTCTATATTTCCAGAGATCTAAGCACTAGG  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATACTCTTGGGGTAGAGTCTATATTTCCAGAGATCTAAGCACTAGG  848

seq1  GCTTGTACAAGCTGGGAGTCTGCTGCAGGTAAAATCTTAAACATCTAACC  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTACAAGCTGGGAGTCTGCTGCAGGTAAAATCTTAAACATCTAACC  898

seq1  AGTATAAACAACAAATGGTGTGTCTGTGGCAATGGTTTGCAGTTGGAAGA  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATAAACAACAAATGGTGTGTCTGTGGCAATGGTTTGCAGTTGGAAGA  948

seq1  TCTTTTCACATAAGAATTC  955
      |||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTCACATAAGAATTC  967


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |