BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-178N11
Chromosome7 (Build37)
Map Location 6,052,820 - 6,184,210
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNlrp4c, Zfp787, Zfp444, Galp, Zfp371
Upstream geneRfpl4, Rasl2-9, EG665126, V1rd5, V1rd3, EG665150, Nlrp2, EG272350, V1rd4, EG665163, V1rd10, EG630071, EG665255, EG636697, EG636705, LOC636731, LOC673215, V1rd2, LOC100041627, LOC100041637, V1rd1, LOC100041647, V1rd11, LOC100041666, V1rd6, EG384525, EG269859
Downstream geneEG627821, Zfp667, Zfp583, LOC100042467, LOC100042459, Zfp78, Zfp28, LOC100042450, Olfr1344, GA_x5J8B7W3DQU-679632-679375, Olfr1336, Olfr1346, Olfr5, Olfr1347, Olfr1348, Olfr1349, LOC665328, Olfr1350, Zim2, Zim1, Peg3, Usp29, LOC627961, Aurkc, LOC628030, LOC100041822, 5730403M16Rik, 2810409K11Rik, Vmn2r-ps35, Zfp418, BC023179, 6430701C03Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-178N11.bB6Ng01-178N11.g
ACCGA005717GA005718
length676817
definitionB6Ng01-178N11.b B6Ng01-178N11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,052,820 - 6,053,494)(6,183,396 - 6,184,210)
sequence
gaattccaggccaaatgagaggacccccatatcaaaaatcaaggatgata
tctgaggttggcctctggcctctctctgcctacgtatacacacacccaaa
atgcaagtaactcaataataagatgatcacaccaataataatcctgccaa
tgctacaccagtaagcataccttatcatgaaaccccacctctcactgagg
gactatgggtaggtgattggtgtttggggaagagacaccataaaatattt
ttaaaattcaaattaaaaataaatttaagttatgctctctctcatggtga
tgctgttacaggagtattagattaagtatgaagcccttccttgcccgctg
actggtcagtgcccatgtactggcaatacttggtactattgtaaggagaa
tacataaatatggttataaatacaactttatttatgcagacagtcctgac
ttaagattgtttggatctacagtacaaaagcatgcccagtcattcactgt
tttctccaacacagtagtcattaattatatgagataacatttttaacatt
tcaacattttaatataatatcatctttcatgttaggcgattttatttttg
cccacctggagcctaatatgagagcactgagaacctttaagtgagctagg
gtggtctgcttgcagatattgtgcat
gaattcttgaacttacattacagaggctacctgtatgacatccagctaat
caccgttccagcaaggagtaggcagagttcaggagtccccacccctaaag
gaggagcttatggacagttgatggctttgggtttttgtggtcactggtag
gtccacctcactccagcaagtggccttatacccagggctgtatgagtagc
acaaactagattcaggggcagggaggttagttttcaaagaggggcaggaa
gttgtggggctgggataagggtatgaatctggagcggtttagcagaagaa
tagagggtgaaaacgtcaacttttctagtggcttccagccctgaaagact
gccagagagtgaaccaccaccttccttccactcaccatggctttagtcct
cacatccaatcaggcggaatattctagctttttttttttttttttaattt
tctttgcttgttcactggtttgtggtactagagctttgtgcaggcaagca
ctctctgagaatcacacccgcttccccactggtggattctaggcatgccc
ggtctacctctggccatcctgctgcccctttgacttttttgtctgtctgt
ctgtctgtctttctgtctgtctgtctgaaacaggttcttgataagttgcc
caggctgtctctgaaactctgtgtagcccagactggcctcaagcctgata
ccttagctttccaagtggctttgagtacagggtagcactatgcttttatc
agtttatgttgatggtggcatcacagttattgttgaggacagggtcactg
tgtagccctaattgggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_6052820_6053494
seq2: B6Ng01-178N11.b_47_722

seq1  GAATTCCAGGCCAAATGAGAGGACCCCCATATCAAAAATCAAGGATGATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGCCAAATGAGAGGACCCCCATATCAAAAATCAAGGATGATA  50

seq1  TCTGAGGTTGGCCTCTGGCCTCTCTCTGCCTACGTATACACACACCCAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGGTTGGCCTCTGGCCTCTCTCTGCCTACGTATACACACACCCAAA  100

seq1  ATGCAAGTAACTCAATAATAAGATGATCACACCAATAATAATCCTGCCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAGTAACTCAATAATAAGATGATCACACCAATAATAATCCTGCCAA  150

seq1  TGCTACACCAGTAAGCATACCTTATCATGAAACCCCACCTCTCACTGAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACACCAGTAAGCATACCTTATCATGAAACCCCACCTCTCACTGAGG  200

seq1  GACTATGGGTAGGTGATTGGTGTTTGGGGAAGAGACACCATAAAATATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATGGGTAGGTGATTGGTGTTTGGGGAAGAGACACCATAAAATATTT  250

seq1  TTAAAATTCAAATTAAAAATAAATTTAAGTTATGCTCTCTCTCATGGTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATTCAAATTAAAAATAAATTTAAGTTATGCTCTCTCTCATGGTGA  300

seq1  TGCTGTTACAGGAGTATTAGATTAAGTATGAAGCCCTTCCTTGCCCGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTTACAGGAGTATTAGATTAAGTATGAAGCCCTTCCTTGCCCGCTG  350

seq1  ACTGGTCAGTGCCCATGTACTGGCAATACTTGGTACTATTGTAAGGAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTCAGTGCCCATGTACTGGCAATACTTGGTACTATTGTAAGGAGAA  400

seq1  TACATAAATATGGTTATAAATACAACTTTATTTATGCAGACAGTCCTGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAAATATGGTTATAAATACAACTTTATTTATGCAGACAGTCCTGAC  450

seq1  TTAAGATTGTTTGGATCTACAGTACAAAAGCATGCCCAGTCATTCACTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGATTGTTTGGATCTACAGTACAAAAGCATGCCCAGTCATTCACTGT  500

seq1  TTTCTCCAACACAGTAGTCATTAATTATATGAGATAACATTTTTAACATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCAACACAGTAGTCATTAATTATATGAGATAACATTTTTAACATT  550

seq1  TCAACATTTTAATATAATATCATCTTT-ATGTTAGGCGATTTTATTTTTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACATTTTAATATAATATCATCTTTCATGTTAGGCGATTTTATTTTTG  600

seq1  CCCACCTGGAGCCTAATATGAGAGCACTGAGAACCTTTAAGTGAGCTAGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCTGGAGCCTAATATGAGAGCACTGAGAACCTTTAAGTGAGCTAGG  650

seq1  GTGGTCTGCTTGTAGATATTGTGCAT  675
      |||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTGGTCTGCTTGCAGATATTGTGCAT  676

seq1: chr7_6183396_6184210
seq2: B6Ng01-178N11.g_68_884 (reverse)

seq1  GGCCAACTAGGGCTACACAGTGACCCTGTCCTCAACAATAACTGTGATGC  50
      | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAATTAGGGCTACACAGTGACCCTGTCCTCAACAATAACTGTGATGC  50

seq1  CACCATCAACATAAACTGAT-AAAGCATAGTGCTACCCTGTACTCAAAGC  99
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATCAACATAAACTGATAAAAGCATAGTGCTACCCTGTACTCAAAGC  100

seq1  CACTTGGAAAGCTAAGGTATCAGGCTTGAGGCCAGTCTGGGCTACACAGA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGGAAAGCTAAGGTATCAGGCTTGAGGCCAGTCTGGGCTACACAGA  150

seq1  G-TTCAGAGACAGCCTGGGCAACTTATCAAGAACCTGTTTCAGACAGACA  198
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCAGAGACAGCCTGGGCAACTTATCAAGAACCTGTTTCAGACAGACA  200

seq1  GACAGAAAGACAGACAGACAGACAGACAAAAAAGTCAAAGGGGCAGCAGG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAAAGACAGACAGACAGACAGACAAAAAAGTCAAAGGGGCAGCAGG  250

seq1  ATGGCCAGAGGTAGACCGGGCATGCCTAGAATCCACCAGTGGGGAAGCGG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCAGAGGTAGACCGGGCATGCCTAGAATCCACCAGTGGGGAAGCGG  300

seq1  GTGTGATTCTCAGAGAGTGCTTGCCTGCACAAAGCTCTAGTACCACAAAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGATTCTCAGAGAGTGCTTGCCTGCACAAAGCTCTAGTACCACAAAC  350

seq1  CAGTGAACAAGCAAAGAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAGCTAGAATATT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAACAAGCAAAGAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAGCTAGAATATT  400

seq1  CCGCCTGATTGGATGTGAGGACTAAAGCCATGGTGAGTGGAAGGAAGGTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCCTGATTGGATGTGAGGACTAAAGCCATGGTGAGTGGAAGGAAGGTG  450

seq1  GTGGTTCACTCTCTGGCAGTCTTTCAGGGCTGGAAGCCACTAGAAAAGTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTCACTCTCTGGCAGTCTTTCAGGGCTGGAAGCCACTAGAAAAGTT  500

seq1  GACGTTTTCACCCTCTATTCTTCTGCTAAACCGCTCCAGATTCATACCCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGTTTTCACCCTCTATTCTTCTGCTAAACCGCTCCAGATTCATACCCT  550

seq1  TATCCCAGCCCCACAACTTCCTGCCCCTCTTTGAAAACTAACCTCCCTGC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCAGCCCCACAACTTCCTGCCCCTCTTTGAAAACTAACCTCCCTGC  600

seq1  CCCTGAATCTAGTTTGTGCTACTCATACAGCCCTGGGTATAAGGCCACTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAATCTAGTTTGTGCTACTCATACAGCCCTGGGTATAAGGCCACTT  650

seq1  GCTGGAGTGAGGTGGACCTACCAGTGACCACAAAAACCCAAAGCCATCAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGTGAGGTGGACCTACCAGTGACCACAAAAACCCAAAGCCATCAA  700

seq1  CTGTCCATAAGCTCCTCCTTTAGGGGTGGGGACTCCTGAACTCTGCCTAC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCATAAGCTCCTCCTTTAGGGGTGGGGACTCCTGAACTCTGCCTAC  750

seq1  TCCTTGCTGGAACGGTGATTAGCTGGATGTCATACAGGTAGCCTCTGTAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGCTGGAACGGTGATTAGCTGGATGTCATACAGGTAGCCTCTGTAA  800

seq1  TGTAAGTTCAAGAATTC  815
      |||||||||||||||||
seq2  TGTAAGTTCAAGAATTC  817