BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-204J02
Chromosome7 (Build37)
Map Location 130,367,960 - 130,510,311
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc5a11, Arhgap17
Upstream genePrkcb1, LOC668486, Cacng3, 4930413G21Rik, Rbbp6, LOC628696, LOC100042977, LOC100042981, Tnrc6a
Downstream geneLcmt1, Aqp8, Zkscan2, LOC100043482, EG628779
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-204J02.bB6Ng01-204J02.g
ACCGA024480GA024481
length1,1861,029
definitionB6Ng01-204J02.b B6Ng01-204J02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(130,367,960 - 130,369,133)(130,509,313 - 130,510,311)
sequence
gaattccataaaatcattagttcatccgaacagcattatctcaagaactt
tcatcttcatactgatctttaggacaacacaatctcatcactgcccaccc
ctgctcaggtgcttagatccaaaaagtcaatagcacactctaaggaccaa
gagtgagctgctcaggtgaccaggccaccatggtctctatgcagctccaa
acagaagcagaacattgctctcaaatgtccctgtcccgcttatcctatca
tcaagttttataagcaaactgcagatgctttctctgatcctctccctgtg
ctgtggctagattttgtgtgactccttaagagttcataggttacaaccca
aaccccagcacaaaagtggtaagaggcggggccgctgggagtgcttggag
cctatagcaaagccatcaggctagatttagttcccttctaacaagctttc
tggaggcggcttgtttcttctaccctgggaggactcagaaaaagcatcat
ttaatgaggaccagctttcaccagatagcagcaaacctgttatcaccttg
atctggggcttctctagaacttcagccaatagattcatgctattgataaa
ttatccaggggctgcagaggtgactctgtcatgaataccacttgctactc
ttgcaaagggcctgggttcaatttacaccactcatatcaggcaggtcaca
attgcctacaactccagtgtcaaaggatctgacatctttcttctagctct
gcagacacttgcatgtacccggtgcacatacactcaggcacatacatgta
cacataaaacaatcctttaaattttatgcacgctaaggtgttttgttaca
gctgcagtaacggaccaagcagcctttgaagccaccctgtactttgccca
ggcagagcccttgcctttcacactccttgcccatctccgcctgctacttg
agcactctgtcctccaactgctcaagctacttcattgtgattatcagcat
tttactgcagagctggtatggaacctggggccctcgtgcacacaagaaca
agtgcctctgccacaggctgcatgcccaagccctccacttctttattaaa
aaattctttactgccataattactctggggtcaaagaatgtgcactgtga
tacctgatctttcgatacgtggcgagagagattttg

gaattcccagtcctcctgccccagccttcccagtgctggatctgagggca
ttctggatggttcactctttagacaaaccgtgttcacagatttccattat
cctcagcgcaagtctcagaggaaaagaatactgtgtgactgtggccaaag
tccccggattggctcttgtttctgggtcacatgcctttcatgggaaatga
aatggactcaaccccacccaaatagagagtggaggagtgctggttcccta
cggtaaactggggcactattaccagcagaaggagaatgggcagacaccga
tcagttaagcaagaaaagccctgctgagcttttgcagtctggttgtggaa
aaggagaagcattctctcactcttggcttcagataatctagagagggcag
atggtgcagcagggagtcaggggtgatggtgggcaagtgttgtctggata
gaggagactggacaggaggataaggagtgtgaagttaggagctgctgtgg
gtcaggagtacatccctggcagagagtctgccctgagagtctcaggagtt
gttctgagtgctttcatttggcaagtcaaggtccagggaaggaccacaga
gaacctgaagggccatgttctaataatgggtcccaacctctggagtgcct
aaaatgtaaatttaagggaacattagctgatattttaactcaagcaagca
cagcagtattacaacattacactactcaaaaatttttgaggctagattgt
ggtctgtgggctgtgttgggcaactgcttatctgagaggacctgcaagtt
ttccactttcctgattccttctttacctgaccccatggtgccattggttc
tctggctctgtggagagctcattctcactggctgaaatctttcataggga
cacagtaatcatctcgtctttcttactgcggcgtgtctttaccaagggct
ggtgccttaacaccttggcctggcttcctcaccccacagtgaactaccaa
ttttatattttcatgaaagaaaggaacaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_130367960_130369133
seq2: B6Ng01-204J02.b_49_1234

seq1  GAATTCCATAAAATCATTAGTTCATCCGAACAGCATTATCTCAAGAACTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATAAAATCATTAGTTCATCCGAACAGCATTATCTCAAGAACTT  50

seq1  TCATCTTCATACTGATCTTTAGGACAACACAATCTCATCACTGCCCACCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTTCATACTGATCTTTAGGACAACACAATCTCATCACTGCCCACCC  100

seq1  CTGCTCAGGTGCTTAGATCCAAAAAGTCAATAGCACACTCTAAGGACCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCAGGTGCTTAGATCCAAAAAGTCAATAGCACACTCTAAGGACCAA  150

seq1  GAGTGAGCTGCTCAGGTGACCAGGCCACCATGGTCTCTATGCAGCTCCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAGCTGCTCAGGTGACCAGGCCACCATGGTCTCTATGCAGCTCCAA  200

seq1  ACAGAAGCAGAACATTGCTCTCAAATGTCCCTGTCCCGCTTATCCTATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGCAGAACATTGCTCTCAAATGTCCCTGTCCCGCTTATCCTATCA  250

seq1  TCAAGTTTTATAAGCAAACTGCAGATGCTTTCTCTGATCCTCTCCCTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTTTTATAAGCAAACTGCAGATGCTTTCTCTGATCCTCTCCCTGTG  300

seq1  CTGTGGCTAGATTTTGTGTGACTCCTTAAGAGTTCATAGGTTACAACCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGCTAGATTTTGTGTGACTCCTTAAGAGTTCATAGGTTACAACCCA  350

seq1  AACCCCAGCACAAAAGTGGTAAGAGGCGGGGCCGCTGGGAGTGCTTGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCAGCACAAAAGTGGTAAGAGGCGGGGCCGCTGGGAGTGCTTGGAG  400

seq1  CCTATAGCAAAGCCATCAGGCTAGATTTAGTTCCCTTCTAACAAGCTTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATAGCAAAGCCATCAGGCTAGATTTAGTTCCCTTCTAACAAGCTTTC  450

seq1  TGGAGGCGGCTTGTTTCTTCTACCCTGGGAGGACTCAGAAAAAGCATCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGCGGCTTGTTTCTTCTACCCTGGGAGGACTCAGAAAAAGCATCAT  500

seq1  TTAATGAGGACCAGCTTTCACCAGATAGCAGCAAACCTGTTATCACCTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGAGGACCAGCTTTCACCAGATAGCAGCAAACCTGTTATCACCTTG  550

seq1  ATCTGGGGCTTCTCTAGAACTTCAGCCAATAGATTCATGCTATTGATAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGGGCTTCTCTAGAACTTCAGCCAATAGATTCATGCTATTGATAAA  600

seq1  TTATCCAGGGGCTGCAGAGGTGACTCTGTCATGAATACCACTTGCTACTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCAGGGGCTGCAGAGGTGACTCTGTCATGAATACCACTTGCTACTC  650

seq1  TTGCAAAGGGCCTGGGTTCAATTTACACCACTCATATCAGGCAGGTCACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAAAGGGCCTGGGTTCAATTTACACCACTCATATCAGGCAGGTCACA  700

seq1  ATTGCCTACAACTCCAGTGTCAAAGGATCTGACATC-TTCTTCTAGCTCT  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATTGCCTACAACTCCAGTGTCAAAGGATCTGACATCTTTCTTCTAGCTCT  750

seq1  GCAGACACTTGCATGTACCCGGTGCACATACACTCAGGCACATACATGTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACACTTGCATGTACCCGGTGCACATACACTCAGGCACATACATGTA  800

seq1  CACATAAAACAATCCTTTAAATTTTATGCAGGCTAAGGTGTTTTGTTACA  849
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CACATAAAACAATCCTTTAAATTTTATGCACGCTAAGGTGTTTTGTTACA  850

seq1  GCTGCAGTAACGGACCAAGCAGCC-TTGAAGCCACCCTGTACTTTGCCCA  898
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCAGTAACGGACCAAGCAGCCTTTGAAGCCACCCTGTACTTTGCCCA  900

seq1  GGCAGAGCCCTTGCC-TTCACACTCCTTGCCCATCTCCGCCTGCTACTTG  947
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGCCCTTGCCTTTCACACTCCTTGCCCATCTCCGCCTGCTACTTG  950

seq1  AGCACTCTGTCCT-CAACTGCTCAAGCTACTTCATTGTGATTATCAGCAT  996
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTCTGTCCTCCAACTGCTCAAGCTACTTCATTGTGATTATCAGCAT  1000

seq1  TTTACTGCAGAGCTGGGAATGGAACCT-GGGCCCTCGTGCACACAAG-AC  1044
      |||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||
seq2  TTTACTGCAGAGCT-GGTATGGAACCTGGGGCCCTCGTGCACACAAGAAC  1049

seq1  AAGTG-CTCTGCCACCAGGCTGCATGCCCAGGCCCTCCACTTCTTTATT-  1092
      ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| 
seq2  AAGTGCCTCTGCCA-CAGGCTGCATGCCCAAGCCCTCCACTTCTTTATTA  1098

seq1  AAAAATTCTTTAATTGCATTATTTAACCTGGGG-CAAAG-ATGTGCACTG  1140
      ||||||||||| | |||  || |||  |||||| ||||| ||||||||| 
seq2  AAAAATTCTTT-ACTGCCATAATTACTCTGGGGTCAAAGAATGTGCACT-  1146

seq1  GGGATA-CTGATCTTTCAGAATGT-----GAGAGATTTTG  1174
      | |||| ||||||||||   | ||     |||||||||||
seq2  GTGATACCTGATCTTTCGATACGTGGCGAGAGAGATTTTG  1186


seq1: chr7_130509313_130510311
seq2: B6Ng01-204J02.g_70_1086 (reverse)

seq1  TTCAT-AAAATATAAA--TGGTAG-TCACTGT-GGGTGAG--AACCAGGC  43
      ||||| ||||||||||  |||||| ||||||| |||||||  | ||||||
seq2  TTCATGAAAATATAAAATTGGTAGTTCACTGTGGGGTGAGGAAGCCAGGC  50

seq1  C-AGGTGCTGAGGCA-CAGCCCTTGGT-AAGACACGCCGCTGT-AGAAAG  89
      | ||||| | ||||| ||||||||||| |||||||||||| || ||||||
seq2  CAAGGTGTTAAGGCACCAGCCCTTGGTAAAGACACGCCGCAGTAAGAAAG  100

seq1  GCGAGATGATTACTGTGTCCCTATGAAAGATCTCAG-CAGTGAGAATGAG  138
       |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
seq2  ACGAGATGATTACTGTGTCCCTATGAAAGATTTCAGCCAGTGAGAATGAG  150

seq1  CTCTCCACAGAGCCAGAGAACCAATGGCACCATGGGGTCAGGTAAAGAAG  188
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCACAGAGCCAGAGAACCAATGGCACCATGGGGTCAGGTAAAGAAG  200

seq1  GAATCAGG-AAGTGG-AAACTTGCAGGTCCTCTCAGATAAGCAGTTG-CC  235
      |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GAATCAGGAAAGTGGAAAACTTGCAGGTCCTCTCAGATAAGCAGTTGCCC  250

seq1  AACACAG-CCACAGACCAC-ATCTAGCCTCAAAAATTTTTGAGTAGTGTA  283
      ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAGCCCACAGACCACAATCTAGCCTCAAAAATTTTTGAGTAGTGTA  300

seq1  ATGTTGTAATACTGCTGTGCTTGCTTGAGTT-AAATATCAGCTAATGTTC  332
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGTAATACTGCTGTGCTTGCTTGAGTTAAAATATCAGCTAATGTTC  350

seq1  CCTTAAATTTACATTTTAGGCACTCCAGAGGTTGGGACCCATTATTAGAA  382
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAAATTTACATTTTAGGCACTCCAGAGGTTGGGACCCATTATTAGAA  400

seq1  CATGGCCCTTCAGGTTCTCTGTGGTCCTTCCCTGGACCTTGACTTGCCAA  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCCCTTCAGGTTCTCTGTGGTCCTTCCCTGGACCTTGACTTGCCAA  450

seq1  ATGAAAGCACTCAGAACAACTCCTGAGACTCTCAGGGCAGACTCTCTGCC  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAGCACTCAGAACAACTCCTGAGACTCTCAGGGCAGACTCTCTGCC  500

seq1  AGGGATGTACTCCTGACCCACAGCAGCTCCTAACTTCACACTCCTTATCC  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATGTACTCCTGACCCACAGCAGCTCCTAACTTCACACTCCTTATCC  550

seq1  TCCTGTCCAGTCTCCTCTATCCAGACAACACTTGCCCACCATCACCCCTG  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTCCAGTCTCCTCTATCCAGACAACACTTGCCCACCATCACCCCTG  600

seq1  ACTCCCTGCTGCACCATCTGCCCTCTCTAGATTATCTGAAGCCAAGAGTG  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCTGCTGCACCATCTGCCCTCTCTAGATTATCTGAAGCCAAGAGTG  650

seq1  AGAGAATGCTTCTCCTTTTCCACAACCAGACTGCAAAAGCTCAGCAGGGC  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAATGCTTCTCCTTTTCCACAACCAGACTGCAAAAGCTCAGCAGGGC  700

seq1  TTTTCTTGCTTAACTGATCGGTGTCTGCCCATTCTCCTTCTGCTGGTAAT  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTGCTTAACTGATCGGTGTCTGCCCATTCTCCTTCTGCTGGTAAT  750

seq1  AGTGCCCCAGTTTACCGTAGGGAACCAGCACTCCTCCACTCTCTATTTGG  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCCCAGTTTACCGTAGGGAACCAGCACTCCTCCACTCTCTATTTGG  800

seq1  GTGGGGTTGAGTCCATTTCATTTCCCATGAAAGGCATGTGACCCAGAAAC  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGTTGAGTCCATTTCATTTCCCATGAAAGGCATGTGACCCAGAAAC  850

seq1  AAGAGCCAATCCGGGGACTTTGGCCACAGTCACACAGTATTCTTTTCCTC  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCCAATCCGGGGACTTTGGCCACAGTCACACAGTATTCTTTTCCTC  900

seq1  TGAGACTTGCGCTGAGGATAATGGAAATCTGTGAACACGGTTTGTCTAAA  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACTTGCGCTGAGGATAATGGAAATCTGTGAACACGGTTTGTCTAAA  950

seq1  GAGTGAACCATCCAGAATGCCCTCAGATCCAGCACTGGGAAGGCTGGGGC  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAACCATCCAGAATGCCCTCAGATCCAGCACTGGGAAGGCTGGGGC  1000

seq1  AGGAGGACTGGGAATTC  999
      |||||||||||||||||
seq2  AGGAGGACTGGGAATTC  1017


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |