BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-216L14
Chromosome7 (Build37)
Map Location 56,499,150 - 56,644,749
singlet/doubletdoublet
Overlap gene5330421F07Rik
Upstream geneMrgprb13, Mrgprb8, Mrgprb1, Mrgprx2, Mrgprb2, Mrgprb9-ps, Mrgprb3, EG639116, Zdhhc13, Csrp3, E2f8, LOC100040465, 9130015G15Rik
Downstream geneDbx1, Htatip2, Prmt3, Slc6a5, Nell1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-216L14.bB6Ng01-216L14.g
ACCGA033337GA033338
length1,0521,147
definitionB6Ng01-216L14.b B6Ng01-216L14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,499,150 - 56,500,192)(56,643,611 - 56,644,749)
sequence
gaattctcagccttagtacacatcaaaaccccctgttaagcattatttaa
gacacagattgccttcactccccccttaccctctgggaattttcattcag
taggttgggattgggtggagtgtatcaaaaagtgttacaagttctctgtg
ctgctctggggactagaccttggacaccctctgtgcctaagctctgagga
tatttgggaatagctccacaatccctaatagggatcatgactgcccttct
acaactcttcaggcagctgtgaagaatcagagttcaaggaggaaagtccc
acaaccctttctcatggcgttcttactcaaaggcaactgcaccactcatc
cattcagtgacaatctgggtagcttttcagtccatagcgttctgcttgct
tctgacagaatctcatgaaagtcaaaagacggctcttccaaacatttatt
cctttagaagagactgctcggaacaataaatatgttaaataaaacaagat
actagcataggagattgtccagatggacgagggcagagtataccatgtca
gggacaaacttgtgatttaaagagctaaaccaggctatgtgcatcccccc
cccccccgagctagggtagaaagggcctgcaaacaggctgggaaatatgg
gagcagggagtatcatgtcacatctcaacactccaggggctgtttgaaaa
ctgaacttttacttcagtctgggctcttagtttaagctactaacacaaaa
tgctgttgacagggccgctttaacaacaaatgcctctttctcctaggcct
agaggctggagatctgagatcaggctgcagccatgggtcagattcttgtc
aaggggctgtggtttctgtggattcagaaaggctgcacattgcacctatt
cagaagttatccaatcttcatcggtgtcttcctctaacatggcactgtgg
cccattcatgagggacctctcggtcacgtacttacaaccttccaggaggt
tccactgcctaaaaccagtcgaggattggggtatttatttacagatttta
tt
gaattccttgaataaaagagggggtggaggactttataggagtttctctg
atgtttcagcaaatgggtacaaaaaaattcaagggagggaaaaattgaaa
ccaagcatctcagattcctccagtgactatcattttccattgtgtctcca
acggcctagactatttcattttctagggttttccaactttccagatttcc
cccttgaaacaaatcaagcctgacaaaggtgctaaagccagtcttcaccc
tggagagtcccagagtggaaccccagggctgagctctgccccctttcaca
gatggtggccttgtaagcagaggcagaccactagtgacaagggccttgaa
cacaggtcttcctcctcccgttccaattgcttccctgttctcaattgctt
ttctgccactgtgactaaacactgaccaagggcaacttggggaagaaagg
atttgtttagcttacaggttaacagtccatcatgaagggatggatgctaa
cggaggagctcaaggtgagaactgaggcaggctgcaagcttcattcggtg
catggagtgatgttccctggggctggctcagctgactttcttattcatgc
caggtccacttgctaggaaatatcaccacctatggtgggctggcccctcc
ctccatcacttagcagttaaggaaaaaaaaaaaaagcttcaccaggcagg
gctcacaggccagtgtggtctatacaacttttcagttaaggttccttctc
tctaggtttgtgtcaagttgacagttgaagctaactatcagtgctggcac
tctgaaaaagtcagaactccaagtgaggaacagaagacaaacagaaaact
gacaagggccaaggggcaatcctggagtgcctcacaggagatagggaggg
gtctgtcaaaggcatagactgttcagctgttgagacagcaagtccctggg
gatcaaagacacagcagggccagtgtagaacctgaagttgcccattaagt
caatgaatgggaattcatataccatgtgaatggcctgcatgcattgcatc
tggaatgtactaaagaccttcacactcttgaccctggtgcctatagcagg
agggaaccccatagtcagatgtctatgggtggtgtccttgcgtcatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_56499150_56500192
seq2: B6Ng01-216L14.b_49_1091

seq1  GAATTCTCAGCCTTAGTACACATCAAAACCCCCTGTTAAGCATTATTTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGCCTTAGTACACATCAAAACCCCCTGTTAAGCATTATTTAA  50

seq1  GACACAGATTGCCTTCACTCCCCCCTTACCCTCTGGGAATTTTCATTCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAGATTGCCTTCACTCCCCCCTTACCCTCTGGGAATTTTCATTCAG  100

seq1  TAGGTTGGGATTGGGTGGAGTGTATCAAAAAGTGTTACAAGTTCTCTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTGGGATTGGGTGGAGTGTATCAAAAAGTGTTACAAGTTCTCTGTG  150

seq1  CTGCTCTGGGGACTAGACCTTGGACACCCTCTGTGCCTAAGCTCTGAGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTGGGGACTAGACCTTGGACACCCTCTGTGCCTAAGCTCTGAGGA  200

seq1  TATTTGGGAATAGCTCCACAATCCCTAATAGGGATCATGACTGCCCTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGGGAATAGCTCCACAATCCCTAATAGGGATCATGACTGCCCTTCT  250

seq1  ACAACTCTTCAGGCAGCTGTGAAGAATCAGAGTTCAAGGAGGAAAGTCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTCTTCAGGCAGCTGTGAAGAATCAGAGTTCAAGGAGGAAAGTCCC  300

seq1  ACAACCCTTTCTCATGGCGTTCTTACTCAAAGGCAACTGCACCACTCATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCCTTTCTCATGGCGTTCTTACTCAAAGGCAACTGCACCACTCATC  350

seq1  CATTCAGTGACAATCTGGGTAGCTTTTCAGTCCATAGCGTTCTGCTTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAGTGACAATCTGGGTAGCTTTTCAGTCCATAGCGTTCTGCTTGCT  400

seq1  TCTGACAGAATCTCATGAAAGTCAAAAGACGGCTCTTCCAAACATTTATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACAGAATCTCATGAAAGTCAAAAGACGGCTCTTCCAAACATTTATT  450

seq1  CCTTTAGAAGAGACTGCTCGGAACAATAAATATGTTAAATAAAACAAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAGAAGAGACTGCTCGGAACAATAAATATGTTAAATAAAACAAGAT  500

seq1  ACTAGCATAGGAGATTGTCCAGATGGACGAGGGCAGAGTATACCATGTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGCATAGGAGATTGTCCAGATGGACGAGGGCAGAGTATACCATGTCA  550

seq1  GGGACAAACTTGTGATTTAAAGAGCTAAACCAGGCTATGTGCATCCCCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACAAACTTGTGATTTAAAGAGCTAAACCAGGCTATGTGCATCCCCCC  600

seq1  CCCCCCCGAGCTAGGGTAGAAAGGGCCTGCAAACAGGCTGGGAAATATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCGAGCTAGGGTAGAAAGGGCCTGCAAACAGGCTGGGAAATATGG  650

seq1  GAGCAGGGAGTATCATGTCACATCTCAACACTCCAGGGGCTGTTTGAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGGGAGTATCATGTCACATCTCAACACTCCAGGGGCTGTTTGAAAA  700

seq1  CTGAACTTTTACTTCAGTCTGGGCTCTTAGTTTAAGCTACTAACACAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACTTTTACTTCAGTCTGGGCTCTTAGTTTAAGCTACTAACACAAAA  750

seq1  TGCTGTTGACAGGGCCGCTTTAACAACAAATGCCTCTTTCTCCTAGGCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTTGACAGGGCCGCTTTAACAACAAATGCCTCTTTCTCCTAGGCCT  800

seq1  AGAGGCTGGAGATCTGAGATCAGGCTGCAGCCAT-GGTCAGATTCTTGTC  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGAGGCTGGAGATCTGAGATCAGGCTGCAGCCATGGGTCAGATTCTTGTC  850

seq1  AA-GGGCTGTGGTTTCTGTGGATTCAGAAAGGCTGC-CATTGCA-CTA-T  895
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |
seq2  AAGGGGCTGTGGTTTCTGTGGATTCAGAAAGGCTGCACATTGCACCTATT  900

seq1  CAGAAGTTATCC-ATCTTCATC-GTGTC-TCCTCTAACATGGCACTG-GG  941
      |||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||
seq2  CAGAAGTTATCCAATCTTCATCGGTGTCTTCCTCTAACATGGCACTGTGG  950

seq1  CCCA-TCATGA-GGACCTCTCGGTCACGTACTTACAACCTCCCA-GAGGT  988
      |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
seq2  CCCATTCATGAGGGACCTCTCGGTCACGTACTTACAACCTTCCAGGAGGT  1000

seq1  TCCACTGCCTAAAACCAGTCGAGGATT-GGGTATTTATTTACAGTATTTA  1037
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||       
seq2  TCCACTGCCTAAAACCAGTCGAGGATTGGGGTATTTATTTACA-------  1043

seq1  TTTACA  1043
            
seq2  ------  1043

seq1: chr7_56643611_56644749
seq2: B6Ng01-216L14.g_69_1215 (reverse)

seq1  AATGAC-----GAGACCACCCACTAGGCCATCTGACTATGGGGGT-CCTC  44
      ||||||     || |||||||| || | ||||||||||||||| | ||||
seq2  AATGACGCAAGGACACCACCCA-TA-GACATCTGACTATGGGGTTCCCTC  48

seq1  CTGCTAATAGCACCAGGTTCAGGAGTGTGAA-GTCTTTAGTACATTTCAG  93
      ||||||   |||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |||
seq2  CTGCTATAGGCACCAGGGTCAAGAGTGTGAAGGTCTTTAGTACATTCCAG  98

seq1  ATCCAAACTATGGCAGCCATTCACATTGTATAATGATTCCCA-TCATTGA  142
      || |||   |||   ||||||||||| |||||   ||||||| |||||||
seq2  ATGCAATGCATGCAGGCCATTCACATGGTATATGAATTCCCATTCATTGA  148

seq1  CTTAATTGGC-ACTTCAG--TCTACCACTGCCCCTGCTGTGTCTTTGATC  189
      |||||| ||| |||||||  |||| ||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTTAATGGGCAACTTCAGGTTCTA-CACTGGCCCTGCTGTGTCTTTGATC  197

seq1  CCCAGGGACTTGCTTGTCTCAACAGCTG-ACAGTCTATGCCTTTGACAGA  238
      ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGGACTTGC-TGTCTCAACAGCTGAACAGTCTATGCCTTTGACAGA  246

seq1  CCCCTCCCTATCTCCTGTGAGGCACTCCAGGATTGCCCCTTGGCCCTTGT  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCCCTATCTCCTGTGAGGCACTCCAGGATTGCCCCTTGGCCCTTGT  296

seq1  CAGTTTTCTGTTTGTCTTCTGTTCCTCACTTGGAGTTCTTGAC-TTTTCA  337
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
seq2  CAGTTTTCTGTTTGTCTTCTGTTCCTCACTTGGAGTTC-TGACTTTTTCA  345

seq1  GAGTGCCAGCACTGATAGTTAGCTTCAACTGTCAACTTGACACAAACCTA  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGCCAGCACTGATAGTTAGCTTCAACTGTCAACTTGACACAAACCTA  395

seq1  GAGAGAAGGAACCTTAACTGAAAAGTTGTATAGACCACACTGGCCTGTGA  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAAGGAACCTTAACTGAAAAGTTGTATAGACCACACTGGCCTGTGA  445

seq1  GCCCTGCCTGGTGAAGCTTTTTTTTTTTTTCCTTAACTGCTAAGTGATGG  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGCCTGGTGAAGCTTTTTTTTTTTTTCCTTAACTGCTAAGTGATGG  495

seq1  AGGGAGGGGCCAGCCCACCATAGGTGGTGATATTTCCTAGCAAGTGGACC  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGGGGCCAGCCCACCATAGGTGGTGATATTTCCTAGCAAGTGGACC  545

seq1  TGGCATGAATAAGAAAGTCAGCTGAGCCAGCCCCAGGGAACATCACTCCA  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATGAATAAGAAAGTCAGCTGAGCCAGCCCCAGGGAACATCACTCCA  595

seq1  TGCACCGAATGAAGCTTGCAGCCTGCCTCAGTTCTCACCTTGAGCTCCTC  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCGAATGAAGCTTGCAGCCTGCCTCAGTTCTCACCTTGAGCTCCTC  645

seq1  CGTTAGCATCCATCCCTTCATGATGGACTGTTAACCTGTAAGCTAAACAA  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTAGCATCCATCCCTTCATGATGGACTGTTAACCTGTAAGCTAAACAA  695

seq1  ATCCTTTCTTCCCCAAGTTGCCCTTGGTCAGTGTTTAGTCACAGTGGCAG  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTTCTTCCCCAAGTTGCCCTTGGTCAGTGTTTAGTCACAGTGGCAG  745

seq1  AAAAGCAATTGAGAACAGGGAAGCAATTGGAACGGGAGGAGGAAGACCTG  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCAATTGAGAACAGGGAAGCAATTGGAACGGGAGGAGGAAGACCTG  795

seq1  TGTTCAAGGCCCTTGTCACTAGTGGTCTGCCTCTGCTTACAAGGCCACCA  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCAAGGCCCTTGTCACTAGTGGTCTGCCTCTGCTTACAAGGCCACCA  845

seq1  TCTGTGAAAGGGGGCAGAGCTCAGCCCTGGGGTTCCACTCTGGGACTCTC  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGAAAGGGGGCAGAGCTCAGCCCTGGGGTTCCACTCTGGGACTCTC  895

seq1  CAGGGTGAAGACTGGCTTTAGCACCTTTGTCAGGCTTGATTTGTTTCAAG  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTGAAGACTGGCTTTAGCACCTTTGTCAGGCTTGATTTGTTTCAAG  945

seq1  GGGGAAATCTGGAAAGTTGGAAAACCCTAGAAAATGAAATAGTCTAGGCC  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAATCTGGAAAGTTGGAAAACCCTAGAAAATGAAATAGTCTAGGCC  995

seq1  GTTGGAGACACAATGGAAAATGATAGTCACTGGAGGAATCTGAGATGCTT  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGAGACACAATGGAAAATGATAGTCACTGGAGGAATCTGAGATGCTT  1045

seq1  GGTTTCAATTTTTCCCTCCCTTGAATTTTTTTGTACCCATTTGCTGAAAC  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCAATTTTTCCCTCCCTTGAATTTTTTTGTACCCATTTGCTGAAAC  1095

seq1  ATCAGAGAAACTCCTATAAAGTCCTCCACCCCCTCTTTTATTCAAGGAAT  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAGAAACTCCTATAAAGTCCTCCACCCCCTCTTTTATTCAAGGAAT  1145

seq1  TC  1139
      ||
seq2  TC  1147