BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-220H19
Chromosome7 (Build37)
Map Location 38,805,428 - 38,885,464
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCcne1
Upstream geneLOC100043874, Zfp536, LOC100043453, EG627844, C80913
Downstream gene1600014C10Rik, Plekhf1, Pop4, LOC668519, LOC100043464, 1700010N08Rik, EG627975, EG625594, EG627983, EG434171, LOC100043467
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-220H19.bB6Ng01-220H19.g
ACCGA036032GA036033
length1,0541,148
definitionB6Ng01-220H19.b B6Ng01-220H19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,884,414 - 38,885,464)(38,805,428 - 38,806,576)
sequence
gaattctcttaactctgacgcttctaagttaaggtagacagtgtcaggtg
gaggcgggtaaggaacaaggccatagatcatttagtttagtagctacttt
aaccataattgaccttgggactgaagagattgaaattgtggcatagtggt
ttcccacttgggatcctaacacttagacagctaaggtagaatgggcagtt
tgaggcctgcatgccctcaaaataatataaaaagggttgtcgtggggttc
tttatagactatagggtgaatgaagaagtctaagcagtttatccatgagt
ctttttgagacagaatctctgtagctctagcttgcttggatccagcagcc
tctggagttgtgacattaaaggccaccacagccagctagctttacttctt
atagctagcatgctttcagttgctgaagtgagccagtgttgagccattga
ttgtatcctctttccacgtcagcatactagagccattttggatgcatgtc
ctaatctgaaagtgctaggaacggtttcttctaatagcatcttccttctg
ttcccttttaggaaatctaccctccaaagttgcaccagtttgcttatgtt
acagatggcgcttgctccggggatgaaattcttaccatggaattgatgat
gatgaaggcaggttacacattaatatcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgacagagagacagagagagactgtctttcccttgcaggtgt
ggtgtgcccaccaccaccgtgggtcttatccagttagccatgtggcagga
ctatggctgagcttttcacaactgtcacttctttcctttaggcccttaag
tggcgtctaagccctctgaccattgtgtcctggctgaatgtctatgtcca
agtggcctatgtccacgatcacgggttgaggtgctgatgccctcagttac
ccacagcaggtcttcgtgctgatcgcaaaggttatgtgaccttctgcatg
gcccactggtgtgttgcgtggcacaccacagctcaggggcttctagaagc
ttca

gaattctggccctctgtgggtctgtttgcccctatcttccacttctgttc
cagctcccaagtccacatccatcctttgatcacttgcatcaagaaagaaa
aagcagggacgattggggaagatggtaaatatgaatttctctccctgcag
atgcagcaacctctgaaacacagtcaaactctgagcactcatcttgcctc
ccgccaatagcagcatccctgactcctagggcaccgcagaagctacttct
ctagtgctgggctttgaatatgaactgaccccatgtgtttcaatacttgg
tccctaacaggtagtactaatttggaaggatacttaaaaattaggatgta
ccaggcagtggtggctcacacctttaatcccagaatctggaaggcagagg
caggcagatctctgagtttgaggccagcctggtctacagagtgagttcca
ggacatccaaggctacacaaaaaaaccctgtcttgaaaagtgagggggtg
gggaatttagtatgtcgtttagaatgtagaacctaagtggaggaagtcgg
tcagtggggtaagtctttggtatagcatccctggatactacctgtcactc
tctgcctcttgttcagctgtgaagtaaactgaggcaggccatgcctccct
gccataatacactgaatcctctggaatggcattccctacagaaagtgatc
taggatagatttgtttatgtttgagtgcatttttagacatgtatcaagca
aaagcaaaagaacatgtagcaagaagcagatagagaacaaaataaatcag
gcccttacgacgtctagcagaactatctagggtaaccagagcgggaaagc
aagcaagaataaatcagcagcaaacagcagacagataacatcaacttgag
ccacttacacatgccccagaaagactgggcttgagtctgtctaaggctgg
agctctgtttgggatgttttccagctagagcagagagtttcaccccacca
atgagcttcctatttctcctccccaacctcagggccagtcacaggataga
cggatagtacttccattaagaaccgtcgcttcctattcggtcctcaggtg
cctattatgactgttggtcctttctccctgtacagagccaaaggccag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_38884414_38885464
seq2: B6Ng01-220H19.b_43_1096 (reverse)

seq1  TGAAGCTTCTAGAAGCCCCTGAGCTGTGGTGTGCCACACAAACACA-CAG  49
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||
seq2  TGAAGCTTCTAGAAGCCCCTGAGCTGTGGTGTGCCACGC-AACACACCAG  49

seq1  TGGG-CAAGCAGAAGGTCCACAT-ACCTCTGCGATCTGCACGAAGACCTG  97
      |||| || ||||||||| ||||| |||| ||||||| |||||||||||||
seq2  TGGGCCATGCAGAAGGT-CACATAACCTTTGCGATCAGCACGAAGACCTG  98

seq1  CTGTGGGT-ACTGA-GGCATCAGCACCTC-ACCCGTG-TCGTTGACATAG  143
      |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| |||| |||||||
seq2  CTGTGGGTAACTGAGGGCATCAGCACCTCAACCCGTGATCGTGGACATAG  148

seq1  GCCACTTGGACATAGACATTCAGCCAGGACACAATGGTCAGAGGGCTTAG  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTTGGACATAGACATTCAGCCAGGACACAATGGTCAGAGGGCTTAG  198

seq1  ACGCCACTTAAGGGCCTAAAGGAAAGAAGTGACAGTTGTGAAAAGCTCAG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCCACTTAAGGGCCTAAAGGAAAGAAGTGACAGTTGTGAAAAGCTCAG  248

seq1  CCATAGTCCCTGCCACATGGCTAACTGGATAAGACCCACGGTGGTGGTGG  293
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGT-CCTGCCACATGGCTAACTGGATAAGACCCACGGTGGTGGTGG  297

seq1  GCACACCACACCTTGCAAGGGAAAGACAGTCTCTCTCTGTCTCTCTGTCA  343
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACCACACC-TGCAAGGGAAAGACAGTCTCTCTCTGTCTCTCTGTCA  346

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACGATATTAATGTGTAACCTG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACGATATTAATGTGTAACCTG  396

seq1  CCTTCATCATCATCAATTCCATGGTAAGAATTTCATCCCCGGAGCAAGCG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCATCATCATCAATTCCATGGTAAGAATTTCATCCCCGGAGCAAGCG  446

seq1  CCATCTGTAACATAAGCAAACTGGTGCAACTTTGGAGGGTAGATTTCCTA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTGTAACATAAGCAAACTGGTGCAACTTTGGAGGGTAGATTTCCTA  496

seq1  AAAGGGAACAGAAGGAAGATGCTATTAGAAGAAACCGTTCCTAGCACTTT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGAACAGAAGGAAGATGCTATTAGAAGAAACCGTTCCTAGCACTTT  546

seq1  CAGATTAGGACATGCATCCAAAATGGCTCTAGTATGCTGACGTGGAAAGA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTAGGACATGCATCCAAAATGGCTCTAGTATGCTGACGTGGAAAGA  596

seq1  GGATACAATCAATGGCTCAACACTGGCTCACTTCAGCAACTGAAAGCATG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATACAATCAATGGCTCAACACTGGCTCACTTCAGCAACTGAAAGCATG  646

seq1  CTAGCTATAAGAAGTAAAGCTAGCTGGCTGTGGTGGCCTTTAATGTCACA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTATAAGAAGTAAAGCTAGCTGGCTGTGGTGGCCTTTAATGTCACA  696

seq1  ACTCCAGAGGCTGCTGGATCCAAGCAAGCTAGAGCTACAGAGATTCTGTC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAGAGGCTGCTGGATCCAAGCAAGCTAGAGCTACAGAGATTCTGTC  746

seq1  TCAAAAAGACTCATGGATAAACTGCTTAGACTTCTTCATTCACCCTATAG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAAGACTCATGGATAAACTGCTTAGACTTCTTCATTCACCCTATAG  796

seq1  TCTATAAAGAACCCCACGACAACCCTTTTTATATTATTTTGAGGGCATGC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAAAGAACCCCACGACAACCCTTTTTATATTATTTTGAGGGCATGC  846

seq1  AGGCCTCAAACTGCCCATTCTACCTTAGCTGTCTAAGTGTTAGGATCCCA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTCAAACTGCCCATTCTACCTTAGCTGTCTAAGTGTTAGGATCCCA  896

seq1  AGTGGGAAACCACTATGCCACAATTTCAATCTCTTCAGTCCCAAGGTCAA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGAAACCACTATGCCACAATTTCAATCTCTTCAGTCCCAAGGTCAA  946

seq1  TTATGGTTAAAGTAGCTACTAAACTAAATGATCTATGGCCTTGTTCCTTA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGTTAAAGTAGCTACTAAACTAAATGATCTATGGCCTTGTTCCTTA  996

seq1  CCCGCCTCCACCTGACACTGTCTACCTTAACTTAGAAGCGTCAGAGTTAA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGCCTCCACCTGACACTGTCTACCTTAACTTAGAAGCGTCAGAGTTAA  1046

seq1  GAGAATTC  1051
      ||||||||
seq2  GAGAATTC  1054


seq1: chr7_38805428_38806576
seq2: B6Ng01-220H19.g_64_1211

seq1  GAATTCTGGCCCTCTGTGGGTCTGTTTGCCCCTATCTTCCACTTCTGTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGCCCTCTGTGGGTCTGTTTGCCCCTATCTTCCACTTCTGTTC  50

seq1  CAGCTCCCAAGTCCACATCCATCCTTTGATCACTTGCATCAAGAAAGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCCCAAGTCCACATCCATCCTTTGATCACTTGCATCAAGAAAGAAA  100

seq1  AAGCAGGGACGATTGGGGAAGATGGTAAATATGAATTTCTCTCCCTGCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGGGACGATTGGGGAAGATGGTAAATATGAATTTCTCTCCCTGCAG  150

seq1  ATGCAGCAACCTCTGAAACACAGTCAAACTCTGAGCACTCATCTTGCCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGCAACCTCTGAAACACAGTCAAACTCTGAGCACTCATCTTGCCTC  200

seq1  CCGCCAATAGCAGCATCCCTGACTCCTAGGGCACCGCAGAAGCTACTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCCAATAGCAGCATCCCTGACTCCTAGGGCACCGCAGAAGCTACTTCT  250

seq1  CTAGTGCTGGGCTTTGAATATGAACTGACCCCATGTGTTTCAATACTTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGCTGGGCTTTGAATATGAACTGACCCCATGTGTTTCAATACTTGG  300

seq1  TCCCTAACAGGTAGTACTAATTTGGAAGGATACTTAAAAATTAGGATGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTAACAGGTAGTACTAATTTGGAAGGATACTTAAAAATTAGGATGTA  350

seq1  CCAGGCAGTGGTGGCTCACACCTTTAATCCCAGAATCTGGAAGGCAGAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCAGTGGTGGCTCACACCTTTAATCCCAGAATCTGGAAGGCAGAGG  400

seq1  CAGGCAGATCTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGATCTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCA  450

seq1  GGACATCCAAGGCTACACAAAAAAACCCTGTCTTGAAAAGTGAGGGGGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATCCAAGGCTACACAAAAAAACCCTGTCTTGAAAAGTGAGGGGGTG  500

seq1  GGGAATTTAGTATGTCGTTTAGAATGTAGAACCTAAGTGGAGGAAGTCGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATTTAGTATGTCGTTTAGAATGTAGAACCTAAGTGGAGGAAGTCGG  550

seq1  TCAGTGGGGTAAGTCTTTGGTATAGCATCCCTGGATACTACCTGTCACTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGGGGTAAGTCTTTGGTATAGCATCCCTGGATACTACCTGTCACTC  600

seq1  TCTGCCTCTTGTTCAGCTGTGAAGTAAACTGAGGCAGGCCATGCCTCCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCTTGTTCAGCTGTGAAGTAAACTGAGGCAGGCCATGCCTCCCT  650

seq1  GCCATAATACACTGAATCCTCTGGAATGGCATTCCCTACAGAAAGTGATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATAATACACTGAATCCTCTGGAATGGCATTCCCTACAGAAAGTGATC  700

seq1  TAGGATAGATTTGTTTATGTTTGAGTGCATTTTTAGACATGTATCAAGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATAGATTTGTTTATGTTTGAGTGCATTTTTAGACATGTATCAAGCA  750

seq1  AAAGCAAAAGAACATGTAGCAAGAAGCAGATAGAGAACAAAATAAATCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAAAAGAACATGTAGCAAGAAGCAGATAGAGAACAAAATAAATCAG  800

seq1  GCCCTTACGACGTCTAGCAGAACTATCTAGGGTAACCAGAGCGGGAAAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTACGACGTCTAGCAGAACTATCTAGGGTAACCAGAGCGGGAAAGC  850

seq1  AAGCAAGAATAAAATCAGCAGCAAACAGCAGACAGATAACATCAACTTGA  900
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGAAT-AAATCAGCAGCAAACAGCAGACAGATAACATCAACTTGA  899

seq1  G-CACTTACAACATGCCCCAGAAAGACTGGGC-TGAGTCTGTCCAAAAGG  948
      | ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||
seq2  GCCACTTAC-ACATGCCCCAGAAAGACTGGGCTTGAGTCTGTC--TAAGG  946

seq1  CTGGAGCTCTGTTTGGGATG-TTTCCAGCTAGAGCAGAGAG-TTCACCCC  996
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTGGAGCTCTGTTTGGGATGTTTTCCAGCTAGAGCAGAGAGTTTCACCCC  996

seq1  ACCAATGAGCTTCCTATTTCTCCTCCCC-ACCTC--GGGCAGTCACAGGA  1043
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||  || |||||||||||
seq2  ACCAATGAGCTTCCTATTTCTCCTCCCCAACCTCAGGGCCAGTCACAGGA  1046

seq1  TAGAC-GATAGTAACTTCCATTAGAAACGGTTCGCCTTCTA-TCTGTCCT  1091
      ||||| |||||| ||||||||||  ||| | |||| | ||| || |||||
seq2  TAGACGGATAGT-ACTTCCATTAAGAACCG-TCGCTTCCTATTCGGTCCT  1094

seq1  CAAGGGTG-CTATTATAGCTGTTTGTTCTTTCTCCCTGTCACAGAAGCAC  1140
      ||  |||| |||||||  ||||| || |||||||||||| |||| ||| |
seq2  CA--GGTGCCTATTATGACTGTTGGTCCTTTCTCCCTGT-ACAG-AGC-C  1139

seq1  AGAGGCCAG  1149
      | |||||||
seq2  AAAGGCCAG  1148


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |