BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-237L24
Chromosome7 (Build37)
Map Location 90,510,288 - 90,648,338
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG666160
Upstream geneAdamtsl3, 1700129I04Rik, Eftud1, LOC100038986, LOC619808, Rkhd3, LOC619909, A530021J07Rik
Downstream geneTmc3, Stard5, Il16, Phgdh-ps1, LOC666170, 1700026D08Rik, Mesdc1, Mesdc2, 9930013L23Rik, 2210412D01Rik, Arnt2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-237L24.bB6Ng01-237L24.g
ACCGA048624GA048625
length1,1521,172
definitionB6Ng01-237L24.b B6Ng01-237L24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,647,184 - 90,648,338)(90,510,288 - 90,511,458)
sequence
gaattctaccacccatctaagaaaaatgtataccagctctacacaatatt
tttcagaagatggaagcaaaaacactccatatctcattctatgctgacag
gatttccttaataacaatcctggagacactagaagcaaagaaaactctag
gttaatgcctcttgtaaacttagatgcataaatgtcctagcagtatgtta
gaaattgaatccaatagcaagtgaaaataattacacaacataaacaagaa
ggatttttgcaaggatacagaactgctccaacctgcaaaaaaatcaattt
gtttaatacaccacattaacgagctacaaagaaaaccacacaactgtatc
attttaggcaaatccaaacaaaacttggggacctttctccagctacattt
tactctcagttttacagatatgctacaaaaaaaagaagaatctttctttt
tcaggtgcagagaactctggatgatttgcagcctggcacttgcaagtcac
atggaaatgtatagaaagcaaaaagacagggagaggggaaccaacctggc
caaagttcctgtgagtgtgagatccagtgtaatccagaggcccggtgact
gttagggactttgaggttgcgaagtcctgaccaagagagaatgaagttct
gagccagtgttaaaagtaatagtaatagaaaatattcatatttcaaaatg
tatactgaagtaactaactcagcacattagctggcatgtctgtcagaatg
agagctggtgtggaatctaaaagaaaaggacagagcctccttgctcagga
cacgtgaagaggggtgtgcttacacattgttgtagactgagtagtgtctc
cccaaatacatctcttttttttgaaatatgaaatctttagaaaggtcttt
caagttaatgggaggtcttgagggtatagtcctacttgaataacactgtt
gccttaaatgaagaaatttctctctaactacacccaccagggaaaggcca
tggaagcatgggaaggccatgaagtggcagtcaccagaacccaacagcac
cagttgcctaactcatctcagcctctaggatctcaagatgcatttctgtt
gtttaagtctctagggctatgctgtgtatatgggtgattcagcctgaacc
tc
gaattccagggcagggacaggacattgtcaaactcactcctctgagagat
cacagagcagatggaaagcagtgaattgaaacctacttccttcttcctgt
ccctagaaactggaaggtactgtgtcaggccccagtcttcctgcctctgt
ttgtgctcaagccagatgcatgcaaggcagcttcaggaggctgctctttg
tttggaccacagaaagatttttagattagatttgagtaagccagagcagg
caggtggctggtgtctttgagatgcagaaattgctcttgttgctcctctg
tggcttcaccattcagatactgacaaagggaaagaggaggggaactcagg
aaaacttagagtatcactgggcaaattgaacaggcttggcaaagtggtca
caagggattaaaagccctcactttctctggggtgcctcttcaatcttctc
acctgacaaaaacctggtcactcagattatacctctaagagcagggccag
aggtgacaaaggcaagggctgattagagatagtaggaaatacaagaccag
gcttgcacactgctgaagcaaacacctttttgcaacatcagtatatgtct
gctaggtacagatgttactaatggacacagtgtcatcttatattgtgact
ggagatgactggatcatggttggaactggagagagtgacagactgagcaa
agtaatatgggatgatggatactactgattgctcacttgacagaatctag
actcccccaggaaacagagctccaggcatgctcatgagaggtcatccaga
agcttagccagggtgagaagactcaccttaactgtggacagtgccatccc
ataggctgggcacctgcactggatacgagccagctctgcgcttcctgtgg
acactatgtgaccagctgtctcaagctcctgctgctatggccttttcccc
agattcctttgaactatgagcccaataatcttttccttccctaagatgtt
tgatcaagtgtttttgtctcagtaagaagataagtaatgatacatatggc
attcttggtcaaatgcatgaaggaagcgcaaccctctctaggttgagagc
acagtgcaattagacagggtatagcagccttgcaagaaatggctcagcgt
taagagcactgacctggctctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_90647184_90648338
seq2: B6Ng01-237L24.b_45_1196 (reverse)

seq1  GAGGGTCAGGCTGAATCACCATAATAACACAGCATAGCCCTAGAGACTTA  50
      |||| |||||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTCAGGCTGAATCACCCATAT-ACACAGCATAGCCCTAGAGACTTA  49

seq1  AACAACAGAAATTGCCTTCTGAGATTCCTAGAGGCTGGAGATGGAGTTTA  100
      ||||||||||| ||| |  ||||| ||||||||||| ||||| ||| |||
seq2  AACAACAGAAA-TGCATCTTGAGA-TCCTAGAGGCT-GAGAT-GAG-TTA  94

seq1  GGGCACTGGTGCTGTTGGGTTCTGGTGACTGCCACCTTCATGG-CTTCCC  149
      ||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
seq2  GGCAACTGGTGCTGTTGGGTTCTGGTGACTGCCA-CTTCATGGCCTTCCC  143

seq1  ATGCTTCCATGGCCTTTCCCTGGTGGGTGTAGTTAGAGAGAAATTTCTTC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTCCATGGCCTTTCCCTGGTGGGTGTAGTTAGAGAGAAATTTCTTC  193

seq1  ATTTAAGGCAACAGTGTTATTCAAGTAGGACTATACCCTCAAGACCT-CC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATTTAAGGCAACAGTGTTATTCAAGTAGGACTATACCCTCAAGACCTCCC  243

seq1  ATTAACTTGAAAGACC-TTCTAAAGATTTCATATTTC-AAAAAAAGAGAT  296
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATTAACTTGAAAGACCTTTCTAAAGATTTCATATTTCAAAAAAAAGAGAT  293

seq1  GTATTTGGGGAGACACTACTCAGTCTACAACAATGTGTAAGCACACCCCT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTGGGGAGACACTACTCAGTCTACAACAATGTGTAAGCACACCCCT  343

seq1  CTTCACGTGTCCTGAGCAAGGAGGCTCTGTCCTTTTCTTTTAGATTCCAC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACGTGTCCTGAGCAAGGAGGCTCTGTCCTTTTCTTTTAGATTCCAC  393

seq1  ACCAGCTCTCATTCTGACAGACATGCCAGCTAATGTGCTGAGTTAGTTAC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCTCTCATTCTGACAGACATGCCAGCTAATGTGCTGAGTTAGTTAC  443

seq1  TTCAGTATACATTTTGAAATATGAATATTTTCTATTACTATTACTTTTAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTATACATTTTGAAATATGAATATTTTCTATTACTATTACTTTTAA  493

seq1  CACTGGCTCAGAACTTCATTCTCTCTTGGTCAGGACTTCGCAACCTCAAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGCTCAGAACTTCATTCTCTCTTGGTCAGGACTTCGCAACCTCAAA  543

seq1  GTCCCTAACAGTCACCGGGCCTCTGGATTACACTGGATCTCACACTCACA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTAACAGTCACCGGGCCTCTGGATTACACTGGATCTCACACTCACA  593

seq1  GGAACTTTGGCCAGGTTGGTTCCCCTCTCCCTGTCTTTTTGCTTTCTATA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTTTGGCCAGGTTGGTTCCCCTCTCCCTGTCTTTTTGCTTTCTATA  643

seq1  CATTTCCATGTGACTTGCAAGTGCCAGGCTGCAAATCATCCAGAGTTCTC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCCATGTGACTTGCAAGTGCCAGGCTGCAAATCATCCAGAGTTCTC  693

seq1  TGCACCTGAAAAAGAAAGATTCTTCTTTTTTTTGTAGCATATCTGTAAAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCTGAAAAAGAAAGATTCTTCTTTTTTTTGTAGCATATCTGTAAAA  743

seq1  CTGAGAGTAAAATGTAGCTGGAGAAAGGTCCCCAAGTTTTGTTTGGATTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAGTAAAATGTAGCTGGAGAAAGGTCCCCAAGTTTTGTTTGGATTT  793

seq1  GCCTAAAATGATACAGTTGTGTGGTTTTCTTTGTAGCTCGTTAATGTGGT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAAAATGATACAGTTGTGTGGTTTTCTTTGTAGCTCGTTAATGTGGT  843

seq1  GTATTAAACAAATTGATTTTTTTGCAGGTTGGAGCAGTTCTGTATCCTTG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTAAACAAATTGATTTTTTTGCAGGTTGGAGCAGTTCTGTATCCTTG  893

seq1  CAAAAATCCTTCTTGTTTATGTTGTGTAATTATTTTCACTTGCTATTGGA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAATCCTTCTTGTTTATGTTGTGTAATTATTTTCACTTGCTATTGGA  943

seq1  TTCAATTTCTAACATACTGCTAGGACATTTATGCATCTAAGTTTACAAGA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATTTCTAACATACTGCTAGGACATTTATGCATCTAAGTTTACAAGA  993

seq1  GGCATTAACCTAGAGTTTTCTTTGCTTCTAGTGTCTCCAGGATTGTTATT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTAACCTAGAGTTTTCTTTGCTTCTAGTGTCTCCAGGATTGTTATT  1043

seq1  AAGGAAATCCTGTCAGCATAGAATGAGATATGGAGTGTTTTTGCTTCCAT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAATCCTGTCAGCATAGAATGAGATATGGAGTGTTTTTGCTTCCAT  1093

seq1  CTTCTGAAAAATATTGTGTAGAGCTGGTATACATTTTTCTTAGATGGGTG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGAAAAATATTGTGTAGAGCTGGTATACATTTTTCTTAGATGGGTG  1143

seq1  GTAGAATTC  1155
      |||||||||
seq2  GTAGAATTC  1152

seq1: chr7_90510288_90511458
seq2: B6Ng01-237L24.g_65_1236

seq1  GAATTCCAGGGCAGGGACAGGACATTGTCAAACTCACTCCTCTGAGAGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGGCAGGGACAGGACATTGTCAAACTCACTCCTCTGAGAGAT  50

seq1  CACAGAGCAGATGGAAAGCAGTGAATTGAAACCTACTTCCTTCTTCCTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGCAGATGGAAAGCAGTGAATTGAAACCTACTTCCTTCTTCCTGT  100

seq1  CCCTAGAAACTGGAAGGTACTGTGTCAGGCCCCAGTCTTCCTGCCTCTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAGAAACTGGAAGGTACTGTGTCAGGCCCCAGTCTTCCTGCCTCTGT  150

seq1  TTGTGCTCAAGCCAGATGCATGCAAGGCAGCTTCAGGAGGCTGCTCTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCTCAAGCCAGATGCATGCAAGGCAGCTTCAGGAGGCTGCTCTTTG  200

seq1  TTTGGACCACAGAAAGATTTTTAGATTAGATTTGAGTAAGCCAGAGCAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGACCACAGAAAGATTTTTAGATTAGATTTGAGTAAGCCAGAGCAGG  250

seq1  CAGGTGGCTGGTGTCTTTGAGATGCAGAAATTGCTCTTGTTGCTCCTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGGCTGGTGTCTTTGAGATGCAGAAATTGCTCTTGTTGCTCCTCTG  300

seq1  TGGCTTCACCATTCAGATACTGACAAAGGGAAAGAGGAGGGGAACTCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTCACCATTCAGATACTGACAAAGGGAAAGAGGAGGGGAACTCAGG  350

seq1  AAAACTTAGAGTATCACTGGGCAAATTGAACAGGCTTGGCAAAGTGGTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTTAGAGTATCACTGGGCAAATTGAACAGGCTTGGCAAAGTGGTCA  400

seq1  CAAGGGATTAAAAGCCCTCACTTTCTCTGGGGTGCCTCTTCAATCTTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGATTAAAAGCCCTCACTTTCTCTGGGGTGCCTCTTCAATCTTCTC  450

seq1  ACCTGACAAAAACCTGGTCACTCAGATTATACCTCTAAGAGCAGGGCCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGACAAAAACCTGGTCACTCAGATTATACCTCTAAGAGCAGGGCCAG  500

seq1  AGGTGACAAAGGCAAGGGCTGATTAGAGATAGTAGGAAATACAAGACCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGACAAAGGCAAGGGCTGATTAGAGATAGTAGGAAATACAAGACCAG  550

seq1  GCTTGCACACTGCTGAAGCAAACACCTTTTTGCAACATCAGTATATGTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCACACTGCTGAAGCAAACACCTTTTTGCAACATCAGTATATGTCT  600

seq1  GCTAGGTACAGATGTTACTAATGGACACAGTGTCATCTTATATTGTGACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGGTACAGATGTTACTAATGGACACAGTGTCATCTTATATTGTGACT  650

seq1  GGAGATGACTGGATCATGGTTGGAACTGGAGAGAGTGACAGACTGAGCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATGACTGGATCATGGTTGGAACTGGAGAGAGTGACAGACTGAGCAA  700

seq1  AGTAATATGGGATGATGGATACTACTGATTGCTCACTTGACAGAATCTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATATGGGATGATGGATACTACTGATTGCTCACTTGACAGAATCTAG  750

seq1  ACTCCCCCAGGAAACAGAGCTCCAGGCATGCTCATGAGAGGTCATCCAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCCCAGGAAACAGAGCTCCAGGCATGCTCATGAGAGGTCATCCAGA  800

seq1  AGCTTAGCCAGGGTGAGAAGACTCACCTTAACTGTGGACAGTGCCATCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTAGCCAGGGTGAGAAGACTCACCTTAACTGTGGACAGTGCCATCCC  850

seq1  ATAGGCTGGGCACCTGCACTGGATACGAGCCAGCTCTGCGCTTCCTGTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGCTGGGCACCTGCACTGGATACGAGCCAGCTCTGCGCTTCCTGTGG  900

seq1  ACACTATGTGACCAGCTGTCTCAAGCTCCTGCTGCTAT-GCCTTTCCCCC  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  ACACTATGTGACCAGCTGTCTCAAGCTCCTGCTGCTATGGCCTTTTCCCC  950

seq1  AAGATTCCTTTGAACTATGAGCCCAAATAAATCTTTCCTTCCCTAAGATG  999
       ||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||||||||||
seq2  -AGATTCCTTTGAACTATGAGCCC-AATAATCTTTTCCTTCCCTAAGATG  998

seq1  TTTTGATCAAGTG-TTTTGTCTCAGTAAGAAGATAAGTAATGGATACATA  1048
       |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  -TTTGATCAAGTGTTTTTGTCTCAGTAAGAAGATAAGTAAT-GATACATA  1046

seq1  TGGCA-TCTT-GTCAAATGCAATGAGGAAAGCGCAAACC-CTCTAGG-TG  1094
      ||||| |||| ||||||||| |||| | |||||||| || ||||||| ||
seq2  TGGCATTCTTGGTCAAATGC-ATGAAGGAAGCGCAACCCTCTCTAGGTTG  1095

seq1  AGAGCACAGTGCAATTAAGACAGGGGTAATAGGGAGCTGG--AGAGATGG  1142
      |||||||||||||||| ||||||||   ||||    || |  ||| ||||
seq2  AGAGCACAGTGCAATT-AGACAGGG--TATAGCAGCCTTGCAAGAAATGG  1142

seq1  CTCAGCGGTTAAGAGCACTGAC--TGCTCTT  1171
      |||||| |||||||||||||||   ||||||
seq2  CTCAGC-GTTAAGAGCACTGACCTGGCTCTT  1172