BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-247D23
Chromosome7 (Build37)
Map Location 124,409,533 - 124,579,578
singlet/doubletdoublet
Overlap geneXylt1
Upstream geneRps13, Pik3c2a, LOC100042798, Nucb2, LOC100043320, EG668484, LOC668485, LOC546993, LOC100043330
Downstream geneLOC669758, Rps15a, Arl6ip1, 2610207I05Rik, LOC100043339, Syt17
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-247D23.bB6Ng01-247D23.g
ACCGA055631GA055632
length8731,155
definitionB6Ng01-247D23.b B6Ng01-247D23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(124,409,533 - 124,410,406)(124,578,421 - 124,579,578)
sequence
gaattcactcttgagggaactaccaggtcttgtgataactacattaattc
cttccacggatagtgcttctgtgccctgatgaccttgaactaagacccag
ctcttaaagggccctgccacacacagtttcagggtgtgaacacgtgcaaa
ctctatccaaacctcagcagaagtatagaaagtgtgtgaggtgagtgaca
gatgggaaccctgtttgacgctgggacctctgaggaacttcccatccagt
gtgtctagagacaggagacttggaagtctggggactctgtagacagcatc
ggggtgtcagcggacctgtctcttctctgagaatgtggattcgttgtctc
gtcagtggcccgcccacttctcaggcttggttaaatgtcacactggcatc
tgcactaaggatcattgacatctcatcacatctcatcgctatggttattc
ccagcctgtcctgcattctctgcaagcctcacctccttccttcccatgca
gccacagccaccaaataaagcattcatcttccaaaccctcagaagctatc
tcctgggctcacctcaagacattgatgacgcaagccagggatacagtcat
ggctatgtaagagattttgctgtctaagcttaaggacccaaatttgggtg
ccagtaccctcacaaagccatcacagtgggatgtggaaacaggaggaagg
ctgtggtaccaccctgatttcaggtttagtgagagaccttgttctaaaag
gataacacagagacagacagacagacacacacacacacacacacagaggg
gagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagaga
gagagacctgggggaggaaggtt

gaattcaggagagcagaagccaagatggcttctggaatcttcctctgagg
gcctcggctgctgtgggcagccaggatagctgatgcaacttctcacagac
atccattcacagttggggcctatgagccaggaggtactcaggctagacca
gaacaagtaggctccctgtcatctatagtggctgagaagtgggcttgaag
ccagcagaggccaaatctggagccccagggcataacacgagccagaaata
gagtaatagaaactactgttccaactctcttccttctttgtacctgtaac
catagccagacacaggagaatggccacttgaagtcagctcctatttgtga
gttcagcacatagacaccaaacacttattgagcacctactatgtgctaga
gggcactgctggcacccatgagaagaaagcctcaggtgaagcagcctcca
cactccagcaacgtatcttcaagatctgcaaactctccacagctcttgag
gtaactcgtggctgtgtgagccagagaacagcatttgctctctccaagga
ctctaccagtttctgtgaactctctaggagtttccagctcactctgaggg
ccctgaagagaccaagttgatctctatcatttgccacccaaacactactg
gggcctaggaaacctgggagcagcagaaacgaggagatgcaggttgagaa
ggcagccagcatctggagagcactgtgctcatctggaaaggcaaagaggc
agacacccaaattcccttacgctcatctgtggggtcaagggtcgggacag
tagtggagatgccagacagtaggatggtttgtctgagtcaaggcaaacaa
aaagtcatttttccatctccttatttgccaatgcctattcagtgaatatc
actgggacacagcctggaggctgagaggaagcaaggaaggggaaggggca
taacagaccatctgttcacagcctgcccacaagggccgtcttaggcacct
tctaaagccccttcctttcgtctcctcccctccctttcactcttcatttc
cttctcattctctctcctcctcccacttagcaggcccagtctggtggtct
ccgcctcactgcatgctacttgacttggagccttctaagccgagtgacca
ttcca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_124409533_124410406
seq2: B6Ng01-247D23.b_46_918

seq1  GAATTCACTCTTGAGGGAACTACCAGGTCTTGTGATAACTACATTAATTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTTGAGGGAACTACCAGGTCTTGTGATAACTACATTAATTC  50

seq1  CTTCCACGGATAGTGCTTCTGTGCCCTGATGACCTTGAACTAAGACCCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCACGGATAGTGCTTCTGTGCCCTGATGACCTTGAACTAAGACCCAG  100

seq1  CTCTTAAAGGGCCCTGCCACACACAGTTTCAGGGTGTGAACACGTGCAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAAAGGGCCCTGCCACACACAGTTTCAGGGTGTGAACACGTGCAAA  150

seq1  CTCTATCCAAACCTCAGCAGAAGTATAGAAAGTGTGTGAGGTGAGTGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATCCAAACCTCAGCAGAAGTATAGAAAGTGTGTGAGGTGAGTGACA  200

seq1  GATGGGAACCCTGTTTGACGCTGGGACCTCTGAGGAACTTCCCATCCAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGAACCCTGTTTGACGCTGGGACCTCTGAGGAACTTCCCATCCAGT  250

seq1  GTGTCTAGAGACAGGAGACTTGGAAGTCTGGGGACTCTGTAGACAGCATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTAGAGACAGGAGACTTGGAAGTCTGGGGACTCTGTAGACAGCATC  300

seq1  GGGGTGTCAGCGGACCTGTCTCTTCTCTGAGAATGTGGATTCGTTGTCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGTCAGCGGACCTGTCTCTTCTCTGAGAATGTGGATTCGTTGTCTC  350

seq1  GTCAGTGGCCCGCCCACTTCTCAGGCTTGGTTAAATGTCACACTGGCATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTGGCCCGCCCACTTCTCAGGCTTGGTTAAATGTCACACTGGCATC  400

seq1  TGCACTAAGGATCATTGACATCTCATCACATCTCATCGCTATGGTTATTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTAAGGATCATTGACATCTCATCACATCTCATCGCTATGGTTATTC  450

seq1  CCAGCCTGTCCTGCATTCTCTGCAAGCCTCACCTCCTTCCTTCCCATGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCTGTCCTGCATTCTCTGCAAGCCTCACCTCCTTCCTTCCCATGCA  500

seq1  GCCACAGCCACCAAATAAAGCATTCATCTTCCAAACCCTCAGAAGCTATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACAGCCACCAAATAAAGCATTCATCTTCCAAACCCTCAGAAGCTATC  550

seq1  TCCTGGGCTCACCTCAAGACATTGATGACGCAAGCCAGGGATACAGTCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGCTCACCTCAAGACATTGATGACGCAAGCCAGGGATACAGTCAT  600

seq1  GGCTATGTAAGAGATTTTGCTGTCTAAGCTTAAGGACCCAAATTTGGGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATGTAAGAGATTTTGCTGTCTAAGCTTAAGGACCCAAATTTGGGTG  650

seq1  CCAGTACCCTCACAAAGCCATCACAGTGGGATGTGGAAACAGGAGGAAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTACCCTCACAAAGCCATCACAGTGGGATGTGGAAACAGGAGGAAGG  700

seq1  CTGTGGTACCACCCTGATTTCAGGTTTAGTGAGAGACCTTGTTCTAAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGTACCACCCTGATTTCAGGTTTAGTGAGAGACCTTGTTCTAAAAG  750

seq1  GATAACACAGAGACAGACAGACAGACACACACACACACACACACAGAGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACACAGAGACAGACAGACAGACACACACACACACACACACAGAGGG  800

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  850

seq1  GAGAGAACATGGGGGAGGAAGGCT  874
      ||||| || ||||||||||||| |
seq2  GAGAG-ACCTGGGGGAGGAAGGTT  873


seq1: chr7_124578421_124579578
seq2: B6Ng01-247D23.g_68_1222 (reverse)

seq1  TGGAA-GGTCACTCGGCTTAGGAGGCT-CAGGTCACGTAGCACTGCAGTG  48
      ||||| ||||||||||||||| ||||| || |||| |||||| |||||||
seq2  TGGAATGGTCACTCGGCTTAGAAGGCTCCAAGTCAAGTAGCA-TGCAGTG  49

seq1  A-GCGGAGACCCACAGACTGGGCCTGCTAAAGTGGGGAGGAGGAAGAGGA  97
      | |||||||||  ||||||||||||||| |||| ||||||||| ||| ||
seq2  AGGCGGAGACCACCAGACTGGGCCTGCT-AAGT-GGGAGGAGG-AGA-GA  95

seq1  GAATGAGAAGGAAATGGAGGAGTGAAAGGGAGGGGAGGAGACGAAAGGAA  147
      ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAGAAGGAAAT-GAAGAGTGAAAGGGAGGGGAGGAGACGAAAGGAA  144

seq1  GGGGCTTTTAGAAGGTGCCTAAGACGGCCCTTGTGGGCAGGCTGTGGACA  197
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GGGGC-TTTAGAAGGTGCCTAAGACGGCCCTTGTGGGCAGGCTGTGAACA  193

seq1  GATGGTCTGTTATGCCCCCTTCCCCTTCCTTGCTTCCTCTCAGCCTCCAG  247
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTCTGTTATG-CCCCTTCCCCTTCCTTGCTTCCTCTCAGCCTCCAG  242

seq1  GCTGTGT-CCAGTGATATTCACTGAATAGGCATTGGCAAATAAGGAGATG  296
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGTCCCAGTGATATTCACTGAATAGGCATTGGCAAATAAGGAGATG  292

seq1  GAAAAATGACTTTTTG-TTGCCTTGACTCAGACAAACCATCCTACTGTCT  345
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATGACTTTTTGTTTGCCTTGACTCAGACAAACCATCCTACTGTCT  342

seq1  GGCATCTCCACTACTGTCCCGACCCTTGACCCCACAGATGAGCGTAAGGG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATCTCCACTACTGTCCCGACCCTTGACCCCACAGATGAGCGTAAGGG  392

seq1  AATTTGGGTGTCTGCCTCTTTGCCTTTCCAGATGAGCACAGTGCTCTCCA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGGGTGTCTGCCTCTTTGCCTTTCCAGATGAGCACAGTGCTCTCCA  442

seq1  GATGCTGGCTGCCTTCTCAACCTGCATCTCCTCGTTTCTGCTGCTCCCAG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTGGCTGCCTTCTCAACCTGCATCTCCTCGTTTCTGCTGCTCCCAG  492

seq1  GTTTCCTAGGCCCCAGTAGTGTTTGGGTGGCAAATGATAGAGATCAACTT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCTAGGCCCCAGTAGTGTTTGGGTGGCAAATGATAGAGATCAACTT  542

seq1  GGTCTCTTCAGGGCCCTCAGAGTGAGCTGGAAACTCCTAGAGAGTTCACA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCTTCAGGGCCCTCAGAGTGAGCTGGAAACTCCTAGAGAGTTCACA  592

seq1  GAAACTGGTAGAGTCCTTGGAGAGAGCAAATGCTGTTCTCTGGCTCACAC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTGGTAGAGTCCTTGGAGAGAGCAAATGCTGTTCTCTGGCTCACAC  642

seq1  AGCCACGAGTTACCTCAAGAGCTGTGGAGAGTTTGCAGATCTTGAAGATA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACGAGTTACCTCAAGAGCTGTGGAGAGTTTGCAGATCTTGAAGATA  692

seq1  CGTTGCTGGAGTGTGGAGGCTGCTTCACCTGAGGCTTTCTTCTCATGGGT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTGCTGGAGTGTGGAGGCTGCTTCACCTGAGGCTTTCTTCTCATGGGT  742

seq1  GCCAGCAGTGCCCTCTAGCACATAGTAGGTGCTCAATAAGTGTTTGGTGT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCAGTGCCCTCTAGCACATAGTAGGTGCTCAATAAGTGTTTGGTGT  792

seq1  CTATGTGCTGAACTCACAAATAGGAGCTGACTTCAAGTGGCCATTCTCCT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTGCTGAACTCACAAATAGGAGCTGACTTCAAGTGGCCATTCTCCT  842

seq1  GTGTCTGGCTATGGTTACAGGTACAAAGAAGGAAGAGAGTTGGAACAGTA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTGGCTATGGTTACAGGTACAAAGAAGGAAGAGAGTTGGAACAGTA  892

seq1  GTTTCTATTACTCTATTTCTGGCTCGTGTTATGCCCTGGGGCTCCAGATT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTATTACTCTATTTCTGGCTCGTGTTATGCCCTGGGGCTCCAGATT  942

seq1  TGGCCTCTGCTGGCTTCAAGCCCACTTCTCAGCCACTATAGATGACAGGG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTCTGCTGGCTTCAAGCCCACTTCTCAGCCACTATAGATGACAGGG  992

seq1  AGCCTACTTGTTCTGGTCTAGCCTGAGTACCTCCTGGCTCATAGGCCCCA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTACTTGTTCTGGTCTAGCCTGAGTACCTCCTGGCTCATAGGCCCCA  1042

seq1  ACTGTGAATGGATGTCTGTGAGAAGTTGCATCAGCTATCCTGGCTGCCCA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGAATGGATGTCTGTGAGAAGTTGCATCAGCTATCCTGGCTGCCCA  1092

seq1  CAGCAGCCGAGGCCCTCAGAGGAAGATTCCAGAAGCCATCTTGGCTTCTG  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGCCGAGGCCCTCAGAGGAAGATTCCAGAAGCCATCTTGGCTTCTG  1142

seq1  CTCTCCTGAATTC  1158
      |||||||||||||
seq2  CTCTCCTGAATTC  1155


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |