BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-249K16
Chromosome7 (Build37)
Map Location 145,602,041 - 145,769,216
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043290
Upstream gene9430038I01Rik, Txnl2, LOC435235, Tcerg1l
Downstream geneMapk1ip1, Ppp2r2d, Bnip3, EG668784, LOC669185, 6330417G02Rik, Dpysl4, Stk32c, LOC100038956, Lrrc27, Pwwp2, Inpp5a, Nkx6-2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-249K16.bB6Ng01-249K16.g
ACCGA057425GA057426
length1,1831,168
definitionB6Ng01-249K16.b B6Ng01-249K16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(145,602,041 - 145,603,097)(145,768,038 - 145,769,216)
sequence
gaattcagttcccaacagccaatcaggtagctcacagggatctgtggctc
aagctctaggagatccgatgcctttggctttcgagtgcacctgcatccat
aggcacatagccctcccatagtccacacacacacacacacacacacacac
gcacacgcacacgcacacgcatacgcacacacacagaggcgcttatacac
acacacacacacacaaaggcgcttatacacacacatacacacaaaactaa
aaataataagatgagtcttaaaatagtgttggataaaaatgcaaaagaac
atgaagacagaataaatcttgaatccttccctcattcaatatgtatcata
gaactaaaagtaacagataaaactattaagcctttgggtagataaaaaat
tcatagggtacagaaagcatagtattttaaaagaacaatgagaagttggt
acccatcaatactgtatttgaaatgttgcccttcagaaaacatcactctg
aatttgaaaaggaaattcttagcctaagaaaaaaggtcataaagcataca
gcccaggatccccgatcccaatagatataaagaattaacaaacaactaac
agcccaataagaaaatactagaccagacattttataaactatatcaacag
atggctggagtctccatgaggactacaatgcttagagtctccattccaag
tcttaagttcaacttcttgtctgctgattctaggcaccaagacaacctac
tgctgctgagctctgcatttgtttaactcctcctgatagcagcaagattc
acccgctaggtctgctctagggccttcatggttgctgtggagcccagtgt
gctcagaatctgtgatgtcagagagaccggggtactgctctactcagata
ctggctgctgagaagtaagggacgatcctgcctgaaaggacttaggtgaa
aggcaccaaggatggtattttgactgagctactccataactatatctaag
tgttgcccagatgccctgcttaagaagaccacatacacttcactgaaaac
agtatcacagagcacagcagagtcccaacagtgaccctgcctggcacctc
tgatctgggctacttgggaatcaatgtggtatcttgcctgaccagatgtg
tgtcatgctcaatcactccagttcgtagttcag
gaattctccatgttctctctgtccagaagaagccgtgacagtgggtcttg
ggggacatcacagtgctaactgttgctagcaggggtagatccaggatgct
ctgctggactctgagttgtggtggtgcatctctctagtcttaaatcctgg
gctggaggaccttgctgctttgagctcctctgactgtaaactcttcctgg
ttcctgcccatctgtcctgggctgggcaaggcatgggtcaatccagaaaa
gaaacggtcctttagtctgggaagtgaattaaaggtgaatggtagtctct
cttagacacagtctttctcctggattcctacacgcatcatctcagagctg
ctggcaggactgtttgagtactgatgctccaatcaatcccaacttggaga
agaggcatgagcacctgtgtctctacggagggagagaggggacagtgggg
ctctagtatcggggctctgggatcacatgaactcagaggatggcctgtgg
gtacagtggcaagtctgtgtgctgcttgatctctacactgctacatgaag
tggaagactgaagtccagggatagccttggcactggcttagacaacagga
aagtatttggccatagttttggtgaccaagctcctgggcaggggtcagtg
ggtttttgggtaggctctaagggagactctttccagcccttctagcttcc
tggaatgtaaatttccaggagctgtgggcttctgctcttggcctcaagct
cccttgacttctccctgaagctgaatttccttttctgtcttctatatgga
caccaactctcagatacaggatgcctcaatggtttctgcactcttttacc
tggggattcttagctaaaccacatctgcagagatttttcgctccccaaaa
ccaagtcatattcatgtggaactgttaagttctgtgatctatgatcattc
ttactttcagacaagaaagctcaatgaggagtgaggtgctgagggttttt
gcccccttcccttgccccagcagagtccaagctgtcctgaccagtcatgt
tatagcctcacacgaacaacaccacgcttgctcattctgaatgacacacc
atgtgcatatgtggttcctgagccacgccaaggtctgcgcagtatttgcg
aatgctcctgtaacttct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_145602041_145603097
seq2: B6Ng01-249K16.b_169_1231

seq1  GTCCACACACACACACACACACACACACACGCACACGCACACGCACACGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACACACACACACACACACACACACACGCACACGCACACGCACACGC  50

seq1  ATACGCACACACACAGAGGCGCTTATACACACACACACACACACAAAGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACGCACACACACAGAGGCGCTTATACACACACACACACACACAAAGGC  100

seq1  GCTTATACACACACATACACACAAAACTAAAAATAATAAGATGAGTCTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATACACACACATACACACAAAACTAAAAATAATAAGATGAGTCTTA  150

seq1  AAATAGTGTTGGATAAAAATGCAAAAGAACATGAAGACAGAATAAATCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGTGTTGGATAAAAATGCAAAAGAACATGAAGACAGAATAAATCTT  200

seq1  GAATCCTTCCCTCATTCAATATGTATCATAGAACTAAAAGTAACAGATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCTTCCCTCATTCAATATGTATCATAGAACTAAAAGTAACAGATAA  250

seq1  AACTATTAAGCCTTTGGGTAGATAAAAAATTCATAGGGTACAGAAAGCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATTAAGCCTTTGGGTAGATAAAAAATTCATAGGGTACAGAAAGCAT  300

seq1  AGTATTTTAAAAGAACAATGAGAAGTTGGTACCCATCAATACTGTATTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTTTAAAAGAACAATGAGAAGTTGGTACCCATCAATACTGTATTTG  350

seq1  AAATGTTGCCCTTCAGAAAACATCACTCTGAATTTGAAAAGGAAATTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTGCCCTTCAGAAAACATCACTCTGAATTTGAAAAGGAAATTCTT  400

seq1  AGCCTAAGAAAAAAGGTCATAAAGCATACAGCCCAGGATCCCCGATCCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTAAGAAAAAAGGTCATAAAGCATACAGCCCAGGATCCCCGATCCCA  450

seq1  ATAGATATAAAGAATTAACAAACAACTAACAGCCCAATAAGAAAATACTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATATAAAGAATTAACAAACAACTAACAGCCCAATAAGAAAATACTA  500

seq1  GACCAGACATTTTATAAACTATATCAACAGATGGCTGGAGTCTCCATGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGACATTTTATAAACTATATCAACAGATGGCTGGAGTCTCCATGAG  550

seq1  GACTACAATGCTTAGAGTCTCCATTCCAAGTCTTAAGTTCAACTTCTTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACAATGCTTAGAGTCTCCATTCCAAGTCTTAAGTTCAACTTCTTGT  600

seq1  CTGCTGATTCTAGGCACCAAGACAACCTACTGCTGCTGAGCTCTGCATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGATTCTAGGCACCAAGACAACCTACTGCTGCTGAGCTCTGCATTT  650

seq1  GTTTAACTCCTCCTGATAGCAGCAAGATTCACCCGCTAGGTCTGCTCTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAACTCCTCCTGATAGCAGCAAGATTCACCCGCTAGGTCTGCTCTAG  700

seq1  GGCCTTCATGGTTGCTGTGGAGCCCAGTGTGCTCAGAATCTGTGATGTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTCATGGTTGCTGTGGAGCCCAGTGTGCTCAGAATCTGTGATGTCA  750

seq1  GAGAGACCGGGGTACTGCTCTACTCAGATACTGGCTGCTGAGAAGTAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGACCGGGGTACTGCTCTACTCAGATACTGGCTGCTGAGAAGTAAGG  800

seq1  GACGATCCTGCCTGAAAGGACTTAGGTG-AAGGCACCAGGGATGGTA-TT  848
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||
seq2  GACGATCCTGCCTGAAAGGACTTAGGTGAAAGGCACCAAGGATGGTATTT  850

seq1  TGACTGAGCTACTCCATAACTATATCTAAGTGTTG-CCAGATG-CCTGC-  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| 
seq2  TGACTGAGCTACTCCATAACTATATCTAAGTGTTGCCCAGATGCCCTGCT  900

seq1  TAAGAGGACCACATACAC-TCACTGAAAACAGTATCACAGAGCACAGCAG  944
      ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAGACCACATACACTTCACTGAAAACAGTATCACAGAGCACAGCAG  950

seq1  AGGTCCCAACAGTGACCCTGCCT-GCACCTCTGGATCTGGGCTACTTGG-  992
      | ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| 
seq2  A-GTCCCAACAGTGACCCTGCCTGGCACCTCT-GATCTGGGCTACTTGGG  998

seq1  -ATCATGTTGGTATCCTTGCCCTGAACAGATGTGTG-CATGCCTCCATCA  1040
       ||||   |||||| |||| ||||| |||||||||| |||| ||| ||||
seq2  AATCAATGTGGTAT-CTTG-CCTGACCAGATGTGTGTCATG-CTCAATCA  1045

seq1  CTCCA-TTCGAAGTTCAG  1057
      ||||| |||| |||||||
seq2  CTCCAGTTCGTAGTTCAG  1063

seq1: chr7_145768038_145769216
seq2: B6Ng01-249K16.g_66_1233 (reverse)

seq1  AGAAGAGTACAGGAGCATCCGCAAGACCCTGCCGCAAGACCCTGGCCTTT  50
      |||||  ||||||||||| ||||| |  ||| ||| ||||| ||||    
seq2  AGAAG-TTACAGGAGCATTCGCAA-ATACTG-CGC-AGACCTTGGC---G  43

seq1  TGCTTCAGGAA-CACATATGCCACAATGGGTGTGTCATTCAGAATGAGCA  99
      ||  ||||||| |||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCAGGAACCACATATG-CACA--TGGTGTGTCATTCAGAATGAGCA  90

seq1  CAGCGGTTGTGTTG-TCGTGTGAGGCTAT-ACATGACTGGTCAGGACAGC  147
       ||| || |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  -AGC-GTGGTGTTGTTCGTGTGAGGCTATAACATGACTGGTCAGGACAGC  138

seq1  CTGGACTCTGCTGGGGCAGGGGAAAGGGGGGCAAAACCCTCAGCACCTCA  197
       ||||||||||||||||| ||| |||||||  ||||||||||||||||||
seq2  TTGGACTCTGCTGGGGCAAGGG-AAGGGGGCAAAAACCCTCAGCACCTCA  187

seq1  CTCCTCATTTGAGCTTTCTTGTCTGAAAGTAAGAATGATCATAGATCACA  247
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCA-TTGAGCTTTCTTGTCTGAAAGTAAGAATGATCATAGATCACA  236

seq1  GAACTTAACAGTTCCACATGAATATGACTTGGTTTTGGGGAGCGAAAAAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTAACAGTTCCACATGAATATGACTTGGTTTTGGGGAGCGAAAAAT  286

seq1  CTCTGCAGATGTGGTTTAGCTAAGAATCCCCAGGTAAAAGAGTGCAGAAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCAGATGTGGTTTAGCTAAGAATCCCCAGGTAAAAGAGTGCAGAAA  336

seq1  CCATTGAGGCATCCTGTATCTGAGAGTTGGTGTCCATATAGAAGACAGAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGAGGCATCCTGTATCTGAGAGTTGGTGTCCATATAGAAGACAGAA  386

seq1  AAGGAAATTCAGCTTCAGGGAGAAGTCAAGGGAGCTTGAGGCCAAGAGCA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAATTCAGCTTCAGGGAGAAGTCAAGGGAGCTTGAGGCCAAGAGCA  436

seq1  GAAGCCCACAGCTCCTGGAAATTTACATTCCAGGAAGCTAGAAGGGCTGG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCCACAGCTCCTGGAAATTTACATTCCAGGAAGCTAGAAGGGCTGG  486

seq1  AAAGAGTCTCCCTTAGAGCCTACCCAAAAACCCACTGACCCCTGCCCAGG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGTCTCCCTTAGAGCCTACCCAAAAACCCACTGACCCCTGCCCAGG  536

seq1  AGCTTGGTCACCAAAACTATGGCCAAATACTTTCCTGTTGTCTAAGCCAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGGTCACCAAAACTATGGCCAAATACTTTCCTGTTGTCTAAGCCAG  586

seq1  TGCCAAGGCTATCCCTGGACTTCAGTCTTCCACTTCATGTAGCAGTGTAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAAGGCTATCCCTGGACTTCAGTCTTCCACTTCATGTAGCAGTGTAG  636

seq1  AGATCAAGCAGCACACAGACTTGCCACTGTACCCACAGGCCATCCTCTGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAAGCAGCACACAGACTTGCCACTGTACCCACAGGCCATCCTCTGA  686

seq1  GTTCATGTGATCCCAGAGCCCCGATACTAGAGCCCCACTGTCCCCTCTCT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATGTGATCCCAGAGCCCCGATACTAGAGCCCCACTGTCCCCTCTCT  736

seq1  CCCTCCGTAGAGACACAGGTGCTCATGCCTCTTCTCCAAGTTGGGATTGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCGTAGAGACACAGGTGCTCATGCCTCTTCTCCAAGTTGGGATTGA  786

seq1  TTGGAGCATCAGTACTCAAACAGTCCTGCCAGCAGCTCTGAGATGATGCG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGCATCAGTACTCAAACAGTCCTGCCAGCAGCTCTGAGATGATGCG  836

seq1  TGTAGGAATCCAGGAGAAAGACTGTGTCTAAGAGAGACTACCATTCACCT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGAATCCAGGAGAAAGACTGTGTCTAAGAGAGACTACCATTCACCT  886

seq1  TTAATTCACTTCCCAGACTAAAGGACCGTTTCTTTTCTGGATTGACCCAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTCACTTCCCAGACTAAAGGACCGTTTCTTTTCTGGATTGACCCAT  936

seq1  GCCTTGCCCAGCCCAGGACAGATGGGCAGGAACCAGGAAGAGTTTACAGT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGCCCAGCCCAGGACAGATGGGCAGGAACCAGGAAGAGTTTACAGT  986

seq1  CAGAGGAGCTCAAAGCAGCAAGGTCCTCCAGCCCAGGATTTAAGACTAGA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGAGCTCAAAGCAGCAAGGTCCTCCAGCCCAGGATTTAAGACTAGA  1036

seq1  GAGATGCACCACCACAACTCAGAGTCCAGCAGAGCATCCTGGATCTACCC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGCACCACCACAACTCAGAGTCCAGCAGAGCATCCTGGATCTACCC  1086

seq1  CTGCTAGCAACAGTTAGCACTGTGATGTCCCCCAAGACCCACTGTCACGG  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAGCAACAGTTAGCACTGTGATGTCCCCCAAGACCCACTGTCACGG  1136

seq1  CTTCTTCTGGACAGAGAGAACATGGAGAATTC  1179
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCTGGACAGAGAGAACATGGAGAATTC  1168