BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-249N16
Chromosome7 (Build37)
Map Location 107,027,695 - 107,163,739
singlet/doubletdoublet
Overlap geneXrra1, EG330602, Chrdl2
Upstream geneUvrag, EG666529, Dgat2, Mogat2, Mtap6, Serpinh1, Gdpd5, 2810406K13Rik, Rps3, Rnu15-b, EG449630, Arrb1, EG245190, Slco2b1, Olfr520, Olfr521, Neu3, Spcs2
Downstream genePold3, 2610209A20Rik, Kcne3, LOC631577, Pgm2l1, Gpx2-ps1, P4ha3, Ppme1, AU020772, Ucp3, Ucp2, Dnajb13, LOC667112, Chchd8, Mrpl48, LOC100041155, Rab6, LOC100041167, Plekhb1, B930006L02Rik, LOC100041204, Tnfrsf19l, Arhgef17, P2ry6, P2ry2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-249N16.bB6Ng01-249N16.g
ACCGA057565GA057566
length1,138444
definitionB6Ng01-249N16.b B6Ng01-249N16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,162,588 - 107,163,739)(107,027,695 - 107,028,144)
sequence
gaattcagaatcccagggttcaaagcagagcccaacacctaagccaccct
ctaacccaaacgccaggcccatggtctccacctccttttctctctgctcc
accagccactaactctgtccctggcttttccacccagcttgccactgttc
tataatgtaaaagttgcctttggggcctctctcctaacttctggtggagc
atcttggaaataggggttcggaatcctgttccctcaggctttcaagctca
caccaagggctatcctctaaccaaggaaagcttacatgggaactttcata
cacaaaccagggtgggctgaagagggccaccctgacacctccatggtggt
ggatttcctaggccatttctataccttaggaagttgtttaaagaggaaaa
attctggtcttcctctggcttctcacacagctcctgcttagccctcttga
cctctcagaacaaagctttggggtcattgttatgttgccatagtctgggc
tttagtgggccatggaggacttaaggggacacacaggttagctttctccc
tacctgcttcccaccaacccaccgtggacagtggcaccaaacagcaggtc
ctatcccccagagccagcaatgcctggctggcctggctcacccgtatcaa
atgagccgtgtttatctctcagcctcccctggcagagggtggaacccagg
cccagctggggtgctggctagaaccagtccaactctccaaggagtgaata
atgtctttcttcctcagtcccctccccccacgagggaggattgattgcaa
caccgtgaccaccttaggtctcagtcagttgctgaagaaaccgtgtccta
ccttcctcaggcggtcctaaagccttgggcttctgtgccagttggcatgc
cttcccttccctgcctgttcagagtgtgaggacaggagccactcagtcag
ggctcctccctgccaccaacatgccttggcagaagctggtctgtgggggc
ctggcagaggcctttggtgccacatactccacccttacatgccctcttaa
ggtgcctgagcgctttcctcttaggagtgcgtgcccaattatgtgaacca
gagggaagagactgccaagccagcgtctggattccagt
tcttaacctccaaaccatctctccaaccttatggttagagatctgaggtc
tgcaacataaagcatcgcccacagctggaagctcagtgaatgatcattag
catcttcctctgtaagcctttccaagctcaagatcctctcttattctctt
tctctccccccccccccgtttccatgtagatgtctttcacacatttccag
ttctaaaggaactggagcttgcgttcaatggcatcaagatggtctacgtg
aaatatggagacttcaagacattggaagtaagttggaggtaggaagtttt
tgatcctacctgttcccctgtaagaatgagtataggcatctcgacagatt
atgactttggacaaaggttctctgggccttcactgctaggctcttgcttc
ttgcttctggcctctggagaagatggtggtgatggtggtggtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_107162588_107163739
seq2: B6Ng01-249N16.b_48_1185 (reverse)

seq1  ACTGGAACCAGGACGGCTGTGCTTGGCAGTCTCCTCCCCTCCTGGTTTCA  50
      ||||||| |  ||| |||| ||||||||||||| ||||   |||| ||||
seq2  ACTGGAATCCAGAC-GCTG-GCTTGGCAGTCTCTTCCC--TCTGG-TTCA  45

seq1  CATGGCCTTGGGCACGCACCTCCCTAAAGGAAGAAAGCGCTCCAGGCACC  100
      |||    ||||||||||||   |||||  || ||||||||| ||||||||
seq2  CAT--AATTGGGCACGCAC--TCCTAA--GAGGAAAGCGCT-CAGGCACC  88

seq1  TT-AGAGGGCATGGTAGGGTGGAGTATGTGGCCACCAAAGGCCTCCTGCC  149
      || ||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||| |||||
seq2  TTAAGAGGGCATGTAAGGGTGGAGTATGTGG-CACCAAAGGCCT-CTGCC  136

seq1  AGGCCCCCCACAGACCCAGCTTCTGCC-AGGCATGTTGGTGGCAGGGAGG  198
      ||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGG-CCCCCACAGA-CCAGCTTCTGCCAAGGCATGTTGGTGGCAGGGAGG  184

seq1  AGCCCTGACTGAGTGGCTCCTGTCCTCACACTCTGAACAGGCAGGGAAGG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTGACTGAGTGGCTCCTGTCCTCACACTCTGAACAGGCAGGGAAGG  234

seq1  GAAGGCATGCCAACTGGCACAGAAGCCCAAGGCTTTAGGACCGCCTGAGG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCATGCCAACTGGCACAGAAGCCCAAGGCTTTAGGACCGCCTGAGG  284

seq1  AAGGTAGGACACGGTTTCTTCAGCAACTGACTGAGACCTAAGGTGGTCAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTAGGACACGGTTTCTTCAGCAACTGACTGAGACCTAAGGTGGTCAC  334

seq1  GGTGTTGCAATCAATCCTCCCTCGTGGGGGGAGGGGACTGAGGAAGAAAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTGCAATCAATCCTCCCTCGTGGGGGGAGGGGACTGAGGAAGAAAG  384

seq1  ACATTATTCACTCCTTGGAGAGTTGGACTGGTTCTAGCCAGCACCCCAGC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTATTCACTCCTTGGAGAGTTGGACTGGTTCTAGCCAGCACCCCAGC  434

seq1  TGGGCCTGGGTTCCACCCTCTGCCAGGGGAGGCTGAGAGATAAACACGGC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCTGGGTTCCACCCTCTGCCAGGGGAGGCTGAGAGATAAACACGGC  484

seq1  TCATTTGATACGGGTGAGCCAGGCCAGCCAGGCATTGCTGGCTCTGGGGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGATACGGGTGAGCCAGGCCAGCCAGGCATTGCTGGCTCTGGGGG  534

seq1  ATAGGACCTGCTGTTTGGTGCCACTGTCCACGGTGGGTTGGTGGGAAGCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGACCTGCTGTTTGGTGCCACTGTCCACGGTGGGTTGGTGGGAAGCA  584

seq1  GGTAGGGAGAAAGCTAACCTGTGTGTCCCCTTAAGTCCTCCATGGCCCAC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGGGAGAAAGCTAACCTGTGTGTCCCCTTAAGTCCTCCATGGCCCAC  634

seq1  TAAAGCCCAGACTATGGCAACATAACAATGACCCCAAAGCTTTGTTCTGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCCCAGACTATGGCAACATAACAATGACCCCAAAGCTTTGTTCTGA  684

seq1  GAGGTCAAGAGGGCTAAGCAGGAGCTGTGTGAGAAGCCAGAGGAAGACCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCAAGAGGGCTAAGCAGGAGCTGTGTGAGAAGCCAGAGGAAGACCA  734

seq1  GAATTTTTCCTCTTTAAACAACTTCCTAAGGTATAGAAATGGCCTAGGAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTTTCCTCTTTAAACAACTTCCTAAGGTATAGAAATGGCCTAGGAA  784

seq1  ATCCACCACCATGGAGGTGTCAGGGTGGCCCTCTTCAGCCCACCCTGGTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACCACCATGGAGGTGTCAGGGTGGCCCTCTTCAGCCCACCCTGGTT  834

seq1  TGTGTATGAAAGTTCCCATGTAAGCTTTCCTTGGTTAGAGGATAGCCCTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATGAAAGTTCCCATGTAAGCTTTCCTTGGTTAGAGGATAGCCCTT  884

seq1  GGTGTGAGCTTGAAAGCCTGAGGGAACAGGATTCCGAACCCCTATTTCCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGAGCTTGAAAGCCTGAGGGAACAGGATTCCGAACCCCTATTTCCA  934

seq1  AGATGCTCCACCAGAAGTTAGGAGAGAGGCCCCAAAGGCAACTTTTACAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCTCCACCAGAAGTTAGGAGAGAGGCCCCAAAGGCAACTTTTACAT  984

seq1  TATAGAACAGTGGCAAGCTGGGTGGAAAAGCCAGGGACAGAGTTAGTGGC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAACAGTGGCAAGCTGGGTGGAAAAGCCAGGGACAGAGTTAGTGGC  1034

seq1  TGGTGGAGCAGAGAGAAAAGGAGGTGGAGACCATGGGCCTGGCGTTTGGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGAGCAGAGAGAAAAGGAGGTGGAGACCATGGGCCTGGCGTTTGGG  1084

seq1  TTAGAGGGTGGCTTAGGTGTTGGGCTCTGCTTTGAACCCTGGGATTCTGA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGGGTGGCTTAGGTGTTGGGCTCTGCTTTGAACCCTGGGATTCTGA  1134

seq1  ATTC  1152
      ||||
seq2  ATTC  1138

seq1: chr7_107027695_107028144
seq2: B6Ng01-249N16.g_68_517

seq1  GAATTCTCTTAACCTCCAAACCATCTCTCCAACCTTATGGTTAGAGATCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTAACCTCCAAACCATCTCTCCAACCTTATGGTTAGAGATCT  50

seq1  GAGGTCTGCAACATAAAGCATCGCCCACAGCTGGAAGCTCAGTGAATGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCTGCAACATAAAGCATCGCCCACAGCTGGAAGCTCAGTGAATGAT  100

seq1  CATTAGCATCTTCCTCTGTAAGCCTTTCCAAGCTCAAGATCCTCTCTTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGCATCTTCCTCTGTAAGCCTTTCCAAGCTCAAGATCCTCTCTTAT  150

seq1  TCTCTTTCTCTCCCCCCCCCCCCGTTTCCATGTAGATGTCTTTCACACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTCTCTCCCCCCCCCCCCGTTTCCATGTAGATGTCTTTCACACAT  200

seq1  TTCCAGTTCTAAAGGAACTGGAGCTTGCGTTCAATGGCATCAAGATGGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGTTCTAAAGGAACTGGAGCTTGCGTTCAATGGCATCAAGATGGTC  250

seq1  TACGTGAAATATGGAGACTTCAAGACATTGGAAGTAAGTTGGAGGTAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGTGAAATATGGAGACTTCAAGACATTGGAAGTAAGTTGGAGGTAGGA  300

seq1  AGTTTTTGATCCTACCTGTTCCCCTGTAAGAATGAGTATAGGCATCTCGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTTGATCCTACCTGTTCCCCTGTAAGAATGAGTATAGGCATCTCGA  350

seq1  CAGATTATGACTTTGGACAAAGGTTCTCTGGGCCTTCACTGCTAGGCTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTATGACTTTGGACAAAGGTTCTCTGGGCCTTCACTGCTAGGCTCT  400

seq1  TGCTTCTTGCTTCTGGCCTCTGGAGAAGATGGTGGTGATGGTGGTGGTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTTGCTTCTGGCCTCTGGAGAAGATGGTGGTGATGGTGGTGGTGG  450