BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-261H05
Chromosome7 (Build37)
Map Location 123,624,045 - 123,768,908
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNucb2, LOC100043320, EG668484, LOC668485
Upstream geneSox6, LOC100042779, 1110006G14Rik, EG668479, LOC100043313, 1110004F10Rik, Plekha7, Rps13, Pik3c2a, LOC100042798
Downstream geneLOC546993, LOC100043330, Xylt1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-261H05.bB6Ng01-261H05.g
ACCGA066117GA066118
length1,140549
definitionB6Ng01-261H05.b B6Ng01-261H05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(123,767,762 - 123,768,908)(123,624,045 - 123,624,599)
sequence
gaattcagacttatgccaagtcagaaagaacaaaccttaggagaagtcta
taaggaaaaagatagatcataatcaggaaggaggcagcctcagtagaaca
caagatgggatcaatggagaataatacaagcatgaataagaagcaagaac
acgtgtatggccataccatcctgaacatgacagatcttgtctgatcctgg
aagctaagcaagatcgggcctagttactacttagatgggagaagcacgat
aaagtactggggggtcacccctaatcttctcttctgactgctggcctggc
tacatccccagcagtgtacacaattcttgctgtttctcctggccatgtgc
tcatggttactctcccctcatggtggcttcctctcttctccttcttcttc
ctcctcctccaaccaagtcactccaaacccatccatctctaatccctcca
gtaattggctgtagtcaactttatttaaccaatagttttatattgaggaa
caaggtttgcacaagaaatgcttgtaaacttgagaagtcatttataggcc
tagacctttgggtatagaatttagcattacaatacataacaataaaccaa
acctcaacatatgcccacatgtatgcatatggtacacatgtgggggttac
atatacactaatgtgtaacgtgtatgtacatacatgcagaggccataggt
caacttcaggaggtttcagcctttatttttgaaacaaggtctcataccag
cctggaccttgtcaattcaactagactggctgccagtgagcaccaagggt
ctccttgtctctgattccccattgctgggattaaagcatataccaccaga
gctggctttttctgtgggcccagggttctagttttacacagcaagcactt
tactgactgagcaacactatagccgcagccttgcttgagcttattttgct
gaaagatcacaggagtgctgatcctgatgggtgccctttgggatttttac
ttaccagatttttacctaccctttacttgactcctcctgtgttctgtgaa
gtgggggacctggctcacacccctgtacccaccaattctgtgaagctcag
agggtctgtgagaatcccaagtgaaagtgtagctgccagt

ccattcttcaggagagtggtgattacgaactgatggcatgactattccaa
ggtatggttactcagaaggtttttattgtagatatgtgttaagtttcaaa
ccccaaacagttgctgaggtgtctatttaatatatcaaaccagacctggt
ctccaggtcctcccagcatccctcagtccctacctattatagggcatggc
tagcatacacaccctctacccagaattctccatcgcaggggctgggctgc
tcttccccaaaagttcatccctatataatccagacatgcttacctgtctc
tttttgtacctttggcctcctggctgctgcacctcgttcccctccctccc
ctctctcttcctctcctcatctccccacatggctcatctcagttgatgag
actcatgtccattggactctcccagatgtctctgactctagctatgctct
cccacatatctataataaactttctcctctaccatacctaggagcagtcc
tttcctttcctttcctttcctttcctttcctttccattcctttccattc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_123767762_123768908
seq2: B6Ng01-261H05.b_47_1186 (reverse)

seq1  ACTGCGCAGCTACCAATGTCACCTGGGA-TCTCACAGACCCCTCTCGAGC  49
      |||| ||||||| || | |||| ||||| ||||||||| |||||| ||||
seq2  ACTG-GCAGCTA-CACTTTCACTTGGGATTCTCACAGA-CCCTCT-GAGC  46

seq1  TTCACAGAA-TGGTGTGTAACAGGGGTGTGAAGCAGGT-CCCCACTTCAC  97
      ||||||||| ||||| || ||||||||||||  ||||| |||||||||||
seq2  TTCACAGAATTGGTGGGT-ACAGGGGTGTGAGCCAGGTCCCCCACTTCAC  95

seq1  AGAACACAGGGAGGAGTCAAAGTAAAGGGTAGGTAAAAATTCTGGTAAGT  147
      |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGAACACA-GGAGGAGTC-AAGTAAAGGGTAGGTAAAAA-TCTGGTAAGT  142

seq1  AAAAATCCC-AAGGGCACCCATCAGGATCAGCCACTCCTGTGATTCTTTC  196
      ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  AAAAATCCCAAAGGGCACCCATCAGGATCAG-CACTCCTGTGA-TCTTTC  190

seq1  AGCAAAATAAGCTCAAGCAAGGCTGCGGCTATAGTGTTGCCTCAGTCAGT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGCAAAATAAGCTCAAGCAAGGCTGCGGCTATAGTGTTG-CTCAGTCAGT  239

seq1  AAAGTGCTTGCTGTGTAAAACTAGAACCCTGGGCCCACAGAAAAAGCCAG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGCTTGCTGTGTAAAACTAGAACCCTGGGCCCACAGAAAAAGCCAG  289

seq1  CTCTGGTGGTATATGCTTTAATCCCAGCAATGGGGAATCAGAGACAAGGA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGTGGTATATGCTTTAATCCCAGCAATGGGGAATCAGAGACAAGGA  339

seq1  GACCCTTGGTGCTCACTGGCAGCCAGTCTAGTTGAATTGACAAGGTCCAG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTTGGTGCTCACTGGCAGCCAGTCTAGTTGAATTGACAAGGTCCAG  389

seq1  GCTGGTATGAGACCTTGTTTCAAAAATAAAGGCTGAAACCTCCTGAAGTT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTATGAGACCTTGTTTCAAAAATAAAGGCTGAAACCTCCTGAAGTT  439

seq1  GACCTATGGCCTCTGCATGTATGTACATACACGTTACACATTAGTGTATA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTATGGCCTCTGCATGTATGTACATACACGTTACACATTAGTGTATA  489

seq1  TGTAACCCCCACATGTGTACCATATGCATACATGTGGGCATATGTTGAGG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACCCCCACATGTGTACCATATGCATACATGTGGGCATATGTTGAGG  539

seq1  TTTGGTTTATTGTTATGTATTGTAATGCTAAATTCTATACCCAAAGGTCT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTTTATTGTTATGTATTGTAATGCTAAATTCTATACCCAAAGGTCT  589

seq1  AGGCCTATAAATGACTTCTCAAGTTTACAAGCATTTCTTGTGCAAACCTT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTATAAATGACTTCTCAAGTTTACAAGCATTTCTTGTGCAAACCTT  639

seq1  GTTCCTCAATATAAAACTATTGGTTAAATAAAGTTGACTACAGCCAATTA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTCAATATAAAACTATTGGTTAAATAAAGTTGACTACAGCCAATTA  689

seq1  CTGGAGGGATTAGAGATGGATGGGTTTGGAGTGACTTGGTTGGAGGAGGA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGGGATTAGAGATGGATGGGTTTGGAGTGACTTGGTTGGAGGAGGA  739

seq1  GGAAGAAGAAGGAGAAGAGAGGAAGCCACCATGAGGGGAGAGTAACCATG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAAGAAGGAGAAGAGAGGAAGCCACCATGAGGGGAGAGTAACCATG  789

seq1  AGCACATGGCCAGGAGAAACAGCAAGAATTGTGTACACTGCTGGGGATGT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACATGGCCAGGAGAAACAGCAAGAATTGTGTACACTGCTGGGGATGT  839

seq1  AGCCAGGCCAGCAGTCAGAAGAGAAGATTAGGGGTGACCCCCCAGTACTT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGGCCAGCAGTCAGAAGAGAAGATTAGGGGTGACCCCCCAGTACTT  889

seq1  TATCGTGCTTCTCCCATCTAAGTAGTAACTAGGCCCGATCTTGCTTAGCT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCGTGCTTCTCCCATCTAAGTAGTAACTAGGCCCGATCTTGCTTAGCT  939

seq1  TCCAGGATCAGACAAGATCTGTCATGTTCAGGATGGTATGGCCATACACG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGATCAGACAAGATCTGTCATGTTCAGGATGGTATGGCCATACACG  989

seq1  TGTTCTTGCTTCTTATTCATGCTTGTATTATTCTCCATTGATCCCATCTT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTGCTTCTTATTCATGCTTGTATTATTCTCCATTGATCCCATCTT  1039

seq1  GTGTTCTACTGAGGCTGCCTCCTTCCTGATTATGATCTATCTTTTTCCTT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCTACTGAGGCTGCCTCCTTCCTGATTATGATCTATCTTTTTCCTT  1089

seq1  ATAGACTTCTCCTAAGGTTTGTTCTTTCTGACTTGGCATAAGTCTGAATT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACTTCTCCTAAGGTTTGTTCTTTCTGACTTGGCATAAGTCTGAATT  1139

seq1  C  1147
      |
seq2  C  1140


seq1: chr7_123624045_123624599
seq2: B6Ng01-261H05.g_65_619

seq1  GAATTCCCATTCTTCAGGAGAGTGGTGATTACGAACTGATGGCATGACTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCATTCTTCAGGAGAGTGGTGATTACGAACTGATGGCATGACTA  50

seq1  TTCCAAGGTATGGTTACTCAGAAGGTTTTTATTGTAGATATGTGTTAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAGGTATGGTTACTCAGAAGGTTTTTATTGTAGATATGTGTTAAGT  100

seq1  TTCAAACCCCAAACAGTTGCTGAGGTGTCTATTTAATATATCAAACCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAACCCCAAACAGTTGCTGAGGTGTCTATTTAATATATCAAACCAGA  150

seq1  CCTGGTCTCCAGGTCCTCCCAGCATCCCTCAGTCCCTACCTATTATAGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTCTCCAGGTCCTCCCAGCATCCCTCAGTCCCTACCTATTATAGGG  200

seq1  CATGGCTAGCATACACACCCTCTACCCAGAATTCTCCATCGCAGGGGCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCTAGCATACACACCCTCTACCCAGAATTCTCCATCGCAGGGGCTG  250

seq1  GGCTGCTCTTCCCCAAAAGTTCATCCCTATATAATCCAGACATGCTTACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCTCTTCCCCAAAAGTTCATCCCTATATAATCCAGACATGCTTACC  300

seq1  TGTCTCTTTTTGTACCTTTGGCCTCCTGGCTGCTGCACCTCGTTCCCCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCTTTTTGTACCTTTGGCCTCCTGGCTGCTGCACCTCGTTCCCCTC  350

seq1  CCTCCCCTCTCTCTTCCTCTCCTCATCTCCCCACATGGCTCATCTCAGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCTCTCTCTTCCTCTCCTCATCTCCCCACATGGCTCATCTCAGTT  400

seq1  GATGAGACTCATGTCCATTGGACTCTCCCAGATGTCTCTGACTCTAGCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGACTCATGTCCATTGGACTCTCCCAGATGTCTCTGACTCTAGCTA  450

seq1  TGCTCTCCCACATATCTATAATAAACTTTCTCCTCTACCATACCTAGGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTCCCACATATCTATAATAAACTTTCTCCTCTACCATACCTAGGAG  500

seq1  CAGTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAGTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCATTCCTTTC  550

seq1  CTTTC  555
      | |||
seq2  CATTC  555


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |