BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-261J01
Chromosome7 (Build37)
Map Location 103,522,716 - 103,681,691
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOdz4, LOC666858
Upstream geneLOC666823, Frda-ps, EG666836, LOC670727
Downstream geneNars2, Gab2, LOC100040457, Usp35, EG622320, Alg8, Ndufc2, Thrsp, Kctd14, Ints4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-261J01.bB6Ng01-261J01.g
ACCGA066203GA066204
length991878
definitionB6Ng01-261J01.b B6Ng01-261J01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,522,716 - 103,523,698)(103,680,815 - 103,681,691)
sequence
gaattccccagagactgccacaggccacttgagtgactcactaatgggcc
tgtttccttcctcagagaaatagcacaggcaaggttctagaaatgcaatt
ttagtatcagctcaacttcagcaaactacatcaagtggctagagtctcaa
ggtttcctcctcagaggctgctctgatgggaaaacccctcagatgtctgc
agcctgggaagggaatccttcccaaaggctcttgggaattccctctagtt
tcccagctgcaagcaggccctggtggttagttcccactctcgaatccaga
tgttagtgatgaggcaggctgccctgctgggtgtgtttctgcagctgcca
gagaaaaagctcatgggacattcatcagtcactgtacccagagatgctca
ttttaggggcagaaggtggggctgagttagaacttctgttttcacggact
ttacacctttttttggaatatgacatcactgtcctggaacaaggtgggac
agaagcacaccacgattagtccagctgttttgtcacacattgccttctgc
tccctgtctctcctggtgctctctcctctgctgtgagtggctctggggca
tgagaaggcgctcatttgccctctgctgcgttgacagagtcagtcatcat
gtctgttttgttcttgcctacttagtgggaagggcttgcaagctgttgag
ctgatcttctggtcagtctgtgctccaatctgggccatcaagatgtaaaa
gaaccgcagcaccaggtatggtggtttgtacctagactctcagcactcaa
gaggccaaggagggaggattgaaaacccaaggccacctcatttatacata
gagaccctttttctatgtgggggaaaaagaggaaagaaggagagagagga
tgatgaagagaaaggacttggtaaacaaaagagcagtcttctgagggtga
ggaccatagaacggttgggtttccttttgtgaggttgtgtg

gaattccatatgtttaaggaatgctgatcgccatgctaagaggattctga
tcaaaataagctcccagctggggctaaagcataccagcatgaaccccact
gcttgggatcagagatacttgctagttgaggtcctgcatgaacttgtatc
atccagccccatgcagacccaggaacatggctcccatcctgcagactgga
gagagcacaggacagccccatctctcctcagccccaggtcaggctgtatg
tgggaccagtttcagatgcctgcttccttttatcctatcctcccttctgc
ttactatagaaaatcgatcatcttcaagcgcccctaagcaatcttccaca
agaagcccaactatacctgaaatggcgtttacctttgcagcagcctcgga
caccaagagcaagctagattcctccgctgcctctgtgggctcctgtgaac
tgcctcttgggtggctacagcgtctctctgcttttcaggagggtccggag
tctgtggggaagccctggtccttgcccctgcactgtctaatgttacactt
gggtcatggcagcctggcttcctggggactttgttctcttgatcatagac
ctaaatttgttttcattaagaaatgctgcctgtcactccatcaattctgc
cctttcgggttgttaacctcaattaatggtgccagccttggaggccactc
tgcaggagagggagagaagtgggccactcagcctttagcagctacattac
aggggccaggcccgactttgttaaagggagcagaagcccccatttgtcgg
gtagtgttcttaacagaccacccatccactcactactgtgtctaccttac
agaagggcagtcctgagagagagagaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_103522716_103523698
seq2: B6Ng01-261J01.b_45_1035

seq1  GAATTCCCCAGAGACTGCCACAGGCCACTTGAGTGACTCACTAATGGGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCAGAGACTGCCACAGGCCACTTGAGTGACTCACTAATGGGCC  50

seq1  TGTTTCCTTCCTCAGAGAAATAGCACAGGCAAGGTTCTAGAAATGCAATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCCTTCCTCAGAGAAATAGCACAGGCAAGGTTCTAGAAATGCAATT  100

seq1  TTAGTATCAGCTCAACTTCAGCAAACTACATCAAGTGGCTAGAGTCTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTATCAGCTCAACTTCAGCAAACTACATCAAGTGGCTAGAGTCTCAA  150

seq1  GGTTTCCTCCTCAGAGGCTGCTCTGATGGGAAAACCCCTCAGATGTCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCCTCCTCAGAGGCTGCTCTGATGGGAAAACCCCTCAGATGTCTGC  200

seq1  AGCCTGGGAAGGGAATCCTTCCCAAAGGCTCTTGGGAATTCCCTCTAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGGGAAGGGAATCCTTCCCAAAGGCTCTTGGGAATTCCCTCTAGTT  250

seq1  TCCCAGCTGCAAGCAGGCCCTGGTGGTTAGTTCCCACTCTCGAATCCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCTGCAAGCAGGCCCTGGTGGTTAGTTCCCACTCTCGAATCCAGA  300

seq1  TGTTAGTGATGAGGCAGGCTGCCCTGCTGGGTGTGTTTCTGCAGCTGCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGTGATGAGGCAGGCTGCCCTGCTGGGTGTGTTTCTGCAGCTGCCA  350

seq1  GAGAAAAAGCTCATGGGACATTCATCAGTCACTGTACCCAGAGATGCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAAAGCTCATGGGACATTCATCAGTCACTGTACCCAGAGATGCTCA  400

seq1  TTTTAGGGGCAGAAGGTGGGGCTGAGTTAGAACTTCTGTTTTCACGGACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGGGGCAGAAGGTGGGGCTGAGTTAGAACTTCTGTTTTCACGGACT  450

seq1  TTACACCTTTTTTTGGAATATGACATCACTGTCCTGGAACAAGGTGGGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACCTTTTTTTGGAATATGACATCACTGTCCTGGAACAAGGTGGGAC  500

seq1  AGAAGCACACCACGATTAGTCCAGCTGTTTTGTCACACATTGCCTTCTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCACACCACGATTAGTCCAGCTGTTTTGTCACACATTGCCTTCTGC  550

seq1  TCCCTGTCTCTCCTGGTGCTCTCTCCTCTGCTGTGAGTGGCTCTGGGGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGTCTCTCCTGGTGCTCTCTCCTCTGCTGTGAGTGGCTCTGGGGCA  600

seq1  TGAGAAGGCGCTCATTTGCCCTCTGCTGCGTTGACAGAGTCAGTCATCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAGGCGCTCATTTGCCCTCTGCTGCGTTGACAGAGTCAGTCATCAT  650

seq1  GTCTGTTTTGTTCTTGCCTACTTAGTGGGAAGGGCTTGCAAGCTGTTGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTTTTGTTCTTGCCTACTTAGTGGGAAGGGCTTGCAAGCTGTTGAG  700

seq1  CTGATCTTCTGGTCAGTCTGTGCTCCAATCTGGGCCATCAAGATGTAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCTTCTGGTCAGTCTGTGCTCCAATCTGGGCCATCAAGATGTAAAA  750

seq1  GAACCGCAGCACCAGGTATGGTGGTTTGTACCTAGACTCTCAGCACTCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCGCAGCACCAGGTATGGTGGTTTGTACCTAGACTCTCAGCACTCAA  800

seq1  GAGGCCAAGGAGGGAGGATTGAAAACCCAAGGCCACCTCATTTATACATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCAAGGAGGGAGGATTGAAAACCCAAGGCCACCTCATTTATACATA  850

seq1  GAGACCCTTTTTCTATGT-GGGGAAAAAGAGGAAAGAAGGAGAGAGAGGA  899
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCCTTTTTCTATGTGGGGGAAAAAGAGGAAAGAAGGAGAGAGAGGA  900

seq1  TGATGAAGAGAAAGGACTTGGTAAACAAAAGAGCAGTC-TCTGAGGGTGA  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGATGAAGAGAAAGGACTTGGTAAACAAAAGAGCAGTCTTCTGAGGGTGA  950

seq1  GGACCATAAGAATGTTTGGGTTTCCTTT-------TTGTGTG  983
      ||||||| |||| | |||||||||||||       |||||||
seq2  GGACCAT-AGAACGGTTGGGTTTCCTTTTGTGAGGTTGTGTG  991


seq1: chr7_103680815_103681691
seq2: B6Ng01-261J01.g_75_952 (reverse)

seq1  TCTCTCTCTCTCTCAGGACTGCCCTTCTGTAAGGTAGACACAGTAGTGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCAGGACTGCCCTTCTGTAAGGTAGACACAGTAGTGAG  50

seq1  TGGATGGGTGGTCTGTTAAGAACACTACCCGACAAATGGGGGCTTCTGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGGGTGGTCTGTTAAGAACACTACCCGACAAATGGGGGCTTCTGCT  100

seq1  CCC-TTAACAAAGTCGGGCCTGGCCCCTGTAATGTAGCCTGCT-AAGGCT  148
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  CCCTTTAACAAAGTCGGGCCTGGCCCCTGTAATGTAG-CTGCTAAAGGCT  149

seq1  GAGTGGCCCACTTCTCTCCCTCTCCTGCAGAGTGGCCTCCAAGGCTGGCA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGCCCACTTCTCTCCCTCTCCTGCAGAGTGGCCTCCAAGGCTGGCA  199

seq1  CCATTAATTGAGGTTAACAACCCGAAAGGGCAGAATTGATGGAGTGACAG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTAATTGAGGTTAACAACCCGAAAGGGCAGAATTGATGGAGTGACAG  249

seq1  GCAGCATTTCTTAATGAAAACAAATTTAGGTCTATGATCAAGAGAACAAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCATTTCTTAATGAAAACAAATTTAGGTCTATGATCAAGAGAACAAA  299

seq1  GTCCCCAGGAAGCCAGGCTGCCATGACCCAAGTGTAACATTAGACAGTGC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCAGGAAGCCAGGCTGCCATGACCCAAGTGTAACATTAGACAGTGC  349

seq1  AGGGGCAAGGACCAGGGCTTCCCCACAGACTCCGGACCCTCCTGAAAAGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGCAAGGACCAGGGCTTCCCCACAGACTCCGGACCCTCCTGAAAAGC  399

seq1  AGAGAGACGCTGTAGCCACCCAAGAGGCAGTTCACAGGAGCCCACAGAGG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGACGCTGTAGCCACCCAAGAGGCAGTTCACAGGAGCCCACAGAGG  449

seq1  CAGCGGAGGAATCTAGCTTGCTCTTGGTGTCCGAGGCTGCTGCAAAGGTA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCGGAGGAATCTAGCTTGCTCTTGGTGTCCGAGGCTGCTGCAAAGGTA  499

seq1  AACGCCATTTCAGGTATAGTTGGGCTTCTTGTGGAAGATTGCTTAGGGGC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGCCATTTCAGGTATAGTTGGGCTTCTTGTGGAAGATTGCTTAGGGGC  549

seq1  GCTTGAAGATGATCGATTTTCTATAGTAAGCAGAAGGGAGGATAGGATAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGAAGATGATCGATTTTCTATAGTAAGCAGAAGGGAGGATAGGATAA  599

seq1  AAGGAAGCAGGCATCTGAAACTGGTCCCACATACAGCCTGACCTGGGGCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGCAGGCATCTGAAACTGGTCCCACATACAGCCTGACCTGGGGCT  649

seq1  GAGGAGAGATGGGGCTGTCCTGTGCTCTCTCCAGTCTGCAGGATGGGAGC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGAGATGGGGCTGTCCTGTGCTCTCTCCAGTCTGCAGGATGGGAGC  699

seq1  CATGTTCCTGGGTCTGCATGGGGCTGGATGATACAAGTTCATGCAGGACC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTCCTGGGTCTGCATGGGGCTGGATGATACAAGTTCATGCAGGACC  749

seq1  TCAACTAGCAAGTATCTCTGATCCCAAGCAGTGGGGTTCATGCTGGTATG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTAGCAAGTATCTCTGATCCCAAGCAGTGGGGTTCATGCTGGTATG  799

seq1  CTTTAGCCCCAGCTGGGAGCTTATTTTGATCAGAATCCTCTTAGCATGGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGCCCCAGCTGGGAGCTTATTTTGATCAGAATCCTCTTAGCATGGC  849

seq1  GATCAGCATTCCTTAAACATATGGAATTC  877
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGCATTCCTTAAACATATGGAATTC  878


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |