BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-277F01
Chromosome7 (Build37)
Map Location 72,528,290 - 72,674,687
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGm1693
Upstream geneMphosph10, Mcee, Apba2, 5730507A09Rik, Ndnl2, Tjp1
Downstream geneEG665234, Tarsl2, Tm2d3, LOC665241, Pcsk6, Snrpa1, H47, Chsy1, Lrrk1, Aldh1a3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-277F01.bB6Ng01-277F01.g
ACCGA077868GA077869
length1,1321,111
definitionB6Ng01-277F01.b B6Ng01-277F01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,528,290 - 72,529,422)(72,673,587 - 72,674,687)
sequence
gaattctttcctcccgaggactgagacacaaggtgccacctaggaagcag
aaagcagcccacacctttcactgacacgtgccaggcaccttgatcttggg
ttccttggatgacagaactgtgagaaataaccttctgttgtttaaaatcc
acgtgcttctccgcattttgttatagcaacatatacaacatatacaaggg
aaggaacacgttactgcctaaacaaaaaaagtaacatgtgaaatgatatg
ctattttccattattcatctttctgttacaaaaatgtaattatttaagta
aaacaaacgcagaagtggtgatcagaggcaagtaacagtaattagaacta
attaaataatacgtgaaaaacaatattttaatatatatctgcttctcgga
tacagcaatttcttctaattctttttttaaatgtcacagattatttgaat
tctgttggctttgtatttacataaatgttaagacctttaaaaggaaaaca
aacacatgaataatgaaagagatactgtctatttttaataacatcaaggg
aaaaattctcctctttgcttttgtttcctgtagggtagctcatgacgctc
tgatttcttcgcccagtacaccgttctgagctgtctgctcagataaggcc
tcttttctcatttctgtggaagtaaaactgaccagagtttcacagaactc
ggcctttgatacacaactctatgttctcaaggccacaggataccaatcta
cctgtgtctctctgatgtgatacaatcaagctttcaaaacagcagagtgt
gggactcctttaatttccttactggcttgaatgtttacaagcttgagaat
ttcctttgagttctcagaacacagtctgctcacttggaacccacaagctt
cttattggttagtatctatccaccagtttataaaacgttttgaaacactt
gtagactacaacatgttgcagagaaacctaccagaagtttcacacctact
ctcgcctcccccagagttagcatctcaccgagctctacaacatcatccaa
cagaacaaagttggactcgggtgatgcatgcccttaatctgagcactttg
gaaagttagaggcaggaggatcagaagtcaag
gaattcaggtgcagtctgttacataaggggaagaatggaaggaacaggct
aactgcaatgacccttgcccaccctggatattcctacctccttccataat
aaagttgacctttctccgcagagctgaccctggcatgtctccatgggcca
tcctaaatactgctccttcacactgctccctttgtttttattgcctagtg
gccaacaaccccagggtgaaaggaggaccatagaaactgacctaggagag
tgatgagaagccacatttggtggcatataccagtaatcccatcacttgga
ggctgaggcaggaggattgacacgagttcaagatcagcctgggcaacaga
gtaagagcctgtctcatacaagaaccaagcaaaaacagaaacaaaagaaa
ataatgttgtactagtatgttccagcttcgctgagatcaaacactgacca
aaggcaactttggggaggagggtttaagtttacaattctgcatcacagtc
cttcactgagggaaagcaaggcaggaacccggagcagaagctgacgcaga
agccatggaagaatgctgcttactggcttgctccgcattgcccactcagc
ctgcattttatagattccacaactacctatctggtggtggcgccatccac
agtgcgccaggtcctcccatatcaatctttactcaagaaaatgctcacat
cgacaggccgggttgacaggcccatccctcaatgggtggaggcaatccca
tccctcagttgagattctctcttggcaggtcacacagtgccacagacagc
agccaagcatggctcaagggtgcccgctatggtgtgccttttgtgggtat
actttgcatgtgggaaccatgtgacagccagaagtggatatcgagtgatt
tccctcaaacagttgtctaccttcttttagaccggtgtgtgtgcatggtg
tgtgtgtccactgatttggccagactcgctgacaagttctattttttaca
ggatgctgggatggaactcagtccccatgcttcaagcactggccttacgg
gtggcctctacagctccaccccccctttccaaggagtacctttggattcc
acagaaggaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_72528290_72529422
seq2: B6Ng01-277F01.b_44_1175

seq1  GAATTCTTTCCTCCCGAGGACTGAGACACAAGGTGCCACCTAGGAAGCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCCTCCCGAGGACTGAGACACAAGGTGCCACCTAGGAAGCAG  50

seq1  AAAGCAGCCCACACCTTTCACTGACACGTGCCAGGCACCTTGATCTTGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGCCCACACCTTTCACTGACACGTGCCAGGCACCTTGATCTTGGG  100

seq1  TTCCTTGGATGACAGAACTGTGAGAAATAACCTTCTGTTGTTTAAAATCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTGGATGACAGAACTGTGAGAAATAACCTTCTGTTGTTTAAAATCC  150

seq1  ACGTGCTTCTCCGCATTTTGTTATAGCAACATATACAACATATACAAGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGCTTCTCCGCATTTTGTTATAGCAACATATACAACATATACAAGGG  200

seq1  AAGGAACACGTTACTGCCTAAACAAAAAAAGTAACATGTGAAATGATATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAACACGTTACTGCCTAAACAAAAAAAGTAACATGTGAAATGATATG  250

seq1  CTATTTTCCATTATTCATCTTTCTGTTACAAAAATGTAATTATTTAAGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTTCCATTATTCATCTTTCTGTTACAAAAATGTAATTATTTAAGTA  300

seq1  AAACAAACGCAGAAGTGGTGATCAGAGGCAAGTAACAGTAATTAGAACTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAACGCAGAAGTGGTGATCAGAGGCAAGTAACAGTAATTAGAACTA  350

seq1  ATTAAATAATACGTGAAAAACAATATTTTAATATATATCTGCTTCTCGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATAATACGTGAAAAACAATATTTTAATATATATCTGCTTCTCGGA  400

seq1  TACAGCAATTTCTTCTAATTCTTTTTTTAAATGTCACAGATTATTTGAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCAATTTCTTCTAATTCTTTTTTTAAATGTCACAGATTATTTGAAT  450

seq1  TCTGTTGGCTTTGTATTTACATAAATGTTAAGACCTTTAAAAGGAAAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTGGCTTTGTATTTACATAAATGTTAAGACCTTTAAAAGGAAAACA  500

seq1  AACACATGAATAATGAAAGAGATACTGTCTATTTTTAATAACATCAAGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACATGAATAATGAAAGAGATACTGTCTATTTTTAATAACATCAAGGG  550

seq1  AAAAATTCTCCTCTTTGCTTTTGTTTCCTGTAGGGTAGCTCATGACGCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTCTCCTCTTTGCTTTTGTTTCCTGTAGGGTAGCTCATGACGCTC  600

seq1  TGATTTCTTCGCCCAGTACACCGTTCTGAGCTGTCTGCTCAGATAAGGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTCTTCGCCCAGTACACCGTTCTGAGCTGTCTGCTCAGATAAGGCC  650

seq1  TCTTTTCTCATTTCTGTGGAAGTAAAACTGACCAGAGTTTCACAGAACTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTCTCATTTCTGTGGAAGTAAAACTGACCAGAGTTTCACAGAACTC  700

seq1  GGCCTTTGATACACAACTCTATGTTCTCAAGGCCACAGGATACCAATCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTTGATACACAACTCTATGTTCTCAAGGCCACAGGATACCAATCTA  750

seq1  CCTGTGTCTCTCTGATGTGATACAATCAAGCTTTCAAAACAGCAGAGTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGTCTCTCTGATGTGATACAATCAAGCTTTCAAAACAGCAGAGTGT  800

seq1  GGGACTCCTTTAATTTCCTTACTGGCTTGAATGTTTACAAGCTTGAGAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTCCTTTAATTTCCTTACTGGCTTGAATGTTTACAAGCTTGAGAAT  850

seq1  TTCCTTTGAGTTCTCAGAACACAGTCTGCTCACTTGGAACCCACAAGCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTGAGTTCTCAGAACACAGTCTGCTCACTTGGAACCCACAAGCTT  900

seq1  CTTATTGGTTAGTATCTATCCACCAGTTTATAAAACGTTTTGAAACACTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTGGTTAGTATCTATCCACCAGTTTATAAAACGTTTTGAAACACTT  950

seq1  GTAGACTACAACATGTTGCAGAGAAACCTACCAGAAGTTTCACACCTACT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACTACAACATGTTGCAGAGAAACCTACCAGAAGTTTCACACCTACT  1000

seq1  CTCGCCTCCCCCCAGAGTTAGCATCTCACCGAGCTCTACAACATCATCCA  1050
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGCCT-CCCCCAGAGTTAGCATCTCACCGAGCTCTACAACATCATCCA  1049

seq1  AACCAAGACAAAGTTGGACTC-GGTGATGCATGCCTTTAATCTGAGCACT  1099
      |  ||  |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  A--CAGAACAAAGTTGGACTCGGGTGATGCATGCCCTTAATCTGAGCACT  1097

seq1  TGGGAA--GTAGAGGCAGGAGGATCAGAAGGTCAAG  1133
      | ||||   |||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTGGAAAGTTAGAGGCAGGAGGATCAGAA-GTCAAG  1132

seq1: chr7_72673587_72674687
seq2: B6Ng01-277F01.g_65_1175 (reverse)

seq1  TCTCC-TCTGTGG-ATCCAAA-GTTCTCC-TGGAA---GGGGGTGGAGCT  43
      ||||| ||||||| ||||||| || |||| |||||   ||||||||||||
seq2  TCTCCTTCTGTGGAATCCAAAGGTACTCCTTGGAAAGGGGGGGTGGAGCT  50

seq1  GGAGAGGCCACTCGGTAAGCCAAGTGCTTGAAGCATGGGGACCTGAGTTC  93
      | ||||||||| | ||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTAGAGGCCAC-CCGTAAGGCCAGTGCTTGAAGCATGGGGA-CTGAGTTC  98

seq1  CATCCCCAGCACTCCTGTAAAAAATAGAACTTGTCAGCGAGTCTTGCCAA  143
      ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CAT-CCCAGCA-TCCTGTAAAAAATAGAACTTGTCAGCGAGTCTGGCCAA  146

seq1  ATCAGT-GACACACACA-CATGCACACACACC-GTCTAAAAGAAGGTAGA  190
      |||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATCAGTGGACACACACACCATGCACACACACCGGTCTAAAAGAAGGTAGA  196

seq1  CAACTGTTTGA-GGAAATCACTCGATATCCACTTCTGGCTGTCACATGGT  239
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGTTTGAGGGAAATCACTCGATATCCACTTCTGGCTGTCACATGGT  246

seq1  TCCCACATGC-AAGTATACCCAC-AAAGGCACACCATAGCGGGCA-CCTT  286
      |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TCCCACATGCAAAGTATACCCACAAAAGGCACACCATAGCGGGCACCCTT  296

seq1  GAGCCATGCTTGGCTGCTGTCTGTGGCACTGTGTGACCTGCCAAGAGAGA  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCATGCTTGGCTGCTGTCTGTGGCACTGTGTGACCTGCCAAGAGAGA  346

seq1  ATCTCAACTGAGGGATGGGATTGCCTCCACCCATTGAGGGATGGGCCTGT  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAACTGAGGGATGGGATTGCCTCCACCCATTGAGGGATGGGCCTGT  396

seq1  CAACCCGGCCTGTCGATGTGAGCATTTTCTTGAGTAAAGATTGATATGGG  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCGGCCTGTCGATGTGAGCATTTTCTTGAGTAAAGATTGATATGGG  446

seq1  AGGACCTGGCGCACTGTGGATGGCGCCACCACCAGATAGGTAGTTGTGGA  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCTGGCGCACTGTGGATGGCGCCACCACCAGATAGGTAGTTGTGGA  496

seq1  ATCTATAAAATGCAGGCTGAGTGGGCAATGCGGAGCAAGCCAGTAAGCAG  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATAAAATGCAGGCTGAGTGGGCAATGCGGAGCAAGCCAGTAAGCAG  546

seq1  CATTCTTCCATGGCTTCTGCGTCAGCTTCTGCTCCGGGTTCCTGCCTTGC  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTTCCATGGCTTCTGCGTCAGCTTCTGCTCCGGGTTCCTGCCTTGC  596

seq1  TTTCCCTCAGTGAAGGACTGTGATGCAGAATTGTAAACTTAAACCCTCCT  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCTCAGTGAAGGACTGTGATGCAGAATTGTAAACTTAAACCCTCCT  646

seq1  CCCCAAAGTTGCCTTTGGTCAGTGTTTGATCTCAGCGAAGCTGGAACATA  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAAGTTGCCTTTGGTCAGTGTTTGATCTCAGCGAAGCTGGAACATA  696

seq1  CTAGTACAACATTATTTTCTTTTGTTTCTGTTTTTGCTTGGTTCTTGTAT  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTACAACATTATTTTCTTTTGTTTCTGTTTTTGCTTGGTTCTTGTAT  746

seq1  GAGACAGGCTCTTACTCTGTTGCCCAGGCTGATCTTGAACTCGTGTCAAT  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAGGCTCTTACTCTGTTGCCCAGGCTGATCTTGAACTCGTGTCAAT  796

seq1  CCTCCTGCCTCAGCCTCCAAGTGATGGGATTACTGGTATATGCCACCAAA  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTGCCTCAGCCTCCAAGTGATGGGATTACTGGTATATGCCACCAAA  846

seq1  TGTGGCTTCTCATCACTCTCCTAGGTCAGTTTCTATGGTCCTCCTTTCAC  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCTTCTCATCACTCTCCTAGGTCAGTTTCTATGGTCCTCCTTTCAC  896

seq1  CCTGGGGTTGTTGGCCACTAGGCAATAAAAACAAAGGGAGCAGTGTGAAG  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGGTTGTTGGCCACTAGGCAATAAAAACAAAGGGAGCAGTGTGAAG  946

seq1  GAGCAGTATTTAGGATGGCCCATGGAGACATGCCAGGGTCAGCTCTGCGG  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGTATTTAGGATGGCCCATGGAGACATGCCAGGGTCAGCTCTGCGG  996

seq1  AGAAAGGTCAACTTTATTATGGAAGGAGGTAGGAATATCCAGGGTGGGCA  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGTCAACTTTATTATGGAAGGAGGTAGGAATATCCAGGGTGGGCA  1046

seq1  AGGGTCATTGCAGTTAGCCTGTTCCTTCCATTCTTCCCCTTATGTAACAG  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCATTGCAGTTAGCCTGTTCCTTCCATTCTTCCCCTTATGTAACAG  1096

seq1  ACTGCACCTGAATTC  1101
      |||||||||||||||
seq2  ACTGCACCTGAATTC  1111