BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-282H02
Chromosome7 (Build37)
Map Location 124,312,893 - 124,453,732
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePlekha7, Rps13, Pik3c2a, LOC100042798, Nucb2, LOC100043320, EG668484, LOC668485, LOC546993, LOC100043330
Downstream geneXylt1, LOC669758, Rps15a, Arl6ip1, 2610207I05Rik, LOC100043339
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-282H02.bB6Ng01-282H02.g
ACCGA081658GA081659
length1,0931,069
definitionB6Ng01-282H02.b B6Ng01-282H02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(124,452,642 - 124,453,732)(124,312,893 - 124,313,961)
sequence
gaattcaagagtaactaaatgaacacatgtaaacattgcttactgatttg
ctttatgcctcatcttctggtgcttagtaaagaagtgctctctgggaagg
cagaaatattgcctgcctgctgcctcctgagccttggagccctgggacag
aaaccagaatgatacaccaaccaataaagaagtaatcaggaatatgcatt
gtgctaccagcctttctcccacttcagcagatgctggtgaagtgacgata
tttattttggctcatggtttcacccagagtcagctgtttctctgtctctg
ggccatgaggcatcacagcagcaccacattgcaaagttgtttaccttaag
agagataggaaacaaagacagatggaggctaaggacatagtatatctgcc
tggggcatgtcctagtgacccacttcctcacactagcctctgtttccttc
tctccatcctctcccaatcctgctattaatattaaggtttcatcaaagga
ttaatcctttgattagaccaggttgcccaaggatccaatcacttccccaa
ggcatgccagtttataccaagccttttaatacacaatccttcaggggaag
ccttcatatcccacaacaggcacacagggcatttaaaatgctgaggttgt
attggggtctgaggtgggtggtcagcggtgagctgggctaatgctcattc
agtttcctttccgagttcaacagtacatgctcacattggttcacaaagag
aagtcagagttagatgacagatgctaggacctcttggcagggggtatatc
tgaaggtgttatacctgcccccccccaaatgtcacagcttcctcgaagcc
acagagaaactgaataaattagattgacctgtagccatttctataaggca
tatttgtaactgctaactgatagagaaaaggcccagctcagtgtgccatc
tctaggctggtgggtctgggctgggtacgaaagagcaagccactgggggt
gggcacatcagttagcagcatttctctgtgagttctgcttcaacctctgc
ctgagtctttccatagcttccctcagtgatggactggcgttct

gaattctcaaaaacaaacaaacaaataaacaaacaaatgaaaaagacaaa
aatatagaatcatgcttaacatatgacccaactctacccctcatgaatat
ttgctcagagaatgccaaataaacaggggcagttacataatgcagcataa
atatgaagagcatcacaaccacaccactaacaacaaaggaactcttatcc
aaatgtgccactgcactaaaaacaatgaaactcttatctggctgtgcctt
tcattcacttaacaacatatatcttagccagggggtggtggttcatgcct
ttaatcccagcactcgggaggcagaggcaggtggatctctataagttaac
ctggtttacagagtgagttccaggaaagccaatgctacacagaaaaaccc
tgccttagaaaaaaataaaatgaaacaaaacatacaaaacaatgtgaatc
tcccaacatcatactggaaaagtgtgattcggttttataaatgtaaaact
aagagccagaggagactctaacacaagagatagggctaaccactgaaact
ccataattcccggtagttatttgcaaatgggtcaatcccttgtaggtaag
gatgtaatttggctgcacagaaattgttttgtcatagcagaggtcagatg
tgaaagctactagcctctgtttacgagagagcagacacattaccaattgt
cctacaactcacaggatagcagcagttaccctagacacttcctccatatg
tcagttatgttggagtatagaatcctggactctacctcaaatcccttatg
gggccattctgctcagagccaattagctccttagcatgtgacaggattga
agattcctatgctatgttgagtaaatgtttttttttttttaaacacagaa
tgccttgtctcacagctttaaagtgtaaggaacagcttgaagtcaaaatt
tcattttttgacttattttttgaacaatagatgactttttgtgatgaaat
tctgagaaaatacaagcatgtgggcactgcaaacccactgttacatcttg
tgatttttttggtttgttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_124452642_124453732
seq2: B6Ng01-282H02.b_47_1139 (reverse)

seq1  AGAACG-CAGTCCATCACTGAGGGAAGCTATGGAAGAACTCAAGGCAGAA  49
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||| |
seq2  AGAACGCCAGTCCATCACTGAGGGAAGCTATGGAAAGACTC-AGGCAG-A  48

seq1  GGTTGAAGCAGAACTCACAGAGAAATGCTGCTAACTGATGTGCCCA-CCC  98
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GGTTGAAGCAGAACTCACAGAGAAATGCTGCTAACTGATGTGCCCACCCC  98

seq1  CAGTGGCTTGCTCTTTCGTACCCAGCCCAGACCCACCAGCCTAGAGATGG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGCTTGCTCTTTCGTACCCAGCCCAGACCCACCAGCCTAGAGATGG  148

seq1  CACACTGAGCTGGGCC-TTTCTCTATCAGTTAGCAGTTACAAATATGCCT  197
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGAGCTGGGCCTTTTCTCTATCAGTTAGCAGTTACAAATATGCCT  198

seq1  TATAGAAATGGCTACAGGTCAATCTAATTTATTCAGTTTCTCTGTGGCTT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAAATGGCTACAGGTCAATCTAATTTATTCAGTTTCTCTGTGGCTT  248

seq1  CGAGGAAGCTGTGACATTT-GGGGGGGGCAGGTATAACACCTTCAGATAT  296
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGAAGCTGTGACATTTGGGGGGGGGCAGGTATAACACCTTCAGATAT  298

seq1  ACCCCCTGCCAAGAGGTCCTAGCATCTGTCATCTAACTCTGACTTCTCTT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCCTGCCAAGAGGTCCTAGCATCTGTCATCTAACTCTGACTTCTCTT  348

seq1  TGTGAACCAATGTGAGCATGTACTGTTGAACTCGGAAAGGAAACTGAATG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAACCAATGTGAGCATGTACTGTTGAACTCGGAAAGGAAACTGAATG  398

seq1  AGCATTAGCCCAGCTCACCGCTGACCACCCACCTCAGACCCCAATACAAC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTAGCCCAGCTCACCGCTGACCACCCACCTCAGACCCCAATACAAC  448

seq1  CTCAGCATTTTAAATGCCCTGTGTGCCTGTTGTGGGATATGAAGGCTTCC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCATTTTAAATGCCCTGTGTGCCTGTTGTGGGATATGAAGGCTTCC  498

seq1  CCTGAAGGATTGTGTATTAAAAGGCTTGGTATAAACTGGCATGCCTTGGG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAGGATTGTGTATTAAAAGGCTTGGTATAAACTGGCATGCCTTGGG  548

seq1  GAAGTGATTGGATCCTTGGGCAACCTGGTCTAATCAAAGGATTAATCCTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGATTGGATCCTTGGGCAACCTGGTCTAATCAAAGGATTAATCCTT  598

seq1  TGATGAAACCTTAATATTAATAGCAGGATTGGGAGAGGATGGAGAGAAGG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAAACCTTAATATTAATAGCAGGATTGGGAGAGGATGGAGAGAAGG  648

seq1  AAACAGAGGCTAGTGTGAGGAAGTGGGTCACTAGGACATGCCCCAGGCAG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAGGCTAGTGTGAGGAAGTGGGTCACTAGGACATGCCCCAGGCAG  698

seq1  ATATACTATGTCCTTAGCCTCCATCTGTCTTTGTTTCCTATCTCTCTTAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACTATGTCCTTAGCCTCCATCTGTCTTTGTTTCCTATCTCTCTTAA  748

seq1  GGTAAACAACTTTGCAATGTGGTGCTGCTGTGATGCCTCATGGCCCAGAG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAACAACTTTGCAATGTGGTGCTGCTGTGATGCCTCATGGCCCAGAG  798

seq1  ACAGAGAAACAGCTGACTCTGGGTGAAACCATGAGCCAAAATAAATATCG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGAAACAGCTGACTCTGGGTGAAACCATGAGCCAAAATAAATATCG  848

seq1  TCACTTCACCAGCATCTGCTGAAGTGGGAGAAAGGCTGGTAGCACAATGC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTCACCAGCATCTGCTGAAGTGGGAGAAAGGCTGGTAGCACAATGC  898

seq1  ATATTCCTGATTACTTCTTTATTGGTTGGTGTATCATTCTGGTTTCTGTC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCCTGATTACTTCTTTATTGGTTGGTGTATCATTCTGGTTTCTGTC  948

seq1  CCAGGGCTCCAAGGCTCAGGAGGCAGCAGGCAGGCAATATTTCTGCCTTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGCTCCAAGGCTCAGGAGGCAGCAGGCAGGCAATATTTCTGCCTTC  998

seq1  CCAGAGAGCACTTCTTTACTAAGCACCAGAAGATGAGGCATAAAGCAAAT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGAGCACTTCTTTACTAAGCACCAGAAGATGAGGCATAAAGCAAAT  1048

seq1  CAGTAAGCAATGTTTACATGTGTTCATTTAGTTACTCTTGAATTC  1091
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAGCAATGTTTACATGTGTTCATTTAGTTACTCTTGAATTC  1093


seq1: chr7_124312893_124313961
seq2: B6Ng01-282H02.g_64_1132

seq1  GAATTCTCAAAAACAAACAAACAAATAAACAAACAAATGAAAAAGACAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAAAAACAAACAAACAAATAAACAAACAAATGAAAAAGACAAA  50

seq1  AATATAGAATCATGCTTAACATATGACCCAACTCTACCCCTCATGAATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAGAATCATGCTTAACATATGACCCAACTCTACCCCTCATGAATAT  100

seq1  TTGCTCAGAGAATGCCAAATAAACAGGGGCAGTTACATAATGCAGCATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCAGAGAATGCCAAATAAACAGGGGCAGTTACATAATGCAGCATAA  150

seq1  ATATGAAGAGCATCACAACCACACCACTAACAACAAAGGAACTCTTATCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAAGAGCATCACAACCACACCACTAACAACAAAGGAACTCTTATCC  200

seq1  AAATGTGCCACTGCACTAAAAACAATGAAACTCTTATCTGGCTGTGCCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTGCCACTGCACTAAAAACAATGAAACTCTTATCTGGCTGTGCCTT  250

seq1  TCATTCACTTAACAACATATATCTTAGCCAGGGGGTGGTGGTTCATGCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCACTTAACAACATATATCTTAGCCAGGGGGTGGTGGTTCATGCCT  300

seq1  TTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATCTCTATAAGTTAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATCTCTATAAGTTAAC  350

seq1  CTGGTTTACAGAGTGAGTTCCAGGAAAGCCAATGCTACACAGAAAAACCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTTACAGAGTGAGTTCCAGGAAAGCCAATGCTACACAGAAAAACCC  400

seq1  TGCCTTAGAAAAAAATAAAATGAAACAAAACATACAAAACAATGTGAATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTAGAAAAAAATAAAATGAAACAAAACATACAAAACAATGTGAATC  450

seq1  TCCCAACATCATACTGGAAAAGTGTGATTCGGTTTTATAAATGTAAAACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAACATCATACTGGAAAAGTGTGATTCGGTTTTATAAATGTAAAACT  500

seq1  AAGAGCCAGAGGAGACTCTAACACAAGAGATAGGGCTAACCACTGAAACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCCAGAGGAGACTCTAACACAAGAGATAGGGCTAACCACTGAAACT  550

seq1  CCATAATTCCCGGTAGTTATTTGCAAATGGGTCAATCCCTTGTAGGTAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAATTCCCGGTAGTTATTTGCAAATGGGTCAATCCCTTGTAGGTAAG  600

seq1  GATGTAATTTGGCTGCACAGAAATTGTTTTGTCATAGCAGAGGTCAGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTAATTTGGCTGCACAGAAATTGTTTTGTCATAGCAGAGGTCAGATG  650

seq1  TGAAAGCTACTAGCCTCTGTTTACGAGAGAGCAGACACATTACCAATTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGCTACTAGCCTCTGTTTACGAGAGAGCAGACACATTACCAATTGT  700

seq1  CCTACAACTCACAGGATAGCAGCAGTTACCCTAGACACTTCCTCCATATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAACTCACAGGATAGCAGCAGTTACCCTAGACACTTCCTCCATATG  750

seq1  TCAGTTATGTTGGAGTATAGAATCCTGGACTCTACCTCAAATCCCTTATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTATGTTGGAGTATAGAATCCTGGACTCTACCTCAAATCCCTTATG  800

seq1  GGGCCATTCTGCTCAGAGCCAATTAGCTCCTTAGCATGTGACAGGATTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCATTCTGCTCAGAGCCAATTAGCTCCTTAGCATGTGACAGGATTGA  850

seq1  AGATTCCTATGCTATGTTGAGTAAATGTTTTTTTTTTTTTAAACACAGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCCTATGCTATGTTGAGTAAATGTTTTTTTTTTTTTAAACACAGAA  900

seq1  TGCCTTGTCTCACAGC-TTAAAGTGTAAAGGAACAGCTTGAAAGTCAAAA  949
      |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||
seq2  TGCCTTGTCTCACAGCTTTAAAGTGT-AAGGAACAGCTTG-AAGTCAAAA  948

seq1  TTTCA-TTTTTGACTTATTTTT--GACAATAAGATGAC-TTTTGTGATGA  995
      ||||| ||||||||||||||||   ||||| ||||||| |||||||||||
seq2  TTTCATTTTTTGACTTATTTTTTGAACAAT-AGATGACTTTTTGTGATGA  997

seq1  AATTCTGAGAAAATACAGGCATGTGGGCACTGCAAACCCACCTGTTTACA  1045
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||
seq2  AATTCTGAGAAAATACAAGCATGTGGGCACTGCAAACCCA-CTG-TTACA  1045

seq1  TCTGGTGATTTTTTGTTTTTGTTT  1069
      ||| ||||||||||   |||||||
seq2  TCTTGTGATTTTTTTGGTTTGTTT  1069


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |