BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-285O03
Chromosome7 (Build37)
Map Location 103,393,935 - 103,512,538
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOdz4, LOC670727
Upstream geneLOC666823, Frda-ps, EG666836
Downstream geneLOC666858, Nars2, Gab2, LOC100040457, Usp35, EG622320
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-285O03.bB6Ng01-285O03.g
ACCGA084219GA084220
length1,0601,169
definitionB6Ng01-285O03.b B6Ng01-285O03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,511,477 - 103,512,538)(103,393,935 - 103,395,095)
sequence
gaattccagcgattgagagcatttacctagagcacagtatttgggaaagt
tctgagacttcactgaaacacagtagtaaagaccgtagtgttaaccagag
gtgcctaccgagggctggcaggcaagaatggcagctgcctgctgtgtaca
cggaaccaagatttgcttttccagctgcagggacagctactgttggctcc
tcagttgagctctgttctagaaatggccttcagctcaagagagtggccac
ctgcaggcagctgcagctgtcactactgtggccgtaaagaagttaaactg
cactagatgcgatgggggggatatcagagggagcatctcaggctcatgat
tggcagtggagtcaactgaagaaccgctatgactgtagtgcagttcacca
ccaccacccctccctccaccttgtcctggctcctagtctcactctcagag
gttgggtacaggaacacccctatcaactttccacaaggaaatctgtccca
gacccagtcaggctagccacactcaatccatcatgaactgccatccctgc
ataagcacgatgtctctgtgcctagttagttaatagcttgtcatctgtat
ttgcttattcctcaacaggcactcagggctagtcaatgagaacaacacat
cagctttctttttcccgaggtgttgaggaggcttaaagataagtttgcca
ttctttcttctcctttgctgatatcagaggtaaaattttgctggcttggc
tattttcctctcatttcagacattcctttgcctagcctctgactatgaga
tagctctcatgcacagtttagttttgaggatcatcatatgtcaatgatgc
cactggaggccttaagaatatatttctctgactctcagcatgatttggtc
aacatcaacttataataggcacagtgtaacaaggttagcgtgaactcctt
tggacaaatggcaacagacaaggttaaacattcccacatcatacagcact
tttattgcaagcctagctgactctgagtttcttgcttctgacacctttta
aggaggtgtc

gaattcatgtgaggattcggtgagtcagagtctgctaaggtgcttagcac
agggccaagtctacgggaagtccccaataaagagcagctagatgctaacc
atgaaatgattaatgtggctatgctggctctgatgagagcctaatgagcg
aatggtttggtttgctttttgggaagtgctggagatcaaacttggagctt
cacgtcagcgaaatgagttttcttccactgcgttatacctgcagcctaat
caacactttgaaatttgtccccttctgaacctcacttgcttcctgttgct
gtgacaaacactatgaccaaaagccagttgagtaggaaagtggttgcttg
gcttgttggtgacagttagtcattgtcaaaagccaaggcaggatttaagg
caggagcttaaggcaaagaccactgaggaagactgtttattagcttgctt
ctcaaacgtacatgaagctatcatttttatacatcccagctacccagtga
tggcacccccccccacatcaattagtaattaagaaaatgacccacagatt
tgcccacaggccaggttctgctgtcaaaacacacttcgagatcttataaa
caaatatcaaaacaaacttccatttctctccctgcatatgtcactgccta
acactgaaaaataaaatcacaagatctcaaatgagataggcatgcaggag
tcatcaggcagtcttggcttagctttactgccaggcttagacacagcaaa
gtattctcccttaacttctagggccatttattcccatgtaaatggagaaa
gtcaggtccacgagtatttttccacaaagggactggtaccaaatggctgt
gtgtggtacctaagcatggtattaaatgtcgttgaatcacatggtgataa
agctggtttcggttcctcttcattctttgtgatttagtcgaggacggagc
ctgaatattggggctggtagatatttaataccctcagtgacactcgctca
gctccctgttacaaggcttgttgttctggggtagggagcaacagtatcca
ctttgatttcctgaaatttactctcaacttctttcctcactgtcacatga
gaatgttcttctttaatgaccacattggatacatgttggcctcttaaata
attaattccagagagaaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_103511477_103512538
seq2: B6Ng01-285O03.b_45_1104 (reverse)

seq1  GACACGCTCC-TAAAAGGTGTCAGAAGCAAGAAACTCAGAGTTCAGCCTA  49
      ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||
seq2  GACAC-CTCCTTAAAAGGTGTCAGAAGCAAGAAACTCAGAG-TCAG-CTA  47

seq1  GGCTTTGCAATAAAAGTGCTGTATGATGTGGGAATTGTTTAACC-TGTCT  98
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
seq2  GGC-TTGCAATAAAAGTGCTGTATGATGTGGGAA-TGTTTAACCTTGTCT  95

seq1  G-TGCCATTTGTCCAAAGGAGTTCACGCTAACCTTGTTACACTGTGCCTA  147
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCCATTTGTCCAAAGGAGTTCACGCTAACCTTGTTACACTGTGCCTA  145

seq1  TTATAAGTTGATGTTGACCAAATCATGCTGAGAGTCAGAGAAATATATTC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAGTTGATGTTGACCAAATCATGCTGAGAGTCAGAGAAATATATTC  195

seq1  TTAAGGCCTCCAGTGGCATCATTGACCTATGATGATCCTCAAAACTAAAC  247
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGCCTCCAGTGGCATCATTGACATATGATGATCCTCAAAACTAAAC  245

seq1  TGTGCATGAGAGCTATCTCATAGTCAGAGGCTAGGCAAAGGAATGTCTGA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATGAGAGCTATCTCATAGTCAGAGGCTAGGCAAAGGAATGTCTGA  295

seq1  AATGAGAGGAAAATAGCCAAGCCAGCAAAATTTTACCTCTGATATCAGCA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGAGGAAAATAGCCAAGCCAGCAAAATTTTACCTCTGATATCAGCA  345

seq1  AAGGAGAAGAAAGAATGGCAAACTTATCTTTAAGCCTCCTCAACACCTCG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGAAGAAAGAATGGCAAACTTATCTTTAAGCCTCCTCAACACCTCG  395

seq1  GGAAAAAGAAAGCTGATGTGTTGTTCTCATTGACTAGCCCTGAGTGCCTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAAGAAAGCTGATGTGTTGTTCTCATTGACTAGCCCTGAGTGCCTG  445

seq1  TTGAGGAATAAGCAAATACAGATGACAAGCTATTAACTAACTAGGCACAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGAATAAGCAAATACAGATGACAAGCTATTAACTAACTAGGCACAG  495

seq1  AGACATCGTGCTTATGCAGGGATGGCAGTTCATGATGGATTGAGTGTGGC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATCGTGCTTATGCAGGGATGGCAGTTCATGATGGATTGAGTGTGGC  545

seq1  TAGCCTGACTGGGTCTGGGACAGATTTCCTTGTGGAAAGTTGATAGGGGT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTGACTGGGTCTGGGACAGATTTCCTTGTGGAAAGTTGATAGGGGT  595

seq1  GTTCCTGTACCCAACCTCTGAGAGTGAGACTAGGAGCCAGGACAAGGTGG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTGTACCCAACCTCTGAGAGTGAGACTAGGAGCCAGGACAAGGTGG  645

seq1  AGGGAGGGGTGGTGGTGGTGAACTGCACTACAGTCATAGCGGTTCTTCAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGGGGTGGTGGTGGTGAACTGCACTACAGTCATAGCGGTTCTTCAG  695

seq1  TTGACTCCACTGCCAATCATGAGCCTGAGATGCTCCCTCTGATATCCCCC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTCCACTGCCAATCATGAGCCTGAGATGCTCCCTCTGATATCCCCC  745

seq1  CCATCGCATCTAGTGCAGTTTAACTTCTTTACGGCCACAGTAGTGACAGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCGCATCTAGTGCAGTTTAACTTCTTTACGGCCACAGTAGTGACAGC  795

seq1  TGCAGCTGCCTGCAGGTGGCCACTCTCTTGAGCTGAAGGCCATTTCTAGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCTGCCTGCAGGTGGCCACTCTCTTGAGCTGAAGGCCATTTCTAGA  845

seq1  ACAGAGCTCAACTGAGGAGCCAACAGTAGCTGTCCCTGCAGCTGGAAAAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGCTCAACTGAGGAGCCAACAGTAGCTGTCCCTGCAGCTGGAAAAG  895

seq1  CAAATCTTGGTTCCGTGTACACAGCAGGCAGCTGCCATTCTTGCCTGCCA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCTTGGTTCCGTGTACACAGCAGGCAGCTGCCATTCTTGCCTGCCA  945

seq1  GCCCTCGGTAGGCACCTCTGGTTAACACTACGGTCTTTACTACTGTGTTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCGGTAGGCACCTCTGGTTAACACTACGGTCTTTACTACTGTGTTT  995

seq1  CAGTGAAGTCTCAGAACTTTCCCAAATACTGTGCTCTAGGTAAATGCTCT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAAGTCTCAGAACTTTCCCAAATACTGTGCTCTAGGTAAATGCTCT  1045

seq1  CAATCGCTGGAATTC  1062
      |||||||||||||||
seq2  CAATCGCTGGAATTC  1060


seq1: chr7_103393935_103395095
seq2: B6Ng01-285O03.g_68_1236

seq1  GAATTCATGTGAGGATTCGGTGAGTCAGAGTCTGCTAAGGTGCTTAGCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGTGAGGATTCGGTGAGTCAGAGTCTGCTAAGGTGCTTAGCAC  50

seq1  AGGGCCAAGTCTACGGGAAGTCCCCAATAAAGAGCAGCTAGATGCTAACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCCAAGTCTACGGGAAGTCCCCAATAAAGAGCAGCTAGATGCTAACC  100

seq1  ATGAAATGATTAATGTGGCTATGCTGGCTCTGATGAGAGCCTAATGAGCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAATGATTAATGTGGCTATGCTGGCTCTGATGAGAGCCTAATGAGCG  150

seq1  AATGGTTTGGTTTGCTTTTTGGGAAGTGCTGGAGATCAAACTTGGAGCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTTTGGTTTGCTTTTTGGGAAGTGCTGGAGATCAAACTTGGAGCTT  200

seq1  CACGTCAGCGAAATGAGTTTTCTTCCACTGCGTTATACCTGCAGCCTAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTCAGCGAAATGAGTTTTCTTCCACTGCGTTATACCTGCAGCCTAAT  250

seq1  CAACACTTTGAAATTTGTCCCCTTCTGAACCTCACTTGCTTCCTGTTGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACTTTGAAATTTGTCCCCTTCTGAACCTCACTTGCTTCCTGTTGCT  300

seq1  GTGACAAACACTATGACCAAAAGCCAGTTGAGTAGGAAAGTGGTTGCTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAAACACTATGACCAAAAGCCAGTTGAGTAGGAAAGTGGTTGCTTG  350

seq1  GCTTGTTGGTGACAGTTAGTCATTGTCAAAAGCCAAGGCAGGATTTAAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTTGGTGACAGTTAGTCATTGTCAAAAGCCAAGGCAGGATTTAAGG  400

seq1  CAGGAGCTTAAGGCAAAGACCACTGAGGAAGACTGTTTATTAGCTTGCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGCTTAAGGCAAAGACCACTGAGGAAGACTGTTTATTAGCTTGCTT  450

seq1  CTCAAACGTACATGAAGCTATCATTTTTATACATCCCAGCTACCCAGTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAACGTACATGAAGCTATCATTTTTATACATCCCAGCTACCCAGTGA  500

seq1  TGGCACCCCCCCCCACATCAATTAGTAATTAAGAAAATGACCCACAGATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACCCCCCCCCACATCAATTAGTAATTAAGAAAATGACCCACAGATT  550

seq1  TGCCCACAGGCCAGGTTCTGCTGTCAAAACACACTTCGAGATCTTATAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCACAGGCCAGGTTCTGCTGTCAAAACACACTTCGAGATCTTATAAA  600

seq1  CAAATATCAAAACAAACTTCCATTTCTCTCCCTGCATATGTCACTGCCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATATCAAAACAAACTTCCATTTCTCTCCCTGCATATGTCACTGCCTA  650

seq1  ACACTGAAAAATAAAATCACAAGATCTCAAATGAGATAGGCATGCAGGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGAAAAATAAAATCACAAGATCTCAAATGAGATAGGCATGCAGGAG  700

seq1  TCATCAGGCAGTCTTGGCTTAGCTTTACTGCCAGGCTTAGACACAGCAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAGGCAGTCTTGGCTTAGCTTTACTGCCAGGCTTAGACACAGCAAA  750

seq1  GTATTCTCCCTTAACTTCTAGGGCCATTTATTCCCATGTAAATGGAGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTATTCTCCCTTAACTTCTAGGGCCATTTATTCCCATGTAAATGGAGAAA  800

seq1  GTCAGGTCCACGAGTA-TTTTCCAC-AAGGGACTGGTACCAAATGGCTGT  848
      |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGTCCACGAGTATTTTTCCACAAAGGGACTGGTACCAAATGGCTGT  850

seq1  GTGTGGTACCTAAGCATGGTATTAAATGTCGTTGAATCACATGGTGATAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGTACCTAAGCATGGTATTAAATGTCGTTGAATCACATGGTGATAA  900

seq1  AGCTGGTTTCGGTTCCTCTTCATTCTTTGTGATTTAGTCGAGGACGGAGC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGTTTCGGTTCCTCTTCATTCTTTGTGATTTAGTCGAGGACGGAGC  950

seq1  CTG-ATATTGGGGCTGGTAGATATTTAATA-CCTCAGTGACACTCGCTCA  996
      ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTGAATATTGGGGCTGGTAGATATTTAATACCCTCAGTGACACTCGCTCA  1000

seq1  GCTCCCTGTTAACAAAGGCCTGT--GTCTGGGTAAGGAAGCAACAGTATC  1044
      |||||||||||   ||||| |||   ||||||  ||| ||||||||||||
seq2  GCTCCCTGTTA--CAAGGCTTGTTGTTCTGGGGTAGGGAGCAACAGTATC  1048

seq1  CACTTGGTTTCCCTGAAATTTACTCTTCAAC-TCTTT-CTCACTGTCCAC  1092
      ||||| | || |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||
seq2  CACTTTGATTTCCTGAAATTTACTC-TCAACTTCTTTCCTCACTGT-CAC  1096

seq1  ATGAGGATGT--CTCTTAAATGACCACAATGGGATACATGTT-GCTTCTT  1139
      ||||| ||||   |||| ||||||||| || ||||||||||| || ||||
seq2  ATGAGAATGTTCTTCTTTAATGACCAC-ATTGGATACATGTTGGCCTCTT  1145

seq1  AAAATAAATTAATTC----AAGAAAC  1161
      |||   |||||||||     ||||||
seq2  AAA--TAATTAATTCCAGAGAGAAAC  1169


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |