BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-287N18
Chromosome7 (Build37)
Map Location 87,850,670 - 88,025,287
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIqgap1, LOC100042402, Zscan2
Upstream genePlin, Pex11a, EG626359, EG665900, Mesp1, Mesp2, Anpep, Ap3s2, 2610034B18Rik, Zfp710, Idh2, Sema4b, Cib1, D330012F22Rik, LOC100042374, LOC100042379, Ttll13, Ngrn, Vps33b, Prc1, Rccd1, Unc45a, Hddc3, Man2a2, Fes, Furin, LOC384647, Blm, Crtc3
Downstream geneWdr73, Nmb, Sec11a, Zfp592, Alpk3, Slc28a1, EG623286, LOC100043130, Pde8a, EG636544, Rps17, Cpeb1, LOC623355, Ap3b2, BC048679, Fsd2, Whdc1, Homer2, 2610204K14Rik, 3110040N11Rik, Btbd1, Tm6sf1, LOC100043161
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-287N18.bB6Ng01-287N18.g
ACCGA085671GA085672
length1,0261,071
definitionB6Ng01-287N18.b B6Ng01-287N18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,024,270 - 88,025,287)(87,850,670 - 87,851,742)
sequence
gaattccatggagaggccgcctcactatgacttgactcaactgtatagta
aaagcagatctgtgcaacacaagtctgtttagaaccaggtctgagaagcc
cccccaggctctaccacaccataaacttaaggcaggtacaaggtggcaca
tctggttatcgatgctcagttgtttctggatctgggtgctgcttgtttaa
gtgtgtgcagcttgtgaaactaaggcaagctgcacacttttatgtattta
tctgtcatatctcagtaagatctttaaagcaaggggactgtctcaggcta
aagttatagagtggattaacgtgtgaaaggagatggcatggtggcatata
aaactgcagtgccagtacctgggaagcagaggcagaaggcttggcacggt
acgttctgtccctttgcttaagaccagtgtgggctacacgggagacttaa
tgtcagctgagaaactattctagctatgctgcctttctgacaggagctcc
tgcaccttccggggtgcacccaagtctctgttatctggcacctaatagga
ctttatagtttcctaacattgagcacagcaatgacactgcatcctttatt
aaataagccaagggatagaatcaatgaccagcctaaccacctagctggct
ccacagtccaccatcactgccaagaacttccctgctgtctacattaactg
agtctgactagagatgattcgcagtgttctctcatttcttagcccagatg
tgccatgccaagacaggtgccgaaagctggcctggacttacaggtcacac
tggcctcaaactttgtgatcttcctacctctgcttcccaagtgttgggtt
tgacagcatgaggcaccacacctggcttgggtgacaagcatggatggatt
ggttcacaaacagcagttgataagaatctaacccaatattatgtcagtcc
gcctatctgtccctccatttcctttctgcctttgtttttctagaataagg
tttccctattaggccctggctgtcct
gaattctttttttttttaaagatttatttattatatgtgtgtacactgta
gctgtcttcagacactccagaagagggaatcagatttttgttacggatgg
ttgtgagccaccatgtggttgctgggatttgaactcaggacctttggaag
agcagtcggtgctcttaaccgctgagccatctctccagcccctttactgg
aattctgatttgctttacaggagtgagttggttgactcagccataactaa
gcatctttttgtgatcaaaagatgcagtaataattatggtaatatgcaat
gatttctctggctgacttaataattttatgattccacacacccacaccca
cacactgtaattttgaaaccccatttatttacgtgtgttatgacatggca
cacacatgaggggcagagcacaacttttggagggtggactctccctctac
tacatgggtcctgaggcacaaacgaaggccattaggcttggtggcgggta
cctgcaccagctcagccatcttgccagccctgctttgttgtccttacaag
tagctgacaaaataactaaaaataagacatatttttagtcaggcatcacg
ggcagacccctaactccacttgagtgaccaaggcaagcagatgctaagtc
caaagtctgcccaggctatggaacaagttcaaggctaccatggtcaactt
agtgaaaccctgcctcaaaataaaaactgcttaaaaaaaaaaaaaaagtt
tggtttgtctatcacatatatatacacacacatacatatttcgttttttg
aaaacaaggtctcactatgtattcctggctgtcctgggaattcattgtag
atcaggttgacctcgaactcacaaagatctgcttgccttctgccttccaa
gtgctggattaaaggctaaagcccaccataacctggcaaataaataagtt
tatttttaaagggccagagatgtagttcattagtagatgtttgctactat
gctctggccatgctcactctctacattataaaaaattatcagaaaaaaaa
aataccactgtgaagagatgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_88024270_88025287
seq2: B6Ng01-287N18.b_48_1073 (reverse)

seq1  AGGACAGCCAGGGCTAAATAGGAAAACCTTA-TCTAGAAAAAACAAAGCA  49
      ||||||||||||||  |||||| |||||||| ||||||||||  || |||
seq2  AGGACAGCCAGGGCCTAATAGGGAAACCTTATTCTAGAAAAACAAAGGCA  50

seq1  GAAA-GAAATGGA-GGACAGATAGACGGACTGACATATTATTGGGTTAGA  97
      |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  GAAAGGAAATGGAGGGACAGATAGGCGGACTGACATAATATTGGGTTAGA  100

seq1  TTCTTATC-ACTGCTGTTTGTGAACC-ATCCAT-CATGCTTGTCACCCAA  144
      |||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||
seq2  TTCTTATCAACTGCTGTTTGTGAACCAATCCATCCATGCTTGTCACCCAA  150

seq1  GCCAGGTGTGGTGCCTCATGCTTGTC-AACCCAACACTTGGGAAGCAGAG  193
      ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGTGTGGTGCCTCATGC-TGTCAAACCCAACACTTGGGAAGCAGAG  199

seq1  GTAGGAAGATCAC-AAGTTTGAGGCCAGTGTGACCTGTAAGTCCAGGCCA  242
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGAAGATCACAAAGTTTGAGGCCAGTGTGACCTGTAAGTCCAGGCCA  249

seq1  GCTTTCGGCACCTGTCTTGGCATGGCACATCT-GGCTAAGAAATGAGAGA  291
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GCTTTCGGCACCTGTCTTGGCATGGCACATCTGGGCTAAGAAATGAGAGA  299

seq1  ACACTGCGAATCATCTCTAGTCAGACTCAGTTAATGTAGACAGCAGGGAA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGCGAATCATCTCTAGTCAGACTCAGTTAATGTAGACAGCAGGGAA  349

seq1  GTTCTTGGCAGTGATGGTGGACTGTGGAGCCAGCTAGGTGGTTAGGCTGG  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTGGCAGTGATGGTGGACTGTGGAGCCAGCTAGGTGGTTAGGCTGG  399

seq1  TCATTGATTCTATCCCTTGGCTTATTTAATAAAGGATGCAGTGTCATTGC  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGATTCTATCCCTTGGCTTATTTAATAAAGGATGCAGTGTCATTGC  449

seq1  TGTGCTCAATGTTAGGAAACTATAAAGTCCTATTAGGTGCCAGATAACAG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTCAATGTTAGGAAACTATAAAGTCCTATTAGGTGCCAGATAACAG  499

seq1  AGACTTGGGTGCACCCCGGAAGGTGCAGGAGCTCCTGTCAGAAAGGCAGC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTGGGTGCACCCCGGAAGGTGCAGGAGCTCCTGTCAGAAAGGCAGC  549

seq1  ATAGCTAGAATAGTTTCTCAGCTGACATTAAGTCTCCCGTGTAGCCCACA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTAGAATAGTTTCTCAGCTGACATTAAGTCTCCCGTGTAGCCCACA  599

seq1  CTGGTCTTAAGCAAAGGGACAGAACGTACCGTGCCAAGCCTTCTGCCTCT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTTAAGCAAAGGGACAGAACGTACCGTGCCAAGCCTTCTGCCTCT  649

seq1  GCTTCCCAGGTACTGGCACTGCAGTTTTATATGCCACCATGCCATCTCCT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCCAGGTACTGGCACTGCAGTTTTATATGCCACCATGCCATCTCCT  699

seq1  TTCACACGTTAATCCACTCTATAACTTTAGCCTGAGACAGTCCCCTTGCT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACACGTTAATCCACTCTATAACTTTAGCCTGAGACAGTCCCCTTGCT  749

seq1  TTAAAGATCTTACTGAGATATGACAGATAAATACATAAAAGTGTGCAGCT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGATCTTACTGAGATATGACAGATAAATACATAAAAGTGTGCAGCT  799

seq1  TGCCTTAGTTTCACAAGCTGCACACACTTAAACAAGCAGCACCCAGATCC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTAGTTTCACAAGCTGCACACACTTAAACAAGCAGCACCCAGATCC  849

seq1  AGAAACAACTGAGCATCGATAACCAGATGTGCCACCTTGTACCTGCCTTA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACAACTGAGCATCGATAACCAGATGTGCCACCTTGTACCTGCCTTA  899

seq1  AGTTTATGGTGTGGTAGAGCCTGGGGGGGCTTCTCAGACCTGGTTCTAAA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTATGGTGTGGTAGAGCCTGGGGGGGCTTCTCAGACCTGGTTCTAAA  949

seq1  CAGACTTGTGTTGCACAGATCTGCTTTTACTATACAGTTGAGTCAAGTCA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTTGTGTTGCACAGATCTGCTTTTACTATACAGTTGAGTCAAGTCA  999

seq1  TAGTGAGGCGGCCTCTCCATGGAATTC  1018
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAGGCGGCCTCTCCATGGAATTC  1026

seq1: chr7_87850670_87851742
seq2: B6Ng01-287N18.g_66_1136

seq1  GAATTCTTTTTTTTTTTAAAGATTTATTTATTATATGTGTGTACACTGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTTTTTTTTAAAGATTTATTTATTATATGTGTGTACACTGTA  50

seq1  GCTGTCTTCAGACACTCCAGAAGAGGGAATCAGATTTTTGTTACGGATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCTTCAGACACTCCAGAAGAGGGAATCAGATTTTTGTTACGGATGG  100

seq1  TTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTTTGGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTTTGGAAG  150

seq1  AGCAGTCGGTGCTCTTAACCGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCCTTTACTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTCGGTGCTCTTAACCGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCCTTTACTGG  200

seq1  AATTCTGATTTGCTTTACAGGAGTGAGTTGGTTGACTCAGCCATAACTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTGATTTGCTTTACAGGAGTGAGTTGGTTGACTCAGCCATAACTAA  250

seq1  GCATCTTTTTGTGATCAAAAGATGCAGTAATAATTATGGTAATATGCAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTTTTTGTGATCAAAAGATGCAGTAATAATTATGGTAATATGCAAT  300

seq1  GATTTCTCTGGCTGACTTAATAATTTTATGATTCCACACACCCACACCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCTCTGGCTGACTTAATAATTTTATGATTCCACACACCCACACCCA  350

seq1  CACACTGTAATTTTGAAACCCCATTTATTTACGTGTGTTATGACATGGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGTAATTTTGAAACCCCATTTATTTACGTGTGTTATGACATGGCA  400

seq1  CACACATGAGGGGCAGAGCACAACTTTTGGAGGGTGGACTCTCCCTCTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATGAGGGGCAGAGCACAACTTTTGGAGGGTGGACTCTCCCTCTAC  450

seq1  TACATGGGTCCTGAGGCACAAACGAAGGCCATTAGGCTTGGTGGCGGGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGGGTCCTGAGGCACAAACGAAGGCCATTAGGCTTGGTGGCGGGTA  500

seq1  CCTGCACCAGCTCAGCCATCTTGCCAGCCCTGCTTTGTTGTCCTTACAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCACCAGCTCAGCCATCTTGCCAGCCCTGCTTTGTTGTCCTTACAAG  550

seq1  TAGCTGACAAAATAACTAAAAATAAGACATATTTTTAGTCAGGCATCACG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGACAAAATAACTAAAAATAAGACATATTTTTAGTCAGGCATCACG  600

seq1  GGCAGACCCCTAACTCCACTTGAGTGACCAAGGCAAGCAGATGCTAAGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGACCCCTAACTCCACTTGAGTGACCAAGGCAAGCAGATGCTAAGTC  650

seq1  CAAAGTCTGCCCAGGCTATGGAACAAGTTCAAGGCTACCATGGTCAACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTCTGCCCAGGCTATGGAACAAGTTCAAGGCTACCATGGTCAACTT  700

seq1  AGTGAAACCCTGCCTCAAAATAAAAACTGCTT-AAAAAAAAAAAAAAGTT  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGTGAAACCCTGCCTCAAAATAAAAACTGCTTAAAAAAAAAAAAAAAGTT  750

seq1  TGGTTTGTCTATCACATATATATACACACACATACATATTTCGTTTTTTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTGTCTATCACATATATATACACACACATACATATTTCGTTTTTTG  800

seq1  AAAACAAGGTCTCACTATGTATTCCTGGCTGTCCT-GGAATTCATTGTAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AAAACAAGGTCTCACTATGTATTCCTGGCTGTCCTGGGAATTCATTGTAG  850

seq1  ATCAGGTTGACCTCGAACTCACAAAGATCTGCTTGCC-TCTGCCTTCCAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATCAGGTTGACCTCGAACTCACAAAGATCTGCTTGCCTTCTGCCTTCCAA  900

seq1  GTGCTGGGATTAAAGGCTAAAG-CCACCAT-ACCTGGCAAATAAATAAG-  944
      ||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| 
seq2  GTGCT-GGATTAAAGGCTAAAGCCCACCATAACCTGGCAAATAAATAAGT  949

seq1  TTATTTTTAAAGGGCCAGAGATGTAGTTCAATAGTAAGAGTGTTTGCCTA  994
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||| |||
seq2  TTATTTTTAAAGGGCCAGAGATGTAGTTCATTAGT-AGA-TGTTTG-CTA  996

seq1  CTATGCTCTGGGCCATTGGCTCACTCTCTAACATTAT-AAAAATTATCAG  1043
      ||||||||| ||||||  ||||||||||| ||||||| ||||||||||| 
seq2  CTATGCTCT-GGCCAT--GCTCACTCTCT-ACATTATAAAAAATTATCA-  1041

seq1  GGAAAAAAAAAAACCCACTGTG-AGAGATGC  1073
       |||||||||||  |||||||| ||||||||
seq2  -GAAAAAAAAAATACCACTGTGAAGAGATGC  1071