BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-298M17
Chromosome7 (Build37)
Map Location 132,952,412 - 133,110,453
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD430042O09Rik, Gsg1l
Upstream geneEG545999, LOC670828, 4933440M02Rik, LOC100043014, Jmjd5, Nsmce1, EG244214, Il4ra, Il21r, Gtf3c1
Downstream geneXpo6, Sbk1, LOC100043495, Lat, 2210013K02Rik, Nfatc2ip, Cd19, Rabep2, Atp2a1, Sh2b1, Tufm, Atxn2l, Eif3s8, Cln3, Apob48r, Il27, Nupr1, Ccdc101, Sult1a1, LOC629029, Giyd2, Bola2, Coro1a, Snrp1c-ps1, LOC100043044, Mapk3, Gdpd3, Ypel3, Tbx6, Ppp4c, Aldoa, 1500016O10Rik, 4930451I11Rik, Doc2a, Ccdc95, Hirip3, 1110032O16Rik, Kctd13, A830007L07Rik, Sez6l2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-298M17.bB6Ng01-298M17.g
ACCGA093811GA093812
length9791,190
definitionB6Ng01-298M17.b B6Ng01-298M17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(132,952,412 - 132,953,126)(133,109,277 - 133,110,453)
sequence
gaattcaacaacctgaattcaatccccaggacccccaaatggtggaagga
gagaacaaactgtcctctgatctctacagtgcactcacatacatatgcac
acatgcatgcctacacatacaccaatcattcagtcaatatgtaaataagc
aaaataagaatgtagaataaattttgttaggagatgttaatgcattaatg
gtctggccatgcttgtcctgttattcctcatgccctgttttgggtcagga
tctctaattggtctgcaacttaccaagtagagtaggctagctggccagca
agccccaggcatccacaagtctctggctccccagcactgggtttacaatc
tgatactaccctgctcattatttttaattttgtattgtttctttgtgaat
ttcacatcatgcacaccaatcccactcatcttcccccaccttctaccctt
gcaacttctccaacatagaccaacaaatctcattatgaaagctgtagtgt
gtcacagtgtatcccacagtctacccttttgtccacacttctttgcttgc
aaatgtttatcgcaatgacttgttggtctggtatgaggcttacctacaat
ccccacctccagggccagctttcctgtgctgcccaggcaaggttcaaggc
ctgctctcctgagtgctacagctggtgagagtcagggacagctctcctgc
tctcatgaccccagggccaggtctcctgcctgccacaaatagtaggggga
ggaacatatctcgtccttgtccctgctactacccaggagataggtggccc
cttgtcttagtcagggtttctattcctgcacaaacatcatgaccaagaag
taagttggggaggaaagggtttattcggcttacacttccacactgttgtt
catcaccaaggaagtcagactggaactcagcagtcagaagcaggagctga
tgcaaagccatggaggatgtctttactgg
gaattccctgactttcccaaggggaaaactgaggccccccggcagcagat
ggacctccaagccctgccttcggagcttcaaatagagggatgctagcaac
agggctaggtctgttggtccctctgcagtttccctttctggctatcccag
tggacctgcccttgagttcccattctgtaacagagaatgctcaaggagtg
cagtgagcccctagcctgcctctgcctctgccttcctctgagacagcaca
tcccaccctgcagtgcacagagagcctctcaaatgcaggcaggctggggt
ctgtgactccagagattctcctcttgcttcttcaaggccactggcctttt
cttggcagcccacaccttctggtcactgatccccctccatgctgacattt
caaaagaagcagctgtcactgagccattcccagccccagtagactggctc
gcgtcatttacatgatttaacacgctcccttcagggcgcgcgctgccgaa
ctcagcccacagccaccgtgctgtgacttatcgatccaatgtattaaact
gatgaattcttatttatttgttttgaggaaaaagaattgtttttttcccc
cttgaaacaccttggtttcctgtgactttgcaactgttcccctctgttcc
cttgaaagactttatctgtctaagggtgataggctgttatcctagacctg
ggtgatatcacaggggagcattgaggatcatagtaggaagagctaaggct
tcacatagcatgtgcagacagagagggactagcacttgactcaccaatga
gctacctaatccttagagtgggccaggaaatggctgcagagaccccactt
acagaagaaacactgggactcagtagtagtatgtcacctgcccaggctct
ctggtaaagtccaccatccaccactctctgtctagtattgattattatga
cctgattttcatgcatatacaggagctgtagctctgcatggtgatggcta
ctgggcccaatcccagccccccccccaccccgaccaggacaccacctaca
aattgatcagcaacactggctgaactggtgtaatgacagtcacatgcaca
gacacttgcttcccaggaacctataaccgggaaccgaattccctgtcctt
tggacatctcagaaacttctcggctctctcttctggcgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_132952412_132953126
seq2: B6Ng01-298M17.b_49_763

seq1  GAATTCAACAACCTGAATTCAATCCCCAGGACCCCCAAATGGTGGAAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACAACCTGAATTCAATCCCCAGGACCCCCAAATGGTGGAAGGA  50

seq1  GAGAACAAACTGTCCTCTGATCTCTACAGTGCACTCACATACATATGCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACAAACTGTCCTCTGATCTCTACAGTGCACTCACATACATATGCAC  100

seq1  ACATGCATGCCTACACATACACCAATCATTCAGTCAATATGTAAATAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCATGCCTACACATACACCAATCATTCAGTCAATATGTAAATAAGC  150

seq1  AAAATAAGAATGTAGAATAAATTTTGTTAGGAGATGTTAATGCATTAATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAGAATGTAGAATAAATTTTGTTAGGAGATGTTAATGCATTAATG  200

seq1  GTCTGGCCATGCTTGTCCTGTTATTCCTCATGCCCTGTTTTGGGTCAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGGCCATGCTTGTCCTGTTATTCCTCATGCCCTGTTTTGGGTCAGGA  250

seq1  TCTCTAATTGGTCTGCAACTTACCAAGTAGAGTAGGCTAGCTGGCCAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAATTGGTCTGCAACTTACCAAGTAGAGTAGGCTAGCTGGCCAGCA  300

seq1  AGCCCCAGGCATCCACAAGTCTCTGGCTCCCCAGCACTGGGTTTACAATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCAGGCATCCACAAGTCTCTGGCTCCCCAGCACTGGGTTTACAATC  350

seq1  TGATACTACCCTGCTCATTATTTTTAATTTTGTATTGTTTCTTTGTGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACTACCCTGCTCATTATTTTTAATTTTGTATTGTTTCTTTGTGAAT  400

seq1  TTCACATCATGCACACCAATCCCACTCATCTTCCCCCACCTTCTACCCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATCATGCACACCAATCCCACTCATCTTCCCCCACCTTCTACCCTT  450

seq1  GCAACTTCTCCAACATAGACCAACAAATCTCATTATGAAAGCTGTAGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTTCTCCAACATAGACCAACAAATCTCATTATGAAAGCTGTAGTGT  500

seq1  GTCACAGTGTATCCCACAGTCTACCCTTTTGTCCACACTTCTTTGCTTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAGTGTATCCCACAGTCTACCCTTTTGTCCACACTTCTTTGCTTGC  550

seq1  AAATGTTTATCGCAATGACTTGTTGGTCTGGTATGAGGCTTACCTACAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTTATCGCAATGACTTGTTGGTCTGGTATGAGGCTTACCTACAAT  600

seq1  CCCCACCTCCAGGGCCAGCTTTCCTGTGCTGCCCAGGCAAGGTTCAAGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCTCCAGGGCCAGCTTTCCTGTGCTGCCCAGGCAAGGTTCAAGGC  650

seq1  CTGCTCTCCTGAGTGCTACAGCTGGTGAGAGTCAGGGACAGCTCTCCTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTCCTGAGTGCTACAGCTGGTGAGAGTCAGGGACAGCTCTCCTGC  700

seq1  TCTCATGACCCCAGG  715
      |||||||||||||||
seq2  TCTCATGACCCCAGG  715

seq1: chr7_133109277_133110453
seq2: B6Ng01-298M17.g_67_1256 (reverse)

seq1  CACGC----AGA-AGAGCGGAG----TTCTGGGATGTC---AAGACAGGG  38
      |||||    ||| ||||| |||    ||||| ||||||   | |||||||
seq2  CACGCCAGAAGAGAGAGCCGAGAAGTTTCTGAGATGTCCAAAGGACAGGG  50

seq1  AATTTTCGGTTCC--GTTATAGTGTCCTGGG-AGC-AGTG-CTGTGCATG  83
      ||  |||||||||  |||||||  ||||||| ||| |||| |||||||||
seq2  AA--TTCGGTTCCCGGTTATAGGTTCCTGGGAAGCAAGTGTCTGTGCATG  98

seq1  TGACTGTCATTACACAGGTTCAGCAAGTTGTTGCTGATC-ATTTGTAGGT  132
      |||||||||||||||  ||||||| || ||||||||||| ||||||||||
seq2  TGACTGTCATTACACCAGTTCAGCCAG-TGTTGCTGATCAATTTGTAGGT  147

seq1  GGGTGTCCTGGTTGGGG-GTGGGGGGGGCTGGGATTTGGGCCAGTAGCCA  181
       ||||||||||| |||| | |||||||||||||||| || ||||||||||
seq2  -GGTGTCCTGGTCGGGGTGGGGGGGGGGCTGGGATTGGGCCCAGTAGCCA  196

seq1  TCACCATGCAGAGCTACAGCTCCTGTATTATGCATGAAAATCAGGTCATA  231
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCATGCAGAGCTACAGCTCCTGTA-TATGCATGAAAATCAGGTCATA  245

seq1  ATAATCAATACTAAGACAGAGAAGTGTGGATGGTGGACTTTACCAGAGAG  281
      |||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCAATACT-AGACAGAGAGTGGTGGATGGTGGACTTTACCAGAGAG  294

seq1  CCTGGGCAGGTGACATACTACTACTGAGTCCCAGTGTTTCTTCTGTAAGT  331
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGCAGGTGACATACTACTACTGAGTCCCAGTGTTTCTTCTGTAAGT  344

seq1  GGGGTCTCTGCAGCCATTTCCTGGCCCACTCTAAGGATTAGGTAGCTCAT  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCTCTGCAGCCATTTCCTGGCCCACTCTAAGGATTAGGTAGCTCAT  394

seq1  TGGTGAGTCAAGTGCTAGTCCCTCTCTGTCTGCACATGCTATGTGAAGCC  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGAGTCAAGTGCTAGTCCCTCTCTGTCTGCACATGCTATGTGAAGCC  444

seq1  TTAGCTCTTCCTACTATGATCCTCAATGCTCCCCTGTGATATCACCCAGG  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTCTTCCTACTATGATCCTCAATGCTCCCCTGTGATATCACCCAGG  494

seq1  TCTAGGATAACAGCCTATCACCCTTAGACAGATAAAGTCTTTCAAGGGAA  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGATAACAGCCTATCACCCTTAGACAGATAAAGTCTTTCAAGGGAA  544

seq1  CAGAGGGGAACAGTTGCAAAGTCACAGGAAACCAAGGTGTTTCAAGGGGG  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGGGAACAGTTGCAAAGTCACAGGAAACCAAGGTGTTTCAAGGGGG  594

seq1  AAAAAAACAATTCTTTTTCCTCAAAACAAATAAATAAGAATTCATCAGTT  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAACAATTCTTTTTCCTCAAAACAAATAAATAAGAATTCATCAGTT  644

seq1  TAATACATTGGATCGATAAGTCACAGCACGGTGGCTGTGGGCTGAGTTCG  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACATTGGATCGATAAGTCACAGCACGGTGGCTGTGGGCTGAGTTCG  694

seq1  GCAGCGCGCGCCCTGAAGGGAGCGTGTTAAATCATGTAAATGACGCGAGC  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCGCGCGCCCTGAAGGGAGCGTGTTAAATCATGTAAATGACGCGAGC  744

seq1  CAGTCTACTGGGGCTGGGAATGGCTCAGTGACAGCTGCTTCTTTTGAAAT  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTACTGGGGCTGGGAATGGCTCAGTGACAGCTGCTTCTTTTGAAAT  794

seq1  GTCAGCATGGAGGGGGATCAGTGACCAGAAGGTGTGGGCTGCCAAGAAAA  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCATGGAGGGGGATCAGTGACCAGAAGGTGTGGGCTGCCAAGAAAA  844

seq1  GGCCAGTGGCCTTGAAGAAGCAAGAGGAGAATCTCTGGAGTCACAGACCC  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGTGGCCTTGAAGAAGCAAGAGGAGAATCTCTGGAGTCACAGACCC  894

seq1  CAGCCTGCCTGCATTTGAGAGGCTCTCTGTGCACTGCAGGGTGGGATGTG  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTGCCTGCATTTGAGAGGCTCTCTGTGCACTGCAGGGTGGGATGTG  944

seq1  CTGTCTCAGAGGAAGGCAGAGGCAGAGGCAGGCTAGGGGCTCACTGCACT  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCAGAGGAAGGCAGAGGCAGAGGCAGGCTAGGGGCTCACTGCACT  994

seq1  CCTTGAGCATTCTCTGTTACAGAATGGGAACTCAAGGGCAGGTCCACTGG  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAGCATTCTCTGTTACAGAATGGGAACTCAAGGGCAGGTCCACTGG  1044

seq1  GATAGCCAGAAAGGGAAACTGCAGAGGGACCAACAGACCTAGCCCTGTTG  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCCAGAAAGGGAAACTGCAGAGGGACCAACAGACCTAGCCCTGTTG  1094

seq1  CTAGCATCCCTCTATTTGAAGCTCCGAAGGCAGGGCTTGGAGGTCCATCT  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCATCCCTCTATTTGAAGCTCCGAAGGCAGGGCTTGGAGGTCCATCT  1144

seq1  GCTGCCGGGGGGCCTCAGTTTTCCCCTTGGGAAAGTCAGGGAATTC  1177
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCGGGGGGCCTCAGTTTTCCCCTTGGGAAAGTCAGGGAATTC  1190