BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-300L16
Chromosome7 (Build37)
Map Location 138,237,562 - 138,324,571
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDmbt1, 4933402N03Rik, 5430419D17Rik
Upstream geneFgfr2, LOC546005, Ate1, LOC100043163, Nsmce4a, Tacc2, LOC619876, Btbd16, EG434249, Plekha1, Htra1
Downstream geneLOC546006, LOC100043173, Cuzd1, 1700007K09Rik, 1700063I17Rik, 2310057M21Rik, Pstk, Ikzf5, Acadsb, Hmx3, Hmx2, Bub3, LOC677073, LOC100043679, Gpr26, Cpxm2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-300L16.bB6Ng01-300L16.g
ACCGA095230GA095231
length1,1281,091
definitionB6Ng01-300L16.b B6Ng01-300L16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(138,323,448 - 138,324,571)(138,237,562 - 138,238,657)
sequence
gaattcttttcttttcttaggtattttctttatttacatttcaaatgtta
tcacctttcccaggttcccctctggaaaccccctctcccattcctcctcc
tcctgcttctatgaggatgttcccccatccacccacccactcctgcattc
ccctacattggggcatcaagctttcccaggaccaagggcctctcctccca
ttgatgcccaacaaggccatcctctcctacatatgcagctggagtcatgt
gtactcctttgttgatggtttagtccctgggagttctggggggtccagtt
ggttaatattgatgttcttcctatggggttgcaaaccccttcagctcctt
cagtcctttctctaactcctccattgaagacccctgctctcagcccaatg
gttggctgcaagcatctgcctctgttatttgccagactctggcagagcct
ctcaggagacagctatatcaggctcctgtcagatttggataacaaaaaga
tatttggcttctactcagaataagtatggcagggttattgttttcgctgt
tgttgttttgttttgttttaaaatacgtcatggctcctcctagacaaaag
caataacttttctctaacatcattaattgcaagccaaggctgtcccccac
agcaatccccctggtgaacccatctatcactcaacccatatctctactgt
agccattgaaaggtgactctgcttagtagacaaccaagaattcagtcctg
tggtgcagttgggtcatggtacttttacaatagcctaattcattgccagc
tgtttgttaggtgtgcccgctgtgctttcacattgataatgccctggaac
ttatcaagttacccagccattttgccctcttcacagacgaataaccagat
gaggtagtatacagccccaccgagcagaggtatgagtttggcagcaagaa
gagactgcagagatctctaaaggctcctgggagtccagagtaggactgct
gccctttatcaatgcctcatggtgtgtccccttgagtctaagcaccatct
attccctattctgagctgactggaataggctctaccatcatttccatttc
caatttcccaggaataagaaacttagga
gaattcagtgttgctctcagtatttgagaatgttgagggtcagagagttc
aagtgacttgtcttgtggccatcttttattttgttaaatttttatttaat
gtgtttgagtgtattttgtgtagatgtatgtctctggattgcatgtttgc
ctggtccccacacaggtgagaagaaggtgtttaatttccttgatagggag
gtaatgacagtagtgagctttgttgtaggtgctgagaatagaaccactag
tcctctagaacaacaggcagtgcacagaaccactgagccatctttctacc
acttgccttgagtgtgcttcttccctttttatatttactagtgctattta
ttttattccaaagttaattggggagtttgtgaggaaaccaattaaaacat
cctcgggtgaccttcccttgttgatgtaaaggctttcaaggaaaggtatt
atgcaatccatatctgtgagcccaaagatagaaatttacaagagatgctg
ggcacgggaaggtagatgaattacctttgattacagaaaggcatctagtc
ttcaaatgatgtagttagtcactgttatcaggacaatagccccttagatg
tgtgacctcacatcacattccagacaccgaaaaggggattatttcttctt
tgtcttcaggcttgaaggaggctgcaactatgactatatcctggtttatg
atggccctcagtacaattcgtctctcattgctcgggtgtgtgatgggtcc
aatggatctttcacctcaaccggaaacttcatgtccgtagtcttcatcac
agatggcagtgtgacaaggagagggttccaggctcactactactctacag
tcagcacaagtaagttcccttgtgggaatgaaatgtccatgtgggattgg
ggatgtcaaagggactatctgagcctcaactttttctgaacaatggcata
gagtgctacctctgggttccatgctgctgagaaagattgtgcccatagtc
tgggtctgacttggggaaagggtggccagtacttactgatggatgtacat
tgatttcctgtcatcatcaaacctatatgtcaaggtgattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_138323448_138324571
seq2: B6Ng01-300L16.b_45_1172 (reverse)

seq1  TCCTAAGTTTCTTAT--CTGTGAAA-TGGGAATGGAAATGATGGTAGAGC  47
      |||||||||||||||  ||| |||| ||| ||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAGTTTCTTATTCCTGGGAAATTGGAAATGGAAATGATGGTAGAGC  50

seq1  CTATCCAAGTCAGCTCAGAATAGGGAATAGATGGTGCTTAGACTCAAGGG  97
      |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCCAGTCAGCTCAGAATAGGGAATAGATGGTGCTTAGACTCAAGGG  100

seq1  GACACACCATGA-GCATTGAATAAAGGGCAGCAGTCCCTACTCTGGACTC  146
      |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GACACACCATGAGGCATTG-ATAAAGGGCAGCAGT-CCTACTCTGGACTC  148

seq1  CCAGGAGCC-TTAGAGATCTCTGCAGTCTCTTCTTGCTGCCAAACTCATA  195
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAGCCTTTAGAGATCTCTGCAGTCTCTTCTTGCTGCCAAACTCATA  198

seq1  CCTCTGCTCGGT-GGGCTGTATACTACCTCATCTGGTTATTCGTCTGTGA  244
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGCTCGGTGGGGCTGTATACTACCTCATCTGGTTATTCGTCTGTGA  248

seq1  AGAGGGCAAAATGGCTGGGTAACTTGATAAGTTCCAGGGCATTATCAATG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGCAAAATGGCTGGGTAACTTGATAAGTTCCAGGGCATTATCAATG  298

seq1  TGAAAGCACAGCGGGCACACCTAACAAACAGCTGGCAATGAATTAGGCTA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGCACAGCGGGCACACCTAACAAACAGCTGGCAATGAATTAGGCTA  348

seq1  TTGTAAAAGTACCATGACCCAACTGCACCACAGGACTGAATTCTTGGTTG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAAAGTACCATGACCCAACTGCACCACAGGACTGAATTCTTGGTTG  398

seq1  TCTACTAAGCAGAGTCACCTTTCAATGGCTACAGTAGAGATATGGGTTGA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTAAGCAGAGTCACCTTTCAATGGCTACAGTAGAGATATGGGTTGA  448

seq1  GTGATAGATGGGTTCACCAGGGGGATTGCTGTGGGGGACAGCCTTGGCTT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAGATGGGTTCACCAGGGGGATTGCTGTGGGGGACAGCCTTGGCTT  498

seq1  GCAATTAATGATGTTAGAGAAAAGTTATTGCTTTTGTCTAGGAGGAGCCA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTAATGATGTTAGAGAAAAGTTATTGCTTTTGTCTAGGAGGAGCCA  548

seq1  TGACGTATTTTAAAACAAAACAAAACAACAACAGCGAAAACAATAACCCT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACGTATTTTAAAACAAAACAAAACAACAACAGCGAAAACAATAACCCT  598

seq1  GCCATACTTATTCTGAGTAGAAGCCAAATATCTTTTTGTTATCCAAATCT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATACTTATTCTGAGTAGAAGCCAAATATCTTTTTGTTATCCAAATCT  648

seq1  GACAGGAGCCTGATATAGCTGTCTCCTGAGAGGCTCTGCCAGAGTCTGGC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGAGCCTGATATAGCTGTCTCCTGAGAGGCTCTGCCAGAGTCTGGC  698

seq1  AAATAACAGAGGCAGATGCTTGCAGCCAACCATTGGGCTGAGAGCAGGGG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAACAGAGGCAGATGCTTGCAGCCAACCATTGGGCTGAGAGCAGGGG  748

seq1  TCTTCAATGGAGGAGTTAGAGAAAGGACTGAAGGAGCTGAAGGGGTTTGC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAATGGAGGAGTTAGAGAAAGGACTGAAGGAGCTGAAGGGGTTTGC  798

seq1  AACCCCATAGGAAGAACATCAATATTAACCAACTGGACCCCCCAGAACTC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCATAGGAAGAACATCAATATTAACCAACTGGACCCCCCAGAACTC  848

seq1  CCAGGGACTAAACCATCAACAAAGGAGTACACATGACTCCAGCTGCATAT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGACTAAACCATCAACAAAGGAGTACACATGACTCCAGCTGCATAT  898

seq1  GTAGGAGAGGATGGCCTTGTTGGGCATCAATGGGAGGAGAGGCCCTTGGT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGAGAGGATGGCCTTGTTGGGCATCAATGGGAGGAGAGGCCCTTGGT  948

seq1  CCTGGGAAAGCTTGATGCCCCAATGTAGGGGAATGCAGGAGTGGGTGGGT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGAAAGCTTGATGCCCCAATGTAGGGGAATGCAGGAGTGGGTGGGT  998

seq1  GGATGGGGGAACATCCTCATAGAAGCAGGAGGAGGAGGAATGGGAGAGGG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGGGGAACATCCTCATAGAAGCAGGAGGAGGAGGAATGGGAGAGGG  1048

seq1  GGTTTCCAGAGGGGAACCTGGGAAAGGTGATAACATTTGAAATGTAAATA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCCAGAGGGGAACCTGGGAAAGGTGATAACATTTGAAATGTAAATA  1098

seq1  AAGAAAATACCTAAGAAAAGAAAAGAATTC  1124
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAATACCTAAGAAAAGAAAAGAATTC  1128

seq1: chr7_138237562_138238657
seq2: B6Ng01-300L16.g_69_1159

seq1  GAATTCAGTGTTGCTCTCAGTATTTGAGAATGTTGAGGGTCAGAGAGTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGTTGCTCTCAGTATTTGAGAATGTTGAGGGTCAGAGAGTTC  50

seq1  AAGTGACTTGTCTTGTGGCCATCTTTTATTTTGTTAAATTTTTATTTAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGACTTGTCTTGTGGCCATCTTTTATTTTGTTAAATTTTTATTTAAT  100

seq1  GTGTTTGAGTGTATTTTGTGTAGATGTATGTCTCTGGATTGCATGTTTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTGAGTGTATTTTGTGTAGATGTATGTCTCTGGATTGCATGTTTGC  150

seq1  CTGGTCCCCACACAGGTGAGAAGAAGGTGTTTAATTTCCTTGATAGGGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCCCCACACAGGTGAGAAGAAGGTGTTTAATTTCCTTGATAGGGAG  200

seq1  GTAATGACAGTAGTGAGCTTTGTTGTAGGTGCTGAGAATAGAACCACTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGACAGTAGTGAGCTTTGTTGTAGGTGCTGAGAATAGAACCACTAG  250

seq1  TCCTCTAGAACAACAGGCAGTGCACAGAACCACTGAGCCATCTTTCTACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTAGAACAACAGGCAGTGCACAGAACCACTGAGCCATCTTTCTACC  300

seq1  ACTTGCCTTGAGTGTGCTTCTTCCCTTTTTATATTTACTAGTGCTATTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCCTTGAGTGTGCTTCTTCCCTTTTTATATTTACTAGTGCTATTTA  350

seq1  TTTTATTCCAAAGTTAATTGGGGAGTTTGTGAGGAAACCAATTAAAACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTCCAAAGTTAATTGGGGAGTTTGTGAGGAAACCAATTAAAACAT  400

seq1  CCTCGGGTGACCTTCCCTTGTTGATGTAAAGGCTTTCAAGGAAAGGTATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCGGGTGACCTTCCCTTGTTGATGTAAAGGCTTTCAAGGAAAGGTATT  450

seq1  ATGCAATCCATATCTGTGAGCCCAAAGATAGAAATTTACAAGAGATGCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAATCCATATCTGTGAGCCCAAAGATAGAAATTTACAAGAGATGCTG  500

seq1  GGCACGGGAAGGTAGATGAATTACCTTTGATTACAGAAAGGCATCTAGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACGGGAAGGTAGATGAATTACCTTTGATTACAGAAAGGCATCTAGTC  550

seq1  TTCAAATGATGTAGTTAGTCACTGTTATCAGGACAATAGCCCCTTAGATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATGATGTAGTTAGTCACTGTTATCAGGACAATAGCCCCTTAGATG  600

seq1  TGTGACCTCACATCACATTCCAGACACCGAAAAGGGGATTATTTCTTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACCTCACATCACATTCCAGACACCGAAAAGGGGATTATTTCTTCTT  650

seq1  TGTCTTCAGGCTTGAAGGAGGCTGCAACTATGACTATATCCTGGTTTATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTCAGGCTTGAAGGAGGCTGCAACTATGACTATATCCTGGTTTATG  700

seq1  ATGGCCCTCAGTACAATTCGTCTCTCATTGCTCGGGTGTGTGATGGGTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCCTCAGTACAATTCGTCTCTCATTGCTCGGGTGTGTGATGGGTCC  750

seq1  AATGGATCTTTCACCTCAACCGGAAACTTCATGTCCGTAGTCTTCATCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGATCTTTCACCTCAACCGGAAACTTCATGTCCGTAGTCTTCATCAC  800

seq1  AGATGGCAGTGTGACAAGGAGAGGGTTCCAGGCTCACTACTACTCTACAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGCAGTGTGACAAGGAGAGGGTTCCAGGCTCACTACTACTCTACAG  850

seq1  TCAGCACAAGTAAGTTCCCTTGTGGGAATG-AATGTCCATGTGGGATTGG  899
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCAGCACAAGTAAGTTCCCTTGTGGGAATGAAATGTCCATGTGGGATTGG  900

seq1  GGATGTCAAAAGGGACTATCTGAGCCTCAAC-TTTTCTG-ACAATGGCAA  947
      ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |
seq2  GGATGTC-AAAGGGACTATCTGAGCCTCAACTTTTTCTGAACAATGGC-A  948

seq1  TAGAGTGCTA-CTCTGGGTCCCATGCTTGCTGAGAAAGATTGTGGCCCAT  996
      |||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  TAGAGTGCTACCTCTGGGTTCCATGC-TGCTGAGAAAGATTGT-GCCCAT  996

seq1  AGTCTTGGTTCTGACTTGGGGAAAGGGTGGCCAGTACTTACTGATGGGAT  1046
      |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGTC-TGGGTCTGACTTGGGGAAAGGGTGGCCAGTACTTACTGAT-GGAT  1044

seq1  GTACAATGGATTTCCTGTCATCATCAGACACTATATGTCAAAGGTGATTT  1096
      |||| || |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||
seq2  GTAC-ATTGATTTCCTGTCATCATCAAAC-CTATATGTC-AAGGTGATTT  1091