BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-300O21
Chromosome7 (Build37)
Map Location 64,717,099 - 64,809,329
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGabra5
Upstream genep, LOC100040839, Gabrg3
Downstream geneGabrb3, EG668807, LOC434189
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-300O21.bB6Ng01-300O21.g
ACCGA095377GA095378
length1,1481,177
definitionB6Ng01-300O21.b B6Ng01-300O21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(64,808,171 - 64,809,329)(64,717,099 - 64,718,266)
sequence
gaattcaccccaagttaaagagtcaacggtggctaagagagggtggatca
aaagatatgttattcaataccaattgataagccctaaacacatgtacaac
tgtgagcaacactgattggacacaataaactgtttctttttctcttatat
gtttatgtaaataaaaataaaagaggtcatgacataaaatagggcatcag
aggcatggtagaagcaggaggggaaaatgaggaaaggaagttatgtaagt
gttgtttattcttgtatgaaattctcagaatttttcaaaacacggtgtga
tttttttttgaggaagaataaagacatagggaagaaaataggagttcaca
cctaggagaatacaaatgtacatgaaatagtagtcaatacatctttagag
ggagaacaaaggtaattcaggagtgaacatttttcaacaaaagatgctaa
agcaattggtatccaaaacagaggtcttactctttctaaaattatcctaa
aatgggttgtagatctaaacatataataaaatgcacaaacccaggacata
ttatttagaaaaatatatatgacataagactttatgctgacattttagaa
tgtatacaaaaagcataatccatgaaagaaacaatttctagagtgagttt
cattaaaattaaacattttgccctatgaaaagttactatacttaaaatac
acatacagacactcacacagattagggcatgtctttacacagatgtgtct
gataaaagactattagcaaaaatgtccaaaaagtctctttaagcttaaga
gtacaaaaacaaataagcccaattacagcaatatgaatctgtgtgcctaa
aatacgcagcccacacaaaagggttcaatcacaaatttctgtattcctac
catgggatgatccacacaggaagagcttcactgggcctttgggaatgtaa
tctataggggcttcctcttcttgatgattcaaaggtccattctacattac
ttaacaccccaagtgctaaatctagctgtatgattgtagattccacttga
gctcaaaatatgtttgacatatgtcttgtcaagaatattttatagcagta
gctcatcatatgtcaacctgagccacgatagcttattcctgctgtagc

gaattccaccctttaaaattactatacccagtacaagtctgtaatctcaa
cactccagcagttgaggcaggaagattggaaggtcagtgctacattggac
taaatagcaagatcctgcttcaaaatctctcctttcctctcaaacattta
ctattgatatagcatagctcacatttgtttcagaaatgaacacacacaaa
tcttacaacttacttcaagcttcagttgcagagttcatgggttgttctaa
ggataactgattcatttcatatgcttgggtataactagaatgtacatgag
tccaaccaccagaattacactgagctaaaaatgcccatggagctgtgcac
catttatttgtatttttgttcctcttcagctgttgaggagaagatgtcag
caattcttgtttatgttaggaaaatcagcataaatgtaatcgactaaaaa
agctgatgtgttgcttaacaaaaaaggacaagaccattgtgagtctattt
caattaatgactttcttttgttaaaaataatctctagaaaccattttaat
aatgaatgaaggagcagaaacatttaattttatgtgtattatatataccc
caaataaatacactataatagatcaattgtgggggagataaagagaaccc
tgaacagtaaataattgttgtgaaagagaaaggcaaaaacgtgcaaatga
gcttctttctgtaaggcaaactaaaagttcagctctggaaattgcatttc
tttaagtgtatagcataggcagctaaaagtacaacacagtggaaagagct
ttcgctactcatcaaactagagctcaaatccctatggagattataaagtc
cagggtacagtattctttaaaatgtctgaatataaaatgaggaatactat
gtgtgaccacatagtggatgctttcaaaactctagggaaaggaactggaa
ggtatggttcagagtaaagagccacttacttctttaacagaagacttgaa
ttcattcccagccacatggagactcaaccatctaattagttcagttcagg
ggatctgaatgccctctctgatcctcctgcatacctgtacacccatgcca
ctacatgccacctcagcccatggaaaccttatcacataagtaaaatggaa
ggaaccgaactctctaggggaagaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_64808171_64809329
seq2: B6Ng01-300O21.b_47_1194 (reverse)

seq1  GCTACAGGCAGGAATAAGCTATCTGTGCTCAAGTTTTGACAATTATGGAT  50
      |||||| ||||||||||||||||   ||||| |  ||||||  ||| |||
seq2  GCTACA-GCAGGAATAAGCTATCGTGGCTCAGG--TTGACA--TAT-GAT  44

seq1  GAAGCTACTGCTAT-AAATATTCTTGGACAGACATTATGTC-AACATAAT  98
      | |||||||||||| |||||||||||   ||||| |||||| ||||||  
seq2  G-AGCTACTGCTATAAAATATTCTTGACAAGACA-TATGTCAAACATA--  90

seq1  TTTTGAGCTCAAGTGGATTCTACAAATCATAACAGCTAGATTTAGCACTT  148
      ||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGCTCAAGTGGAATCTAC-AATCAT-ACAGCTAGATTTAGCACTT  138

seq1  GGGGTGTTAAGTAAATGTAGAATGGA-CTTTGAATCATCAAGAAGAGGAA  197
      |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGTTAAGT-AATGTAGAATGGACCTTTGAATCATCAAGAAGAGGAA  187

seq1  GCCCCTATAGATTTACATTCCCAAAGG-CCAGTGAAGCTCTTCCTGTGTG  246
      ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTATAGA-TTACATTCCCAAAGGCCCAGTGAAGCTCTTCCTGTGTG  236

seq1  GATCATCCCATGGTAGGAATACAGAAATTTGTGATTGAACCCTTTTGTGT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCATCCCATGGTAGGAATACAGAAATTTGTGATTGAACCCTTTTGTGT  286

seq1  GGGCCTGCGTATTTTAGGCACACAGATTCATATTGCTGTAATTGGGCTTA  346
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGG-CTGCGTATTTTAGGCACACAGATTCATATTGCTGTAATTGGGCTTA  335

seq1  TTTGTTTTTGTACTCTTAAGCTTAAAGAGACTTTTTGGACATTTTTGCTA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTTGTACTCTTAAGCTTAAAGAGACTTTTTGGACATTTTTGCTA  385

seq1  ATAGTCTTTTATCAGACACATCTGTGTAAAGACATGCCCTAATCTGTGTG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCTTTTATCAGACACATCTGTGTAAAGACATGCCCTAATCTGTGTG  435

seq1  AGTGTCTGTATGTGTATTTTAAGTATAGTAACTTTTCATAGGGCAAAATG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCTGTATGTGTATTTTAAGTATAGTAACTTTTCATAGGGCAAAATG  485

seq1  TTTAATTTTAATGAAACTCACTCTAGAAATTGTTTCTTTCATGGATTATG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTTTAATGAAACTCACTCTAGAAATTGTTTCTTTCATGGATTATG  535

seq1  CTTTTTGTATACATTCTAAAATGTCAGCATAAAGTCTTATGTCATATATA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTGTATACATTCTAAAATGTCAGCATAAAGTCTTATGTCATATATA  585

seq1  TTTTTCTAAATAATATGTCCTGGGTTTGTGCATTTTATTATATGTTTAGA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTAAATAATATGTCCTGGGTTTGTGCATTTTATTATATGTTTAGA  635

seq1  TCTACAACCCATTTTAGGATAATTTTAGAAAGAGTAAGACCTCTGTTTTG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAACCCATTTTAGGATAATTTTAGAAAGAGTAAGACCTCTGTTTTG  685

seq1  GATACCAATTGCTTTAGCATCTTTTGTTGAAAAATGTTCACTCCTGAATT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACCAATTGCTTTAGCATCTTTTGTTGAAAAATGTTCACTCCTGAATT  735

seq1  ACCTTTGTTCTCCCTCTAAAGATGTATTGACTACTATTTCATGTACATTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTGTTCTCCCTCTAAAGATGTATTGACTACTATTTCATGTACATTT  785

seq1  GTATTCTCCTAGGTGTGAACTCCTATTTTCTTCCCTATGTCTTTATTCTT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCTCCTAGGTGTGAACTCCTATTTTCTTCCCTATGTCTTTATTCTT  835

seq1  CCTCAAAAAAAAATCACACCGTGTTTTGAAAAATTCTGAGAATTTCATAC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAAAAAAAATCACACCGTGTTTTGAAAAATTCTGAGAATTTCATAC  885

seq1  AAGAATAAACAACACTTACATAACTTCCTTTCCTCATTTTCCCCTCCTGC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATAAACAACACTTACATAACTTCCTTTCCTCATTTTCCCCTCCTGC  935

seq1  TTCTACCATGCCTCTGATGCCCTATTTTATGTCATGACCTCTTTTATTTT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACCATGCCTCTGATGCCCTATTTTATGTCATGACCTCTTTTATTTT  985

seq1  TATTTACATAAACATATAAGAGAAAAAGAAACAGTTTATTGTGTCCAATC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTACATAAACATATAAGAGAAAAAGAAACAGTTTATTGTGTCCAATC  1035

seq1  AGTGTTGCTCACAGTTGTACATGTGTTTAGGGCTTATCAATTGGTATTGA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTGCTCACAGTTGTACATGTGTTTAGGGCTTATCAATTGGTATTGA  1085

seq1  ATAACATATCTTTTGATCCACCCTCTCTTAGCCACCGTTGACTCTTTAAC  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACATATCTTTTGATCCACCCTCTCTTAGCCACCGTTGACTCTTTAAC  1135

seq1  TTGGGGTGAATTC  1159
      |||||||||||||
seq2  TTGGGGTGAATTC  1148


seq1: chr7_64717099_64718266
seq2: B6Ng01-300O21.g_67_1243

seq1  GAATTCCACCCTTTAAAATTACTATACCCAGTACAAGTCTGTAATCTCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACCCTTTAAAATTACTATACCCAGTACAAGTCTGTAATCTCAA  50

seq1  CACTCCAGCAGTTGAGGCAGGAAGATTGGAAGGTCAGTGCTACATTGGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCAGCAGTTGAGGCAGGAAGATTGGAAGGTCAGTGCTACATTGGAC  100

seq1  TAAATAGCAAGATCCTGCTTCAAAATCTCTCCTTTCCTCTCAAACATTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAGCAAGATCCTGCTTCAAAATCTCTCCTTTCCTCTCAAACATTTA  150

seq1  CTATTGATATAGCATAGCTCACATTTGTTTCAGAAATGAACACACACAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGATATAGCATAGCTCACATTTGTTTCAGAAATGAACACACACAAA  200

seq1  TCTTACAACTTACTTCAAGCTTCAGTTGCAGAGTTCATGGGTTGTTCTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACAACTTACTTCAAGCTTCAGTTGCAGAGTTCATGGGTTGTTCTAA  250

seq1  GGATAACTGATTCATTTCATATGCTTGGGTATAACTAGAATGTACATGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAACTGATTCATTTCATATGCTTGGGTATAACTAGAATGTACATGAG  300

seq1  TCCAACCACCAGAATTACACTGAGCTAAAAATGCCCATGGAGCTGTGCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACCACCAGAATTACACTGAGCTAAAAATGCCCATGGAGCTGTGCAC  350

seq1  CATTTATTTGTATTTTTGTTCCTCTTCAGCTGTTGAGGAGAAGATGTCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTATTTGTATTTTTGTTCCTCTTCAGCTGTTGAGGAGAAGATGTCAG  400

seq1  CAATTCTTGTTTATGTTAGGAAAATCAGCATAAATGTAATCGACTAAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCTTGTTTATGTTAGGAAAATCAGCATAAATGTAATCGACTAAAAA  450

seq1  AGCTGATGTGTTGCTTAACAAAAAAGGACAAGACCATTGTGAGTCTATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGATGTGTTGCTTAACAAAAAAGGACAAGACCATTGTGAGTCTATTT  500

seq1  CAATTAATGACTTTCTTTTGTTAAAAATAATCTCTAGAAACCATTTTAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTAATGACTTTCTTTTGTTAAAAATAATCTCTAGAAACCATTTTAAT  550

seq1  AATGAATGAAGGAGCAGAAACATTTAATTTTATGTGTATTATATATACCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAATGAAGGAGCAGAAACATTTAATTTTATGTGTATTATATATACCC  600

seq1  CAAATAAATACACTATAATAGATCAATTGTGGGGGAGATAAAGAGAACCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAAATACACTATAATAGATCAATTGTGGGGGAGATAAAGAGAACCC  650

seq1  TGAACAGTAAATAATTGTTGTGAAAGAGAAAGGCAAAAACGTGCAAATGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAGTAAATAATTGTTGTGAAAGAGAAAGGCAAAAACGTGCAAATGA  700

seq1  GCTTCTTTCTGTAAGGCAAACTAAAAGTTCAGCTCTGGAAATTGCATTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTTTCTGTAAGGCAAACTAAAAGTTCAGCTCTGGAAATTGCATTTC  750

seq1  TTTAAGTGTATAGCATAGGCAGCTAAAAGTACAACACAGTGGAAAGAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGTGTATAGCATAGGCAGCTAAAAGTACAACACAGTGGAAAGAGCT  800

seq1  TTCGCTACTCATCAAACTAGAGCTCAAATCCCTATGGAGATTATAAAGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGCTACTCATCAAACTAGAGCTCAAATCCCTATGGAGATTATAAAGTC  850

seq1  CAGGGTACAGTATTCTTTAAAATGTCTGAATATAAAATGAGGAATACTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTACAGTATTCTTTAAAATGTCTGAATATAAAATGAGGAATACTAT  900

seq1  GTGTGA-CACATAGTGGATGCTTTCAAAACTCTAGGG-AAGGAACTGG-A  947
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
seq2  GTGTGACCACATAGTGGATGCTTTCAAAACTCTAGGGAAAGGAACTGGAA  950

seq1  GGTATGGTTCAGGAGTAAAGAG-CACTTACTTCTTTAACAGAAGACTTGA  996
      ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGGTTCA-GAGTAAAGAGCCACTTACTTCTTTAACAGAAGACTTGA  999

seq1  ATTTCATTCCCAAGCCACATGGAGACTCAACCACCT-ATTAGTCCAGTTT  1045
      | ||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||| ||| ||
seq2  A-TTCATTCCC-AGCCACATGGAGACTCAACCATCTAATTAGTTCAG-TT  1046

seq1  CAGGGGATCTG-ATGCCCTCTTCTGAT-CTCCTGCATACATGTACA-CCA  1092
      ||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||| |||||| |||
seq2  CAGGGGATCTGAATGCCCTC-TCTGATCCTCCTGCATACCTGTACACCCA  1095

seq1  TGCACTTACATGC--ACTCAG-CCATG--AACATATACACATAAAATAAA  1137
      |||   |||||||   ||||| |||||  ||| |   |||||  ||  ||
seq2  TGCCACTACATGCCACCTCAGCCCATGGAAACCTTATCACAT--AAGTAA  1143

seq1  AATTGAAAG-ACAGAA-ACTCTA-GGGAAGAAGA  1168
      ||| ||| | || |||  ||||| ||||||||||
seq2  AATGGAAGGAACCGAACTCTCTAGGGGAAGAAGA  1177


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |