BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-304O21
Chromosome7 (Build37)
Map Location 139,323,027 - 139,474,825
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCpxm2, 4631426J05Rik
Upstream gene5430419D17Rik, LOC546006, LOC100043173, Cuzd1, 1700007K09Rik, 1700063I17Rik, 2310057M21Rik, Pstk, Ikzf5, Acadsb, Hmx3, Hmx2, Bub3, LOC677073, LOC100043679, Gpr26
Downstream geneLOC100043682, LOC100043683, Oat, Nkx1-2, 2310007H09Rik, A930008G19Rik, 2010208K18Rik, C430003P19Rik, Zranb1, Ctbp2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-304O21.bB6Ng01-304O21.g
ACCGA098350GA098351
length1,0961,097
definitionB6Ng01-304O21.b B6Ng01-304O21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(139,473,721 - 139,474,825)(139,323,027 - 139,324,122)
sequence
gaattcacagttgagctgcttgtacagtggggctaatacttgtctttaat
attatcaggacatttaaacccaaccatccacattaaccctaggctggtgt
atggacacagtcagtgtccgctggggtcactctggtcaccaagccaaaag
tgccttgtcctggagcattcctaggaactcagtggggcatatggaatttt
cttctgtcactaaggtggggatatttactgaccacccacccagagtgagg
tccatgctctcctggcctgagcatctctggccctgggcttgtgtggagct
catggcctagcctggctgccttgcctaagcagtctcaaatccagtttgac
caatcagttaatggctgataccctactctgccagcctctgttggtggcag
cttcatttgggtatataggtgaaaggtcacaagctttgcagccaaacaga
tccatggttgtctagtcacctcctgtatcattccacttaggtgcagccta
taggaaccaagcttcctgtgttctgagcctgacaaccaagctagctcgag
ggagcactggctagccgcgtgactctgagtgtgtgtataacccttctgtg
ccttagtttcccacatgtactttgaggctctgcatattgactttggaggg
ttactattaaggacagtcgtatgtggcctcccacacatggctgacactgt
accagtaatcatttcttcctttcactgtttctggtgacactgaaaaccct
gggtctacatgctcccctgggaattcatgcctcagtcactatgttcccca
gagctattttggtgggccagctctgaagcacagcttgaagcctgtaggtt
tcacctgagtgggatggcagatagttactagacagacttgaatggaagag
cctgtgtcccggtgatttgaattaccaccagaatacaaacgagtgttcta
aaagagtttcccctgtagacatactggctcagaaaagaaatcgtctgttg
tgtcacgcagacctttggagtctttttgtgcacgtgaaatcttctgggtg
agactgcatgtgacatgttggaggcccctgcccactatgcctttgt
gaattccattacctcatctgtccctgcaacctccatttctgtcatttata
gtcagactggcagacacacaggtagacagccagatggacagatagctcag
cacaccgaaatgattgctattcaaagcatttcttctagaaaaagaaaaca
tctcctacatataaatattttagttaaaaaaggaactacttgaataaagt
taaatatctattaaaattgcttttctggtgagaaatccccattaaaatac
aggaggtatgggaagaagtgcctataagtgggttatgtcattgactcagg
tctcactgtgactccaaagtttgatccctgccctctagatgggctaggcc
actatgtgcccatggcaacattggagtttcatgtgaattacaactattct
tgtgtacacctacaggagtgtcacagaagaaaccaaaattttctgctccc
tttatccatagtccggctgagctgtgactttggcgggagcccagatcaac
acacgggctcttccagctcatagatggtatcttccatgaacccagcactc
tgacactggaactttttccttattagaaggtgctatctttagatgttttt
gttttgtttggaagcttttcctgtcatccatgcagaagtagctatcggtg
gatccgccctaggagaatacaatgtccttgaaaggcaaagatgaagacat
agaccacatggattagtacgtgctgcttggctgaaggaaaccaactgtgc
ctcattaaacaaagaaggatcactggagggacagaagggacagagtagga
cagagccatcagccaaatagcacaagctacactctgctgccagaggaagg
gacagactctaagggtgccccagccccacatcactcccgtgcaatggaga
tccagctacctgcctgggccaccaggacttgcatgcaatgggctgaaaaa
gtgtaacagaaggcgagatgcaagttcaccgccactgaagtgcctgggac
actgtgtgcagtccctgtccagtgctgatggttaatctgggttcagtgta
ggtcaggggtccacagaggatacagcaaagcagtcacctcatgcagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_139473721_139474825
seq2: B6Ng01-304O21.b_50_1145 (reverse)

seq1  ACAAAGGCATAGTGGGCAAGGGGCTTCAAACATGTTCACATTGCAGTTCT  50
      ||||||||||||||||| |||||| || |||||| ||||| ||||| |||
seq2  ACAAAGGCATAGTGGGC-AGGGGCCTCCAACATG-TCACA-TGCAG-TCT  46

seq1  CACCCAG-AGATTTCCACGTGCAC-AAAAGACTCCAAAGGTCTGCGTGAC  98
      ||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAGAAGATTT-CACGTGCACAAAAAGACTCCAAAGGTCTGCGTGAC  95

seq1  ACAACAGACGATTTTCTTTTTCTGAGCCCAGTATGTCTACAGGGGAAACT  148
      ||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAGACGATTT--CTTTTCTGAG-CCAGTATGTCTACAGGGGAAACT  142

seq1  CTTTTAGAACACTCGTTTTGTTATTTCTGGTGGTAATTCAAATCACCGGG  198
      ||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAGAACACTCG-TTTGT--ATTCTGGTGGTAATTCAAATCACCGGG  189

seq1  ACACAGGCTCTTCCATTCAAGTCTGTCTAGTAACTATCTGCCATCCCACT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGGCTCTTCCATTCAAGTCTGTCTAGTAACTATCTGCCATCCCACT  239

seq1  CAGGTGAAACCTACAGGCTTCAAGCTGTGCTTCAGAGCTGGCCCACCAAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGAAACCTACAGGCTTCAAGCTGTGCTTCAGAGCTGGCCCACCAAA  289

seq1  ATAGCTCTGGGGAACATAGTGACTGAGGCATGAATTCCCAGGGGAGCATG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTCTGGGGAACATAGTGACTGAGGCATGAATTCCCAGGGGAGCATG  339

seq1  TAGACCCAGGGTTTTCAGTGTCACCAGAAACAGTGAAAGGAAGAAATGAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACCCAGGGTTTTCAGTGTCACCAGAAACAGTGAAAGGAAGAAATGAT  389

seq1  TACTGGTACAGTGTCAGCCATGTGTGGGAGGCCACATACGACTGTCCTTA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGTACAGTGTCAGCCATGTGTGGGAGGCCACATACGACTGTCCTTA  439

seq1  ATAGTAACCCTCCAAAGTCAATATGCAGAGCCTCAAAGTACATGTGGGAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTAACCCTCCAAAGTCAATATGCAGAGCCTCAAAGTACATGTGGGAA  489

seq1  ACTAAGGCACAGAAGGGTTATACACACACTCAGAGTCACGCGGCTAGCCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGGCACAGAAGGGTTATACACACACTCAGAGTCACGCGGCTAGCCA  539

seq1  GTGCTCCCTCGAGCTAGCTTGGTTGTCAGGCTCAGAACACAGGAAGCTTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCCCTCGAGCTAGCTTGGTTGTCAGGCTCAGAACACAGGAAGCTTG  589

seq1  GTTCCTATAGGCTGCACCTAAGTGGAATGATACAGGAGGTGACTAGACAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTATAGGCTGCACCTAAGTGGAATGATACAGGAGGTGACTAGACAA  639

seq1  CCATGGATCTGTTTGGCTGCAAAGCTTGTGACCTTTCACCTATATACCCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGATCTGTTTGGCTGCAAAGCTTGTGACCTTTCACCTATATACCCA  689

seq1  AATGAAGCTGCCACCAACAGAGGCTGGCAGAGTAGGGTATCAGCCATTAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGCTGCCACCAACAGAGGCTGGCAGAGTAGGGTATCAGCCATTAA  739

seq1  CTGATTGGTCAAACTGGATTTGAGACTGCTTAGGCAAGGCAGCCAGGCTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTGGTCAAACTGGATTTGAGACTGCTTAGGCAAGGCAGCCAGGCTA  789

seq1  GGCCATGAGCTCCACACAAGCCCAGGGCCAGAGATGCTCAGGCCAGGAGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATGAGCTCCACACAAGCCCAGGGCCAGAGATGCTCAGGCCAGGAGA  839

seq1  GCATGGACCTCACTCTGGGTGGGTGGTCAGTAAATATCCCCACCTTAGTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGACCTCACTCTGGGTGGGTGGTCAGTAAATATCCCCACCTTAGTG  889

seq1  ACAGAAGAAAATTCCATATGCCCCACTGAGTTCCTAGGAATGCTCCAGGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGAAAATTCCATATGCCCCACTGAGTTCCTAGGAATGCTCCAGGA  939

seq1  CAAGGCACTTTTGGCTTGGTGACCAGAGTGACCCCAGCGGACACTGACTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCACTTTTGGCTTGGTGACCAGAGTGACCCCAGCGGACACTGACTG  989

seq1  TGTCCATACACCAGCCTAGGGTTAATGTGGATGGTTGGGTTTAAATGTCC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCATACACCAGCCTAGGGTTAATGTGGATGGTTGGGTTTAAATGTCC  1039

seq1  TGATAATATTAAAGACAAGTATTAGCCCCACTGTACAAGCAGCTCAACTG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAATATTAAAGACAAGTATTAGCCCCACTGTACAAGCAGCTCAACTG  1089

seq1  TGAATTC  1105
      |||||||
seq2  TGAATTC  1096

seq1: chr7_139323027_139324122
seq2: B6Ng01-304O21.g_68_1164

seq1  GAATTCCATTACCTCATCTGTCCCTGCAACCTCCATTTCTGTCATTTATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTACCTCATCTGTCCCTGCAACCTCCATTTCTGTCATTTATA  50

seq1  GTCAGACTGGCAGACACACAGGTAGACAGCCAGATGGACAGATAGCTCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGACTGGCAGACACACAGGTAGACAGCCAGATGGACAGATAGCTCAG  100

seq1  CACACCGAAATGATTGCTATTCAAAGCATTTCTTCTAGAAAAAGAAAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCGAAATGATTGCTATTCAAAGCATTTCTTCTAGAAAAAGAAAACA  150

seq1  TCTCCTACATATAAATATTTTAGTTAAAAAAGGAACTACTTGAATAAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTACATATAAATATTTTAGTTAAAAAAGGAACTACTTGAATAAAGT  200

seq1  TAAATATCTATTAAAATTGCTTTTCTGGTGAGAAATCCCCATTAAAATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATCTATTAAAATTGCTTTTCTGGTGAGAAATCCCCATTAAAATAC  250

seq1  AGGAGGTATGGGAAGAAGTGCCTATAAGTGGGTTATGTCATTGACTCAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGTATGGGAAGAAGTGCCTATAAGTGGGTTATGTCATTGACTCAGG  300

seq1  TCTCACTGTGACTCCAAAGTTTGATCCCTGCCCTCTAGATGGGCTAGGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACTGTGACTCCAAAGTTTGATCCCTGCCCTCTAGATGGGCTAGGCC  350

seq1  ACTATGTGCCCATGGCAACATTGGAGTTTCATGTGAATTACAACTATTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGTGCCCATGGCAACATTGGAGTTTCATGTGAATTACAACTATTCT  400

seq1  TGTGTACACCTACAGGAGTGTCACAGAAGAAACCAAAATTTTCTGCTCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTACACCTACAGGAGTGTCACAGAAGAAACCAAAATTTTCTGCTCCC  450

seq1  TTTATCCATAGTCCGGCTGAGCTGTGACTTTGGCGGGAGCCCAGATCAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCCATAGTCCGGCTGAGCTGTGACTTTGGCGGGAGCCCAGATCAAC  500

seq1  ACACGGGCTCTTCCAGCTCATAGATGGTATCTTCCATGAACCCAGCACTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGGGCTCTTCCAGCTCATAGATGGTATCTTCCATGAACCCAGCACTC  550

seq1  TGACACTGGAACTTTTTCCTTATTAGAAGGTGCTATCTTTAGATGTTTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACTGGAACTTTTTCCTTATTAGAAGGTGCTATCTTTAGATGTTTTT  600

seq1  GTTTTGTTTGGAAGCTTTTCCTGTCATCCATGCAGAAGTAGCTATCGGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTTTGGAAGCTTTTCCTGTCATCCATGCAGAAGTAGCTATCGGTG  650

seq1  GATCCGCCCTAGGAGAATACAATGTCCTTGAAAGGCAAAGATGAAGACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCGCCCTAGGAGAATACAATGTCCTTGAAAGGCAAAGATGAAGACAT  700

seq1  AGACCACATGGATTAGTACGTGCTGCTTGGCTGAAGGAAACCAACTGTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCACATGGATTAGTACGTGCTGCTTGGCTGAAGGAAACCAACTGTGC  750

seq1  CTCATTAAACAAAGAAGGATCACTGGAGGGACAGAAGGGACAGAGTAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTAAACAAAGAAGGATCACTGGAGGGACAGAAGGGACAGAGTAGGA  800

seq1  CAGAGCCATCAGCCAAATAGCACAAGCTACACTCTGCTGCCAGAGGAAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCCATCAGCCAAATAGCACAAGCTACACTCTGCTGCCAGAGGAAGG  850

seq1  GACAGACTCTAAGGGTGCCCCAGCCCCACATCACTCCCGTGCAATGGAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGACTCTAAGGGTGCCCCAGCCCCACATCACTCCCGTGCAATGGAGA  900

seq1  TCCAGCTACCTGCCT-GGCCACCAGGACTTGCATGCAATGGGCTGAAAAA  949
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCTACCTGCCTGGGCCACCAGGACTTGCATGCAATGGGCTGAAAAA  950

seq1  GTGTAACAGAA-GCGAGATGCAAGTTCACCGCCACTGAAGTGCCTGGGAC  998
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAACAGAAGGCGAGATGCAAGTTCACCGCCACTGAAGTGCCTGGGAC  1000

seq1  AACTGTGTGCAGTTCCCTGTCCAGTGCTGATGGTTAATCTGGGTCAAGTG  1048
       ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||
seq2  -ACTGTGTGCAG-TCCCTGTCCAGTGCTGATGGTTAATCTGGGTTCAGTG  1048

seq1  TAGGTCAGGGGT-CACAGA-GATACAGCAAAGCAGTCAACCTCATGCAGG  1096
      |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TAGGTCAGGGGTCCACAGAGGATACAGCAAAGCAGTC-ACCTCATGCAGG  1097