BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-330L23
Chromosome7 (Build37)
Map Location 37,268,054 - 37,406,904
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene2410004F06Rik, Nudt19, Rgs9bp, Ankrd27, Pdcd5, Dpy19l3, zfp507, LOC100043872, EG668988, LOC668507
Downstream geneTshz3, LOC100043874, Zfp536
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-330L23.bB6Ng01-330L23.g
ACCGA117316GA117317
length1,1511,000
definitionB6Ng01-330L23.b B6Ng01-330L23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,268,054 - 37,269,209)(37,405,923 - 37,406,904)
sequence
gaattcctcaaagattaatgagaagattcattttaaggagtcttgaggag
acagacaaagacaatctcaagatggaatttcagtcactccaggacaggag
gaacaggacgcatttgtaaccatgtatcaacttcacctttggggacatga
tgtgttggaggccttagctggcacccctgtcctgagatggaccatttcca
aggaaaggacattatgggagaggtaggcacaagaaggaaagggagctgtg
ggggtctggatgccaaggacctctctgtggcatggctcctgtacccgagg
tcccttcttgcttgggaggaaagctcaaggatgtggctatggcctctgca
ctcccccttgtttcctcttggcagctgctttctcagtaataaaacaaaga
ctttaaaaaacgtgtatgtagggtcttctcgagaatgagaaccacaggac
ccaggttaaccgtcctaacttccaagagggacctcatttccagggctctt
tcctcctgacactcagagggccccttaggagtgaaggcacatccctgagc
tcactagcaggaaggaagtcctccctcactgccctacttcactgccaagc
caactgggagatatctagctgtgtggagggaccaatttgcctcaccgaaa
ctccaaagccagatcccagagctggggccataacgggaatttgtgacact
cggtggggaactttagatccataaaccatagacaatatgtagttgctcat
ctgtgacagacataataaggataatcgtcacttaataagtaatccaaggc
taattaaatgttactaatatccgttgcaaacatctctctctctctttttt
ttcctctcacagttcagagcatcctcctgtactaagggctgtaggagaag
cacatgtacacagaaaaagtgagaaaaacagaaggaaaaaaaaaggccta
tctcccgggagatgggacacatgaatgactttcttcttggaagaactctt
cagtgactatagagacagctggattcagaggcctgaggagcagcaacact
aatgtctacctgtcgacttctgcagtttctggtcaatgcagtaagtacta
gcccgagggcctgcctattatcaggcagtcctgattgctcacctatctgt
g

gaattccagccttggcaactcactgcatgtaaacaaagcatgtgttttag
agttaccctctcagaacttgaacagatggtgtcatgtagatgctgtgagc
tcagacctccatccctatcacttgctgccacaggtatgatagtacaggag
taagagagaggtgatattgccgatggatacagattctgattggctcatgc
tttattttaattatttcttctgctgtcattgatgcttgcatagacatcaa
tgaaacaagcagcagacactattaccactaacataagttctgacactgca
gctcacattatggttctgtggacttactgctgaagcggtccatccaacat
ctcatttagccctccccatttccatgtgacataaggatccttaccaggtg
accatttgtcagatgagcaagcaaatgtatgttcgagggcctctcagaga
agtgaggtgacagtaacaatagtacctttgtaatcaattaaaggtttgtg
ggatgccagggagacaactcattgtttaagagctcttattgctcttgcag
agagcctgggtttagttcccagcatccacatcatggctcataatcatctg
taactccaggtctaggaaatctgatgccctctcctggcctctgcaagaac
aaggcatgcatgcatacatgcatgcacgcaagtgtgtgtatgtgtgtggt
gtgtgtgcgcgcgcgcaagtgcacacacgcactggtctcaaacttataca
cagtgagtagattttcagtcaactcaaacccccaacctaaactcaaccca
accccaacccaacccaattccaagccatctgccctaaaccctactcatct
attactctgaaaagtgtggatagaaaagaccaatgcccagatgcttggga
gaaaaataaacgcaggtcatcgaaagggtatcctgttgagctagaagagg
agctcatctggaggagcttgtggaattttaaggaagggagtggttgttgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_37268054_37269209
seq2: B6Ng01-330L23.b_47_1197

seq1  GAATTCCTCAAAGATTAATGAGAAGATTCATTTTAAGGAGTCTTGAGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCAAAGATTAATGAGAAGATTCATTTTAAGGAGTCTTGAGGAG  50

seq1  ACAGACAAAGACAATCTCAAGATGGAATTTCAGTCACTCCAGGACAGGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACAAAGACAATCTCAAGATGGAATTTCAGTCACTCCAGGACAGGAG  100

seq1  GAACAGGACGCATTTGTAACCATGTATCAACTTCACCTTTGGGGACATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGGACGCATTTGTAACCATGTATCAACTTCACCTTTGGGGACATGA  150

seq1  TGTGTTGGAGGCCTTAGCTGGCACCCCTGTCCTGAGATGGACCATTTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTGGAGGCCTTAGCTGGCACCCCTGTCCTGAGATGGACCATTTCCA  200

seq1  AGGAAAGGACATTATGGGAGAGGTAGGCACAAGAAGGAAAGGGAGCTGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGGACATTATGGGAGAGGTAGGCACAAGAAGGAAAGGGAGCTGTG  250

seq1  GGGGTCTGGATGCCAAGGACCTCTCTGTGGCATGGCTCCTGTACCCGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCTGGATGCCAAGGACCTCTCTGTGGCATGGCTCCTGTACCCGAGG  300

seq1  TCCCTTCTTGCTTGGGAGGAAAGCTCAAGGATGTGGCTATGGCCTCTGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTCTTGCTTGGGAGGAAAGCTCAAGGATGTGGCTATGGCCTCTGCA  350

seq1  CTCCCCCTTGTTTCCTCTTGGCAGCTGCTTTCTCAGTAATAAAACAAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCCTTGTTTCCTCTTGGCAGCTGCTTTCTCAGTAATAAAACAAAGA  400

seq1  CTTTAAAAAACGTGTATGTAGGGTCTTCTCGAGAATGAGAACCACAGGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAAAAACGTGTATGTAGGGTCTTCTCGAGAATGAGAACCACAGGAC  450

seq1  CCAGGTTAACCGTCCTAACTTCCAAGAGGGACCTCATTTCCAGGGCTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTTAACCGTCCTAACTTCCAAGAGGGACCTCATTTCCAGGGCTCTT  500

seq1  TCCTCCTGACACTCAGAGGGCCCCTTAGGAGTGAAGGCACATCCCTGAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCTGACACTCAGAGGGCCCCTTAGGAGTGAAGGCACATCCCTGAGC  550

seq1  TCACTAGCAGGAAGGAAGTCCTCCCTCACTGCCCTACTTCACTGCCAAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTAGCAGGAAGGAAGTCCTCCCTCACTGCCCTACTTCACTGCCAAGC  600

seq1  CAACTGGGAGATATCTAGCTGTGTGGAGGGACCAATTTGCCTCACCGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGGGAGATATCTAGCTGTGTGGAGGGACCAATTTGCCTCACCGAAA  650

seq1  CTCCAAAGCCAGATCCCAGAGCTGGGGCCATAACGGGAATTTGTGACACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAAGCCAGATCCCAGAGCTGGGGCCATAACGGGAATTTGTGACACT  700

seq1  CGGTGGGGAACTTTAGATCCATAAACCATAGACAATATGTAGTTGCTCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTGGGGAACTTTAGATCCATAAACCATAGACAATATGTAGTTGCTCAT  750

seq1  CTGTGACAGACATAATAAGGATAATCGTCACTTAATAAGTAATCCAAGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGACAGACATAATAAGGATAATCGTCACTTAATAAGTAATCCAAGGC  800

seq1  TAATTAAATGTTACTAATATCCGTTGCAAACATCTCTCTCTCTC-TTTTT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TAATTAAATGTTACTAATATCCGTTGCAAACATCTCTCTCTCTCTTTTTT  850

seq1  TTCCTCTCACAGTTCAGAGCATCCTCCTGTACTAAGGGCTGTAGGAGAAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTCACAGTTCAGAGCATCCTCCTGTACTAAGGGCTGTAGGAGAAG  900

seq1  CACATGTACACAGAAAAAGTGAGAAAAACAGAAGG-AAAAAAAAGGCCTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CACATGTACACAGAAAAAGTGAGAAAAACAGAAGGAAAAAAAAAGGCCTA  950

seq1  TCTCCC-GGAGATGGGACACATGAATGACTTTCTTCTTGGAAG-ACTCTT  996
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TCTCCCGGGAGATGGGACACATGAATGACTTTCTTCTTGGAAGAACTCTT  1000

seq1  CAGTGACTATAGAGACAGCTGGGATTCAGA-GCCTGAGGAGCAGGCACAC  1045
      |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||
seq2  CAGTGACTATAGAGACAGCT-GGATTCAGAGGCCTGAGGAGCAGCAACAC  1049

seq1  TAAATGGTCTACCTGTCGACCTCTGCAGGTTTCTGGTCAATGCAGTAAAG  1095
      |||   |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||
seq2  TAA--TGTCTACCTGTCGACTTCTGCA-GTTTCTGGTCAATGCAGT-AAG  1095

seq1  TACTAGCCCCGAGGGCCTGCCTATATACAGGGGCCATGTCTGATTGGCTC  1145
      |||||| |||||||||||||||||   ||||   ||   |||||| ||||
seq2  TACTAG-CCCGAGGGCCTGCCTATTATCAGG---CAGTCCTGATT-GCTC  1140

seq1  ACCTATCTGTG  1156
      |||||||||||
seq2  ACCTATCTGTG  1151


seq1: chr7_37405923_37406904
seq2: B6Ng01-330L23.g_68_1067 (reverse)

seq1  ACAACAACACCCACCTTCCTTAAAA-TCCAC-AGCTCCTCCAG-TGA-CT  46
      ||||||||  |  |||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| ||
seq2  ACAACAACCACTCCCTTCCTTAAAATTCCACAAGCTCCTCCAGATGAGCT  50

seq1  CCTCTTCCTGCTC-ACAGG-TCCCCTT--CATTACCTGCCTTCATTTCTC  92
      |||||||  |||| ||||| | |||||   || |||||| || |||| ||
seq2  CCTCTTCTAGCTCAACAGGATACCCTTTCGATGACCTGCGTTTATTTTTC  100

seq1  TTCCCAGCATCT-GGCATT-GTC-TTTCTAT-CACACTTTTCAGAGT-AT  137
      | || ||||||| |||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| ||
seq2  TCCCAAGCATCTGGGCATTGGTCTTTTCTATCCACACTTTTCAGAGTAAT  150

seq1  AGATGAGTAGGGTTTA-GGCAGATGGCTTGG-ATTGGGTTGGGTT-GGGT  184
      |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||
seq2  AGATGAGTAGGGTTTAGGGCAGATGGCTTGGAATTGGGTTGGGTTGGGGT  200

seq1  TGGGTTGAG-TTAGGTTGTGGGTTTGAGTTGACTGAAAATCTACTCACTG  233
      ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTGAGTTTAGGTTGGGGGTTTGAGTTGACTGAAAATCTACTCACTG  250

seq1  TGTATAAGTTTGAGACCAGTGCGTGTGTGCACTTGCGCGTGCGCACACAC  283
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGTATAAGTTTGAGACCAGTGCGTGTGTGCACTTGCGCGCGCGCACACAC  300

seq1  A-CACACACATACACACACTTGCGTGCATGCATGTATGCATGCATGCCTT  332
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACACACATACACACACTTGCGTGCATGCATGTATGCATGCATGCCTT  350

seq1  GTTCTTGCAGAGGCCAGGAGAGGGCATCAGATTTCCTAGACCTGGAGTTA  382
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTGCAGAGGCCAGGAGAGGGCATCAGATTTCCTAGACCTGGAGTTA  400

seq1  CAGATGATTATGAGCCATGATGTGGATGCTGGGAACTAAACCCAGGCTCT  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGATTATGAGCCATGATGTGGATGCTGGGAACTAAACCCAGGCTCT  450

seq1  CTGCAAGAGCAATAAGAGCTCTTAAACAATGAGTTGTCTCCCTGGCATCC  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAGAGCAATAAGAGCTCTTAAACAATGAGTTGTCTCCCTGGCATCC  500

seq1  CACAAACCTTTAATTGATTACAAAGGTACTATTGTTACTGTCACCTCACT  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAACCTTTAATTGATTACAAAGGTACTATTGTTACTGTCACCTCACT  550

seq1  TCTCTGAGAGGCCCTCGAACATACATTTGCTTGCTCATCTGACAAATGGT  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGAGAGGCCCTCGAACATACATTTGCTTGCTCATCTGACAAATGGT  600

seq1  CACCTGGTAAGGATCCTTATGTCACATGGAAATGGGGAGGGCTAAATGAG  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGGTAAGGATCCTTATGTCACATGGAAATGGGGAGGGCTAAATGAG  650

seq1  ATGTTGGATGGACCGCTTCAGCAGTAAGTCCACAGAACCATAATGTGAGC  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGGATGGACCGCTTCAGCAGTAAGTCCACAGAACCATAATGTGAGC  700

seq1  TGCAGTGTCAGAACTTATGTTAGTGGTAATAGTGTCTGCTGCTTGTTTCA  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTGTCAGAACTTATGTTAGTGGTAATAGTGTCTGCTGCTTGTTTCA  750

seq1  TTGATGTCTATGCAAGCATCAATGACAGCAGAAGAAATAATTAAAATAAA  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGTCTATGCAAGCATCAATGACAGCAGAAGAAATAATTAAAATAAA  800

seq1  GCATGAGCCAATCAGAATCTGTATCCATCGGCAATATCACCTCTCTCTTA  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAGCCAATCAGAATCTGTATCCATCGGCAATATCACCTCTCTCTTA  850

seq1  CTCCTGTACTATCATACCTGTGGCAGCAAGTGATAGGGATGGAGGTCTGA  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGTACTATCATACCTGTGGCAGCAAGTGATAGGGATGGAGGTCTGA  900

seq1  GCTCACAGCATCTACATGACACCATCTGTTCAAGTTCTGAGAGGGTAACT  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACAGCATCTACATGACACCATCTGTTCAAGTTCTGAGAGGGTAACT  950

seq1  CTAAAACACATGCTTTGTTTACATGCAGTGAGTTGCCAAGGCTGGAATTC  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAACACATGCTTTGTTTACATGCAGTGAGTTGCCAAGGCTGGAATTC  1000


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |