BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-331E02
Chromosome7 (Build37)
Map Location 66,522,764 - 66,697,612
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUbe3a
Upstream geneAtp10a, LOC621446, LOC668811, LOC668813, LOC668815, EG668818
Downstream geneLOC100040985, LOC100041010, LOC100041029, LOC100041051, Pwcr1, LOC664788, Snrpn, Snurf, EG664849
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-331E02.bB6Ng01-331E02.g
ACCGA117676GA117677
length1,1701,105
definitionB6Ng01-331E02.b B6Ng01-331E02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,696,459 - 66,697,612)(66,522,764 - 66,523,878)
sequence
gaattccagggatcctttgtgtgtccactgatgtttctatatggtagcca
ggaagacttgtgtgtgctgggctggtagtaatacaagaggtaaccccagg
acagtttctccacaatgaagttgtgccaatagagctccagaaatatgtct
ctctcctctgacctttatttaaaaaagggacaacaagcgccttgacttct
ttccctttcctccttagggaagacattcttccaagtatcaagagagggag
cccttgcttccctggaagacatttcgtcccagcaatcactctccagttcc
atgtgaccattcctactctgagccagttttggaaaggaaggtaagtggtt
ggatttgattaggtgatatccaagtagaggtagccgaattctgtctagga
ctgggtcaatgatgaaaacccaatgtcatgaagaaaagtgatgacataaa
attcatgctcaataggattacgctgaggcccaaccagggcgacagggtta
caagaggtccattgactccttggggggctcttgggtgacttccctgaagt
cctcagatgcccttgccctgtttcccatgagaggaaatgtggacatctag
ggtgcacattggttggcaaacactgcatgccaacaagcacctagtcccac
aatggaaccttgggcatttctgcaaggatcgcaccttgctcatgacaatg
tcttttctggtgttttgcagtcatctcacatgccaccttggaaggcagag
aaacacagataatcaggtaagtggtcagaacatggtaaagcctccacatc
caggtgacctcccccttcatgatttcggctttcaattctcggccagtcgg
tccttttggaatttggggataacaaaattggtatgcaaagggtaccaaag
ggagctcgatttagggctatgttctccggatgtacatcccctggttttgt
aacgttttaagggaatggtgttcaactccctaataattgttttttcataa
tttttgacctacttctcatgggagaggaggaggatgacatttttttggat
attgggcatctcatactttgatgcttacaatttcatggcaaatgacttac
aggaggacacactggcctcctcaaggccttatggacttcttccattcctt
gaacaggtaggcccatgtga
gaattctttattcttctagtgtataatctccttgatgctatctatatata
gttatgaatatcttataactttatcatttttattatgatttacttactat
tcctaagtattcaactatcccgaaattaacttaggacccagcaaataatg
ttattagtgctactgagaacactgaaaattatttctctttattgtcattt
gtggaaaacatcaattagttattaattaattctttcatatagtttatcct
gtctgcattttcttctccctgcactcctctcagttctttcctcctccctt
ccctcatgcttcagatccactaccctcttctttcccgtcattaaagagca
ggcttcccatgaatatcaaccaaacctggcataacaacaagtttcaataa
gattaggcacacacataaccttcccattgagggtggacaaggcaagccat
tgggaggataaagttctcaaaagcaggcaggagagtcggagacatccctt
actttcactgctaattgtcacacaaggacatcaagctatacaaaactata
acatatgcagaagacccaggtcagactccccaattgttgcttcagtctct
gttaaccccttatgagccctgctgagttgattctgtgggctatgtttttg
tggtgtcctttggctcccttcccctcttcagcaggactcttcaagggttt
ggctgtgggtccctgcatctgcttctatcagtttccgtagaatccgtttt
aatggcttcttagaaagtaataaagaagtggaaactattatttaaagagg
aacacttttactggtaggattcacttgattcttataaactaaataaaaaa
ggcatatttttatttaaggactcactatattgtactttgatttccacgaa
gtcagtggaaatatgaataggcaaaagtaactgctacctcctttttgtag
agttttggttatgatatcagaaacggattcacttcattctgaacttactt
tggtttttcttttatgtcctctactcccacctccctttttgttaagtact
aggtagaagaaagaaccttaactcttattcatcttctgagacaagaaaga
aagta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_66696459_66697612
seq2: B6Ng01-331E02.b_45_1214 (reverse)

seq1  TCACATGGGCCTCCCCTGTCAAGGGAAAGGAAGAGTCCCATAAGGCCCT-  49
      ||||||||||||  |||||  | |||| ||||||   |||||||||| | 
seq2  TCACATGGGCCT-ACCTGTTCAAGGAATGGAAGAAGTCCATAAGGCCTTG  49

seq1  -GGAGGCCAGTGTTGTCCTCCTGT-AGTTATTTGCCATGGAATTGTAAGC  97
       ||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||
seq2  AGGAGGCCAGTG-TGTCCTCCTGTAAGTCATTTGCCATGAAATTGTAAGC  98

seq1  ATCAAAGTATGAGATG-CCAATATTC-AAAAAATGTCATCCTCCT-CTCT  144
      |||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||| ||||
seq2  ATCAAAGTATGAGATGCCCAATATCCAAAAAAATGTCATCCTCCTCCTCT  148

seq1  -CCATGAGAAGTAGGTC-AAAATTATGAAAAAACAATTA-TAGGGAGTTG  191
       |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCCATGAGAAGTAGGTCAAAAATTATGAAAAAACAATTATTAGGGAGTTG  198

seq1  AACA-CATT-CCTTAAATCGTTAC-AAACCAGGGGATGTACAT-CGGAGA  237
      |||| |||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||
seq2  AACACCATTCCCTTAAAACGTTACAAAACCAGGGGATGTACATCCGGAGA  248

seq1  ACATAG-CCTAAATCGAGCT-CCTTTGGTA-CCTTTGCATACC-ATTTTG  283
      |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  ACATAGCCCTAAATCGAGCTCCCTTTGGTACCCTTTGCATACCAATTTTG  298

seq1  TTATCCCCAAATTCCAAAAGGACCGACTGGCCGAGAATTGAAAG-CGAAA  332
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTATCCCCAAATTCCAAAAGGACCGACTGGCCGAGAATTGAAAGCCGAAA  348

seq1  TCATGAAGGGGGAGGTCACCTGGATGTGGAGGCTTTACCATGTTCTGACC  382
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAAGGGGGAGGTCACCTGGATGTGGAGGCTTTACCATGTTCTGACC  398

seq1  ACTTACCTGATTATCTGTGTTTCTCTGCCTTCCAAGGTGGCATGTGAGAT  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACCTGATTATCTGTGTTTCTCTGCCTTCCAAGGTGGCATGTGAGAT  448

seq1  GACTGCAAAACACCAGAAAAGACATTGTCATGAGCAAGGTGCGATCCTTG  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCAAAACACCAGAAAAGACATTGTCATGAGCAAGGTGCGATCCTTG  498

seq1  CAGAAATGCCCAAGGTTCCATTGTGGGACTAGGTGCTTGTTGGCATGCAG  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATGCCCAAGGTTCCATTGTGGGACTAGGTGCTTGTTGGCATGCAG  548

seq1  TGTTTGCCAACCAATGTGCACCCTAGATGTCCACATTTCCTCTCATGGGA  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGCCAACCAATGTGCACCCTAGATGTCCACATTTCCTCTCATGGGA  598

seq1  AACAGGGCAAGGGCATCTGAGGACTTCAGGGAAGTCACCCAAGAGCCCCC  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGGCAAGGGCATCTGAGGACTTCAGGGAAGTCACCCAAGAGCCCCC  648

seq1  CAAGGAGTCAATGGACCTCTTGTAACCCTGTCGCCCTGGTTGGGCCTCAG  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAGTCAATGGACCTCTTGTAACCCTGTCGCCCTGGTTGGGCCTCAG  698

seq1  CGTAATCCTATTGAGCATGAATTTTATGTCATCACTTTTCTTCATGACAT  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAATCCTATTGAGCATGAATTTTATGTCATCACTTTTCTTCATGACAT  748

seq1  TGGGTTTTCATCATTGACCCAGTCCTAGACAGAATTCGGCTACCTCTACT  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTTTCATCATTGACCCAGTCCTAGACAGAATTCGGCTACCTCTACT  798

seq1  TGGATATCACCTAATCAAATCCAACCACTTACCTTCCTTTCCAAAACTGG  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATATCACCTAATCAAATCCAACCACTTACCTTCCTTTCCAAAACTGG  848

seq1  CTCAGAGTAGGAATGGTCACATGGAACTGGAGAGTGATTGCTGGGACGAA  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGTAGGAATGGTCACATGGAACTGGAGAGTGATTGCTGGGACGAA  898

seq1  ATGTCTTCCAGGGAAGCAAGGGCTCCCTCTCTTGATACTTGGAAGAATGT  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTTCCAGGGAAGCAAGGGCTCCCTCTCTTGATACTTGGAAGAATGT  948

seq1  CTTCCCTAAGGAGGAAAGGGAAAGAAGTCAAGGCGCTTGTTGTCCCTTTT  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCTAAGGAGGAAAGGGAAAGAAGTCAAGGCGCTTGTTGTCCCTTTT  998

seq1  TTAAATAAAGGTCAGAGGAGAGAGACATATTTCTGGAGCTCTATTGGCAC  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATAAAGGTCAGAGGAGAGAGACATATTTCTGGAGCTCTATTGGCAC  1048

seq1  AACTTCATTGTGGAGAAACTGTCCTGGGGTTACCTCTTGTATTACTACCA  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCATTGTGGAGAAACTGTCCTGGGGTTACCTCTTGTATTACTACCA  1098

seq1  GCCCAGCACACACAAGTCTTCCTGGCTACCATATAGAAACATCAGTGGAC  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGCACACACAAGTCTTCCTGGCTACCATATAGAAACATCAGTGGAC  1148

seq1  ACACAAAGGATCCCTGGAATTC  1154
      ||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAAGGATCCCTGGAATTC  1170

seq1: chr7_66522764_66523878
seq2: B6Ng01-331E02.g_65_1169

seq1  GAATTCTTTATTCTTCTAGTGTATAATCTCCTTGATGCTATCTATATATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTATTCTTCTAGTGTATAATCTCCTTGATGCTATCTATATATA  50

seq1  GTTATGAATATCTTATAACTTTATCATTTTTATTATGATTTACTTACTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGAATATCTTATAACTTTATCATTTTTATTATGATTTACTTACTAT  100

seq1  TCCTAAGTATTCAACTATCCCGAAATTAACTTAGGACCCAGCAAATAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAGTATTCAACTATCCCGAAATTAACTTAGGACCCAGCAAATAATG  150

seq1  TTATTAGTGCTACTGAGAACACTGAAAATTATTTCTCTTTATTGTCATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAGTGCTACTGAGAACACTGAAAATTATTTCTCTTTATTGTCATTT  200

seq1  GTGGAAAACATCAATTAGTTATTAATTAATTCTTTCATATAGTTTATCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAAACATCAATTAGTTATTAATTAATTCTTTCATATAGTTTATCCT  250

seq1  GTCTGCATTTTCTTCTCCCTGCACTCCTCTCAGTTCTTTCCTCCTCCCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCATTTTCTTCTCCCTGCACTCCTCTCAGTTCTTTCCTCCTCCCTT  300

seq1  CCCTCATGCTTCAGATCCACTACCCTCTTCTTTCCCGTCATTAAAGAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCATGCTTCAGATCCACTACCCTCTTCTTTCCCGTCATTAAAGAGCA  350

seq1  GGCTTCCCATGAATATCAACCAAACCTGGCATAACAACAAGTTTCAATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCCCATGAATATCAACCAAACCTGGCATAACAACAAGTTTCAATAA  400

seq1  GATTAGGCACACACATAACCTTCCCATTGAGGGTGGACAAGGCAAGCCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGGCACACACATAACCTTCCCATTGAGGGTGGACAAGGCAAGCCAT  450

seq1  TGGGAGGATAAAGTTCTCAAAAGCAGGCAGGAGAGTCGGAGACATCCCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGGATAAAGTTCTCAAAAGCAGGCAGGAGAGTCGGAGACATCCCTT  500

seq1  ACTTTCACTGCTAATTGTCACACAAGGACATCAAGCTATACAAAACTATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCACTGCTAATTGTCACACAAGGACATCAAGCTATACAAAACTATA  550

seq1  ACATATGCAGAAGACCCAGGTCAGACTCCCCAATTGTTGCTTCAGTCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATGCAGAAGACCCAGGTCAGACTCCCCAATTGTTGCTTCAGTCTCT  600

seq1  GTTAACCCCTTATGAGCCCTGCTGAGTTGATTCTGTGGGCTATGTTTTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAACCCCTTATGAGCCCTGCTGAGTTGATTCTGTGGGCTATGTTTTTG  650

seq1  TGGTGTCCTTTGGCTCCCTTCCCCTCTTCAGCAGGACTCTTCAAGGGTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTCCTTTGGCTCCCTTCCCCTCTTCAGCAGGACTCTTCAAGGGTTT  700

seq1  GGCTGTGGGTCCCTGCATCTGCTTCTATCAGTTTCCGTAGAATCCGTTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTGGGTCCCTGCATCTGCTTCTATCAGTTTCCGTAGAATCCGTTTT  750

seq1  AATGGCTTCTTAGAAAGTAATAAAGAAGTGGAAACTATTATTTAAAGAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCTTCTTAGAAAGTAATAAAGAAGTGGAAACTATTATTTAAAGAGG  800

seq1  AACACTTTTACTGGTAGGATTCACTTGATTCTTATAAACTAAATAAAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTTTTACTGGTAGGATTCACTTGATTCTTATAAACTAAATAAAAAA  850

seq1  GGCATATTTTTATTTAAGGACTCACTATATTGTACTTTGATTTCCACGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATATTTTTATTTAAGGACTCACTATATTGTACTTTGATTTCCACGAA  900

seq1  GTCAGTGG-AATATGAATAGGCAAAAGTAACTGCTACCTCCTTTTTGTAG  949
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTGGAAATATGAATAGGCAAAAGTAACTGCTACCTCCTTTTTGTAG  950

seq1  AGTTTTGGTTATGAATATCAGGAAACGGATTCACTTCATTTCCTGAACTT  999
      ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||  |||||| |
seq2  AGTTTTGGTTATG-ATATCA-GAAACGGATTCACTTCATT--CTGAAC-T  995

seq1  TACTTTGGTTTTTCTTTTATGTTCCTTCCTACTTCCCCACTCCCTTTTTG  1049
      ||||||||||||||||||||| ||||  |||| ||||  |||||||||||
seq2  TACTTTGGTTTTTCTTTTATG-TCCT--CTAC-TCCCACCTCCCTTTTTG  1041

seq1  TTAAAGTACTAAGTAGGAAGAAAGAACCTT-ACTC-TATTCATCTTCTGA  1097
      || |||||||| ||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||
seq2  TT-AAGTACTAGGTA-GAAGAAAGAACCTTAACTCTTATTCATCTTCTGA  1089

seq1  GGACAAAGAGAGAAAGTA  1115
       ||| |||| ||||||||
seq2  -GAC-AAGAAAGAAAGTA  1105