BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-350M19
Chromosome7 (Build37)
Map Location 97,504,902 - 97,627,248
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSytl2, Ccdc89, Crebzf, Tmem126a, Tmem126b, B230218P12Rik
Upstream geneFzd4, Prss23, LOC100040001, Me3, Ccdc81, l7Rn6, Eed, E230029C05Rik, EG384719, 2310010J17Rik, Picalm, Ccdc83
Downstream geneLOC666689, LOC621816, LOC100039943, Dlg2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-350M19.bB6Ng01-350M19.g
ACCGA131366GA131367
length1,1571,167
definitionB6Ng01-350M19.b B6Ng01-350M19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,504,902 - 97,506,061)(97,626,063 - 97,627,248)
sequence
gaattcaaactaggctttggtcctgtttgggagagcctccagagcctata
gtatcagccagacatttctaccactaatacctacagataacagaagagca
gtgttggaaacaatgagaagttgagtgtgctggcaactggggcttgggag
tgccttctgggaaataaatccaaaaagtgacattcctgccctctgccagc
atattgtgtttaagacattaagcaaatatatatggaatgaatgccctgct
tccatgcccagtctgatcatgaacaggtagatttttttccccttctttaa
ttggacagaactgtggttcttctggaaggagaaaaattaagaactaccgc
cagcagcccagcagggactgtctgcttgatcaagagccttaagccatgag
caaactatctgaagcacttgatcctttggtggctgaggcctgggaagtaa
tgatgctgtgcctgtcaggatttgtagatagccttttgtgacggtgtgtg
actaaggaatgtgatgagaatgctcgggtcagaaccacttcttcctaggt
gatcaggagaggcaatactagaggagagtttatgtttggtagacaaagaa
ccacttccttgaagcatacttaagaaagaggaggctaggcccctccagct
ccttccctttccacctgtgcctatgtgcagtcctcatccccagcccagcc
attatgagccccactcacattacctggctaagacagacttgatcatagac
aaggagcatctaagcttgaatgaacccgcttggatttgtgcaacacattg
tctttcaagagttctaagtttcccaagggcttttcattggactttactga
gggtgtctctaagaggatgaagagacagacttggaattctgactttattg
actagaaaggatgtgaaggttagaagactcattgactccaacaccttttt
cccacaaccagcagaagttagggatgctttaggatggcacagtaagtttg
ttgcttagtgtcagttgctcagtgagcgtggatgactatgggaaccttaa
aagcaactctgtactgatggaacttgcctgttccgcctctgtcatctgcc
tcagccacacaacagcatcatgcccctccccttcaaggcttcaggatagt
cgcttgg
gaattctctagatgtaacctacagtttaggtctctaattcaatatcatag
caatcaacataactggacaacattcggatctatactagcccagaacaata
aacttcaaaggtagtctaaatttttattcaaaattctccataaactttat
tactgatgtcatctgtaaaaacataaaggtctcatttcactaagcttctg
tggaacaaagttcatctcagctaaggtgaacccttaagctctctgatcta
taatagaccatgctccaggaaccccatgggattctgatcaaagtgataag
ggttactgaaaggaagaaaagagcaagtatatgctttacttgagggaatt
tcccaaaacatgttactgaataataaaataaactatcaaagttgtgaatt
accacggaagggaagacatacactggaataaactcaaatatgaagtctat
ttttaagtataagaaataaagctatgattttacaaatgttgccttatgtt
acacctacataatcattcaataagtatcaagctcatggggaaaaactcca
ctgtacaagtttctttttaaaagattatttaaactgagctttaaacccca
aacctatagcaccgaatctattctgattacaaatggtgacattaactacc
tggttcattaatttacatatgtctatagtattaccttaactttactataa
taaaatattactgaaaaggtactactgagcagatattcattgcagtaaat
atttactcaaaaccaggcaaaattttgccctgcaatagaatacaatttaa
attacaaaaaccacagccaagaaaaaggaaaatcatatgttatgtatgaa
ccctcatagcccacctttcttcttgactggcattcttgggtctctccact
gactctgggactcaagatctctgagtttcagtctctgcttgatccagctg
aatggagatggaccaggttaactgttgcaaatctcttcacgttcagcttg
atatcagctgagtcttctatttcaaataagaaaaaatgatgctttctcca
cacaacatacactggccagtctccaagaaaaatagcaagttttccagttt
ttggtaaataagtctgatcaagctggaaggttatcttatggcatagaaaa
tgtttaccataaaactc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_97504902_97506061
seq2: B6Ng01-350M19.b_45_1201

seq1  GAATTCAAACTAGGCTTTGGTCCTGTTTGGGAGAGCCTCCAGAGCCTATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACTAGGCTTTGGTCCTGTTTGGGAGAGCCTCCAGAGCCTATA  50

seq1  GTATCAGCCAGACATTTCTACCACTAATACCTACAGATAACAGAAGAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCAGCCAGACATTTCTACCACTAATACCTACAGATAACAGAAGAGCA  100

seq1  GTGTTGGAAACAATGAGAAGTTGAGTGTGCTGGCAACTGGGGCTTGGGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGGAAACAATGAGAAGTTGAGTGTGCTGGCAACTGGGGCTTGGGAG  150

seq1  TGCCTTCTGGGAAATAAATCCAAAAAGTGACATTCCTGCCCTCTGCCAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTCTGGGAAATAAATCCAAAAAGTGACATTCCTGCCCTCTGCCAGC  200

seq1  ATATTGTGTTTAAGACATTAAGCAAATATATATGGAATGAATGCCCTGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGTGTTTAAGACATTAAGCAAATATATATGGAATGAATGCCCTGCT  250

seq1  TCCATGCCCAGTCTGATCATGAACAGGTAGATTTTTTTCCCCTTCTTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGCCCAGTCTGATCATGAACAGGTAGATTTTTTTCCCCTTCTTTAA  300

seq1  TTGGACAGAACTGTGGTTCTTCTGGAAGGAGAAAAATTAAGAACTACCGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGACAGAACTGTGGTTCTTCTGGAAGGAGAAAAATTAAGAACTACCGC  350

seq1  CAGCAGCCCAGCAGGGACTGTCTGCTTGATCAAGAGCCTTAAGCCATGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGCCCAGCAGGGACTGTCTGCTTGATCAAGAGCCTTAAGCCATGAG  400

seq1  CAAACTATCTGAAGCACTTGATCCTTTGGTGGCTGAGGCCTGGGAAGTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTATCTGAAGCACTTGATCCTTTGGTGGCTGAGGCCTGGGAAGTAA  450

seq1  TGATGCTGTGCCTGTCAGGATTTGTAGATAGCCTTTTGTGACGGTGTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCTGTGCCTGTCAGGATTTGTAGATAGCCTTTTGTGACGGTGTGTG  500

seq1  ACTAAGGAATGTGATGAGAATGCTCGGGTCAGAACCACTTCTTCCTAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGGAATGTGATGAGAATGCTCGGGTCAGAACCACTTCTTCCTAGGT  550

seq1  GATCAGGAGAGGCAATACTAGAGGAGAGTTTATGTTTGGTAGACAAAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGGAGAGGCAATACTAGAGGAGAGTTTATGTTTGGTAGACAAAGAA  600

seq1  CCACTTCCTTGAAGCATACTTAAGAAAGAGGAGGCTAGGCCCCTCCAGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTCCTTGAAGCATACTTAAGAAAGAGGAGGCTAGGCCCCTCCAGCT  650

seq1  CCTTCCCTTTCCACCTGTGCCTATGTGCAGTCCTCATCCCCAGCCCAGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCCTTTCCACCTGTGCCTATGTGCAGTCCTCATCCCCAGCCCAGCC  700

seq1  ATTATGAGCCCCACTCACATTACCTGGCTAAGACAGACTTGATCATAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGAGCCCCACTCACATTACCTGGCTAAGACAGACTTGATCATAGAC  750

seq1  AAGGAGCATCTAAGCTTGAATGAACCCGCTTGGATTTGTGCAACACATTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGCATCTAAGCTTGAATGAACCCGCTTGGATTTGTGCAACACATTG  800

seq1  TCTTTCAAGAGTTCTAAGTTTCCCAAGGGCTTTTCATTGGACTTTACTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCAAGAGTTCTAAGTTTCCCAAGGGCTTTTCATTGGACTTTACTGA  850

seq1  GGGTGTCTCTAAGAGGATGAAGAGACAGACTTGGAATTCTGACTTTATTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTCTCTAAGAGGATGAAGAGACAGACTTGGAATTCTGACTTTATTG  900

seq1  ACTAG-AAGGATGTGAAGGTTAGAAGACTCATTGACTCCAACACC-TTTT  948
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACTAGAAAGGATGTGAAGGTTAGAAGACTCATTGACTCCAACACCTTTTT  950

seq1  CCCACAACCAGCAGAAGTTAGGGATGCTTTAGGATGGCACCAGTAAGTTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCCACAACCAGCAGAAGTTAGGGATGCTTTAGGATGGCA-CAGTAAGTTT  999

seq1  GTTGCTTAGGTGTCAGTTGCTCAGTGAGCGTGGATGACTATGGAACCTTT  1048
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||
seq2  GTTGCTTA-GTGTCAGTTGCTCAGTGAGCGTGGATGACTATGGGAACCTT  1048

seq1  AAAAGCAACCTCTGTACTGATGGGACTTGCCTGTGCCGCCTCTGTTCATC  1098
      |||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||| 
seq2  AAAAGCAA-CTCTGTACTGATGGAACTTGCCTGTTCCGCCTCTG-TCAT-  1095

seq1  CTGCCTCAG-CACAC-ACAGCATCATGCCCCCTCCCCTTCCAGGCTTTCA  1146
      ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||
seq2  CTGCCTCAGCCACACAACAGCATCATG-CCCCTCCCCTTCAAGGC-TTCA  1143

seq1  GGATAGTCGCTTGG  1160
      ||||||||||||||
seq2  GGATAGTCGCTTGG  1157

seq1: chr7_97626063_97627248
seq2: B6Ng01-350M19.g_66_1232 (reverse)

seq1  GAGTTTTA--GT-AACATTTTCTATG-CATAAGATAACTTTCTCAGCTTT  46
      ||||||||  || ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| 
seq2  GAGTTTTATGGTAAACATTTTCTATGCCATAAGATAACCTTC-CAGCTT-  48

seq1  TAAAACAAGAATATATATTTTACAAAAATTGAAAAACTTGCTATTTTTTT  96
          |  ||| |   |||||  |||||| || ||||||||||||||||  
seq2  ---GATCAGACT---TATTTACCAAAAACTGGAAAACTTGCTATTTTT--  90

seq1  CTTTGAAGACCTTGGGCAGTGTAATGTTTGGTTGTGGAGAAAGGCATCAT  146
        ||| ||||  ||| |||||| |||||    |||||||||| |||||||
seq2  -CTTGGAGAC--TGGCCAGTGT-ATGTT---GTGTGGAGAAA-GCATCAT  132

seq1  TTTTTTCTTTATTTGAAATAGAAGACTCAGCCTGGATATCAAGGCTGAAC  196
      |||||   |||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||
seq2  TTTTT--CTTATTTGAAATAGAAGACTCAGC--TGATATCAA-GCTGAAC  177

seq1  GGTGAAGAGATTTGCAACAGTTAACCTGGTTCCATCTCCATTCAGCTGGA  246
       |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  -GTGAAGAGATTTGCAACAGTTAACCTGG-TCCATCTCCATTCAGCTGGA  225

seq1  TCAAGCAGAGACTGAAACTCAGAGATCTTGAGT-CCAGAGTCAGTGGAGA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TCAAGCAGAGACTGAAACTCAGAGATCTTGAGTCCCAGAGTCAGTGGAGA  275

seq1  GACCCAAGAATGCCAGTCAAGAAGAAAGGTGGGCTATGA-GGTTCATACA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GACCCAAGAATGCCAGTCAAGAAGAAAGGTGGGCTATGAGGGTTCATACA  325

seq1  TAACATATGATTTTCCTTTTTCTTGGCTGTGGTTTTTGTAATTTAAATTG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATATGATTTTCCTTTTTCTTGGCTGTGGTTTTTGTAATTTAAATTG  375

seq1  TATTCTATTGCAGGGCAAAATTTTGCCTGGTTTTGAGTAAATATTTACTG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTATTGCAGGGCAAAATTTTGCCTGGTTTTGAGTAAATATTTACTG  425

seq1  CAATGAATATCTGCTCAGTAGTACCTTTTCAGTAATATTTTATTATAGTA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGAATATCTGCTCAGTAGTACCTTTTCAGTAATATTTTATTATAGTA  475

seq1  AAGTTAAGGTAATACTATAGACATATGTAAATTAATGAACCAGGTAGTTA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAAGGTAATACTATAGACATATGTAAATTAATGAACCAGGTAGTTA  525

seq1  ATGTCACCATTTGTAATCAGAATAGATTCGGTGCTATAGGTTTGGGGTTT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCACCATTTGTAATCAGAATAGATTCGGTGCTATAGGTTTGGGGTTT  575

seq1  AAAGCTCAGTTTAAATAATCTTTTAAAAAGAAACTTGTACAGTGGAGTTT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTCAGTTTAAATAATCTTTTAAAAAGAAACTTGTACAGTGGAGTTT  625

seq1  TTCCCCATGAGCTTGATACTTATTGAATGATTATGTAGGTGTAACATAAG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCATGAGCTTGATACTTATTGAATGATTATGTAGGTGTAACATAAG  675

seq1  GCAACATTTGTAAAATCATAGCTTTATTTCTTATACTTAAAAATAGACTT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACATTTGTAAAATCATAGCTTTATTTCTTATACTTAAAAATAGACTT  725

seq1  CATATTTGAGTTTATTCCAGTGTATGTCTTCCCTTCCGTGGTAATTCACA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTTGAGTTTATTCCAGTGTATGTCTTCCCTTCCGTGGTAATTCACA  775

seq1  ACTTTGATAGTTTATTTTATTATTCAGTAACATGTTTTGGGAAATTCCCT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGATAGTTTATTTTATTATTCAGTAACATGTTTTGGGAAATTCCCT  825

seq1  CAAGTAAAGCATATACTTGCTCTTTTCTTCCTTTCAGTAACCCTTATCAC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTAAAGCATATACTTGCTCTTTTCTTCCTTTCAGTAACCCTTATCAC  875

seq1  TTTGATCAGAATCCCATGGGGTTCCTGGAGCATGGTCTATTATAGATCAG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATCAGAATCCCATGGGGTTCCTGGAGCATGGTCTATTATAGATCAG  925

seq1  AGAGCTTAAGGGTTCACCTTAGCTGAGATGAACTTTGTTCCACAGAAGCT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTTAAGGGTTCACCTTAGCTGAGATGAACTTTGTTCCACAGAAGCT  975

seq1  TAGTGAAATGAGACCTTTATGTTTTTACAGATGACATCAGTAATAAAGTT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAAATGAGACCTTTATGTTTTTACAGATGACATCAGTAATAAAGTT  1025

seq1  TATGGAGAATTTTGAATAAAAATTTAGACTACCTTTGAAGTTTATTGTTC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAGAATTTTGAATAAAAATTTAGACTACCTTTGAAGTTTATTGTTC  1075

seq1  TGGGCTAGTATAGATCCGAATGTTGTCCAGTTATGTTGATTGCTATGATA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTAGTATAGATCCGAATGTTGTCCAGTTATGTTGATTGCTATGATA  1125

seq1  TTGAATTAGAGACCTAAACTGTAGGTTACATCTAGAGAATTC  1186
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATTAGAGACCTAAACTGTAGGTTACATCTAGAGAATTC  1167