BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-006O03
Chromosome8 (Build37)
Map Location 55,452,811 - 55,601,975
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAga, Neil3, LOC100040107, Vegfc
Downstream geneSpcs3, Asb5, Spata4, Wdr17, Gpm6a, LOC667624, LOC100040156, LOC100040382, LOC100040392, EG546212
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-006O03.bB6Ng01-006O03.g
ACCDH843616DH843617
length8631,006
definitionDH843616|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006O03, 5' end.DH843617|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006O03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,452,811 - 55,453,673)(55,600,970 - 55,601,975)
sequence
gaattctccataaaaattcctatgggcaaagttccaagagtgtccattgg
gctgaatacatgggtacttggaagatggagcacaagagaggccagcaggc
aactctgttcaacacctctggtacttcatcctatgcaacctttccattgt
atcctgatgtaataaccaggaaatgtctgttcttgacttccatgagccac
ttgaggaaagtaaccaaatatgtggtgggaattgtggtgacctcaattta
taattgatacacagaaatattggtaatgcaaagcttgagactggcatttg
agcagcagaagcagagttttgatagactgaaacaagacttgtagtatcta
atgctgatcctgggtggataatatcaaaattgaattatattagagaacaa
caagctgtgttggttgtcatggatatacattgctaaagcatagaccaagt
ccaggaatgtctttgaaatgtcaccataatcagcctccacaggcagacac
cattgcatacactaccaagattttgctaaaaggacactgatatagctgtc
tcttgtgagactacgccaagcaaacacagaagtagatgctcatagtcagc
tattggatggatcacagagcccccaatggaggagctagagaaagtaccca
aggagctggggggatctggaaccctataggtggaacaatataaactaacc
agtactccccagagcttgtgactctagctgcatatgtatcagaagatggc
ctagtcggccatcagtggaaagagaggcccattggttgtgcaaacattat
atgcctcagtacaggggaacgccagggccaagaagtgggactgggtgggt
gggggactgggtg
gaattctcataaagacttcagaggagtcataaagaacctgagaatatttg
tatctgaacgtggacagagccacatcagtacaagcctaaaagcagacgaa
agctgtactatttttatttttggatctctttatttattatttcactttta
ttgaaatagatactcctctcatacaatacattctgattacaatttcccct
cccctcactcctcacaacccccactcccatctcccctctctcccagatcc
ggtctccttccatttttctctttagaaaagtgcaggtctccaagagaaac
agacagacaggataaagaaagacacaataaaacaagatgaaagccctcat
atcaagactgggacaaggaggagataaggcacaagcagacaaaagagtca
aagacacccgttcccacttaggacttcggcataaaacagatcactctaga
gtgcattattcctgcagtctgcagaagtgcacagctagtgaaaccagcct
actggagatttcgatggctacaggatttaagccttggtagagaacacttg
gtacaagtgtagagaagtgcacagggtagtttttggaacacttgctaagg
ccattgtcaaattatctccattgtcaaggctttatgccatagtatgattc
tgggtgaggtgtgcctttgttctatgaggggtaatcatgaggagatagga
agtgcaactccatcttggacatgacctgaaaggtctctttagaaggattg
atttgcgtgcggagaacacagctgatgctttaatacagcctgcctccatt
tagagtcccgagctcctcctgactgaagaacagtgctttctgaatacacc
taagatgagaaatcagggaatccaggccagtgcatatacgttgtatcctg
aaaacttttcctacgcgtaaattcttcagtatgcattgcttcacttggtg
tttgcaacccttagtttggccaagtgggcagtgtccagggcctatcctag
ggttga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_55452811_55453673
seq2: B6Ng01-006O03.b_42_904

seq1  GAATTCTCCATAAAAATTCCTATGGGCAAAGTTCCAAGAGTGTCCATTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCATAAAAATTCCTATGGGCAAAGTTCCAAGAGTGTCCATTGG  50

seq1  GCTGAATACATGGGTACTTGGAAGATGGAGCACAAGAGAGGCCAGCAGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAATACATGGGTACTTGGAAGATGGAGCACAAGAGAGGCCAGCAGGC  100

seq1  AACTCTGTTCAACACCTCTGGTACTTCATCCTATGCAACCTTTCCATTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTGTTCAACACCTCTGGTACTTCATCCTATGCAACCTTTCCATTGT  150

seq1  ATCCTGATGTAATAACCAGGAAATGTCTGTTCTTGACTTCCATGAGCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGATGTAATAACCAGGAAATGTCTGTTCTTGACTTCCATGAGCCAC  200

seq1  TTGAGGAAAGTAACCAAATATGTGGTGGGAATTGTGGTGACCTCAATTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGAAAGTAACCAAATATGTGGTGGGAATTGTGGTGACCTCAATTTA  250

seq1  TAATTGATACACAGAAATATTGGTAATGCAAAGCTTGAGACTGGCATTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGATACACAGAAATATTGGTAATGCAAAGCTTGAGACTGGCATTTG  300

seq1  AGCAGCAGAAGCAGAGTTTTGATAGACTGAAACAAGACTTGTAGTATCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCAGAAGCAGAGTTTTGATAGACTGAAACAAGACTTGTAGTATCTA  350

seq1  ATGCTGATCCTGGGTGGATAATATCAAAATTGAATTATATTAGAGAACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGATCCTGGGTGGATAATATCAAAATTGAATTATATTAGAGAACAA  400

seq1  CAAGCTGTGTTGGTTGTCATGGATATACATTGCTAAAGCATAGACCAAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTGTGTTGGTTGTCATGGATATACATTGCTAAAGCATAGACCAAGT  450

seq1  CCAGGAATGTCTTTGAAATGTCACCATAATCAGCCTCCACAGGCAGACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAATGTCTTTGAAATGTCACCATAATCAGCCTCCACAGGCAGACAC  500

seq1  CATTGCATACACTACCAAGATTTTGCTAAAAGGACACTGATATAGCTGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCATACACTACCAAGATTTTGCTAAAAGGACACTGATATAGCTGTC  550

seq1  TCTTGTGAGACTACGCCAAGCAAACACAGAAGTAGATGCTCATAGTCAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTGAGACTACGCCAAGCAAACACAGAAGTAGATGCTCATAGTCAGC  600

seq1  TATTGGATGGATCACAGAGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGATGGATCACAGAGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCA  650

seq1  AGGAGCTGGGGGGATCTGGAACCCTATAGGTGGAACAATATAAACTAACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCTGGGGGGATCTGGAACCCTATAGGTGGAACAATATAAACTAACC  700

seq1  AGTACTCCCCAGAGCTTGTGACTCTAGCTGCATATGTATCAGAAGATGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTCCCCAGAGCTTGTGACTCTAGCTGCATATGTATCAGAAGATGGC  750

seq1  CTAGTCGGCCATCAGTGGAAAGAGAGGCCCATTGGTTGTGCAAACATTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTCGGCCATCAGTGGAAAGAGAGGCCCATTGGTTGTGCAAACATTAT  800

seq1  ATGCCTCAGTACAGGGGAACGCCAGGGCCAAGAAGTGGGACTGGGTGGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTCAGTACAGGGGAACGCCAGGGCCAAGAAGTGGGACTGGGTGGGT  850

seq1  GGGGGACTGGGTG  863
      |||||||||||||
seq2  GGGGGACTGGGTG  863

seq1: chr8_55600970_55601975
seq2: B6Ng01-006O03.g_68_1073 (reverse)

seq1  TCAA-CCTAGGATA-GCACTGGACACTTGCCAACTTGGCCAAAACTAAGG  48
      |||| ||||||||| || |||||||| |||| |||||||| |||||||||
seq2  TCAACCCTAGGATAGGCCCTGGACAC-TGCCCACTTGGCC-AAACTAAGG  48

seq1  TTTGCAAACACCAAGTGGAAGCAATGCATAACTGAAGAATTTACGCGTAG  98
       ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCAAACACCAAGT-GAAGCAATGCAT-ACTGAAGAATTTACGCGTAG  96

seq1  GAAAAG-TTTCAGGATACAACGTATAATGCACTGGCCTGGATTCCCTGAT  147
      |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGTTTTCAGGATACAACGTAT-ATGCACTGGCCTGGATTCCCTGAT  145

seq1  TTCTCATCTTAGGTGTATTCAGAAAGCACTGTTCTTCAGTCAGGAGGAGC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCATCTTAGGTGTATTCAGAAAGCACTGTTCTTCAGTCAGGAGGAGC  195

seq1  TCGGGACTCTAAATGGAGGCAGGCTGTATTTAAGCATCAGCTGTGTTCTC  247
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCGGGACTCTAAATGGAGGCAGGCTGTATTAAAGCATCAGCTGTGTTCTC  245

seq1  CGCACGC-AATCAATCCTTCTAAAGAGACC-TTCAGGTCATGTCCAAGAT  295
      ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CGCACGCAAATCAATCCTTCTAAAGAGACCTTTCAGGTCATGTCCAAGAT  295

seq1  GGAGTTGCACTTCCTATCTCCTCATGATTACCCCTCATAGAACAAAGGCA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTGCACTTCCTATCTCCTCATGATTACCCCTCATAGAACAAAGGCA  345

seq1  CACCTCACCCAGAATCATACTATGGCATAAAGCCTTGACAATGGAGATAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCACCCAGAATCATACTATGGCATAAAGCCTTGACAATGGAGATAA  395

seq1  TTTGACAATGGCCTTAGCAAGTGTTCCAAAAACTACCCTGTGCACTTCTC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACAATGGCCTTAGCAAGTGTTCCAAAAACTACCCTGTGCACTTCTC  445

seq1  TACACTTGTACCAAGTGTTCTCTACCAAGGCTTAAATCCTGTAGCCATCG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTTGTACCAAGTGTTCTCTACCAAGGCTTAAATCCTGTAGCCATCG  495

seq1  AAATCTCCAGTAGGCTGGTTTCACTAGCTGTGCACTTCTGCAGACTGCAG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTCCAGTAGGCTGGTTTCACTAGCTGTGCACTTCTGCAGACTGCAG  545

seq1  GAATAATGCACTCTAGAGTGATCTGTTTTATGCCGAAGTCCTAAGTGGGA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAATGCACTCTAGAGTGATCTGTTTTATGCCGAAGTCCTAAGTGGGA  595

seq1  ACGGGTGTCTTTGACTCTTTTGTCTGCTTGTGCCTTATCTCCTCCTTGTC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGGTGTCTTTGACTCTTTTGTCTGCTTGTGCCTTATCTCCTCCTTGTC  645

seq1  CCAGTCTTGATATGAGGGCTTTCATCTTGTTTTATTGTGTCTTTCTTTAT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCTTGATATGAGGGCTTTCATCTTGTTTTATTGTGTCTTTCTTTAT  695

seq1  CCTGTCTGTCTGTTTCTCTTGGAGACCTGCACTTTTCTAAAGAGAAAAAT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCTGTCTGTTTCTCTTGGAGACCTGCACTTTTCTAAAGAGAAAAAT  745

seq1  GGAAGGAGACCGGATCTGGGAGAGAGGGGAGATGGGAGTGGGGGTTGTGA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGAGACCGGATCTGGGAGAGAGGGGAGATGGGAGTGGGGGTTGTGA  795

seq1  GGAGTGAGGGGAGGGGAAATTGTAATCAGAATGTATTGTATGAGAGGAGT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGAGGGGAGGGGAAATTGTAATCAGAATGTATTGTATGAGAGGAGT  845

seq1  ATCTATTTCAATAAAAGTGAAATAATAAATAAAGAGATCCAAAAATAAAA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATTTCAATAAAAGTGAAATAATAAATAAAGAGATCCAAAAATAAAA  895

seq1  ATAGTACAGCTTTCGTCTGCTTTTAGGCTTGTACTGATGTGGCTCTGTCC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTACAGCTTTCGTCTGCTTTTAGGCTTGTACTGATGTGGCTCTGTCC  945

seq1  ACGTTCAGATACAAATATTCTCAGGTTCTTTATGACTCCTCTGAAGTCTT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTCAGATACAAATATTCTCAGGTTCTTTATGACTCCTCTGAAGTCTT  995

seq1  TATGAGAATTC  1006
      |||||||||||
seq2  TATGAGAATTC  1006