BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-012J16
Chromosome8 (Build37)
Map Location 4,496,945 - 4,655,296
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLass4, Vmn2r-ps89, EG633533, BC003267, LOC665021, EG623133
Upstream geneZfp358, Mcoln1, Pnpla6, C330021F23Rik, 2310057J16Rik, Xab2, Pcp2, Stxbp2, Retn, 1810033B17Rik, LOC664858, Trappc5, Fcer2a, Clec4g, Cd209a, LOC664870, Cd209e, Cd209d, Cd209b, Cd209c, LOC664888, EG384770, EG664905, LOC664915, LOC664922, LOC631071, Cd209f, Cd209g, B130050I23Rik, BC068157, Lrrc8e, Map2k7, LOC100039590, Snapc2, Ctxn1, Timm44, Elavl1, Ccl25, LOC664977, Ppia-ps8_36.1
Downstream geneEG665044, EG623223, LOC100040234, Shcbp1, EG622568, LOC669393, EG631359, LOC100039687, LOC436026, Slc10a2, LOC434275, LOC623409, LOC669429
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-012J16.bB6Ng01-012J16.g
ACCDH847653DH847654
length982739
definitionDH847653|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-012J16, 5' end.DH847654|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-012J16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(4,496,945 - 4,497,929)(4,654,558 - 4,655,296)
sequence
gaattcatgccagatagaatggctctgttaaaattctgctatggtgattc
aactaaggatggattgggcagagaaacagtattccaaaccaaaaaggata
agcagatacaaggctccaagcacattgctgggcacttggaggagtaatta
gtagagatttgaaagaacattgagatctatgggggctggagagattgctc
attggttcttgcttgcagaggacctgagttcagatcccagcacccccaat
tatgtggcttacaacgacttggtgaaactctagctccagggaatttaatg
ccctcttttggcctcttcatgcaacacagtcatgttcttgtgttttctgc
cagccccaccccaacacctatcaactaactaaccacccctcaccctacaa
aacaaccttgaagtctaggggagagcaggatggctaggcctcaacaagga
atttatatgttattttaatcctagagaacaaaacagtgggtgtgtatggt
gcttgtggtggcaggagccaggagaccagaatagaggtgactgttctaga
gaggtttggatgggtgagaattcaatgaatcttggatagactaggtggga
tggagctgtggttggagaagacactaatgtgtgtggctgacatgagacga
acattgttacattgaagccagcaatctgtttctggtatctgccctttgtc
atgtctttggaccccaagctggtagaggagtgacacagggcaggctttgg
agtaacaaaatgggagctaactgggagacagggcagaacatggtgggagg
caaggaccaagggtgctgtgggtttagtaaagaggaagtctggtcagcca
tatggctcacttggattaagactcttgctgccaagtctaataacccgagg
ttgatcttcagaatccatatggtgagggagagacctaacttctgttaatt
tgtctctgagcttacattaattgtgcactcac
gaattcacacctagtcactgcccatctcggggcgtagtaatggggtgatg
ggcgagcaacgaatcaggagctgtcatgccacatcaggtgctgaaacgtc
acactgcgggctatataagcagcgccattttcccagttcggggtcttccc
tcctgataagtaagcaataaaagctttgctgcagaagattccggttgtcc
tgagtgtgttcttgccagcggggacaaaagctcaggcaataatttctgtc
ttctgagtgctggggtaaccaactttatacagtacagagggtatggagcc
cagagcttgggacattctagaccaagggtctcccctcccccataaaccag
gtaccatcactgccttcccttctttctttgttacttttattccaagttaa
taattatatttatttgtttttttttcctattcatttatttagttgggaca
gtagactttctacatagcccttgaaatcactatctagatcagacctgcct
ccaattcacagctttcctcttacctctgtttccttcctgagttttacagg
attaaaggcatgtatggccacacccagtttcactctttctttaaccccag
gaaggttttttgtttgtttttttgttttgttttgttttgttttggtatgc
ttttaatttcttttactgatactttattgttgtacatttagttcaaattc
aaattctctctctctctctctctctctctctctctctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_4496945_4497929
seq2: B6Ng01-012J16.b_43_1024

seq1  GAATTCATGCCAGATAGAATGGCTCTGTTAAAATTCTGCTATGGTGATTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGCCAGATAGAATGGCTCTGTTAAAATTCTGCTATGGTGATTC  50

seq1  AACTAAGGATGGATTGGGCAGAGAAACAGTATTCCAAACCAAAAAGGATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAAGGATGGATTGGGCAGAGAAACAGTATTCCAAACCAAAAAGGATA  100

seq1  AGCAGATACAAGGCTCCAAGCACATTGCTGGGCACTTGGAGGAGTAATTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGATACAAGGCTCCAAGCACATTGCTGGGCACTTGGAGGAGTAATTA  150

seq1  GTAGAGATTTGAAAGAACATTGAGATCTATGGGGGCTGGAGAGATTGCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGATTTGAAAGAACATTGAGATCTATGGGGGCTGGAGAGATTGCTC  200

seq1  ATTGGTTCTTGCTTGCAGAGGACCTGAGTTCAGATCCCAGCACCCCCAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTTCTTGCTTGCAGAGGACCTGAGTTCAGATCCCAGCACCCCCAAT  250

seq1  TATGTGGCTTACAACGACTTGGTGAAACTCTAGCTCCAGGGAATTTAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGGCTTACAACGACTTGGTGAAACTCTAGCTCCAGGGAATTTAATG  300

seq1  CCCTCTTTTGGCCTCTTCATGCAACACAGTCATGTTCTTGTGTTTTCTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTTTTGGCCTCTTCATGCAACACAGTCATGTTCTTGTGTTTTCTGC  350

seq1  CAGCCCCACCCCAACACCTATCAACTAACTAACCACCCCTCACCCTACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCCACCCCAACACCTATCAACTAACTAACCACCCCTCACCCTACAA  400

seq1  AACAACCTTGAAGTCTAGGGGAGAGCAGGATGGCTAGGCCTCAACAAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACCTTGAAGTCTAGGGGAGAGCAGGATGGCTAGGCCTCAACAAGGA  450

seq1  ATTTATATGTTATTTTAATCCTAGAGAACAAAACAGTGGGTGTGTATGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATATGTTATTTTAATCCTAGAGAACAAAACAGTGGGTGTGTATGGT  500

seq1  GCTTGTGGTGGCAGGAGCCAGGAGACCAGAATAGAGGTGACTGTTCTAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTGGTGGCAGGAGCCAGGAGACCAGAATAGAGGTGACTGTTCTAGA  550

seq1  GAGGTTTGGATGGGTGAGAATTCAATGAATCTTGGATAGACTAGGTGGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTTGGATGGGTGAGAATTCAATGAATCTTGGATAGACTAGGTGGGA  600

seq1  TGGAGCTGTGGTTGGAGAAGACACTAATGTGTGTGGCTGACATGAGACGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCTGTGGTTGGAGAAGACACTAATGTGTGTGGCTGACATGAGACGA  650

seq1  ACATTGTTACATTGAAGCCAGCAATCTGTTTCTGGTATCTGCCCTTTGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGTTACATTGAAGCCAGCAATCTGTTTCTGGTATCTGCCCTTTGTC  700

seq1  ATGTCTTTGGACCCCAAGCTGGTAGAGGAGTGACACAGGGCAGGCTTTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTTTGGACCCCAAGCTGGTAGAGGAGTGACACAGGGCAGGCTTTGG  750

seq1  AGTAACAAAATGGGAGCTAACTGGGAGACAGGGCAGAACATAGGTGGGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGTAACAAAATGGGAGCTAACTGGGAGACAGGGCAGAACAT-GGTGGGAG  799

seq1  GCAAGGACCAAGGGTGCTGTGGGTTTAGTAAAGAGGAAGTCTGGTCAGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GCAAGGACCAAGGGTGCTGTGGGTTTAGTAAAGAGGAAGTCTGGTCAGCC  849

seq1  ATATGGCTCAC-TGGATAAAGACCCTTGCTGCCAAGTCTAATAACCCGAG  899
      ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGCTCACTTGGATTAAGACTCTTGCTGCCAAGTCTAATAACCCGAG  899

seq1  GTTGATCTTCAGAATCCATATGGTGGAAGGAGAGACCTAACTCCT-TTAA  948
      |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||
seq2  GTTGATCTTCAGAATCCATATGGT-GAGGGAGAGACCTAACTTCTGTTAA  948

seq1  GTTGTTCTCTGAGCTTCACATACACTGTGGCACTCAC  985
       ||| ||||||||||| ||||  | ||| ||||||||
seq2  TTTG-TCTCTGAGCTT-ACATTAATTGT-GCACTCAC  982

seq1: chr8_4654558_4655296
seq2: B6Ng01-012J16.g_66_804 (reverse)

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATTTGAATTTGAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATTTGAATTTGAACT  50

seq1  AAATGTACAACAATAAAGTATCAGTAAAAGAAATTAAAAGCATACCAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTACAACAATAAAGTATCAGTAAAAGAAATTAAAAGCATACCAAAA  100

seq1  CAAAACAAAACAAAACAAAAAAACAAACAAAAAACCTTCCTGGGGTTAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAAAACAAAACAAAAAAACAAACAAAAAACCTTCCTGGGGTTAAA  150

seq1  GAAAGAGTGAAACTGGGTGTGGCCATACATGCCTTTAATCCTGTAAAACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAGTGAAACTGGGTGTGGCCATACATGCCTTTAATCCTGTAAAACT  200

seq1  CAGGAAGGAAACAGAGGTAAGAGGAAAGCTGTGAATTGGAGGCAGGTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGGAAACAGAGGTAAGAGGAAAGCTGTGAATTGGAGGCAGGTCTG  250

seq1  ATCTAGATAGTGATTTCAAGGGCTATGTAGAAAGTCTACTGTCCCAACTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGATAGTGATTTCAAGGGCTATGTAGAAAGTCTACTGTCCCAACTA  300

seq1  AATAAATGAATAGGAAAAAAAAACAAATAAATATAATTATTAACTTGGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATGAATAGGAAAAAAAAACAAATAAATATAATTATTAACTTGGAA  350

seq1  TAAAAGTAACAAAGAAAGAAGGGAAGGCAGTGATGGTACCTGGTTTATGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTAACAAAGAAAGAAGGGAAGGCAGTGATGGTACCTGGTTTATGG  400

seq1  GGGAGGGGAGACCCTTGGTCTAGAATGTCCCAAGCTCTGGGCTCCATACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGGGAGACCCTTGGTCTAGAATGTCCCAAGCTCTGGGCTCCATACC  450

seq1  CTCTGTACTGTATAAAGTTGGTTACCCCAGCACTCAGAAGACAGAAATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTACTGTATAAAGTTGGTTACCCCAGCACTCAGAAGACAGAAATTA  500

seq1  TTGCCTGAGCTTTTGTCCCCGCTGGCAAGAACACACTCAGGACAACCGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTGAGCTTTTGTCCCCGCTGGCAAGAACACACTCAGGACAACCGGA  550

seq1  ATCTTCTGCAGCAAAGCTTTTATTGCTTACTTATCAGGAGGGAAGACCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCTGCAGCAAAGCTTTTATTGCTTACTTATCAGGAGGGAAGACCCC  600

seq1  GAACTGGGAAAATGGCGCTGCTTATATAGCCCGCAGTGTGACGTTTCAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGGGAAAATGGCGCTGCTTATATAGCCCGCAGTGTGACGTTTCAGC  650

seq1  ACCTGATGTGGCATGACAGCTCCTGATTCGTTGCTCGCCCATCACCCCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGATGTGGCATGACAGCTCCTGATTCGTTGCTCGCCCATCACCCCAT  700

seq1  TACTACGCCCCGAGATGGGCAGTGACTAGGTGTGAATTC  739
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTACGCCCCGAGATGGGCAGTGACTAGGTGTGAATTC  739