BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-024D06
Chromosome8 (Build37)
Map Location 115,088,249 - 115,235,179
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCntnap4
Upstream geneZnrf1, Ldhd, Zfp1, Ctrb1, Bcar1, Cfdp1, Tmem170, Chst5, 4932417I16Rik, Gabarapl2, Adat1, Kars, Terf2ip, EG627828, LOC672498, LOC100042040
Downstream geneLOC100042061, Mon1b, 4930481F22Rik, Adamts18
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-024D06.bB6Ng01-024D06.g
ACCDH855910DH855911
length7701,039
definitionDH855910|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-024D06, 5' end.DH855911|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-024D06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(115,234,410 - 115,235,179)(115,088,249 - 115,089,271)
sequence
gaattccaagcatcctcctgactgtcccctgccatggcttccctcagctt
tcaccagagcctctctttacctcaaggtcacccatagcctgatccttgca
gcttgaacttgtggcccaaatgttacctacagcacagcgtgggacctcac
gcccatggtgagtttgatgttctttctccacatggatctatgtacatggt
cactaaaatagaggcattatgataagctcctgtctttgtgtcaggaggtg
atgtctgctctaaatgaaataccttgcacgattcttgcccatgatgtcac
atcagctgtgaattcatatgtaaggcttccctgctatggccaggaaaccc
tgtctccttgtcatcacctaccacctctgggtctgacaatctttctacct
ccttttttatagtgattccctgagccttaaaagcacggtctataatatag
atgtcccattaggtgtgaacattccacagtctcctattctctataccttg
accagttgggtctttctatgttgatcaccatctactgaggaaaaaacaag
tggtatctctgaagagagttaagagatacactcatctatgggtgtaaaga
taaatcaggagattctagcagttgagatgggtagaagaggaagaatcagt
tttaagtgtgctacccttgtcaggcacataacactccaggagaaaagcac
acatgcaagagaatgtggccatcacatattgtgcctgttgatgggtggat
ggggaaattggggtggattt
gaattcagagagtcaggagagaaaaatcaaacagggaaaacagtgggagg
tgactgatggtgggaacgagagacgagctgcggagaagagacccggaagt
agaagatccagagctgtagggccggggtgactgacagaggaggacagaat
gaacacacttgaaggcagggcaccccaaacactcatgctagaaagctgta
agaaaaaaccaaagggtacagaaaagtcaaggcagagaaaacagatcaca
gggcttcggaatgaaaagggagaaagagaatatcggataaaataatgggc
cccaggtctcctaaatctgaggtgaaaagtatacatgcaaagtcaggaac
ctcaactagtgttatccaagaacaatgagccaaaccagtggcataataag
actgttaacaagtcatggacaaggacagtgactagaataaagaggaagcc
gctattcatagacaagggagcatacattaggagatcagaatacttatcag
cagtgtagaagttccttaaacaaatagagaggctggagatggccgagttg
ataaagtgcctgctgtccaggcatgaagacctgagtctggatcaatagca
cttatgtcaagaaccagacacagtggggcatgcctgtaatcttagcattg
ggaaggtggggacagggaaatattggagtttgatagatagctctgtcaag
tcagtgagctctaggttccgtaaggtaccttacctcaaaaaaagaaaggt
ggaaagcaattgaggaagacacataacctcaacatcaggcctccacaaac
actaaaacacctgcacatacacacaggcacacacacacacacacacagac
acacagacacacacacatatacacacacacactcctacatacacagagag
acataaagacacacctacacacactcacaaacctacacacacaaagagac
atacagacaccagagagacatacagaacacatacactgcacatacacaca
cacacacacacactccacacacatgcacacacaaaaatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_115234410_115235179
seq2: B6Ng01-024D06.b_45_814 (reverse)

seq1  AGATCCACCCCAATTTCCCCATCCACCCATCAACAGGCACAATATGTGAT  50
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCACCCCAATTTCCCCATCCACCCATCAACAGGCACAATATGTGAT  50

seq1  GGCCACATTCTCTTGCATGTGTGCTTTTCTCCTGGAGTGTTATGTGCCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACATTCTCTTGCATGTGTGCTTTTCTCCTGGAGTGTTATGTGCCTG  100

seq1  ACAAGGGTAGCACACTTAAAACTGATTCTTCCTCTTCTACCCATCTCAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGGTAGCACACTTAAAACTGATTCTTCCTCTTCTACCCATCTCAAC  150

seq1  TGCTAGAATCTCCTGATTTATCTTTACACCCATAGATGAGTGTATCTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGAATCTCCTGATTTATCTTTACACCCATAGATGAGTGTATCTCTT  200

seq1  AACTCTCTTCAGAGATACCACTTGTTTTTTCCTCAGTAGATGGTGATCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTCTTCAGAGATACCACTTGTTTTTTCCTCAGTAGATGGTGATCAA  250

seq1  CATAGAAAGACCCAACTGGTCAAGGTATAGAGAATAGGAGACTGTGGAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGAAAGACCCAACTGGTCAAGGTATAGAGAATAGGAGACTGTGGAAT  300

seq1  GTTCACACCTAATGGGACATCTATATTATAGACCGTGCTTTTAAGGCTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACACCTAATGGGACATCTATATTATAGACCGTGCTTTTAAGGCTCA  350

seq1  GGGAATCACTATAAAAAAGGAGGTAGAAAGATTGTCAGACCCAGAGGTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATCACTATAAAAAAGGAGGTAGAAAGATTGTCAGACCCAGAGGTGG  400

seq1  TAGGTGATGACAAGGAGACAGGGTTTCCTGGCCATAGCAGGGAAGCCTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGATGACAAGGAGACAGGGTTTCCTGGCCATAGCAGGGAAGCCTTA  450

seq1  CATATGAATTCACAGCTGATGTGACATCATGGGCAAGAATCGTGCAAGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGAATTCACAGCTGATGTGACATCATGGGCAAGAATCGTGCAAGGT  500

seq1  ATTTCATTTAGAGCAGACATCACCTCCTGACACAAAGACAGGAGCTTATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCATTTAGAGCAGACATCACCTCCTGACACAAAGACAGGAGCTTATC  550

seq1  ATAATGCCTCTATTTTAGTGACCATGTACATAGATCCATGTGGAGAAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGCCTCTATTTTAGTGACCATGTACATAGATCCATGTGGAGAAAGA  600

seq1  ACATCAAACTCACCATGGGCGTGAGGTCCCACGCTGTGCTGTAGGTAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAAACTCACCATGGGCGTGAGGTCCCACGCTGTGCTGTAGGTAACA  650

seq1  TTTGGGCCACAAGTTCAAGCTGCAAGGATCAGGCTATGGGTGACCTTGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGCCACAAGTTCAAGCTGCAAGGATCAGGCTATGGGTGACCTTGAG  700

seq1  GTAAAGAGAGGCTCTGGTGAAAGCTGAGGGAAGCCATGGCAGGGGACAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGAGAGGCTCTGGTGAAAGCTGAGGGAAGCCATGGCAGGGGACAGT  750

seq1  CAGGAGGATGCTTGGAATTC  770
      ||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGGATGCTTGGAATTC  770

seq1: chr8_115088249_115089271
seq2: B6Ng01-024D06.g_69_1091

seq1  GAATTCAGAGAGTCAGGAGAGAAAAATCAAACAGGGAAAACAGTGGGAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGAGTCAGGAGAGAAAAATCAAACAGGGAAAACAGTGGGAGG  50

seq1  TGACTGATGGTGGGAACGAGAGACGAGCTGCGGAGAAGAGACCCGGAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGATGGTGGGAACGAGAGACGAGCTGCGGAGAAGAGACCCGGAAGT  100

seq1  AGAAGATCCAGAGCTGTAGGGCCGGGGTGACTGACAGAGGAGGACAGAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGATCCAGAGCTGTAGGGCCGGGGTGACTGACAGAGGAGGACAGAAT  150

seq1  GAACACACTTGAAGGCAGGGCACCCCAAACACTCATGCTAGAAAGCTGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACACTTGAAGGCAGGGCACCCCAAACACTCATGCTAGAAAGCTGTA  200

seq1  AGAAAAAACCAAAGGGTACAGAAAAGTCAAGGCAGAGAAAACAGATCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAACCAAAGGGTACAGAAAAGTCAAGGCAGAGAAAACAGATCACA  250

seq1  GGGCTTCGGAATGAAAAGGGAGAAAGAGAATATCGGATAAAATAATGGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTCGGAATGAAAAGGGAGAAAGAGAATATCGGATAAAATAATGGGC  300

seq1  CCCAGGTCTCCTAAATCTGAGGTGAAAAGTATACATGCAAAGTCAGGAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGTCTCCTAAATCTGAGGTGAAAAGTATACATGCAAAGTCAGGAAC  350

seq1  CTCAACTAGTGTTATCCAAGAACAATGAGCCAAACCAGTGGCATAATAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACTAGTGTTATCCAAGAACAATGAGCCAAACCAGTGGCATAATAAG  400

seq1  ACTGTTAACAAGTCATGGACAAGGACAGTGACTAGAATAAAGAGGAAGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTAACAAGTCATGGACAAGGACAGTGACTAGAATAAAGAGGAAGCC  450

seq1  GCTATTCATAGACAAGGGAGCATACATTAGGAGATCAGAATACTTATCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTCATAGACAAGGGAGCATACATTAGGAGATCAGAATACTTATCAG  500

seq1  CAGTGTAGAAGTTCCTTAAACAAATAGAGAGGCTGGAGATGGCCGAGTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTAGAAGTTCCTTAAACAAATAGAGAGGCTGGAGATGGCCGAGTTG  550

seq1  ATAAAGTGCCTGCTGTCCAGGCATGAAGACCTGAGTCTGGATCAATAGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGTGCCTGCTGTCCAGGCATGAAGACCTGAGTCTGGATCAATAGCA  600

seq1  CTTATGTCAAGAACCAGACACAGTGGGGCATGCCTGTAATCTTAGCATTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGTCAAGAACCAGACACAGTGGGGCATGCCTGTAATCTTAGCATTG  650

seq1  GGAAGGTGGGGACAGGGAAATATTGGAGTTTGATAGATAGCTCTGTCAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGTGGGGACAGGGAAATATTGGAGTTTGATAGATAGCTCTGTCAAG  700

seq1  TCAGTGAGCTCTAGGTTCCGTAAGGTACCTTACCTCAAAAAAAGAAAGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGAGCTCTAGGTTCCGTAAGGTACCTTACCTCAAAAAAAGAAAGGT  750

seq1  GGAAAGCAATTGAGGAAGACACATAACCTCAACATCAGGCCTCCACAAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGCAATTGAGGAAGACACATAACCTCAACATCAGGCCTCCACAAAC  800

seq1  ACTAAAACACCTGCACATACACACAGGCACACACACACACACACACAGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAACACCTGCACATACACACAGGCACACACACACACACACACAGAC  850

seq1  ACACAGACACACACACATATACACACACACACTCCTACATACACAGAGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGACACACACACATATACACACACACACTCCTACATACACAGAGAG  900

seq1  ACATAAAGACACACCTACACACACTCACAAACCTACACACACAAAGAGAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAAGACACACCTACACACACTCACAAACCTACACACACAAAGAGAC  950

seq1  ATACAGACACCAAGAGAGACATACAG-ACACATACAACTGCACACACACA  999
      ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||
seq2  ATACAGACACC-AGAGAGACATACAGAACACATAC-ACTGCACATACACA  998

seq1  CACACACACACACAC-ACACACACA  1023
      |||||||||||||||  ||||||||
seq2  CACACACACACACACTCCACACACA  1023