BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-025H22
Chromosome8 (Build37)
Map Location 8,342,030 - 8,507,419
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039836
Upstream genenone
Downstream geneEfnb2, 9430010O03Rik, Tmem28
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-025H22.bB6Ng01-025H22.g
ACCDH856828DH856829
length1,1781,084
definitionDH856828|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-025H22, 5' end.DH856829|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-025H22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,342,030 - 8,343,226)(8,506,323 - 8,507,419)
sequence
gaattcccagcatatactactcttataatcagaaaataacacaaatatga
cttctagagtgaaaaaaaatgtagttcccacattatcatttcaacactaa
tcaagaaccaaaaataaaggtggcgccgggcagcagaccttaaatgagag
gctgttttcccaagctctggttaagataggaatgtgagatacagctgagg
tgacatgtgtgaatcacccagcatgttcccaacaaccacagctttaaagc
aacatccctcattctctcccctgctttgtgtaattctacatacaaagctg
tctttctggcttcttctctatcccgttatccctaatagttccacagattc
tatataagggctattaatacactaaaaggacaaaattgtttacttcatca
ttaaaaaaaaaaaagaacccatattcattaaatacctattgagttgtttt
gtatgaaaaccataccttgttgccaggataagtcatacatcaattagctg
tcttcccatttgctcggaattaggcttctaaagtatgtagtcagaggtgg
tcaattttcaatctactggcttgataatggaatcacaatatggctttaat
gagcattcgcaggctcattaggtggcattgtctgagggactttgttatga
ctgtaattttagaagtagaatataggcctcaaatgagacctaagggcctt
tcaaattttacttcgcattgagctacagtttccttcttaaccaatagctt
tcagagctttgtatgctatgtgtatagacactgtctttccagaaaaatct
ctaagctttttggaaagaggatcctctgatggattcctgagcaacaaata
aaatgacctataattaattcactgtacaggtcctctgctggcttaacttt
ataagcgcaatggtgtagagaaaacagcacagaggagcaacctgccgtgg
aaactggggacccagccctgcagttgctccagatgtcattgctgacactt
gagggaatttccagtggaatttttcaacatggattttgactgatatgatt
accttaagccatgtcctgatgcacccagagtgcatgatgaaaaaaaaagt
atttattttacatggtgccgaactacaaatggggaggaagaatcaaggct
gttcgagtctaggaattggggtacattt
gaattctatgtcaaatgatgaggcagttccttgtgatttctggaatagag
agaggtacatttcttcttgaggcagcacacaagaagacaggttgcctctg
ttgactttgtgtattgatgttgtggtctaatgggaatatcagcttaaatt
gcagaaacatctactccttcatctactgtggagacctggaaccaagccag
agtcaagttcaaggccctgagagatgctggaggcctatgtggtacaaata
atattcaagccatcacttcctactacaacaacaacaaaaaaggagctaag
aaaggcagtgttaaccagttcatcaactgaattagcttgttctgtcttcc
aggaaacaatggctcctgttagggaagagaaatgttcatagcaagctagc
agaagcctcaaaaacggaggtttgtagttaattttcaaaagcttaatgga
gaaaggaaaatatcttaaacacaagtcctttgaaccatcaaagactattg
cttaggttcacccaaaattcaaactccacgttgaaagacatcactaatgt
caaaacaccaaagagaggttaaaaataaacatcgagacactgtgggtggt
gatccatgtgtatgatacataatgatatgtatatttttaaaaagtctgca
ataaaacgccatgactgaaaaatcaaaaatgatatgagcaacataaaaaa
ataaaaagtgaaaatgcacaccacacaactttcagagtcccagtgaaatc
caagtcaatataaatggcatattttgaacctgaaaggtaagtatagattg
ctgtgtttgatttttctcagttaggggctcagaataacaaatactctata
tactttatagagatgtaaagttactactggacttttctattataatctca
agtgtcataactctgaatcgtcccagccactccaataccaagggctgggt
tttgatactcttcaagggtatcagagaaagcagatacaaaccataatcgt
tgtaatggtacagaccaccttctgcatctgtactgatattatgaaaaata
cattatttaccttatagttgggcatatagatgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_8342030_8343226
seq2: B6Ng01-025H22.b_47_1224

seq1  GAATTCCCAGCATATACTACTCTTATAATCAGAAAATAACACAAATATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAGCATATACTACTCTTATAATCAGAAAATAACACAAATATGA  50

seq1  CTTCTAGAGTGAAAAAAAATGTAGTTCCCACATTATCATTTCAACACTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTAGAGTGAAAAAAAATGTAGTTCCCACATTATCATTTCAACACTAA  100

seq1  TCAAGAACCAAAAATAAAGGTGGCGCCGGGCAGCAGACCTTAAATGAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAACCAAAAATAAAGGTGGCGCCGGGCAGCAGACCTTAAATGAGAG  150

seq1  GCTGTTTTCCCAAGCTCTGGTTAAGATAGGAATGTGAGATACAGCTGAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTTTCCCAAGCTCTGGTTAAGATAGGAATGTGAGATACAGCTGAGG  200

seq1  TGACATGTGTGAATCACCCAGCATGTTCCCAACAACCACAGCTTTAAAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATGTGTGAATCACCCAGCATGTTCCCAACAACCACAGCTTTAAAGC  250

seq1  AACATCCCTCATTCTCTCCCCTGCTTTGTGTAATTCTACATACAAAGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCCCTCATTCTCTCCCCTGCTTTGTGTAATTCTACATACAAAGCTG  300

seq1  TCTTTCTGGCTTCTTCTCTATCCCGTTATCCCTAATAGTTCCACAGATTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTGGCTTCTTCTCTATCCCGTTATCCCTAATAGTTCCACAGATTC  350

seq1  TATATAAGGGCTATTAATACACTAAAAGGACAAAATTGTTTACTTCATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAAGGGCTATTAATACACTAAAAGGACAAAATTGTTTACTTCATCA  400

seq1  TTAAAAAAAAAAAAGAACCCATATTCATTAAATACCTATTGAGTTGTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAAAAAAAAGAACCCATATTCATTAAATACCTATTGAGTTGTTTT  450

seq1  GTATGAAAACCATACCTTGTTGCCAGGATAAGTCATACATCAATTAGCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAAAACCATACCTTGTTGCCAGGATAAGTCATACATCAATTAGCTG  500

seq1  TCTTCCCATTTGCTCGGAATTAGGCTTCTAAAGTATGTAGTCAGAGGTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCCATTTGCTCGGAATTAGGCTTCTAAAGTATGTAGTCAGAGGTGG  550

seq1  TCAATTTTCAATCTACTGGCTTGATAATGGAATCACAATATGGCTTTAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTTTCAATCTACTGGCTTGATAATGGAATCACAATATGGCTTTAAT  600

seq1  GAGCATTCGCAGGCTCATTAGGTGGCATTGTCTGAGGGACTTTGTTATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATTCGCAGGCTCATTAGGTGGCATTGTCTGAGGGACTTTGTTATGA  650

seq1  CTGTAATTTTAGAAGTAGAATATAGGCCTCAAATGAGACCTAAGGGCCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAATTTTAGAAGTAGAATATAGGCCTCAAATGAGACCTAAGGGCCTT  700

seq1  TCAAATTTTACTTCGCATTGAGCTACAGTTTCCTTCTTAACCAATAGCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATTTTACTTCGCATTGAGCTACAGTTTCCTTCTTAACCAATAGCTT  750

seq1  TCAGAGCTTTGTATGCTATGTGTATAGACACTGTCTTTCCAGAAAAATCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGCTTTGTATGCTATGTGTATAGACACTGTCTTTCCAGAAAAATCT  800

seq1  CTAAGCTTTTTGGAAAGAGGATCCTCTGATGGATTCCTGAGCAACAAATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCTTTTTGGAAAGAGGATCCTCTGATGGATTCCTGAGCAACAAATA  850

seq1  AAATGACCTATAATTAATTCACTGTACAGGTCCTCTGCTGGCTTTAACTT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAATGACCTATAATTAATTCACTGTACAGGTCCTCTGCTGGC-TTAACTT  899

seq1  TATAAGGCGCAATGGTGTAGAGAAAACAGCACAGAGGAGCAACCTGCCGT  950
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAA-GCGCAATGGTGTAGAGAAAACAGCACAGAGGAGCAACCTGCCGT  948

seq1  GGAAACTGGGGACCCAGCCCTGCAGTTGCTCCAGATGTCATTGCTGACAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACTGGGGACCCAGCCCTGCAGTTGCTCCAGATGTCATTGCTGACAC  998

seq1  TTGAGGGAATTTCCAGTGGAATTTTCTCACATTGGATTTTTGACTGATAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||| |||   |||| |||||||||||||
seq2  TTGAGGGAATTTCCAGTGGAATTTT-TCAACATGGA-TTTTGACTGATAT  1046

seq1  GATTAACCTTAAGCCATGTCCTGATGCACCCAGAGTGCATGATGAAAAAA  1100
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||
seq2  GATT-ACCTTAAGCCATGTCCTGATGCACCCAGAGTGCATGATG--AAAA  1093

seq1  AAAAAGTATTTATCTTACAATGGTGCCAGACTCAACAAAGTGGGGAGGAA  1150
      ||||||||||||| |||| ||||||||  |||  ||||| ||||||||||
seq2  AAAAAGTATTTATTTTAC-ATGGTGCCGAACT--ACAAA-TGGGGAGGAA  1139

seq1  GAATCAAAGGGCTGTTCTGAGTCAGAGTGGAATTTGTGGGTACATTT  1197
      |||||||  |||||||| |||||     ||||||   ||||||||||
seq2  GAATCAA--GGCTGTTC-GAGTC---TAGGAATT--GGGGTACATTT  1178

seq1: chr8_8506323_8507419
seq2: B6Ng01-025H22.g_67_1150 (reverse)

seq1  TCCATCTTATATGACCAACTATAAAGTACATAAATGTATTTTTTCATAAT  50
      |||||| |||||| |||||||||| ||| || |||||| |||||||||||
seq2  TCCATC-TATATGCCCAACTATAAGGTAAAT-AATGTA-TTTTTCATAAT  47

seq1  TATTCAGTAACAGATGCAGAAGGTGGTTCTGTTTACCATTACAACGATTA  100
         ||||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||
seq2  --ATCAGT-ACAGATGCAGAAGGTGG-TCTG--TACCATTACAACGATTA  91

seq1  TTGGTTTTGTATCTGCTTTTCTCTGATA-CCTTGAAGAGTATCAAAAACC  149
      |  | ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||
seq2  T--GGTTTGTATCTGC-TTTCTCTGATACCCTTGAAGAGTATCAAAACCC  138

seq1  AGCCCTTGGTATTGGAGTGGCTGGGACGATTCAGAGTTATGAACACTTGA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGCCCTTGGTATTGGAGTGGCTGGGACGATTCAGAGTTATG-ACACTTGA  187

seq1  GATTATAATAGAAAAGTCCAGTAGTAACTTGTACATCTCTATAAAGTATA  249
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GATTATAATAGAAAAGTCCAGTAGTAACTT-TACATCTCTATAAAGTATA  236

seq1  TAGAGTATTTGTTATTCTGAGCCCCTAACTGAGAAAAATCAAACACAGCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTATTTGTTATTCTGAGCCCCTAACTGAGAAAAATCAAACACAGCA  286

seq1  ATCTATACTTACCTTTCAGGTTCAAAATATGCCATTTATATTGACTTGGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATACTTACCTTTCAGGTTCAAAATATGCCATTTATATTGACTTGGA  336

seq1  TTTCACTGGGACTCTGAAAGTTGTGTGGTGTGCATTTTCACTTTTTATTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTGGGACTCTGAAAGTTGTGTGGTGTGCATTTTCACTTTTTATTT  386

seq1  TTTTATGTTGCTCATATCATTTTTGATTTTTCAGTCATGGCGTTTTATTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGTTGCTCATATCATTTTTGATTTTTCAGTCATGGCGTTTTATTG  436

seq1  CAGACTTTTTAAAAATATACATATCATTATGTATCATACACATGGATCAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTTTTTAAAAATATACATATCATTATGTATCATACACATGGATCAC  486

seq1  CACCCACAGTGTCTCGATGTTTATTTTTAACCTCTCTTTGGTGTTTTGAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCACAGTGTCTCGATGTTTATTTTTAACCTCTCTTTGGTGTTTTGAC  536

seq1  ATTAGTGATGTCTTTCAACGTGGAGTTTGAATTTTGGGTGAACCTAAGCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTGATGTCTTTCAACGTGGAGTTTGAATTTTGGGTGAACCTAAGCA  586

seq1  ATAGTCTTTGATGGTTCAAAGGACTTGTGTTTAAGATATTTTCCTTTCTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCTTTGATGGTTCAAAGGACTTGTGTTTAAGATATTTTCCTTTCTC  636

seq1  CATTAAGCTTTTGAAAATTAACTACAAACCTCCGTTTTTGAGGCTTCTGC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAGCTTTTGAAAATTAACTACAAACCTCCGTTTTTGAGGCTTCTGC  686

seq1  TAGCTTGCTATGAACATTTCTCTTCCCTAACAGGAGCCATTGTTTCCTGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTGCTATGAACATTTCTCTTCCCTAACAGGAGCCATTGTTTCCTGG  736

seq1  AAGACAGAACAAGCTAATTCAGTTGATGAACTGGTTAACACTGCCTTTCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAGAACAAGCTAATTCAGTTGATGAACTGGTTAACACTGCCTTTCT  786

seq1  TAGCTCCTTTTTTGTTGTTGTTGTAGTAGGAAGTGATGGCTTGAATATTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCCTTTTTTGTTGTTGTTGTAGTAGGAAGTGATGGCTTGAATATTA  836

seq1  TTTGTACCACATAGGCCTCCAGCATCTCTCAGGGCCTTGAACTTGACTCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTACCACATAGGCCTCCAGCATCTCTCAGGGCCTTGAACTTGACTCT  886

seq1  GGCTTGGTTCCAGGTCTCCACAGTAGATGAAGGAGTAGATGTTTCTGCAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGGTTCCAGGTCTCCACAGTAGATGAAGGAGTAGATGTTTCTGCAA  936

seq1  TTTAAGCTGATATTCCCATTAGACCACAACATCAATACACAAAGTCAACA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGCTGATATTCCCATTAGACCACAACATCAATACACAAAGTCAACA  986

seq1  GAGGCAACCTGTCTTCTTGTGTGCTGCCTCAAGAAGAAATGTACCTCTCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAACCTGTCTTCTTGTGTGCTGCCTCAAGAAGAAATGTACCTCTCT  1036

seq1  CTATTCCAGAAATCACAAGGAACTGCCTCATCATTTGACATAGAATTC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCCAGAAATCACAAGGAACTGCCTCATCATTTGACATAGAATTC  1084