BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-026D11
Chromosome8 (Build37)
Map Location 88,832,222 - 88,934,671
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneD830007F02Rik, 4921524J17Rik, Gpt2, Dnaja2, Neto2, Itfg1, LOC100040798, Phkb, LOC671665, LOC100040165
Downstream geneAbcc12, Lonp2, Siah1a, ENSMUSG00000074178, BC004022, LOC666960, EG625298, EG330819
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-026D11.bB6Ng01-026D11.g
ACCDH857325DH857326
length1,1041,038
definitionDH857325|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-026D11, 5' end.DH857326|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-026D11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,933,550 - 88,934,671)(88,832,222 - 88,833,285)
sequence
gaattccaaaaccagcccaggcctttcttctgaacattagacttatatat
tcaacagcttttgccacgtctccaattatatatactttaaatatgtctta
aatagagtgaggttagggttaaaggagaggttgtctattcaaaccattcc
tacttcaatcttgatagtcttaagaaatggtaccgccacccacatcgttt
ctcaagtcaataatttatgagtcaggtgttattccttcccaaccttggat
tcaaacaaccactgagttcttctgattcgttttcttaactttccctcaac
tatagtctctcccatccattccccatgacagcatgctaatttaggtcatg
gttatatcttgtccagaatacttcaaatattttctgtatcagctggggac
tagctttaagaaatagacatcactctaccttccgcgtgaagggatttaat
tcaggaaataagcctgtgagacaggaaggctgaatgaaggctaaggttct
taatgatacaccaaacaaagccacagaagaggtctggcagcagaactgat
agcctgccagaacgatgcttttaaaagcacaagacggatgctgagattct
ccttaatgttcatcagtgtttcccattgctttaaaactacattcaaagct
cctctgtactgccctgagcagtgtgtttaccgtgtgctcagtgtgagccc
agccagagctttaccggttatttcacttaatcctcagaataactctggga
gttaggtacattatggcagtttcacagatgagtcagctatgatttagaga
tgttaatttgcccagggtcagccacttaggagacaaggtaatgagacttc
cagactccacagccatttgcttaccattgctctgtaaggtatggcctctg
actctacagagtctgctaatgtttccatcgtctttctcccacgttctttc
ttcccccccccaccccctgttctgggagtgcttctttgccataagcttca
acattggttgcttctggttttctcttaattttttaaaaaattcattgtgt
atgtctattgccatgcatgcctgttgccaaggagcagaaaatgtatcaga
tcca
gaattctctgtgtaatcaaggctgcaattaatacctcatgagtcacagct
ttccatttgtctgagtctctgctacctttcatgccaaatactgggcaggt
tctaaagagcaggctattgtttctctttgcagaaactttcatgcctcaac
tcttccataccaatccacagtgtccctaatagtcctttcctaaatagtat
ttcttttcctttctcctgcacataaatgcttaccattgagttcatgatgt
gaactcaatcttgcttggctagctcaaacatagctttccaacaaatataa
atcttaagtgggttggtgcaattctcagtcattgttcagctctggataga
caggagtttcatagagtccttagagctaactggattgactcatgtagcct
aggctggcctagactcaccatgaagccaataatgactttgaacttctggt
ctttctgccgccttcttgagtgctgggttacaggagtgctttttgtcagt
gctggggctagaactcagggccttgggcatgctagaaaaatgctctacta
actaagctacttccagctcataggttgtgatgagtatcccatgtggaatg
gacatgaggtcattgtaagcccaatgggttgtagcaatcaggcagaatgc
ttcctaggagtctgtaaatcctccctaagacaccaagccactctcttagt
gaaagtattctgaaaattggttgaattcccctaactccccagacccccaa
gtgccagcgagtgattgtgtgtaggtgatgggtaaagaaatgtttatgca
aattgaatcctgattagctacaaaaactggtctgttttgagtgtgttcat
ttttatttgagggtttgtttgcacatactgcacacaatgtgattacatca
ttggcctcaccctgtctatttcctaatgtattgtctgttcagatccactg
atggtgaaatgcattgtctatcagcaagatctaaaattgagagttcagag
gcaagctttaatgcaggaaagtatgtatattttttagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_88933550_88934671
seq2: B6Ng01-026D11.b_51_1151 (reverse)

seq1  TGGATCTGATACCATTTTCTGGCCTCCTTGGGCAACAGGCATGCCCATAG  50
      ||||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||||  ||| |
seq2  TGGATCTGATA-CATTTTCTG--CTCCTT-GGCAACAGGCATG--CATGG  44

seq1  CACATAGACATACACAATGAAATTTTTTTTAAAAAAAATTAAGAGAAAAA  100
      || |||||||||||||||||| |||||     ||||||||||||| ||||
seq2  CA-ATAGACATACACAATGAATTTTTT-----AAAAAATTAAGAG-AAAA  87

seq1  CCAGGAAGCAACCAATGTGGAAGCTTATAGGCAAAAGAAAGCACTCCCAG  150
      ||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||   ||||||||||||
seq2  CCA-GAAGCAACCAATGTTGAAGCTTAT-GGCAAA--GAAGCACTCCCAG  133

seq1  AACAGGGGGGGGGGGGGGGGGAAGAAAGAACGTGGGAAGAAAAGACGATG  200
      ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||
seq2  AACA--GGGGGTGGGGGGGGGAAGAAAGAACGTGGGA--GAAAGACGATG  179

seq1  GAAACATTAGCAGACTCTGTAGAGTCAGAGGCCATACCTTACAGAGCAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACATTAGCAGACTCTGTAGAGTCAGAGGCCATACCTTACAGAGCAAT  229

seq1  GGTAAGCAAATGGCTGTGGAGTCTGGAAGTCTCATTACCTTGTCTCCTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGCAAATGGCTGTGGAGTCTGGAAGTCTCATTACCTTGTCTCCTAA  279

seq1  GTGGCTGACCCTGGGCAAATTAACATCTCTAAATCATAGCTGACTCATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTGACCCTGGGCAAATTAACATCTCTAAATCATAGCTGACTCATCT  329

seq1  GTGAAACTGCCATAATGTACCTAACTCCCAGAGTTATTCTGAGGATTAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAACTGCCATAATGTACCTAACTCCCAGAGTTATTCTGAGGATTAAG  379

seq1  TGAAATAACCGGTAAAGCTCTGGCTGGGCTCACACTGAGCACACGGTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATAACCGGTAAAGCTCTGGCTGGGCTCACACTGAGCACACGGTAAA  429

seq1  CACACTGCTCAGGGCAGTACAGAGGAGCTTTGAATGTAGTTTTAAAGCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGCTCAGGGCAGTACAGAGGAGCTTTGAATGTAGTTTTAAAGCAA  479

seq1  TGGGAAACACTGATGAACATTAAGGAGAATCTCAGCATCCGTCTTGTGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAACACTGATGAACATTAAGGAGAATCTCAGCATCCGTCTTGTGCT  529

seq1  TTTAAAAGCATCGTTCTGGCAGGCTATCAGTTCTGCTGCCAGACCTCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAGCATCGTTCTGGCAGGCTATCAGTTCTGCTGCCAGACCTCTTC  579

seq1  TGTGGCTTTGTTTGGTGTATCATTAAGAACCTTAGCCTTCATTCAGCCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCTTTGTTTGGTGTATCATTAAGAACCTTAGCCTTCATTCAGCCTT  629

seq1  CCTGTCTCACAGGCTTATTTCCTGAATTAAATCCCTTCACGCGGAAGGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCTCACAGGCTTATTTCCTGAATTAAATCCCTTCACGCGGAAGGTA  679

seq1  GAGTGATGTCTATTTCTTAAAGCTAGTCCCCAGCTGATACAGAAAATATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGATGTCTATTTCTTAAAGCTAGTCCCCAGCTGATACAGAAAATATT  729

seq1  TGAAGTATTCTGGACAAGATATAACCATGACCTAAATTAGCATGCTGTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTATTCTGGACAAGATATAACCATGACCTAAATTAGCATGCTGTCA  779

seq1  TGGGGAATGGATGGGAGAGACTATAGTTGAGGGAAAGTTAAGAAAACGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAATGGATGGGAGAGACTATAGTTGAGGGAAAGTTAAGAAAACGAA  829

seq1  TCAGAAGAACTCAGTGGTTGTTTGAATCCAAGGTTGGGAAGGAATAACAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAGAACTCAGTGGTTGTTTGAATCCAAGGTTGGGAAGGAATAACAC  879

seq1  CTGACTCATAAATTATTGACTTGAGAAACGATGTGGGTGGCGGTACCATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTCATAAATTATTGACTTGAGAAACGATGTGGGTGGCGGTACCATT  929

seq1  TCTTAAGACTATCAAGATTGAAGTAGGAATGGTTTGAATAGACAACCTCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAGACTATCAAGATTGAAGTAGGAATGGTTTGAATAGACAACCTCT  979

seq1  CCTTTAACCCTAACCTCACTCTATTTAAGACATATTTAAAGTATATATAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAACCCTAACCTCACTCTATTTAAGACATATTTAAAGTATATATAA  1029

seq1  TTGGAGACGTGGCAAAAGCTGTTGAATATATAAGTCTAATGTTCAGAAGA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGACGTGGCAAAAGCTGTTGAATATATAAGTCTAATGTTCAGAAGA  1079

seq1  AAGGCCTGGGCTGGTTTTGGAA  1122
      ||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCTGGGCTGGTTTTGGAA  1101

seq1: chr8_88832222_88833285
seq2: B6Ng01-026D11.g_68_1105

seq1  GAATTCTCTGTGTAATCAAGGCTGCAATTAATACCTCATGAGTCACAGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGTGTAATCAAGGCTGCAATTAATACCTCATGAGTCACAGCT  50

seq1  TTCCATTTGTCTGAGTCTCTGCTACCTTTCATGCCAAATACTGGGCAGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATTTGTCTGAGTCTCTGCTACCTTTCATGCCAAATACTGGGCAGGT  100

seq1  TCTAAAGAGCAGGCTATTGTTTCTCTTTGCAGAAACTTTCATGCCTCAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAGAGCAGGCTATTGTTTCTCTTTGCAGAAACTTTCATGCCTCAAC  150

seq1  TCTTCCATACCAATCCACAGTGTCCCTAATAGTCCTTTCCTAAATAGTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCATACCAATCCACAGTGTCCCTAATAGTCCTTTCCTAAATAGTAT  200

seq1  TTCTTTTCCTTTCTCCTGCACATAAATGCTTACCATTGAGTTCATGATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTCCTTTCTCCTGCACATAAATGCTTACCATTGAGTTCATGATGT  250

seq1  GAACTCAATCTTGCTTGGCTAGCTCAAACATAGCTTTCCAACAAATATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCAATCTTGCTTGGCTAGCTCAAACATAGCTTTCCAACAAATATAA  300

seq1  ATCTTAAGTGGGTTGGTGCAATTCTCAGTCATTGTTCAGCTCTGGATAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTAAGTGGGTTGGTGCAATTCTCAGTCATTGTTCAGCTCTGGATAGA  350

seq1  CAGGAGTTTCATAGAGTCCTTAGAGCTAACTGGATTGACTCATGTAGCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGTTTCATAGAGTCCTTAGAGCTAACTGGATTGACTCATGTAGCCT  400

seq1  AGGCTGGCCTAGACTCACCATGAAGCCAATAATGACTTTGAACTTCTGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGGCCTAGACTCACCATGAAGCCAATAATGACTTTGAACTTCTGGT  450

seq1  CTTTCTGCCGCCTTCTTGAGTGCTGGGTTACAGGAGTGCTTTTTGTCAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGCCGCCTTCTTGAGTGCTGGGTTACAGGAGTGCTTTTTGTCAGT  500

seq1  GCTGGGGCTAGAACTCAGGGCCTTGGGCATGCTAGAAAAATGCTCTACTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGGCTAGAACTCAGGGCCTTGGGCATGCTAGAAAAATGCTCTACTA  550

seq1  ACTAAGCTACTTCCAGCTCATAGGTTGTGATGAGTATCCCATGTGGAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGCTACTTCCAGCTCATAGGTTGTGATGAGTATCCCATGTGGAATG  600

seq1  GACATGAGGTCATTGTAAGCCCAATGGGTTGTAGCAATCAGGCAGAATGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGAGGTCATTGTAAGCCCAATGGGTTGTAGCAATCAGGCAGAATGC  650

seq1  TTCCTAGGAGTCTGTAAATCCTCCCTAAGACACCAAGCCACTCTCTTAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAGGAGTCTGTAAATCCTCCCTAAGACACCAAGCCACTCTCTTAGT  700

seq1  GAAAGTATTCTGAAAATTGGTTGAATTCCCCTAACTCCCCAGACCCCCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTATTCTGAAAATTGGTTGAATTCCCCTAACTCCCCAGACCCCCAA  750

seq1  GTGCCAGCGAGTGATTGTGTGTAGGTGATGGGTAAAGAAATGTTTATGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCAGCGAGTGATTGTGTGTAGGTGATGGGTAAAGAAATGTTTATGCA  800

seq1  AATTGAATCCTGATTAGCTACAAAAAACTGGTCTGTTTTGAGTGTGTTCA  850
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAATCCTGATTAGCTAC-AAAAACTGGTCTGTTTTGAGTGTGTTCA  849

seq1  TTTTTATTTGAGGGCTTTGTTTGCACATTAGCTGCACACAATGTGATTTA  900
      |||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||| |||
seq2  TTTTTATTTGAGGG-TTTGTTTGCACAT--ACTGCACACAATGTGA-TTA  895

seq1  CATCATTGGCCTCACCCTGTCTTATTTTCCTTAATGTAATTGTCTGTTCA  950
      ||||||||||||||||||||| |||||  | |||||| ||||||||||||
seq2  CATCATTGGCCTCACCCTGTC-TATTT--CCTAATGT-ATTGTCTGTTCA  941

seq1  GATCCACTGATGGTGAAAATTGCATTTGTCCTTATCAGCAAAGATTCTAA  1000
      ||||||||||||||||||  |||| |||||  ||||||| |||| |||||
seq2  GATCCACTGATGGTGAAA--TGCA-TTGTC--TATCAGC-AAGA-TCTAA  984

seq1  AAATGAGAAGTTCAAGGAGGCAAAAGCTTTAAATGCAGGAAAAGTATGTT  1050
      || |||| ||||||  |||||  ||||||| |||||||| ||||||||| 
seq2  AATTGAG-AGTTCA--GAGGC--AAGCTTT-AATGCAGG-AAAGTATGT-  1026

seq1  TATTATTTTTTAGG  1064
         |||||||||||
seq2  --ATATTTTTTAGG  1038