BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-038E05
Chromosome8 (Build37)
Map Location 101,378,178 - 101,526,132
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG384885, LOC100041173, EG636915
Downstream geneCdh8, A330008L17Rik, LOC667531
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-038E05.bB6Ng01-038E05.g
ACCDH865875DH865876
length1,1241,066
definitionDH865875|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038E05, 5' end.DH865876|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038E05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,378,178 - 101,379,313)(101,525,056 - 101,526,132)
sequence
gaattctctttatattttttagaataactacttggctttccccctaaaca
ttagtgttattcactataaaaggcaattgatgatacaaacagtacacaat
tattaagtatgtgttaatgatgctattgtttattgttggtaatttgtaaa
tgttccttctcttgtcacatttagatatttattgattgattgattttaat
tccaatgaagagtaaagcaaaccatgtaaaaccacagaagttccacagat
tgaaaggaaaattgttttaatgaaaactaacaaccttttgatcatcctga
gtaatgaaacagtacagcttttataatcctatgaaattaaaaaaaaaaaa
aactagctacactttacatcaaacaagtatgtgaacttcatagaataacc
agaacacatatctgattggcacaaattacctgggatgaaagaaccaatta
accagtgtttaggaaagagttaaatttttgaaatgaaagaaagtcaaaag
gatctgacccagagtgtagcaaagatgatattcaagctgcaactgattac
atgaagatatcttgtggagaacctggtctcttttcaacctgtggacaatg
agatgctaaaggaaatacaaggagattgggggtcatttggaaaacggaaa
cagacacatactttagatttctataaagatggggagtacatccttgcaac
ccttaaacatttcaatttaagtgtttctacatcattcataagactttact
tttgaaggaaaaaaattaaaattcttacgagattccccgaagtgaaacac
ttgcaaggccagcctacacatgaataatcagagtagactcaagctttcca
aatcagattctccaagtagaatgtagagattgtgtgtatattccttagaa
acctaaagaaatgtgggcactttccaaataacaatttacatccagaaatg
caaattatccaaggctttagcacaccttgtatctcataagccttcttgtt
tatggatctgctgatatatattgacagatgcgcgatatgctcatgatatt
ttgtcattacttggctctaggatgtctctaagcatctcaatctcaacaga
tctaggaaaagcgagtgcactgca
gaattcactctatggaattcacagggcagaaggagggaacagtctcctag
acatggttgtcttaccttcaaatgcacatgaccttgtgaatgcgcctata
cccatgcacacatacacacatacacacataacaaacaaatatataagtaa
gacagttaggggggagtataagatctggagccaaattctacagacaaata
tcacacctgattttgttatttttcaacaatatcgcagtgggctcgtccat
ttcctaatctctaaaatgctaacaagaagttttcttctagtttctgtgag
aatttcacatagtcatacacataaggtgtttcaaatcatatcagaaatat
gttatagagtgcatatctaaagcatatacgaaaggacgtgagctctaggc
acatgctagctagggtttctttatggtggtgtataaacatgcgttagtat
gtgtgcacgtacactatattaatgtgaattattaaattcataatattttc
ttcaagatggttgtaggggatgcttcaacaataattccctttcacctctt
gaaataaagtatcttatcattcttgtgtaatatctgattgcttgtacttc
tgagcatatgtatctattttaatattgaccataggcacctcagataatac
ctgaaccttatacgataagtgaagaagtctgatagctttaaagtttcaga
gagaggggggctttagtttataaattatttctcggtctcctaagccgtaa
aataaacacacactctgaatgcaggaccaacactggtgattcccaagtcc
acagccagccccgtttatgtttatgatgtttgcttgtttcagagtcagct
cctttcctctgacttcacttgcacaaattcccatctaaggggtttagata
agcagaaaatacaaaggaacaatttgtaaacacatgtttcttagctctga
acacatgtgggaggacaaaagggagtcacaactccctgatctatcttttg
aattgaaagcagtcatgactattttgatgatttatttgggagtgacaaaa
gagccatctgactaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_101378178_101379313
seq2: B6Ng01-038E05.b_43_1166

seq1  GAATTCTCTTTATATTTTTTAGAATAACTACTTGGCTTTCCCCCTAAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTTATATTTTTTAGAATAACTACTTGGCTTTCCCCCTAAACA  50

seq1  TTAGTGTTATTCACTATAAAAGGCAATTGATGATACAAACAGTACACAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGTTATTCACTATAAAAGGCAATTGATGATACAAACAGTACACAAT  100

seq1  TATTAAGTATGTGTTAATGATGCTATTGTTTATTGTTGGTAATTTGTAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAGTATGTGTTAATGATGCTATTGTTTATTGTTGGTAATTTGTAAA  150

seq1  TGTTCCTTCTCTTGTCACATTTAGATATTTATTGATTGATTGATTTTAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCTTCTCTTGTCACATTTAGATATTTATTGATTGATTGATTTTAAT  200

seq1  TCCAATGAAGAGTAAAGCAAACCATGTAAAACCACAGAAGTTCCACAGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATGAAGAGTAAAGCAAACCATGTAAAACCACAGAAGTTCCACAGAT  250

seq1  TGAAAGGAAAATTGTTTTAATGAAAACTAACAACCTTTTGATCATCCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGGAAAATTGTTTTAATGAAAACTAACAACCTTTTGATCATCCTGA  300

seq1  GTAATGAAACAGTACAGCTTTTATAATCCTATGAAATTAAAAAAAAAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGAAACAGTACAGCTTTTATAATCCTATGAAATTAAAAAAAAAAAA  350

seq1  AACTAGCTACACTTTACATCAAACAAGTATGTGAACTTCATAGAATAACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGCTACACTTTACATCAAACAAGTATGTGAACTTCATAGAATAACC  400

seq1  AGAACACATATCTGATTGGCACAAATTACCTGGGATGAAAGAACCAATTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACACATATCTGATTGGCACAAATTACCTGGGATGAAAGAACCAATTA  450

seq1  ACCAGTGTTTAGGAAAGAGTTAAATTTTTGAAATGAAAGAAAGTCAAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGTGTTTAGGAAAGAGTTAAATTTTTGAAATGAAAGAAAGTCAAAAG  500

seq1  GATCTGACCCAGAGTGTAGCAAAGATGATATTCAAGCTGCAACTGATTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGACCCAGAGTGTAGCAAAGATGATATTCAAGCTGCAACTGATTAC  550

seq1  ATGAAGATATCTTGTGGAGAACCTGGTCTCTTTTCAACCTGTGGACAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGATATCTTGTGGAGAACCTGGTCTCTTTTCAACCTGTGGACAATG  600

seq1  AGATGCTAAAGGAAATACAAGGAGATTGGGGGTCATTTGGAAAACGGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCTAAAGGAAATACAAGGAGATTGGGGGTCATTTGGAAAACGGAAA  650

seq1  CAGACACATACTTTAGATTTCTATAAAGATGGGGAGTACATCCTTGCAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACACATACTTTAGATTTCTATAAAGATGGGGAGTACATCCTTGCAAC  700

seq1  CCTTAAACATTTCAATTTAAGTGTTTCTACATCATTCATAAGACTTTACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAAACATTTCAATTTAAGTGTTTCTACATCATTCATAAGACTTTACT  750

seq1  TTTGAAGGAAAAAAATTAAAATTCTTACGAGATTCCCCGAAGTGAAACAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAGGAAAAAAATTAAAATTCTTACGAGATTCCCCGAAGTGAAACAC  800

seq1  TTGCAAGGCCAGCCTACACATGAATAATCAGAGTAGACTCAAGCTTTCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAAGGCCAGCCTACACATGAATAATCAGAGTAGACTCAAGCTTTCCA  850

seq1  AATCAGATTCTCCAAGTAGAATGTAGAGATTGTGTGTATATTCCTTAGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGATTCTCCAAGTAGAATGTAGAGATTGTGTGTATATTCCTTAGAA  900

seq1  ACCTAAAGAAATGTGGGCACTTTCCAAATAACAATTTACATCCAGAAATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAAAGAAATGTGGGCACTTTCCAAATAACAATTTACATCCAGAAATG  950

seq1  CAAATTATCCAAGGGCTTTAGCAACACCTTGTATCTCATAAGCCTTCTTG  1000
      |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTATCCAA-GGCTTTAGC-ACACCTTGTATCTCATAAGCCTTCTTG  998

seq1  TTTATGGATCTGCTGATATATATTGACAGATGCGCGAATATGCTCATGAT  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTTATGGATCTGCTGATATATATTGACAGATGCGCG-ATATGCTCATGAT  1047

seq1  ATTTTGTCATTACTTGGCCTTCTAGGGAATGTCTCTAAGCATCTCAATCT  1100
      ||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGTCATTACTTGGC--TCTAGG--ATGTCTCTAAGCATCTCAATCT  1093

seq1  CAAACAGGATCATAGGGAGAAGCGAGTGCAACTGCA  1136
      | |||| |||| || ||| |||||||||| ||||||
seq2  C-AACA-GATC-TA-GGAAAAGCGAGTGC-ACTGCA  1124

seq1: chr8_101525056_101526132
seq2: B6Ng01-038E05.g_64_1129 (reverse)

seq1  CTTAGTCAGATTAGCCTCTTTTGTCACTTCCCAAAATAAAATCATTCAAA  50
      |||||||||||  | |||||||||||| |||||||   |||||| |||||
seq2  CTTAGTCAGAT--GGCTCTTTTGTCAC-TCCCAAA--TAAATCA-TCAAA  44

seq1  ATAGTCATGACTGCTTTCCAATTCAAAAGATTAGATCAGGGAGTTGTGAC  100
      ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCATGACTGCTTT-CAATTCAAAAGA-TAGATCAGGGAGTTGTGAC  92

seq1  TCCCTTTTGTTCCTCCCACATTGTGTTCAGAGCTAAAGAAACATGTGTTT  150
      ||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCCCTTTTG-TCCTCCCACA-TGTGTTCAGAGCT-AAGAAACATGTGTTT  139

seq1  ACAAATTGTTCCTTTGTATTTTCTGCTTATCTAAACCCCTTAGATGGGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATTGTTCCTTTGTATTTTCTGCTTATCTAAACCCCTTAGATGGGAA  189

seq1  TTTGTGCAAGTGAAGTCAGAGGAAAGGAGCTGACTCTGAAACAAGCAAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGCAAGTGAAGTCAGAGGAAAGGAGCTGACTCTGAAACAAGCAAAC  239

seq1  ATCATAAACATAAACGGGGCTGGCTGTGGACTTGGGAATCACCAGTGTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAAACATAAACGGGGCTGGCTGTGGACTTGGGAATCACCAGTGTTG  289

seq1  GTCCTGCATTCAGAGTGTGTGTTTATTTTACGGCTTAGGAGACCGAGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGCATTCAGAGTGTGTGTTTATTTTACGGCTTAGGAGACCGAGAAA  339

seq1  TAATTTATAAACTAAAGCCCCCCTCTCTCTGAAACTTTAAAGCTATCAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTATAAACTAAAGCCCCCCTCTCTCTGAAACTTTAAAGCTATCAGA  389

seq1  CTTCTTCACTTATCGTATAAGGTTCAGGTATTATCTGAGGTGCCTATGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCACTTATCGTATAAGGTTCAGGTATTATCTGAGGTGCCTATGGT  439

seq1  CAATATTAAAATAGATACATATGCTCAGAAGTACAAGCAATCAGATATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATTAAAATAGATACATATGCTCAGAAGTACAAGCAATCAGATATTA  489

seq1  CACAAGAATGATAAGATACTTTATTTCAAGAGGTGAAAGGGAATTATTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGAATGATAAGATACTTTATTTCAAGAGGTGAAAGGGAATTATTGT  539

seq1  TGAAGCATCCCCTACAACCATCTTGAAGAAAATATTATGAATTTAATAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCATCCCCTACAACCATCTTGAAGAAAATATTATGAATTTAATAAT  589

seq1  TCACATTAATATAGTGTACGTGCACACATACTAACGCATGTTTATACACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATTAATATAGTGTACGTGCACACATACTAACGCATGTTTATACACC  639

seq1  ACCATAAAGAAACCCTAGCTAGCATGTGCCTAGAGCTCACGTCCTTTCGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATAAAGAAACCCTAGCTAGCATGTGCCTAGAGCTCACGTCCTTTCGT  689

seq1  ATATGCTTTAGATATGCACTCTATAACATATTTCTGATATGATTTGAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCTTTAGATATGCACTCTATAACATATTTCTGATATGATTTGAAAC  739

seq1  ACCTTATGTGTATGACTATGTGAAATTCTCACAGAAACTAGAAGAAAACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTATGTGTATGACTATGTGAAATTCTCACAGAAACTAGAAGAAAACT  789

seq1  TCTTGTTAGCATTTTAGAGATTAGGAAATGGACGAGCCCACTGCGATATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTTAGCATTTTAGAGATTAGGAAATGGACGAGCCCACTGCGATATT  839

seq1  GTTGAAAAATAACAAAATCAGGTGTGATATTTGTCTGTAGAATTTGGCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAAAAATAACAAAATCAGGTGTGATATTTGTCTGTAGAATTTGGCTC  889

seq1  CAGATCTTATACTCCCCCCTAACTGTCTTACTTATATATTTGTTTGTTAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCTTATACTCCCCCCTAACTGTCTTACTTATATATTTGTTTGTTAT  939

seq1  GTGTGTATGTGTGTATGTGTGCATGGGTATAGGCGCATTCACAAGGTCAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTATGTGTGTATGTGTGCATGGGTATAGGCGCATTCACAAGGTCAT  989

seq1  GTGCATTTGAAGGTAAGACAACCATGTCTAGGAGACTGTTCCCTCCTTCT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATTTGAAGGTAAGACAACCATGTCTAGGAGACTGTTCCCTCCTTCT  1039

seq1  GCCCTGTGAATTCCATAGAGTGAATTC  1077
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGTGAATTCCATAGAGTGAATTC  1066