BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-038G03
Chromosome8 (Build37)
Map Location 52,780,132 - 52,912,481
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC667517
Downstream geneLOC623872, LOC100040220, LOC623935, 1190028D05Rik, LOC676688
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-038G03.bB6Ng01-038G03.g
ACCDH865959DH865960
length1,1091,112
definitionDH865959|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038G03, 5' end.DH865960|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038G03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,911,360 - 52,912,481)(52,780,132 - 52,781,251)
sequence
gaattcactgtacaaaaaaaagctagtttcttaattttcaaatttaaaga
aaatatttacttcataaaatacagtaaatattgtacacagagagtgtttt
aggttccaacattggaacacttgcttcctggactgttgctactatttgga
cagattgtaaatcatttaaaagtatcatcagtcttccttggggaagtcgg
ccactatgattgattgggctttgagaagttattagccttagctcaatgcc
agtttcctgtctcagtttgtgcttacagctgaagattttagtgtcttact
tctctagctacctgttttcatgtcactgccttcattgtgatctcttactc
tgaactcatgagctcaaataaaccttttcttcctcaagttacctatgacc
acggagttttacatagcaacagacaatatcacatcaaaagaaatgttgtc
actctgaaagaacaagatccagaacagtctcttataagaaaatatattca
aatgctcctcaaattgttgcaaccattgagtaaatcaaaattatctaaaa
tcaagtgtcatttacttttatcctgctatgaaagcttaataagttgtgga
taacccaacatgaaatatttggttatatgaaggaagttccctcaacataa
attttcctaagatgtaggattttccatatatattgaatatatttatggat
atatatgcataaatcacttatatatgcaatatatatctaaattatataaa
tgtatatttaaatacatgatacaggtgtacatggaagcatcagaatatat
atttgaattttattttggttatatatacatagcattcactaactagctat
gaaataacattattctgaccttaatgtacacaacaaaattttgaaatgtt
agctaatattcaatgattactgtatctttactttcttacatgaagtaaaa
aaaacagacagattacttctttagattgagaaatcattatattggtttta
aattgtgcagcctatttcttggtctggtataaggtaaatacctcatgtcg
atgcctttttttgtggcccccctcctcttcatctttttagtgaagattag
tttattata
gaattccaactgcagagtcactccctccttctggtctggggccatcttag
gtaaggagttgtaaacaatgcaagagtcgggtatttggagggaaccatgg
tcagatagaatcttctggaaatgacatgaccaatgcagtcatgaaatatc
aacacttggttgcccgaacaagaccatcacagtggatagtctatcaagaa
ataaaaagtagttcctgatttcccctgtctaaaagtctatggacagtaga
atttgtttggggaggacagttagttttcttgtagaatttgcttatgaccc
atctgttttgctccagtgaatgctcccacagatagaagtatatggacaat
acaaatttaaattgacaggcctaatgattagaagttattttaataaacat
atatttctataaaacaagaattcaagagaggaattagtatctcaagagat
gaattatttatacttgattgaaaagttgctggcttcatggcaataatatt
aaatttaaaacaatcagaataaaatcatgtgaaactgttttgttgctttt
acagtaaggttggtcattattttaaataatgtaaaaattctttttacaga
caatttagttttcaattgtagtatgtaaatcttataatttaatgttaact
cacagttatttgaattataatcaccttttaacattaataatgaagatagc
aagactgctccctaggaaagtatttgattcagatgattgacaacatgagg
tgatgcacatatgaccttgtaacgcctgtgacagcacacatgggttctgc
acagatttaaaccacacagtgtcccaccattaagatagacaagtcagtat
ggggttctatctctaacaaaaaaacaataaaaaaagccatccactttttg
gttttattactggcttattggctgcacatgtagctatcaattttgagttc
ttctcagttgtgtgtgtggtcatgcttttatttgtccttaagtgtgctct
aaactaatttgctcttatgatcacagcaaagaatagaacactatttcaaa
gccagatctgagcgaagcatcatacctgattctgatgagactaatttcac
ttattattttat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_52911360_52912481
seq2: B6Ng01-038G03.b_42_1150 (reverse)

seq1  TATAAATTAAACTAATACCTTCACTTAAAAAAAGATGAAAGAGGAGTGAG  50
      |||||  |||||||||  |||||||   ||||||||| |||||||| | |
seq2  TATAA--TAAACTAAT--CTTCACT---AAAAAGATG-AAGAGGAGGGGG  42

seq1  GGCACATAAAAAAGGCATCGGACATGAGGTATTTAACATTATTAACAGA-  99
      | |||| |||||||||||| |||||||||||||| || ||| || |||| 
seq2  GCCACA-AAAAAAGGCATC-GACATGAGGTATTT-ACCTTA-TACCAGAC  88

seq1  CAAGAAATAGGCTGCACAATTTAAAACCAATATAATGATTTCTCAAATCT  149
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CAAGAAATAGGCTGCACAATTTAAAACCAATATAATGATTTCTC-AATCT  137

seq1  AAAG-AGTAATCTGTCTGTTTTTATTTACCTTCATGTAAGAAAGTAAAGA  198
      |||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAGTAATCTGTCTGTTTTT-TTTA-CTTCATGTAAGAAAGTAAAGA  185

seq1  TACAGTAATCATTGAATATTAGCTAACATTTCAAAATTTTGTTGTGTACA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTAATCATTGAATATTAGCTAACATTTCAAAATTTTGTTGTGTACA  235

seq1  TTAAGGTCAGAATAATGTTATTTCATAGCTAGTTAGTGAATGCTATGTAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGTCAGAATAATGTTATTTCATAGCTAGTTAGTGAATGCTATGTAT  285

seq1  ATATAACCAAAATAAAATTCAAATATATATTCTGATGCTTCCATGTACAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAACCAAAATAAAATTCAAATATATATTCTGATGCTTCCATGTACAC  335

seq1  CTGTATCATGTATTTAAATATACATTTATATAATTTAGATATATATTGCA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATCATGTATTTAAATATACATTTATATAATTTAGATATATATTGCA  385

seq1  TATATAAGTGATTTATGCATATATATCCATAAATATATTCAATATATATG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAAGTGATTTATGCATATATATCCATAAATATATTCAATATATATG  435

seq1  GAAAATCCTACATCTTAGGAAAATTTATGTTGAGGGAACTTCCTTCATAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATCCTACATCTTAGGAAAATTTATGTTGAGGGAACTTCCTTCATAT  485

seq1  AACCAAATATTTCATGTTGGGTTATCCACAACTTATTAAGCTTTCATAGC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAATATTTCATGTTGGGTTATCCACAACTTATTAAGCTTTCATAGC  535

seq1  AGGATAAAAGTAAATGACACTTGATTTTAGATAATTTTGATTTACTCAAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAAAAGTAAATGACACTTGATTTTAGATAATTTTGATTTACTCAAT  585

seq1  GGTTGCAACAATTTGAGGAGCATTTGAATATATTTTCTTATAAGAGACTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCAACAATTTGAGGAGCATTTGAATATATTTTCTTATAAGAGACTG  635

seq1  TTCTGGATCTTGTTCTTTCAGAGTGACAACATTTCTTTTGATGTGATATT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGATCTTGTTCTTTCAGAGTGACAACATTTCTTTTGATGTGATATT  685

seq1  GTCTGTTGCTATGTAAAACTCCGTGGTCATAGGTAACTTGAGGAAGAAAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTTGCTATGTAAAACTCCGTGGTCATAGGTAACTTGAGGAAGAAAA  735

seq1  GGTTTATTTGAGCTCATGAGTTCAGAGTAAGAGATCACAATGAAGGCAGT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTATTTGAGCTCATGAGTTCAGAGTAAGAGATCACAATGAAGGCAGT  785

seq1  GACATGAAAACAGGTAGCTAGAGAAGTAAGACACTAAAATCTTCAGCTGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGAAAACAGGTAGCTAGAGAAGTAAGACACTAAAATCTTCAGCTGT  835

seq1  AAGCACAAACTGAGACAGGAAACTGGCATTGAGCTAAGGCTAATAACTTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACAAACTGAGACAGGAAACTGGCATTGAGCTAAGGCTAATAACTTC  885

seq1  TCAAAGCCCAATCAATCATAGTGGCCGACTTCCCCAAGGAAGACTGATGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGCCCAATCAATCATAGTGGCCGACTTCCCCAAGGAAGACTGATGA  935

seq1  TACTTTTAAATGATTTACAATCTGTCCAAATAGTAGCAACAGTCCAGGAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTTAAATGATTTACAATCTGTCCAAATAGTAGCAACAGTCCAGGAA  985

seq1  GCAAGTGTTCCAATGTTGGAACCTAAAACACTCTCTGTGTACAATATTTA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTGTTCCAATGTTGGAACCTAAAACACTCTCTGTGTACAATATTTA  1035

seq1  CTGTATTTTATGAAGTAAATATTTTCTTTAAATTTGAAAATTAAGAAACT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATTTTATGAAGTAAATATTTTCTTTAAATTTGAAAATTAAGAAACT  1085

seq1  AGCTTTTTTTTGTACAGTGAATTC  1122
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTTTTTTGTACAGTGAATTC  1109

seq1: chr8_52780132_52781251
seq2: B6Ng01-038G03.g_69_1180

seq1  GAATTCCAACTGCAGAGTCACTCCCTCCTTCTGGTCTGGGGCCATCTTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAACTGCAGAGTCACTCCCTCCTTCTGGTCTGGGGCCATCTTAG  50

seq1  GTAAGGAGTTGTAAACAATGCAAGAGTCGGGTATTTGGAGGGAACCATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGAGTTGTAAACAATGCAAGAGTCGGGTATTTGGAGGGAACCATGG  100

seq1  TCAGATAGAATCTTCTGGAAATGACATGACCAATGCAGTCATGAAATATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATAGAATCTTCTGGAAATGACATGACCAATGCAGTCATGAAATATC  150

seq1  AACACTTGGTTGCCCGAACAAGACCATCACAGTGGATAGTCTATCAAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTTGGTTGCCCGAACAAGACCATCACAGTGGATAGTCTATCAAGAA  200

seq1  ATAAAAAGTAGTTCCTGATTTCCCCTGTCTAAAAGTCTATGGACAGTAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAAGTAGTTCCTGATTTCCCCTGTCTAAAAGTCTATGGACAGTAGA  250

seq1  ATTTGTTTGGGGAGGACAGTTAGTTTTCTTGTAGAATTTGCTTATGACCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTTGGGGAGGACAGTTAGTTTTCTTGTAGAATTTGCTTATGACCC  300

seq1  ATCTGTTTTGCTCCAGTGAATGCTCCCACAGATAGAAGTATATGGACAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTTTTGCTCCAGTGAATGCTCCCACAGATAGAAGTATATGGACAAT  350

seq1  ACAAATTTAAATTGACAGGCCTAATGATTAGAAGTTATTTTAATAAACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATTTAAATTGACAGGCCTAATGATTAGAAGTTATTTTAATAAACAT  400

seq1  ATATTTCTATAAAACAAGAATTCAAGAGAGGAATTAGTATCTCAAGAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTCTATAAAACAAGAATTCAAGAGAGGAATTAGTATCTCAAGAGAT  450

seq1  GAATTATTTATACTTGATTGAAAAGTTGCTGGCTTCATGGCAATAATATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTATTTATACTTGATTGAAAAGTTGCTGGCTTCATGGCAATAATATT  500

seq1  AAATTTAAAACAATCAGAATAAAATCATGTGAAACTGTTTTGTTGCTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTAAAACAATCAGAATAAAATCATGTGAAACTGTTTTGTTGCTTTT  550

seq1  ACAGTAAGGTTGGTCATTATTTTAAATAATGTAAAAATTCTTTTTACAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTAAGGTTGGTCATTATTTTAAATAATGTAAAAATTCTTTTTACAGA  600

seq1  CAATTTAGTTTTCAATTGTAGTATGTAAATCTTATAATTTAATGTTAACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTAGTTTTCAATTGTAGTATGTAAATCTTATAATTTAATGTTAACT  650

seq1  CACAGTTATTTGAATTATAATCACCTTTTAACATTAATAATGAAGATAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTTATTTGAATTATAATCACCTTTTAACATTAATAATGAAGATAGC  700

seq1  AAGACTGCTCCCTAGGAAAGTATTTGATTCAGATGATTGACAACATGAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTGCTCCCTAGGAAAGTATTTGATTCAGATGATTGACAACATGAGG  750

seq1  TGATGCACATATGACCTTGTAACGCCTGTGACAGCACACATGGGTTCTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCACATATGACCTTGTAACGCCTGTGACAGCACACATGGGTTCTGC  800

seq1  ACAGATTTAAACCACACAGTGTCCCACCATTAAGATAGACAAGTCAGTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATTTAAACCACACAGTGTCCCACCATTAAGATAGACAAGTCAGTAT  850

seq1  GGGGTTCTATCTCTAACAAAAAAACAATAAAAAAAGGCCATCCACTTTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GGGGTTCTATCTCTAACAAAAAAACAATAAAAAAA-GCCATCCACTTTTT  899

seq1  GGTTTTATTACTGGCTTATTGGCTGCACATTGTAGCTATCAATTTTGAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTATTACTGGCTTATTGGCTGCACA-TGTAGCTATCAATTTTGAGT  948

seq1  TCTTCTCAGTTGTGTGTGTGGTCATGCTTTTAATGTGTCCTTAAGTGTGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
seq2  TCTTCTCAGTTGTGTGTGTGGTCATGCTTTT-ATTTGTCCTTAAGTGTGC  997

seq1  TCTAAACTAATTTTGCTCTTAATGAATCACAGCAAAAGAATAGAACACTA  1050
      |||||||||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||
seq2  TCTAAACTAA-TTTGCTCTT-ATG-ATCACAGC-AAAGAATAGAACACTA  1043

seq1  TTTCAAAAGCCAGATCTGAGCGAAGTCATCATACCTGATATCTGATGAGA  1100
      |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTTC-AAAGCCAGATCTGAGCGAAG-CATCATACCTGAT-TCTGATGAGA  1090

seq1  CTAATTTCAAT--CTATTTTAT  1120
      ||||||||| |   ||||||||
seq2  CTAATTTCACTTATTATTTTAT  1112