BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042K21
Chromosome8 (Build37)
Map Location 130,308,107 - 130,449,915
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTomm20, Rbm34, LOC100043368, Gabarapl2-ps8_1688.1, Pard3, EG628847
Downstream geneNrp1, LOC668494, Itgb1, LOC100042659
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042K21.bB6Ng01-042K21.g
ACCDH868979DH868980
length1,1301,086
definitionDH868979|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042K21, 5' end.DH868980|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042K21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(130,308,107 - 130,309,256)(130,448,819 - 130,449,915)
sequence
gaattcaactactctaacatgtggagctgccccaggagctttagcacaat
aattctgtgattcttgttccctaagaatgaacttcttgtttctggaataa
agtcctccatctcctgaatggagagcccatctcttggatgagaagcccat
ctttggtatgaagagcccatctttggaagccaagttaggaatataaggca
gagatccagttgctagccacctgggggctctggctgctacctgcagaacc
tgtttccttggggctgttttctgagtttccttagcttggaagcttgctgt
ttgtccacatggtgggagatcctgtggtcttagagcagaggctggcccat
gatggtgccctgacctttgggaaatgagtgctttaggatgtgttccagca
cacacagcattgatgttctctgctaagcagaagagaagtggcaggtgtcc
tttctaaacgtgcaccataaacagccattgcagtgcagggttttgggttg
ctcatccaaggtctctcaatacctccagttgggtagagaccgtggaagca
gctggggtcgttgtctgaacatttgtatgctaatggtgtcagaagaactt
tgttacacatgtactcttactacatgcatacagcaggaaaagttgccctc
cctcaaacaagctcctcactaacttcaatatgccatgaggacctagaagt
tatgacaaaatgtggtggtaaagataaacttgagttccagaagcaaaatt
tccagagtgttccaggacacccttgccctaattggatgctgaccgctcta
ttcccattggccaaagccagcactgatggtttcatggatgccatttggga
tcttgcagtccttgggacacagagcattttatccaggcaccaaaatagac
agcaaggaaaggacttgctaaacctctcagccttgccttctgttcctcag
ataccagggacagtcctctgagatgtctttttgatgccctagctgtttat
actggaataatgccagcaacttgtttcttccctagtaattggtacatctc
atcttgatccttaaaaaatattctgagctatcatccccctataattcgga
gcagctcctgctatggacctggacctcctc
gaattcaattcctagatctgttccttaaaacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacactcagcacatatatccagtggaaagatttttcat
gtgacagatgccactttacatacatatggatctattcttatcatttgtca
tttcaaaaataaacatcttgctgatctttctgcatctgtctgtgttggtc
tgccatttgcaaaatatcccataatgcatatctaaatataccattccctg
acttagagattgaggctgttttaattttttccctattataggtgatgctg
aaagtgtcaattggcacctgtgatgtcaaagagaaatggattttatctga
actacctttaagaacagttgaaacaaccttgttgtctatcctgtggtctt
tcatttactgtccagattagtttttttttttgttttctttctttattttt
tcttttgcttttgattttgtttttgtttttgtcaatttaattggagctag
agtcatttgggaaacaggaacttcaactgagaaaatggttctatccagat
tgcctgtgggcaagactggagagcattttcttgaatgattggcatggagg
tcctgcctcactgtgatgtcacttctgggtagggggtctagggtgtataa
gaaagtgaactgatcaagacaggaagagctagccatgagcagtcttcttc
catggcttgggcttcagatcctgcctccagattcttgccttgagttcctg
ctctgacttcattcaagatgggctgtgatgtggaagtgtaagatgaaatt
aattccccttttcctccccaagtcacattttcttgatgttttatcacagc
aatagaaactctaattaagacagtcactgaaagacaaagagaggaaagtt
ttcttctctgagcacagcactctttgattcagtgaaggtgatgagagcat
tttgtttattatctactcagaagatgactgggtggggaggtgtgagaacg
cctatatatccatacctgcagatagaaaatttccatcgatgattctactc
tggattcgcaactagattccacattatttggtgaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_130308107_130309256
seq2: B6Ng01-042K21.b_47_1176

seq1  GAATTCAACTACTCTAACATGTGGAGCTGCCCCAGGAGCTTTAGCACAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACTACTCTAACATGTGGAGCTGCCCCAGGAGCTTTAGCACAAT  50

seq1  AATTCTGTGATTCTTGTTCCCTAAGAATGAACTTCTTGTTTCTGGAATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTGTGATTCTTGTTCCCTAAGAATGAACTTCTTGTTTCTGGAATAA  100

seq1  AGTCCTCCATCTCCTGAATGGAGAGCCCATCTCTTGGATGAGAAGCCCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTCCATCTCCTGAATGGAGAGCCCATCTCTTGGATGAGAAGCCCAT  150

seq1  CTTTGGTATGAAGAGCCCATCTTTGGAAGCCAAGTTAGGAATATAAGGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGTATGAAGAGCCCATCTTTGGAAGCCAAGTTAGGAATATAAGGCA  200

seq1  GAGATCCAGTTGCTAGCCACCTGGGGGCTCTGGCTGCTACCTGCAGAACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCCAGTTGCTAGCCACCTGGGGGCTCTGGCTGCTACCTGCAGAACC  250

seq1  TGTTTCCTTGGGGCTGTTTTCTGAGTTTCCTTAGCTTGGAAGCTTGCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCCTTGGGGCTGTTTTCTGAGTTTCCTTAGCTTGGAAGCTTGCTGT  300

seq1  TTGTCCACATGGTGGGAGATCCTGTGGTCTTAGAGCAGAGGCTGGCCCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCACATGGTGGGAGATCCTGTGGTCTTAGAGCAGAGGCTGGCCCAT  350

seq1  GATGGTGCCCTGACCTTTGGGAAATGAGTGCTTTAGGATGTGTTCCAGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTGCCCTGACCTTTGGGAAATGAGTGCTTTAGGATGTGTTCCAGCA  400

seq1  CACACAGCATTGATGTTCTCTGCTAAGCAGAAGAGAAGTGGCAGGTGTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGCATTGATGTTCTCTGCTAAGCAGAAGAGAAGTGGCAGGTGTCC  450

seq1  TTTCTAAACGTGCACCATAAACAGCCATTGCAGTGCAGGGTTTTGGGTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAAACGTGCACCATAAACAGCCATTGCAGTGCAGGGTTTTGGGTTG  500

seq1  CTCATCCAAGGTCTCTCAATACCTCCAGTTGGGTAGAGACCGTGGAAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCCAAGGTCTCTCAATACCTCCAGTTGGGTAGAGACCGTGGAAGCA  550

seq1  GCTGGGGTCGTTGTCTGAACATTTGTATGCTAATGGTGTCAGAAGAACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGGTCGTTGTCTGAACATTTGTATGCTAATGGTGTCAGAAGAACTT  600

seq1  TGTTACACATGTACTCTTACTACATGCATACAGCAGGAAAAGTTGCCCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACACATGTACTCTTACTACATGCATACAGCAGGAAAAGTTGCCCTC  650

seq1  CCTCAAACAAGCTCCTCACTAACTTCAATATGCCATGAGGACCTAGAAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAACAAGCTCCTCACTAACTTCAATATGCCATGAGGACCTAGAAGT  700

seq1  TATGACAAAATGTGGTGGTAAAGATAAACTTGAGTTCCAGAAGCAAAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACAAAATGTGGTGGTAAAGATAAACTTGAGTTCCAGAAGCAAAATT  750

seq1  TCCAGAGTGTTCCAGGACACCCTTGCCCTAATTGGATGCTGACCGCTCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAGTGTTCCAGGACACCCTTGCCCTAATTGGATGCTGACCGCTCTA  800

seq1  TTCCCATTGGCCAAAGCCAGCACTGATGGTTTCATGGATGCCATTTGGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCATTGGCCAAAGCCAGCACTGATGGTTTCATGGATGCCATTTGGGA  850

seq1  TCTTGCAGTCCTTGGGACCACAGAGCATTTTATCCAGGCACCAAAATAGA  900
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCAGTCCTTGGGA-CACAGAGCATTTTATCCAGGCACCAAAATAGA  899

seq1  CAGCAAGG-AAGGACTTGCTAAACCTCTCAGCCTTGCCTTCTGTTCCTCA  949
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGGAAAGGACTTGCTAAACCTCTCAGCCTTGCCTTCTGTTCCTCA  949

seq1  GATACCAGGGGACAGTCCCTCTGAGATGTCTTTTTGATGCCCTAGCTTGT  999
      ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GATACCA-GGGACAGT-CCTCTGAGATGTCTTTTTGATGCCCTAGC-TGT  996

seq1  TTATACTGGAATAATGCCAGCAACTTGTTTCTTCCCCTAGTAATTGGTAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
seq2  TTATACTGGAATAATGCCAGCAACTTGTTTCTT-CCCTAGTAATTGGT-A  1044

seq1  CATTCTCATCTTGATTCTTTAAAAAAAATTATTTCTTGAGCTATTCCATC  1099
      || |||||||||||| |||    ||||| ||||   ||||||||  ||||
seq2  CA-TCTCATCTTGATCCTT----AAAAAATATT--CTGAGCTAT--CATC  1085

seq1  CTCCCTAATAATTTCTGAGCCAGCCTCCTGCTATGGCACCTTGACCTCCT  1149
      | |||| |||| ||| ||| ||| |||||||||||| |||| ||||||||
seq2  C-CCCT-ATAA-TTCGGAG-CAG-CTCCTGCTATGG-ACCTGGACCTCCT  1129

seq1  C  1150
      |
seq2  C  1130

seq1: chr8_130448819_130449915
seq2: B6Ng01-042K21.g_69_1154 (reverse)

seq1  GTTCTACCAACTAATGTGGAATATCATGTTGCTGATACAGGCTTAGATTC  50
      |||| ||||| |||||||||  |||  |||||  || || |  |||| ||
seq2  GTTC-ACCAAATAATGTGGA--ATCTAGTTGCGAATCCA-GAGTAGAATC  46

seq1  CTTCAGTTGAAATTTTTCTATCTGTCATGTATGGATATATATGCTGTTCT  100
       |   | || || ||||||||||| || ||||||||||||| || |||||
seq2  AT--CGATGGAAATTTTCTATCTG-CAGGTATGGATATATAGGC-GTTCT  92

seq1  CAACACCTTCCCACCCAGTTCATCTTCTG-GTAGAATATCAAACAAAATG  149
      | |||||| ||||||||| |||||||||| |||| |||  ||||||||||
seq2  C-ACACCTCCCCACCCAG-TCATCTTCTGAGTAG-ATAATAAACAAAATG  139

seq1  CTCTCATCCACCTTCACTGAATCAAAGAGTGCTGTGCTCAGAGAAGAAAA  199
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAT-CACCTTCACTGAATCAAAGAGTGCTGTGCTCAGAGAAGAAAA  188

seq1  CTTTCCTCTTCTTTGTCTTTCAGTGACTGTCTTAATTAGAGTTTCTATTG  249
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTC-TCTTTGTCTTTCAGTGACTGTCTTAATTAGAGTTTCTATTG  237

seq1  CTGTGATAAAACATCAAGAAAATGTGACTTGGGGAGG-AAAGGGGAATTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTGTGATAAAACATCAAGAAAATGTGACTTGGGGAGGAAAAGGGGAATTA  287

seq1  ATTTCATCTTACACTTCCACATCACAGCCCATCTTGAATGAAGTCAGAGC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCATCTTACACTTCCACATCACAGCCCATCTTGAATGAAGTCAGAGC  337

seq1  AGGAACTCAAGGCAAGAATCTGGAGGCAGGATCTGAAGCCCAAGCCATGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACTCAAGGCAAGAATCTGGAGGCAGGATCTGAAGCCCAAGCCATGG  387

seq1  AAGAAGACTGCTCATGGCTAGCTCTTCCTGTCTTGATCAGTTCACTTTCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGACTGCTCATGGCTAGCTCTTCCTGTCTTGATCAGTTCACTTTCT  437

seq1  TATACACCCTAGACCCCCTACCCAGAAGTGACATCACAGTGAGGCAGGAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACACCCTAGACCCCCTACCCAGAAGTGACATCACAGTGAGGCAGGAC  487

seq1  CTCCATGCCAATCATTCAAGAAAATGCTCTCCAGTCTTGCCCACAGGCAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATGCCAATCATTCAAGAAAATGCTCTCCAGTCTTGCCCACAGGCAA  537

seq1  TCTGGATAGAACCATTTTCTCAGTTGAAGTTCCTGTTTCCCAAATGACTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGATAGAACCATTTTCTCAGTTGAAGTTCCTGTTTCCCAAATGACTC  587

seq1  TAGCTCCAATTAAATTGACAAAAACAAAAACAAAATCAAAAGCAAAAGAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCCAATTAAATTGACAAAAACAAAAACAAAATCAAAAGCAAAAGAA  637

seq1  AAAATAAAGAAAGAAAACAAAAAAAAAAACTAATCTGGACAGTAAATGAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAAGAAAGAAAACAAAAAAAAAAACTAATCTGGACAGTAAATGAA  687

seq1  AGACCACAGGATAGACAACAAGGTTGTTTCAACTGTTCTTAAAGGTAGTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCACAGGATAGACAACAAGGTTGTTTCAACTGTTCTTAAAGGTAGTT  737

seq1  CAGATAAAATCCATTTCTCTTTGACATCACAGGTGCCAATTGACACTTTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATAAAATCCATTTCTCTTTGACATCACAGGTGCCAATTGACACTTTC  787

seq1  AGCATCACCTATAATAGGGAAAAAATTAAAACAGCCTCAATCTCTAAGTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCACCTATAATAGGGAAAAAATTAAAACAGCCTCAATCTCTAAGTC  837

seq1  AGGGAATGGTATATTTAGATATGCATTATGGGATATTTTGCAAATGGCAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAATGGTATATTTAGATATGCATTATGGGATATTTTGCAAATGGCAG  887

seq1  ACCAACACAGACAGATGCAGAAAGATCAGCAAGATGTTTATTTTTGAAAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACACAGACAGATGCAGAAAGATCAGCAAGATGTTTATTTTTGAAAT  937

seq1  GACAAATGATAAGAATAGATCCATATGTATGTAAAGTGGCATCTGTCACA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAATGATAAGAATAGATCCATATGTATGTAAAGTGGCATCTGTCACA  987

seq1  TGAAAAATCTTTCCACTGGATATATGTGCTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAATCTTTCCACTGGATATATGTGCTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGT  1037

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTAAGGAACAGATCTAGGAATTGAATTC  1097
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTAAGGAACAGATCTAGGAATTGAATTC  1086