BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-045M06
ChromosomeX (Build37)8 (Build37)
Map Location 28,997,326 - 28,998,40259,664,881 - 59,665,411
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039334, LOC100039096, EG664923, LOC100039364, LOC100039377, LOC100039386, LOC100039127, EG664944, LOC100039423, LOC100039145, LOC664951, LOC100042071, LOC664958, LOC664964, LOC100042087, LOC100039171
Downstream geneLOC100042103, LOC100042109, LOC100042115, LOC100042122, LOC100042135, LOC100042144, LOC664982, LOC100039212, EG664989, LOC664996, LOC100039467
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-045M06.bB6Ng01-045M06.g
ACCDH871129DH871130
length1,044779
definitionDH871129|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-045M06, 5' end.DH871130|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-045M06, 3' end.
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,997,326 - 28,998,402)(59,664,881 - 59,665,411)
sequence
gaattctgtcctatctatgaacctttagtcaaaaagtcgattgtaaagtt
catgatcaatattgctgcctaatgtcataatgaggtaagtgctgtgtgct
gctactggagatacttttgacacctgggatggtacttgaaacctgaaact
atgttgatttgggtaatgaatggtttgatcagcaatcatgatggattcca
ttgtttctattactgaaggtgatggagatcctgatcataaggatgatctc
tgctgccgtttaaggtaattccatattttatggtccatactgacactgga
tatcatattgaggtacaggatctgagatgcaatggagatcacattgatat
ctgagatcctattggccacaggaaattctgttgatatccctgatgtatgc
atgtagcccctgctctggaccatgagttcactaatatatacatcatggga
agacaaattgttctatgtctatactctttgataccacaagcaacaatgtt
gtcattgatcctttctcccatttagtgccacattaatatgagtgattcca
actgtcattggaatctatactgatgtcagtgatacatgcttctctcactt
gtgggaatgtcctttatgagatatatatactcttagctgtgataattttg
aagtcaatgctccattctgacactatagatgtgatttctgttcatggttc
tccctgctctctgaaacaatcacgatgttctgatttttccaggcaataga
cgccatggtatatccaagaactttgatgccagaggcaaccaggatgttaa
tgatacctactgacactttggaccagattgtgataccaattgccctattt
gctagataaatatgttgatttactctccattgtacatttgtatcacatgt
gctgactctgagatctggtatgtctatgatcactgtgacaaagcatcata
tgaatgtatgtcagactctgctagatcccatgagtagtagtggttctatt
gaactgttcagctctgatgtgacttacactgaactgatgttgct
gaattcctgatctttccagaacttttatcatgaatgggtgttggatcttg
tcaaatgctttttctgcatctaacgagatgatcatgtggtttttgtcttt
gagtttgtttatataatggattacattgatggattttcgtatattaaacc
atccctgcatccctggaataaaacctacttggtcaggatggatgattgct
ttaatgtgttcttggattcggttagcgagaattttattaaggatttttgc
atcgatgttcataagagaaattggtctgaagttctctatctttgttggat
ctttctgtggtttaggtatcagagtaatagtggcttcataaaatgagttg
ggtagaataccttctacttctatcttgtgaaaaagtttgtgcagaactgg
agttagatcttctttgaaggtctgatagaactctgcactaaacccgtctg
gtcctgggctttttttggctgggagactattaataactgcttctatttct
ttaggggatatgggactgtttagaaggtcaacttgatcctgattcaactt
tggtacctggtatctgtccagaaatttgtccatttcgtccaggttttcca
gttttgttgagtatagccttttgtagaaaggatctgatggtgttttggat
ttcttcagatctgttgttatgtctcccttttcatttctgattttgtaata
aggattttgtccctgtgccctttagtgagtgtagctaagggttatctatc
ttgttgattttctcaaaagaccaactcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_28997326_28998402
seq2: B6Ng01-045M06.b_47_1090

seq1  GAATTCTGTCCTATCTATGAACCTTTAGTCAAAAAGTCGATTGTAAAGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTCCTATCTATGAACCTTTAGTCAAAAAGTCGATTGTAAAGTT  50

seq1  CATGATCAATATTGCTGCCTAATGTCATAATGAGGTAAGTGCTGTGTGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATCAATATTGCTGCCTAATGTCATAATGAGGTAAGTGCTGTGTGCT  100

seq1  GCTACTGGAGATACTTTTGACACCTGGGATGGTACTTGAAACCTGAAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTGGAGATACTTTTGACACCTGGGATGGTACTTGAAACCTGAAACT  150

seq1  ATGTTGATTTGGGTAATGAATGGTTTGATCAGCAATCATGATGGATTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGATTTGGGTAATGAATGGTTTGATCAGCAATCATGATGGATTCCA  200

seq1  TTGTTTCTATTACTGAAGGTGATGGAGATCCTGATCATAAGGATGATCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTCTATTACTGAAGGTGATGGAGATCCTGATCATAAGGATGATCTC  250

seq1  TGCTGCCGTTTAAGGTAATTCCATATTTTATGGTCCATACTGACACTGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCCGTTTAAGGTAATTCCATATTTTATGGTCCATACTGACACTGGA  300

seq1  TATCATATTGAGGTACAGGATCTGAGATGCAATGGAGATCACATTGATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATATTGAGGTACAGGATCTGAGATGCAATGGAGATCACATTGATAT  350

seq1  CTGAGATCCTATTGGCCACAGGAAATTCTGTTGATATCCCTGATGTATGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGATCCTATTGGCCACAGGAAATTCTGTTGATATCCCTGATGTATGC  400

seq1  ATGTAGCCCCTGCTCTGGACCATGAGTTCACTAATATATACATCATGGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGCCCCTGCTCTGGACCATGAGTTCACTAATATATACATCATGGGA  450

seq1  AGACAAATTGTTCTATGTCTATACTCTTTGATACCACAAGCAACAATGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAATTGTTCTATGTCTATACTCTTTGATACCACAAGCAACAATGTT  500

seq1  GTCATTGATCCTTTCTCCCATTTAGTGCCACATTAATATGAGTGATTCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTGATCCTTTCTCCCATTTAGTGCCACATTAATATGAGTGATTCCA  550

seq1  ACTGTCATTGGAATCTATACTGATGTCAGTGATACATGCTTCTCTCACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCATTGGAATCTATACTGATGTCAGTGATACATGCTTCTCTCACTT  600

seq1  GTGGGAATGTCCTTTATGAGATATATATACTCTTAGCTGTGATAATTTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAATGTCCTTTATGAGATATATATACTCTTAGCTGTGATAATTTTG  650

seq1  AAGTCAATGCTCCATTCTGACACTATAGATGTGATTTCTGTTCATGGTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAATGCTCCATTCTGACACTATAGATGTGATTTCTGTTCATGGTTC  700

seq1  TCCCTGCTCTCTGAAACAATCACGATGTTCTGATTTTTCCAGGCAATAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGCTCTCTGAAACAATCACGATGTTCTGATTTTTCCAGGCAATAGA  750

seq1  CGCCATGGTATATCCAAGAACTTTGATGCCAGAGGCAACCAGGATGTTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCATGGTATATCCAAGAACTTTGATGCCAGAGGCAACCAGGATGTTAA  800

seq1  TGATACCTACTGACACTTTGGACCAGATTGTGATACCAATTGCCCTATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACCTACTGACACTTTGGACCAGATTGTGATACCAATTGCCCTATTT  850

seq1  GCTAAGATAAATATGTTGATTTTACTCTCCCATTGTACCATTTGTATCCA  900
      ||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||
seq2  GCT-AGATAAATATGTTGA-TTTACTCT-CCATTGTA-CATTTGTAT-CA  895

seq1  CATGTGCTGACTCTGAAGATCTTGGTAATGTCTATGATCACTGTGGACAA  950
      ||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||| |
seq2  CATGTGCTGACTCTG-AGATC-TGGT-ATGTCTATGATCACTGT-GAC-A  940

seq1  AAGCATCAATTATGAAATGTATGGTCAGAACTTCTGCCTAAGATCCCAAT  1000
      ||||||||  |||| ||||||| ||||||   |||||   ||||||| ||
seq2  AAGCATCA--TATG-AATGTAT-GTCAGA--CTCTGC--TAGATCCC-AT  981

seq1  GAGGTTAGTAGTGTGTTTTCCTATTGGAAACTTGTTTCAAGCCTCTGATG  1050
      |||  |||||||| |||   ||||||  ||||   ||||   ||||||||
seq2  GAG--TAGTAGTG-GTT---CTATTG--AACT--GTTCA--GCTCTGATG  1019

seq1  TGACTTACAACCTGAACTGATGTTGCT  1077
      |||||||||  ||||||||||||||||
seq2  TGACTTACA--CTGAACTGATGTTGCT  1044

seq1: chr8_59664881_59665411
seq2: B6Ng01-045M06.g_319_847 (reverse)

seq1  AGGAGTTGGTTCTTTGAGAAAATCAACAAGATAGATAAACCCTTAGCTAG  50
      ||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| 
seq2  AGGAGTTGGTCTTTTGAGAAAATCAACAAGATAGAT-AACCCTTAGCTAC  49

seq1  ACTCACTAAAGGGCACAGGGACAAAATCCTAATTAACAAAATCAGAAATG  100
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||
seq2  ACTCACTAAAGGGCACAGGGACAAAATCCTTATT-ACAAAATCAGAAATG  98

seq1  AAAAGGGAGACATAACAACAGATCCTGAAGAAATCCAAAACACCATCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGGAGACATAACAACAGAT-CTGAAGAAATCCAAAACACCATCAGA  147

seq1  TCC-TTCTACAAAAGGCTATACTCAACAAAACTGGAAAACCTGGACGAAA  199
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTCTACAAAAGGCTATACTCAACAAAACTGGAAAACCTGGACGAAA  197

seq1  TGGACAAATTTCTGGACAGATACCAGGTACCAAAGTTGAATCAGGATCAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAAATTTCTGGACAGATACCAGGTACCAAAGTTGAATCAGGATCAA  247

seq1  GTTGACCTTCTAAACAGTCCCATATCCCCTAAAGAAATAGAAGCAGTTAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGACCTTCTAAACAGTCCCATATCCCCTAAAGAAATAGAAGCAGTTAT  297

seq1  TAATAGTCTCCCAGCCAAAAAAAGCCCAGGACCAGACGGGTTTAGTGCAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGTCTCCCAGCCAAAAAAAGCCCAGGACCAGACGGGTTTAGTGCAG  347

seq1  AGTTCTATCAGACCTTCAAAGAAGATCTAACTCCAGTTCTGCACAAACTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTATCAGACCTTCAAAGAAGATCTAACTCCAGTTCTGCACAAACTT  397

seq1  TTTCACAAGATAGAAGTAGAAGGTATTCTACCCAACTCATTTTATGAAGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACAAGATAGAAGTAGAAGGTATTCTACCCAACTCATTTTATGAAGC  447

seq1  CACTATTACTCTGATACCTAAACCACAGAAAGATCCAACAAAGATAGAGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATTACTCTGATACCTAAACCACAGAAAGATCCAACAAAGATAGAGA  497

seq1  ACTTCAGACCAATTTCTCTTATGAACATCGAT  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAGACCAATTTCTCTTATGAACATCGAT  529