BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-048N17
Chromosome8 (Build37)
Map Location 115,466,161 - 115,605,917
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042061
Upstream geneGabarapl2, Adat1, Kars, Terf2ip, EG627828, LOC672498, LOC100042040, Cntnap4
Downstream geneMon1b, 4930481F22Rik, Adamts18
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-048N17.bB6Ng01-048N17.g
ACCDH873292DH873293
length1,0551,047
definitionDH873292|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-048N17, 5' end.DH873293|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-048N17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(115,604,857 - 115,605,917)(115,466,161 - 115,467,218)
sequence
gaattcattccctcctgtctttaaggcataattatatcttagttagttat
atgttagttacttttatattatcgggcttaaaataactgatataaacaat
atctgatagggaaacatccattttgatttatggtttcaaagggtttagga
aatgcttactgagccttgtgaactttggtgggccatcatggtggtagatt
aatagggtggaagattgtcctacatcaaggtttacataaaaacagagaaa
ttagggcacagaaagagggcaaagctaacaatgaccaccaaggaaactcc
atagggaaccacttcctctaacctctggtttttccatacctctggttttt
caccatctctcaataatattgccataataggaacacatcatcaaatgaat
caattcaataagtcaaagttcttacaatgtagttatctctggaaacaccg
tttccaacacccagattatactaatgtcctaggcatttctaaaccaaatc
aagttgacaaagaacattcccatcatggtcattttgttaagatcccccta
ctcttattgtttatttgtggcggttttccatctgtagaatgcctccccat
attggttagttgtcagtttctatgtattctttgtgtactgaaagttgagt
caaatcactctcccctagtaggctagctctattaaattagctttgaataa
aatcattcttatcttaacatatgtcagaatcattttttctttaacctgtg
ttcaccatcctctatctctgtatctctatatctctctgtctctgtctcta
tctatctatctatctatctatcatctatctatctatctatctatcatctc
tgtctcctctgtctaattgccttctctgtatcactctttgtttccctttt
cttgccgccccttttgttctgcagaagattaagttctctgctttcttgtc
tagacagcactaatcagataggagactctttctagtagttccatgactgt
gggcagattaagcctcagtttattccttttttcttgctgattttgaggtt
atgca
gaattccttcttaccaaaactgacaccatagcatcaatgatgccctggtg
ttggtcctggatgtgtgaagtctatatgatgttgcctctgcctcatatta
gctaaataaactttaagttagatagcagagataaataactcttaacaaag
taggcattattgatgcatgggtaatatttaaaattgtggaaattgtcagt
gcccactagaaaaaagaagatgcattcattaaggaaattgaatatttgac
tgagtatatgaacaaaagctcgaaagcatggatagattgaggtgtgtttt
agggttacaaggcaaacaataggatggtgaaaaatgctgatggggaagaa
atgaagaaagggatgatgggagaaagcatcacatgcagtcaggtaacatt
gacattggaatgaaaatatggtttggtttttactgatggtagtctgagtt
tgatagtcgaatcagagtggtgtataagtgatgagcaattgtagacccga
ggcaatttcttctaagaaattttcaataaagagaaggagagggtatcatg
gcaactggagaggtatggattcgatgtggttcttcaagtcagaaattact
aagtgtcttggtacgctgggagtgactcagctgagatggatgcaggacac
taagcagacaaataaatgacctaatgcctgagaggtcatcttcagactgc
attctctgagctccatactgctagactttgctaaggattatctatcccaa
agtgtagtgcacatttgcttgaatgttcacctgggatagaaatgacatcg
gctgctcaaacaatgggcacaagtatctgtagtcatggtgacaggatagc
aattcacgactggcctcctcggaatatcatcctctgcttgttattttaag
ggacatcacatcacccatcgtgaacccgataacatgctcacctgacttca
ctcccccatatccagggcctatctactcccccatcaggattcagactgct
gatgagttggtcaatgaatattcttcagtccagatgagagggattta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_115604857_115605917
seq2: B6Ng01-048N17.b_45_1099 (reverse)

seq1  TGCATAACCTCAAAATCAGCAGG--AAGAGGGATAACCTGAGGCTTTATC  48
      ||||||||||||||||||||| |  || ||| |||| ||||||||| |||
seq2  TGCATAACCTCAAAATCAGCAAGAAAAAAGGAATAAACTGAGGCTTAATC  50

seq1  TGCCCACAGGTCATGGAACTACCTAG-AAGAGTCTCCTATTCCTGATTAG  97
      |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||  ||||||||
seq2  TGCCCACA-GTCATGGAACTA-CTAGAAAGAGTCTCCTAT--CTGATTAG  96

seq1  TTGCCTGTTCCTATGACAAGAAAGCAGAGGAACTTTATTCTCTGCAGAAA  147
      |   ||||  ||| |||||||||||||| |||||| ||  ||||||| ||
seq2  T--GCTGT--CTA-GACAAGAAAGCAGA-GAACTTAATCTTCTGCAG-AA  139

seq1  CAGAGGGGGCGGGCAAG-ATAGGGAGACAAAGAGTGATACAGAG-AGGCA  195
      || | ||||| |||||| | ||||| |||||||||||||||||| |||||
seq2  CAAAAGGGGC-GGCAAGAAAAGGGAAACAAAGAGTGATACAGAGAAGGCA  188

seq1  AATAGACAGA-GAGACAGAGATGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA  244
      | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATTAGACAGAGGAGACAGAGATGATAGATAGATAGATAGATAGAT-GATA  237

seq1  GATAGATAGATAGATAGATAGAGACAGAGACAGAGAGATATAGAGATACA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATAGATAGATAGATAGAGACAGAGACAGAGAGATATAGAGATACA  287

seq1  GAGATAGAGGATGGTGAACACAGGTTAAAG-AAAAATGATTCTGACATAT  343
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GAGATAGAGGATGGTGAACACAGGTTAAAGAAAAAATGATTCTGACATAT  337

seq1  GTTAAGATAAGAATGATTTTATTCAAAGCTAATTTAATAGAGCTAGCCTA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGATAAGAATGATTTTATTCAAAGCTAATTTAATAGAGCTAGCCTA  387

seq1  CTAGGGGAGAGTGATTTGACTCAACTTTCAGTACACAAAGAATACATAGA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGGGAGAGTGATTTGACTCAACTTTCAGTACACAAAGAATACATAGA  437

seq1  AACTGACAACTAACCAATATGGGGAGGCATTCTACAGATGGAAAACCGCC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGACAACTAACCAATATGGGGAGGCATTCTACAGATGGAAAACCGCC  487

seq1  ACAAATAAACAATAAGAGTAGGGGGATCTTAACAAAATGACCATGATGGG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATAAACAATAAGAGTAGGGGGATCTTAACAAAATGACCATGATGGG  537

seq1  AATGTTCTTTGTCAACTTGATTTGGTTTAGAAATGCCTAGGACATTAGTA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTCTTTGTCAACTTGATTTGGTTTAGAAATGCCTAGGACATTAGTA  587

seq1  TAATCTGGGTGTTGGAAACGGTGTTTCCAGAGATAACTACATTGTAAGAA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTGGGTGTTGGAAACGGTGTTTCCAGAGATAACTACATTGTAAGAA  637

seq1  CTTTGACTTATTGAATTGATTCATTTGATGATGTGTTCCTATTATGGCAA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGACTTATTGAATTGATTCATTTGATGATGTGTTCCTATTATGGCAA  687

seq1  TATTATTGAGAGATGGTGAAAAACCAGAGGTATGGAAAAACCAGAGGTTA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTGAGAGATGGTGAAAAACCAGAGGTATGGAAAAACCAGAGGTTA  737

seq1  GAGGAAGTGGTTCCCTATGGAGTTTCCTTGGTGGTCATTGTTAGCTTTGC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAGTGGTTCCCTATGGAGTTTCCTTGGTGGTCATTGTTAGCTTTGC  787

seq1  CCTCTTTCTGTGCCCTAATTTCTCTGTTTTTATGTAAACCTTGATGTAGG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTTCTGTGCCCTAATTTCTCTGTTTTTATGTAAACCTTGATGTAGG  837

seq1  ACAATCTTCCACCCTATTAATCTACCACCATGATGGCCCACCAAAGTTCA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCTTCCACCCTATTAATCTACCACCATGATGGCCCACCAAAGTTCA  887

seq1  CAAGGCTCAGTAAGCATTTCCTAAACCCTTTGAAACCATAAATCAAAATG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCTCAGTAAGCATTTCCTAAACCCTTTGAAACCATAAATCAAAATG  937

seq1  GATGTTTCCCTATCAGATATTGTTTATATCAGTTATTTTAAGCCCGATAA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTTCCCTATCAGATATTGTTTATATCAGTTATTTTAAGCCCGATAA  987

seq1  TATAAAAGTAACTAACATATAACTAACTAAGATATAATTATGCCTTAAAG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAAGTAACTAACATATAACTAACTAAGATATAATTATGCCTTAAAG  1037

seq1  ACAGGAGGGAATGAATTC  1061
      ||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAGGGAATGAATTC  1055

seq1: chr8_115466161_115467218
seq2: B6Ng01-048N17.g_68_1114

seq1  GAATTCCTTCTTACCAAAACTGACACCATAGCATCAATGATGCCCTGGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCTTACCAAAACTGACACCATAGCATCAATGATGCCCTGGTG  50

seq1  TTGGTCCTGGATGTGTGAAGTCTATATGATGTTGCCTCTGCCTCATATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCCTGGATGTGTGAAGTCTATATGATGTTGCCTCTGCCTCATATTA  100

seq1  GCTAAATAAACTTTAAGTTAGATAGCAGAGATAAATAACTCTTAACAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAATAAACTTTAAGTTAGATAGCAGAGATAAATAACTCTTAACAAAG  150

seq1  TAGGCATTATTGATGCATGGGTAATATTTAAAATTGTGGAAATTGTCAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCATTATTGATGCATGGGTAATATTTAAAATTGTGGAAATTGTCAGT  200

seq1  GCCCACTAGAAAAAAGAAGATGCATTCATTAAGGAAATTGAATATTTGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACTAGAAAAAAGAAGATGCATTCATTAAGGAAATTGAATATTTGAC  250

seq1  TGAGTATATGAACAAAAGCTCGAAAGCATGGATAGATTGAGGTGTGTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTATATGAACAAAAGCTCGAAAGCATGGATAGATTGAGGTGTGTTTT  300

seq1  AGGGTTACAAGGCAAACAATAGGATGGTGAAAAATGCTGATGGGGAAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTACAAGGCAAACAATAGGATGGTGAAAAATGCTGATGGGGAAGAA  350

seq1  ATGAAGAAAGGGATGATGGGAGAAAGCATCACATGCAGTCAGGTAACATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAAAGGGATGATGGGAGAAAGCATCACATGCAGTCAGGTAACATT  400

seq1  GACATTGGAATGAAAATATGGTTTGGTTTTTACTGATGGTAGTCTGAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTGGAATGAAAATATGGTTTGGTTTTTACTGATGGTAGTCTGAGTT  450

seq1  TGATAGTCGAATCAGAGTGGTGTATAAGTGATGAGCAATTGTAGACCCGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGTCGAATCAGAGTGGTGTATAAGTGATGAGCAATTGTAGACCCGA  500

seq1  GGCAATTTCTTCTAAGAAATTTTCAATAAAGAGAAGGAGAGGGTATCATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAATTTCTTCTAAGAAATTTTCAATAAAGAGAAGGAGAGGGTATCATG  550

seq1  GCAACTGGAGAGGTATGGATTCGATGTGGTTCTTCAAGTCAGAAATTACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTGGAGAGGTATGGATTCGATGTGGTTCTTCAAGTCAGAAATTACT  600

seq1  AAGTGTCTTGGTACGCTGGGAGTGACTCAGCTGAGATGGATGCAGGACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTCTTGGTACGCTGGGAGTGACTCAGCTGAGATGGATGCAGGACAC  650

seq1  TAAGCAGACAAATAAATGACCTAATGCCTGAGAGGTCATCTTCAGACTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAGACAAATAAATGACCTAATGCCTGAGAGGTCATCTTCAGACTGC  700

seq1  ATTCTCTGAGCTCCATACTGCTAGACTTTGCTAAGGGATTAATCTATCCC  750
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
seq2  ATTCTCTGAGCTCCATACTGCTAGACTTTGCTAA-GGATT-ATCTATCCC  748

seq1  AAAGTGTAGTGCACATTTGCTTGAATG-TCACCTGGGATAGAAATGACAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGTAGTGCACATTTGCTTGAATGTTCACCTGGGATAGAAATGACAT  798

seq1  CGGCTGCTCAAACAATGGGCAC-AGTATCTGTAGTCATGGTGACAGGATA  848
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCTGCTCAAACAATGGGCACAAGTATCTGTAGTCATGGTGACAGGATA  848

seq1  GCAATTCACGACTGGCCTCCTCGGAATATCATCCTCTGC-TGTTATTTTA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GCAATTCACGACTGGCCTCCTCGGAATATCATCCTCTGCTTGTTATTTTA  898

seq1  GGGGACAATCACATCACCCATCGTGAACCCGATAACCATGCTCACCTGAA  947
       ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
seq2  AGGGAC-ATCACATCACCCATCGTGAACCCGATAA-CATGCTCACCTG-A  945

seq1  CTTCACTCCCCCATTATCCCAGGGGCCAATCTACTCCCCCATCAGGATCC  997
      ||||||||||||| |||||   ||||| |||||||||||||||||||| |
seq2  CTTCACTCCCCCA-TATCC--AGGGCCTATCTACTCCCCCATCAGGATTC  992

seq1  AGACTGCTGATGGAGTTTGTTCCAATGAGTATCCTTCAGGTCACAGATGA  1047
      ||||||||||| ||||| ||  |||||| ||| ||||| ||| |||||||
seq2  AGACTGCTGAT-GAGTTGGT--CAATGAATATTCTTCA-GTC-CAGATGA  1037

seq1  GAGGTGATTTA  1058
      |||| ||||||
seq2  GAGG-GATTTA  1047