BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-052G12
Chromosome8 (Build37)
Map Location 9,293,179 - 9,455,026
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmem28
Upstream geneLOC100039836, Efnb2, 9430010O03Rik
Downstream geneLig4, Abhd13, Tnfsf13b, Myo16
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-052G12.bB6Ng01-052G12.g
ACCDH875771DH875772
length1,1631,135
definitionDH875771|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-052G12, 5' end.DH875772|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-052G12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,453,854 - 9,455,026)(9,293,179 - 9,294,323)
sequence
gaattcccagatgattatagatttgtgtcaacttggcaattaactcaaac
catctctgggaccagatgtaaccatgctccagccagcttcttcctttaaa
tgtttacctgatctggggcctttttcacaaactgttataggaaaagcaga
attaactcaaaaggtgatgagatcaagatacctgtgtctgcattttacta
tttttgtgaaacagttaactcatcccaccttctagtattgatgaaaatac
agaatttgtgagatgaatggatttgctaaagaaatcagagctgatgagtg
tcatggcacctaccattcagatagctcaactcatgctttatcattgaaat
gactttagttcattagtattttaatcaatgactcaactattacaatttca
agtgtattatattacattatgcaactggtatacaaatatattaatatatg
cactattgatatgcattaccatgttaaatattagtaatctccttctgttg
cttatttgcttgaagcatttatgaccaacctcaaagattctaatattcat
tattacacaggcagattgtaaactgctctaatgctttgaatatttcagag
actgtgtagaattttctgggatgtttaccccctcggccaaccatttctca
tcctgaaggccaggccacaacccatttgagggtcgagggaccctttcaca
agaatgacctaagaccattggaaaacacatatgtttacattacaagtcat
aacagtagcaaagatatagttacgaagcagtaatgaaaataatcttgtgg
ctgggggtcaccacagccacacgaggaactgtattaaatgggcgcagcat
aaggaagggtgagatccactgctctagagtgtcacagaaaacagctagag
tgcctcccgtgttcccacccagagccgaacagtcatgcaaactttccaat
atggtgagtcatgatggatgcatttttaatagcaccgcacagtagatatt
atttctgttttcctaatcctccggctatttctttttattgtaaaaagtag
gatttccaatgagacagtagcaccagatgggggtggtgtgggaaaccggc
tcgactgggcctggatggggtagtcatcttgaacatccgatccatttgtc
atgttttatccct

gaattcagtgatgatcatgaacattttttattgagtttagcagtccatgg
gatttcttcctccccttcttccttacaaaataagagtaaaaaggaataaa
agagatgctttgatcaacattttactttaaaataaactcactgcagtgtg
agcatgcaggcatgtggaggcatgtgttcaattgcacctcacctgtagta
ctcgtatgctggtattgcctcttagttcatgttcagattttcatgttatt
gaatgaaggagaaagtagcgagagttttatctggtcatggaaaatagcta
ctaatgaaagggttagagaaccttgaagtcgcatatcaggccatgaaaga
aagtttaggaagccaaggcctttggttgctcctggttgggtaagcttggt
cttaattcccagtatgatactttgataattcatcctcctgggcagattat
ccagtttgctatgtttcatagctttagtatgcctaatacccatttcaaat
gtacaatcaagtgtgtagaatcatttctccaaatttacttctttattcta
gaagctggttcttttcccattagctatattgagacaatgagcaaatggca
catggtgttcaaatgtcctgctttccagggctaagaactgcaagtcactc
ttcatcatggcttctaccaataaatggcaacccaagagcaaccaaaaccc
aaagatttgaagttgctccctttttgggcaatttgaaaattacttttaga
aaaaaataaagacaattgtgtgtgtgtgtctaagtatgtacagctgtgct
catgagttattgggatgtttaggagtcagatgtcaatctaaaatggcatt
gtcagttgctctctaccttactttggagataggaccactcactgagtgtt
gacctcgctgtttgtggagtatgggatggccagtaagctcctgggctccc
cctactctgcactagtccttctcatgaagtcctatgctttggggtataag
agacttggttacatacagcgtctagcgtaggctgaacatctgaacctcag
tcctcaagtgactcagtaagcaccttaccctgtcacctagtgctcagttt
ggggtgcgaatgtggtgtggtataagtgtttgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_9453854_9455026
seq2: B6Ng01-052G12.b_42_1204 (reverse)

seq1  AGGGTATAAAACATGACACAAATGGACTGGATGTTCTCAGGATGCACTA-  49
      |||| ||||||||||  |||||||||  ||||||  ||| |||| |||| 
seq2  AGGG-ATAAAACATG--ACAAATGGATCGGATGT--TCAAGATG-ACTAC  44

seq1  CCCACTCATGCCCATGTCTGAGCC-GTTTCCCACACCACCCAC-TCTGGG  97
      ||||  || ||||| ||| ||||| |||||||||||||||| | ||| ||
seq2  CCCATCCAGGCCCA-GTC-GAGCCGGTTTCCCACACCACCCCCATCT-GG  91

seq1  TGCTACTGTCTCATTGGAAATCCTACTTTGTACAATAAAAAGAGATTAGC  147
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||
seq2  TGCTACTGTCTCATTGGAAATCCTACTTTTTACAATAAAAAGA-AATAGC  140

seq1  CCGAGGATTAGGAAAAACAGAAATAATATCTACTGTGCGGTGCTATTTAA  197
      | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CGGAGGATTAGG-AAAACAGAAATAATATCTACTGTGCGGTGCTA-TTAA  188

seq1  AAATGCATCCATCATGACTCACCATATTGGAAAGTTTTGCATGACTGTTC  247
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AAATGCATCCATCATGACTCACCATATTGGAAAG-TTTGCATGACTGTTC  237

seq1  GGCTCTGGGTGGGAACACGGGAGGCACTCTAGCTGTTTTCTGTGACACTC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTGGGTGGGAACACGGGAGGCACTCTAGCTGTTTTCTGTGACACTC  287

seq1  TAGAGCAGTGGATCTCACCCTTCCTTATGCTGCGCCCATTTAATACAGTT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCAGTGGATCTCACCCTTCCTTATGCTGCGCCCATTTAATACAGTT  337

seq1  CCTCGTGTGGCTGTGGTGACCCCCAGCCACAAGATTATTTTCATTACTGC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCGTGTGGCTGTGGTGACCCCCAGCCACAAGATTATTTTCATTACTGC  387

seq1  TTCGTAACTATATCTTTGCTACTGTTATGACTTGTAATGTAAACATATGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGTAACTATATCTTTGCTACTGTTATGACTTGTAATGTAAACATATGT  437

seq1  GTTTTCCAATGGTCTTAGGTCATTCTTGTGAAAGGGTCCCTCGACCCTCA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCCAATGGTCTTAGGTCATTCTTGTGAAAGGGTCCCTCGACCCTCA  487

seq1  AATGGGTTGTGGCCTGGCCTTCAGGATGAGAAATGGTTGGCCGAGGGGGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGTTGTGGCCTGGCCTTCAGGATGAGAAATGGTTGGCCGAGGGGGT  537

seq1  AAACATCCCAGAAAATTCTACACAGTCTCTGAAATATTCAAAGCATTAGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATCCCAGAAAATTCTACACAGTCTCTGAAATATTCAAAGCATTAGA  587

seq1  GCAGTTTACAATCTGCCTGTGTAATAATGAATATTAGAATCTTTGAGGTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTTACAATCTGCCTGTGTAATAATGAATATTAGAATCTTTGAGGTT  637

seq1  GGTCATAAATGCTTCAAGCAAATAAGCAACAGAAGGAGATTACTAATATT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATAAATGCTTCAAGCAAATAAGCAACAGAAGGAGATTACTAATATT  687

seq1  TAACATGGTAATGCATATCAATAGTGCATATATTAATATATTTGTATACC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATGGTAATGCATATCAATAGTGCATATATTAATATATTTGTATACC  737

seq1  AGTTGCATAATGTAATATAATACACTTGAAATTGTAATAGTTGAGTCATT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCATAATGTAATATAATACACTTGAAATTGTAATAGTTGAGTCATT  787

seq1  GATTAAAATACTAATGAACTAAAGTCATTTCAATGATAAAGCATGAGTTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAAATACTAATGAACTAAAGTCATTTCAATGATAAAGCATGAGTTG  837

seq1  AGCTATCTGAATGGTAGGTGCCATGACACTCATCAGCTCTGATTTCTTTA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATCTGAATGGTAGGTGCCATGACACTCATCAGCTCTGATTTCTTTA  887

seq1  GCAAATCCATTCATCTCACAAATTCTGTATTTTCATCAATACTAGAAGGT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATCCATTCATCTCACAAATTCTGTATTTTCATCAATACTAGAAGGT  937

seq1  GGGATGAGTTAACTGTTTCACAAAAATAGTAAAATGCAGACACAGGTATC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGAGTTAACTGTTTCACAAAAATAGTAAAATGCAGACACAGGTATC  987

seq1  TTGATCTCATCACCTTTTGAGTTAATTCTGCTTTTCCTATAACAGTTTGT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCTCATCACCTTTTGAGTTAATTCTGCTTTTCCTATAACAGTTTGT  1037

seq1  GAAAAAGGCCCCAGATCAGGTAAACATTTAAAGGAAGAAGCTGGCTGGAG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAGGCCCCAGATCAGGTAAACATTTAAAGGAAGAAGCTGGCTGGAG  1087

seq1  CATGGTTACATCTGGTCCCAGAGATGGTTTGAGTTAATTGCCAAGTTGAC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTTACATCTGGTCCCAGAGATGGTTTGAGTTAATTGCCAAGTTGAC  1137

seq1  ACAAATCTATAATCATCTGGGAATTC  1173
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATCTATAATCATCTGGGAATTC  1163


seq1: chr8_9293179_9294323
seq2: B6Ng01-052G12.g_66_1200

seq1  GAATTCAGTGATGATCATGAACATTTTTTATTGAGTTTAGCAGTCCATGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGATGATCATGAACATTTTTTATTGAGTTTAGCAGTCCATGG  50

seq1  GATTTCTTCCTCCCCTTCTTCCTTACAAAATAAGAGTAAAAAGGAATAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCTTCCTCCCCTTCTTCCTTACAAAATAAGAGTAAAAAGGAATAAA  100

seq1  AGAGATGCTTTGATCAACATTTTACTTTAAAATAAACTCACTGCAGTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATGCTTTGATCAACATTTTACTTTAAAATAAACTCACTGCAGTGTG  150

seq1  AGCATGCAGGCATGTGGAGGCATGTGTTCAATTGCACCTCACCTGTAGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGCAGGCATGTGGAGGCATGTGTTCAATTGCACCTCACCTGTAGTA  200

seq1  CTCGTATGCTGGTATTGCCTCTTAGTTCATGTTCAGATTTTCATGTTATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGTATGCTGGTATTGCCTCTTAGTTCATGTTCAGATTTTCATGTTATT  250

seq1  GAATGAAGGAGAAAGTAGCGAGAGTTTTATCTGGTCATGGAAAATAGCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAAGGAGAAAGTAGCGAGAGTTTTATCTGGTCATGGAAAATAGCTA  300

seq1  CTAATGAAAGGGTTAGAGAACCTTGAAGTCGCATATCAGGCCATGAAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGAAAGGGTTAGAGAACCTTGAAGTCGCATATCAGGCCATGAAAGA  350

seq1  AAGTTTAGGAAGCCAAGGCCTTTGGTTGCTCCTGGTTGGGTAAGCTTGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTAGGAAGCCAAGGCCTTTGGTTGCTCCTGGTTGGGTAAGCTTGGT  400

seq1  CTTAATTCCCAGTATGATACTTTGATAATTCATCCTCCTGGGCAGATTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATTCCCAGTATGATACTTTGATAATTCATCCTCCTGGGCAGATTAT  450

seq1  CCAGTTTGCTATGTTTCATAGCTTTAGTATGCCTAATACCCATTTCAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTTGCTATGTTTCATAGCTTTAGTATGCCTAATACCCATTTCAAAT  500

seq1  GTACAATCAAGTGTGTAGAATCATTTCTCCAAATTTACTTCTTTATTCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAATCAAGTGTGTAGAATCATTTCTCCAAATTTACTTCTTTATTCTA  550

seq1  GAAGCTGGTTCTTTTCCCATTAGCTATATTGAGACAATGAGCAAATGGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTGGTTCTTTTCCCATTAGCTATATTGAGACAATGAGCAAATGGCA  600

seq1  CATGGTGTTCAAATGTCCTGCTTTCCAGGGCTAAGAACTGCAAGTCACTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTGTTCAAATGTCCTGCTTTCCAGGGCTAAGAACTGCAAGTCACTC  650

seq1  TTCATCATGGCTTCTACCAATAAATGGCAACCCAAGAGCAACCAAAACCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCATGGCTTCTACCAATAAATGGCAACCCAAGAGCAACCAAAACCC  700

seq1  AAAGATTTGAAGTTGCTCCCTTTTTGGGCAATTTGAAAATTACTTTTAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATTTGAAGTTGCTCCCTTTTTGGGCAATTTGAAAATTACTTTTAGA  750

seq1  AAAAAATAAAGACAATTGTGTGTGTGTGTCTAAGTATGTACAGCTGTGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATAAAGACAATTGTGTGTGTGTGTCTAAGTATGTACAGCTGTGCT  800

seq1  CATGAGTTATT-GGATGTTTAGGAGTCAGATGTCAATCTAAAATGGCATT  849
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGTTATTGGGATGTTTAGGAGTCAGATGTCAATCTAAAATGGCATT  850

seq1  GTCAGTTGCTCTCTACCTTACTTTGGAGATAGGACCACTCACTGAGTGTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTTGCTCTCTACCTTACTTTGGAGATAGGACCACTCACTGAGTGTT  900

seq1  GACCTCGCTGTTTGTGGAGTATGGGATGGCCAGTAAGCTCCTGGGCTCCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCGCTGTTTGTGGAGTATGGGATGGCCAGTAAGCTCCTGGGCTCCC  950

seq1  CCTAACTCTGCACTAGTCCTTCTCATGAAGTTCCTATGCTTTGGTGTTAT  999
      ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||
seq2  CCT-ACTCTGCACTAGTCCTTCTCATGAAG-TCCTATGCTTTGG-GGTAT  997

seq1  AAGGAGACATGGTCACATACAGCGTCTAGCGTAGGCTGAACATCTGAA-C  1048
      || ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AA-GAGACTTGGTTACATACAGCGTCTAGCGTAGGCTGAACATCTGAACC  1046

seq1  TCAGGTCCTCACGGTGACTCAGTAAGCACTTTACCCACTGTCACCCTAGT  1098
      ||| |||||||  |||||||||||||||| |||||  |||||| ||||||
seq2  TCA-GTCCTCA-AGTGACTCAGTAAGCACCTTACC--CTGTCA-CCTAGT  1091

seq1  GCTCAAGTTTGGTGTGCGATTGTGTGTGTGTGTATATGTGTTTGTGT  1145
      |||| ||||||| |||||| |||| ||||| ||||| ||||||||||
seq2  GCTC-AGTTTGGGGTGCGAATGTG-GTGTG-GTATAAGTGTTTGTGT  1135


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |