BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-078B12
Chromosome8 (Build37)
Map Location 92,478,567 - 92,624,056
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSall1, LOC100041089, EG625801, EG384862
Downstream geneTox3, LOC100041133, Chd9, LOC100041156, EG626231, Rbl2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-078B12.bB6Ng01-078B12.g
ACCDH893890DH893891
length1,1261,162
definitionDH893890|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078B12, 5' end.DH893891|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078B12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,622,924 - 92,624,056)(92,478,567 - 92,479,739)
sequence
gaattctcctgatttcacgttctatctttcggtaaggggtgccagggtta
cagaggctcacaccacatcaagctttctgtatgggctctgggatcaagat
cccgttgtcgggtttatgtggcttcctgtctccacctcccatctctgggg
ttcagactgtcatatctagctttttatgcagattctggggattgaactac
tgttgctggtttacagagataacactttaatctggggagacattgaccag
cctaaggtgcacacatttaatgtattcaagctggctgagtttggaggcag
gtgtataaccatgaaatcatcaccaccctcaaggccataaccgtatcttc
tatctcctccagcattttgccacctcagagagggtgtggtactctttgtg
acccccacatgggccataaaagaaaagcctcaaaattgtttaaacatact
agtgcactttcacccccgccccccaacttgctctatatgttataggaatc
tcaggactctcaaccaaagttcctagctcctattctctgaaattctcatc
agctttgtgcaccaaggtctttgttgccctttcagaacagtgatggccca
gggatgagtgtcagtgatgaagttttgttttaagctgaaacacgatctta
gacacaggacctctctttattttcatctccatcactttctctaagacact
tcccttcttctctgttcctactaaacatcagattgcttgacacaaactcc
aatccattcatagcagcgttcaaggcagtggcagcttaaagagctcccct
ggtgtctcccacactcttgcttctcacattgtttttgatgccctggaatt
gagaaagatgacccattcatttccttctcttccttccaaaggtctttccc
tacacaagctcatttgagctatccatttccatgttgttaccctaggcatt
caaagttgctcccattctcctgtattcatcagtgtttggtttctgggccc
caggacagggactgagtgcatattttacataccagagcagacctggcctc
cagctctccagcatccctcagtccctgcctagcattccctaccctcacct
tctgaactttcagccaaggactgggc
gaattctaatgtttctcagtgggtcacctgactctaattggtatttctaa
atcctttcttgatagcatatctttcttaacaaagttctgtgatccaatta
ctccagtaatccagatacctcagaaggcatattgggaattctgtttctaa
actctttagttagtaacagaacaaaacgctttcttctaagaaaggagcac
tttagattgatatatgaaaatattaactagaaaaggttttgagtacagac
aaaactagacataaggagcaatccactctcaagaaagaaaaaaatagatt
tttttaaaaaagaatatacatctttggagaaatggcaaaaatctgggact
agggccggaaatattcaaaaggagcatagaaaaaattctcttaacaccaa
ttgaggaaatgctaaaatacaaaatgaagtagacaggtgtgctaactaga
tttatgttaacttgacacaaactaaagatagctgataggagggaccatca
attcagagaaatgagtccgtaagatctaactggaggacattttcttagtg
attggtatgggagagcccaccccatttgtgggcgatgctatccctgggtt
acttgtcctcagttcaataagaaagtaggttaagcaagccatgaggaaca
agcagtaaacagcacccacatcatggcctctgcatcagctcctgcctcca
gggttttgccctgtttgaattcctgtcccgacttctttcaatgttgaaca
gtgatatggaaatgtaagctgaataagccatttcctttccgagttgcttt
ggtcatggtggtgtgtcacagcaacagcaactcctgactaagaaaacaca
gaacaccaccaagaatgaggcattacaaaggggaagaggtgtaacagacc
cttccaatggcccagactggcacagcctgcatgaaaatagaggatatagg
ctataacccaaaggacaaaataaatatccttgtgtctgtcttgacagaaa
taacagtcacataaagaggaaagtaaatgaataaagtccttgttttaaaa
gacctccaatgaaagggaagcagttccatgttcttggtcaggcatcatgc
ttcctctctgaaccaaccactgaccagttaataattgaggttaatggctg
atgatctatctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_92622924_92624056
seq2: B6Ng01-078B12.b_45_1170 (reverse)

seq1  GCCCAGTCCCTGGGCTGGAAAGTTTCAG-AGGTGGGGGTAGGGAATGCTA  49
      ||||||| ||| |||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||
seq2  GCCCAGT-CCTTGGCT-GAAAG-TTCAGAAGGTGAGGGTAGGGAATGCTA  47

seq1  GGCAGGGACTGAGGGATGCTGGGAGAGCCTGGAGGCCAGGTCTGCTCTGG  99
      |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGGACTGAGGGATGCT-GGAGAG-CTGGAGGCCAGGTCTGCTCTGG  95

seq1  TATGTAAAATATGCACCTCAGTCCCTTGTCCTGGGGCCCAGAAACCAAAC  149
      ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAAAATATGCA-CTCAGTCCC-TGTCCTGGGGCCCAGAAACCAAAC  143

seq1  ACTGATGAATACAGGAGAATGGGAGCAACTTTGAATGCCTAGGGTAACAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATGAATACAGGAGAATGGGAGCAACTTTGAATGCCTAGGGTAACAA  193

seq1  CATGGAAATGGATAGCTCAAATGAGCCTTGTGTAGGGAAAGACCTTTGGA  249
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAAATGGATAGCTCAAATGAG-CTTGTGTAGGGAAAGACCTTTGGA  242

seq1  AGGAAGAGAAGGAAATGAATGGGTCATCTTTCTCAATTCCAGGGCATCAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGAGAAGGAAATGAATGGGTCATCTTTCTCAATTCCAGGGCATCAA  292

seq1  AAACAATGTGAGAAGCAAGAGTGTGGGAGACACCAGGGGAGCTCTTTAAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAATGTGAGAAGCAAGAGTGTGGGAGACACCAGGGGAGCTCTTTAAG  342

seq1  CTGCCACTGCCTTGAACGCTGCTATGAATGGATTGGAGTTTGTGTCAAGC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCACTGCCTTGAACGCTGCTATGAATGGATTGGAGTTTGTGTCAAGC  392

seq1  AATCTGATGTTTAGTAGGAACAGAGAAGAAGGGAAGTGTCTTAGAGAAAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGATGTTTAGTAGGAACAGAGAAGAAGGGAAGTGTCTTAGAGAAAG  442

seq1  TGATGGAGATGAAAATAAAGAGAGGTCCTGTGTCTAAGATCGTGTTTCAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGAGATGAAAATAAAGAGAGGTCCTGTGTCTAAGATCGTGTTTCAG  492

seq1  CTTAAAACAAAACTTCATCACTGACACTCATCCCTGGGCCATCACTGTTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAACAAAACTTCATCACTGACACTCATCCCTGGGCCATCACTGTTC  542

seq1  TGAAAGGGCAACAAAGACCTTGGTGCACAAAGCTGATGAGAATTTCAGAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGGGCAACAAAGACCTTGGTGCACAAAGCTGATGAGAATTTCAGAG  592

seq1  AATAGGAGCTAGGAACTTTGGTTGAGAGTCCTGAGATTCCTATAACATAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGAGCTAGGAACTTTGGTTGAGAGTCCTGAGATTCCTATAACATAT  642

seq1  AGAGCAAGTTGGGGGGCGGGGGTGAAAGTGCACTAGTATGTTTAAACAAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAAGTTGGGGGGCGGGGGTGAAAGTGCACTAGTATGTTTAAACAAT  692

seq1  TTTGAGGCTTTTCTTTTATGGCCCATGTGGGGGTCACAAAGAGTACCACA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGGCTTTTCTTTTATGGCCCATGTGGGGGTCACAAAGAGTACCACA  742

seq1  CCCTCTCTGAGGTGGCAAAATGCTGGAGGAGATAGAAGATACGGTTATGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTCTGAGGTGGCAAAATGCTGGAGGAGATAGAAGATACGGTTATGG  792

seq1  CCTTGAGGGTGGTGATGATTTCATGGTTATACACCTGCCTCCAAACTCAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAGGGTGGTGATGATTTCATGGTTATACACCTGCCTCCAAACTCAG  842

seq1  CCAGCTTGAATACATTAAATGTGTGCACCTTAGGCTGGTCAATGTCTCCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTTGAATACATTAAATGTGTGCACCTTAGGCTGGTCAATGTCTCCC  892

seq1  CAGATTAAAGTGTTATCTCTGTAAACCAGCAACAGTAGTTCAATCCCCAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTAAAGTGTTATCTCTGTAAACCAGCAACAGTAGTTCAATCCCCAG  942

seq1  AATCTGCATAAAAAGCTAGATATGACAGTCTGAACCCCAGAGATGGGAGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGCATAAAAAGCTAGATATGACAGTCTGAACCCCAGAGATGGGAGG  992

seq1  TGGAGACAGGAAGCCACATAAACCCGACAACGGGATCTTGATCCCAGAGC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGACAGGAAGCCACATAAACCCGACAACGGGATCTTGATCCCAGAGC  1042

seq1  CCATACAGAAAGCTTGATGTGGTGTGAGCCTCTGTAACCCTGGCACCCCT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACAGAAAGCTTGATGTGGTGTGAGCCTCTGTAACCCTGGCACCCCT  1092

seq1  TACCGAAAGATAGAACGTGAAATCAGGAGAATTC  1133
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCGAAAGATAGAACGTGAAATCAGGAGAATTC  1126

seq1: chr8_92478567_92479739
seq2: B6Ng01-078B12.g_69_1230

seq1  GAATTCTAATGTTTCTCAGTGGGTCACCTGACTCTAATTGGTATTTCTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAATGTTTCTCAGTGGGTCACCTGACTCTAATTGGTATTTCTAA  50

seq1  ATCCTTTCTTGATAGCATATCTTTCTTAACAAAGTTCTGTGATCCAATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTTCTTGATAGCATATCTTTCTTAACAAAGTTCTGTGATCCAATTA  100

seq1  CTCCAGTAATCCAGATACCTCAGAAGGCATATTGGGAATTCTGTTTCTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGTAATCCAGATACCTCAGAAGGCATATTGGGAATTCTGTTTCTAA  150

seq1  ACTCTTTAGTTAGTAACAGAACAAAACGCTTTCTTCTAAGAAAGGAGCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTTAGTTAGTAACAGAACAAAACGCTTTCTTCTAAGAAAGGAGCAC  200

seq1  TTTAGATTGATATATGAAAATATTAACTAGAAAAGGTTTTGAGTACAGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGATTGATATATGAAAATATTAACTAGAAAAGGTTTTGAGTACAGAC  250

seq1  AAAACTAGACATAAGGAGCAATCCACTCTCAAGAAAGAAAAAAATAGATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTAGACATAAGGAGCAATCCACTCTCAAGAAAGAAAAAAATAGATT  300

seq1  TTTTTAAAAAAGAATATACATCTTTGGAGAAATGGCAAAAATCTGGGACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAAAAAGAATATACATCTTTGGAGAAATGGCAAAAATCTGGGACT  350

seq1  AGGGCCGGAAATATTCAAAAGGAGCATAGAAAAAATTCTCTTAACACCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCCGGAAATATTCAAAAGGAGCATAGAAAAAATTCTCTTAACACCAA  400

seq1  TTGAGGAAATGCTAAAATACAAAATGAAGTAGACAGGTGTGCTAACTAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGAAATGCTAAAATACAAAATGAAGTAGACAGGTGTGCTAACTAGA  450

seq1  TTTATGTTAACTTGACACAAACTAAAGATAGCTGATAGGAGGGACCATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTTAACTTGACACAAACTAAAGATAGCTGATAGGAGGGACCATCA  500

seq1  ATTCAGAGAAATGAGTCCGTAAGATCTAACTGGAGGACATTTTCTTAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGAGAAATGAGTCCGTAAGATCTAACTGGAGGACATTTTCTTAGTG  550

seq1  ATTGGTATGGGAGAGCCCACCCCATTTGTGGGCGATGCTATCCCTGGGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTATGGGAGAGCCCACCCCATTTGTGGGCGATGCTATCCCTGGGTT  600

seq1  ACTTGTCCTCAGTTCAATAAGAAAGTAGGTTAAGCAAGCCATGAGGAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTCCTCAGTTCAATAAGAAAGTAGGTTAAGCAAGCCATGAGGAACA  650

seq1  AGCAGTAAACAGCACCCACATCATGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCCTCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTAAACAGCACCCACATCATGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCCTCCA  700

seq1  GGGTTTTGCCCTGTTTGAATTCCTGTCCCGACTTCTTTCAATGTTGAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTTGCCCTGTTTGAATTCCTGTCCCGACTTCTTTCAATGTTGAACA  750

seq1  GTGATATGGAAATGTAAGCTGAATAAGCCATTTCCTTTCCGAGTTGCTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATATGGAAATGTAAGCTGAATAAGCCATTTCCTTTCCGAGTTGCTTT  800

seq1  GGTCATGGTGGTGTGTCACAGCAACAGCAACTCCTGACTAAGAAAACACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATGGTGGTGTGTCACAGCAACAGCAACTCCTGACTAAGAAAACACA  850

seq1  GAACACCACCAAGAATGAGGCATTACAAAGGGGAAGAGGTGTAACAGACC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACCACCAAGAATGAGGCATTACAAAGGGGAAGAGGTGTAACAGACC  900

seq1  CTTCCAATGGCCCAGACTGGCACAGCCTGCATGAAAATAGAGGATATAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAATGGCCCAGACTGGCACAGCCTGCATGAAAATAGAGGATATAGG  950

seq1  CTATAACCCAAAGGACAAAATAAATATCCTTGTGTCTGTCTTGACAGAAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAACCCAAAGGACAAAATAAATATCCTTGTGTCTGTCTTGACAGAAA  1000

seq1  TAACAAGTCACATAAAGAGGAAAGTAAATGAATTAAAGTCCTTG-TTTAA  1049
      |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  TAAC-AGTCACATAAAGAGGAAAGTAAATGAA-TAAAGTCCTTGTTTTAA  1048

seq1  AAGAACTCCAAATGAAAGGAGAAGCAAGTTCCCATGTCATGGGCCAGGCA  1099
      |||| |||| ||||||||| ||||| |||| ||||||  | || ||||||
seq2  AAGACCTCC-AATGAAAGG-GAAGC-AGTT-CCATGTTCTTGGTCAGGCA  1094

seq1  TCAGTGCTACACTCTGAAAACCAACCCACTGACCAGTTAATAAATGGAGG  1149
      ||| |||| | ||||   |||||| |||||||||||||||||| ||   |
seq2  TCA-TGCTTC-CTCTCTGAACCAA-CCACTGACCAGTTAATAATTG--AG  1139

seq1  GTAAATGGCTTGATGATCTATCTG  1173
      || |||||| ||||||||||||||
seq2  GTTAATGGC-TGATGATCTATCTG  1162